View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6126_low_1 (Length: 735)

Name: NF6126_low_1
Description: NF6126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6126_low_1
NF6126_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-719)||(38728566-38729264)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (115-719)||(386278-386882)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 719
Target Start/End: Original strand, 38728566 - 38729264
Alignment:
Q  20 aagagtgtgcacctcaaacacctattagatattaagactgtgtttacattgcccttcccgcaattagaggtttaggaggtgatagagatctgatttcggg 119  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38728566 aagagcgtacacctcaaa-acctattagatattaagcctgtgtttacattgccctgcctgcaattagaggtttaggaggggatagagatctgatttcggg 38728664  T
Q  120 tgcagaattggggaaaagtatgttcagcttgtgcatcaggatatcagccctagatggaatttcattcagaagaaactgttgaactatcggtttcttaaac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  38728665 tgcagaattggggaaaagtatgttcagcttgtgcatcaggatatcagccctagatggaatttcattcagaagaaactgctgaactattggtttcttaaac 38728764  T
Q  220 cactccatgacagaatctcctggtgctctaagaacaactttactcacctcaaatggagactctaccgagcttaacatctgcgcaatcacaatctttaaag 319  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38728765 cactccatgacagaatctcccggcgccctaagaaccactttacttacctcaaacggagactctactgagcttaacatctgcgcaatcacaatctttaaag 38728864  T
Q  320 ttggtcccgtcaccaatttaatccgtctcgggacaataccataatatagcatacgctttctgaacctatgaagagtgtgcaccgctgctataagggtggc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  38728865 ttggtcccgtcaccaatttaatccgtctcgggacaatgccataatacagcatgcgctttctgaacctatgaagagtgtgcaccgcagctataagggcggc 38728964  T
Q  420 tccaacggacaagtttctaacatcaagggaccaagcgatgtgctgatcgaaaactatagcctttgggaaaagtttattctcataagcaaccttccaaaca 519  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38728965 tccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagctatgtgctgatcgaaaactatagcctttgggaaaagtttattctcataagcaaccttccaaaca 38729064  T
Q  520 catcaagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttgcagcaccttcctccaattcataatcaatacttt 619  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38729065 caccgagctcgatttatctgtcccataagaactagataattgagaagaacattgacaaagtactttgcagcaccttcctccaattcataatcaatacttt 38729164  T
Q  620 gaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggactgtgaaaagtccacacataaacgagtgggccttatgctttgttgcact 719  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38729165 gaaagaattctcttacaaatgtcaacaccggctgtcccctctgttcggggcctgtgaatagtccacacataaacgagtgcgccttatgctttgttgcact 38729264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 115 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 386882 - 386278
Alignment:
Q  115 tcgggtgcagaattggggaaaagtatgttcagcttgtgcatcaggatatcagccctagatggaatttcattcagaagaaactgttgaactatcggtttct 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  386882 tcgggtgcagaattgggaaaaagtatgttcagcttgtgcatcaggatatcagccctagatggaatttcattcagaagaaactgctgaactatcggtttct 386783  T
Q  215 taaaccactccatgacagaatctcctggtgctctaagaacaactttactcacctcaaatggagactctaccgagcttaacatctgcgcaatcacaatctt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  386782 taaaccactccatgacagaatctcctggtgctctaagaacaactttactcacctcaaatggagactctaccgagcctaacatctgcacaatcacaatctt 386683  T
Q  315 taaagttggtcccgtcaccaatttaatccgtctcgggacaataccataatatagcatacgctttctgaacctatgaagagtgtgcaccgctgctataagg 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386682 taaagttggtcccgtcaccaatttaatccgtcttgggacaataccataatatagcatacgctttctgaacctatgaagagtgtgcaccgctgctataagg 386583  T
Q  415 gtggctccaacggacaagtttctaacatcaagggaccaagcgatgtgctgatcgaaaactatagcctttgggaaaagtttattctcataagcaaccttcc 514  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  386582 gcggctccaacagacaagtttctaacatcaagggaccaagcaatgtgctgatcgaaaactatagcctttgagaaaagtttattctcataagcaaccttcc 386483  T
Q  515 aaacacatcaagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttgcagcaccttcctccaattcataatcaat 614  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386482 aaacacatcgagctcgatttatctgtcccataagaactaggtaattgagaagaacattgacaaagtactttgcagcaccttcctccaattcataatcaat 386383  T
Q  615 actttgaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggactgtgaaaagtccacacataaacgagtgggccttatgctttgtt 714  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  386382 acttcgaaagaattcccttacaaaagtcaacaccggttgtcccctctgttcggggcctgtgaaaagtccacacataaacgagtgggccttatgctttgtt 386283  T
Q  715 gcact 719  Q
    |||||    
T  386282 gcact 386278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University