View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6131_high_40 (Length: 419)

Name: NF6131_high_40
Description: NF6131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6131_high_40
NF6131_high_40
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (109-414)||(50425897-50426202)
chr3 (166-392)||(17508662-17508888)
chr3 (169-399)||(43445407-43445637)
chr3 (198-399)||(7320161-7320360)
chr3 (119-280)||(53589925-53590086)
chr3 (301-399)||(53590140-53590238)
chr3 (235-392)||(33460163-33460321)
chr3 (151-304)||(10877654-10877807)
chr3 (26-89)||(50426222-50426285)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (110-399)||(12607879-12608168)
chr8 (113-398)||(12563221-12563505)
chr8 (113-408)||(15243411-15243706)
chr8 (204-399)||(28932216-28932411)
chr8 (198-399)||(1758601-1758802)
chr8 (183-368)||(36128080-36128261)
chr8 (221-397)||(45260771-45260948)
chr8 (177-274)||(12597097-12597194)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (150-408)||(54698-54956)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (110-414)||(44440348-44440652)
chr2 (109-408)||(4653613-4653912)
chr2 (120-408)||(8271031-8271319)
chr2 (219-414)||(45036059-45036254)
chr2 (114-408)||(6570934-6571224)
chr2 (279-399)||(37192947-37193067)
chr2 (308-408)||(45041847-45041947)
chr2 (110-246)||(22540151-22540287)
chr2 (329-397)||(40996901-40996969)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (112-408)||(11075778-11076074)
chr1 (121-414)||(16824012-16824304)
chr1 (109-408)||(2887486-2887783)
chr1 (121-414)||(39997409-39997702)
chr1 (151-397)||(9427665-9427911)
chr1 (121-408)||(8266680-8266971)
chr1 (174-398)||(18565796-18566020)
chr1 (219-411)||(3620887-3621079)
chr1 (284-392)||(15258860-15258970)
chr1 (121-188)||(14751548-14751615)
chr1 (350-392)||(26479515-26479557)
chr1 (119-232)||(43684303-43684416)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (121-399)||(5464468-5464746)
chr7 (109-392)||(27046049-27046331)
chr7 (120-414)||(10328875-10329173)
chr7 (124-414)||(25828309-25828598)
chr7 (113-326)||(12501681-12501894)
chr7 (120-347)||(5949476-5949703)
chr7 (113-326)||(12527315-12527528)
chr7 (121-246)||(41029411-41029536)
chr7 (300-410)||(36817452-36817562)
chr7 (120-226)||(13278638-13278744)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (198-408)||(41940534-41940742)
chr4 (121-414)||(47924180-47924473)
chr4 (112-392)||(40656045-40656325)
chr4 (125-408)||(27184679-27184967)
chr4 (219-407)||(54259303-54259491)
chr4 (170-399)||(50945895-50946123)
chr4 (109-343)||(25969736-25969967)
chr4 (184-315)||(11371620-11371750)
chr4 (198-316)||(6450482-6450600)
chr4 (234-392)||(29969163-29969321)
chr4 (292-397)||(24015971-24016076)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (125-408)||(2443243-2443531)
chr6 (198-403)||(29047185-29047386)
chr6 (277-392)||(10992931-10993046)
chr6 (337-399)||(6861970-6862032)
chr6 (109-247)||(6863509-6863643)
chr6 (121-185)||(17915100-17915164)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (221-408)||(12291798-12291985)
chr5 (291-392)||(12292017-12292118)
chr5 (120-247)||(38697375-38697502)
chr5 (205-246)||(1362546-1362587)
[»] scaffold0154 (1 HSPs)
scaffold0154 (291-353)||(19503-19564)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 109 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 50426202 - 50425897
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  50426202 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagacggatggcagttccagtgagcaaagcacattgcatgtgat 50426103  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagga 308  Q
    | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50426102 ccttccttggccataaaatatgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagga 50426003  T
Q  309 tgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50426002 tgtcagtgacataagtgtacaaggtatgatcacgatcagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 50425903  T
Q  409 gttact 414  Q
    ||||||    
T  50425902 gttact 50425897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 166 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 17508888 - 17508662
Alignment:
Q  166 agatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaat 265  Q
    ||||||| | |||||||||| |||| || || |||||||||||| |||||   | ||||||| |||| |||||||||||||| ||| || |||||| |||    
T  17508888 agatggaggacagttccagtaagcagagcaccttgcatgtgatccttcctaaactataaaatatgcaaacatattttgttccctaagaacatgcaccaat 17508789  T
Q  266 gttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactg 365  Q
    ||||||||  | ||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  17508788 gttgtattaccgttttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagcataagtatgcaacgtatgatcacgaccatcaataatcaagtcaactg 17508689  T
Q  366 cttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  17508688 cttccaaacaagcactctcacaaataa 17508662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 169 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43445637 - 43445407
Alignment:
Q  169 tggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgtt 268  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  || ||| |||||||  ||  ||  |||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||   |||  || |||    
T  43445637 tggatggcagttctagtgagcataacaccttgtatgtgataatttgttagccataaaatctgaacacatattttgttccctaagaacgggcatcaacgtt 43445538  T
Q  269 gtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgctt 368  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||| || |||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  43445537 gtatttttatttctatgtaaatcatctataatatgaaggatatcaatagcataagtgtgcaaggtatgatcacgaccgacaataataaggtcaactgctt 43445438  T
Q  369 ccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  43445437 ccaaacaattactctcacaaataatgttgac 43445407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 198 - 399
Target Start/End: Original strand, 7320161 - 7320360
Alignment:
Q  198 ttgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctct 297  Q
    ||||||| |||| || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||| || |  |||||| ||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||    
T  7320161 ttgcatgagatcctttcttagccataaaatctgcacacatattttgttcct-aagagcatgcaccaatattgtatttccatttccatgtaaagcaactct 7320259  T
Q  298 agtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    | |||||||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||| | | |||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  7320260 aatatgaaggatgtcgatagcataagtgtgcaatgtatgatcacg-ccaacaataatcaagtctagttcttccaaacaatcactctcactaataatgttg 7320358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 119 - 280
Target Start/End: Original strand, 53589925 - 53590086
Alignment:
Q  119 tgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgc 218  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||  ||| ||  | || || ||||||| | || |||||||||||||||| |||||      
T  53589925 tgaaattaagttccaagcttatctctcatggtgagagattccatgcaagacggcggacaatttcagtgagaagagcacattgcatgtgatctctccttag 53590024  T
Q  219 ccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcattt 280  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  53590025 ccataaaatctgcacacatattttgttcccttaaaacatgcaccaatgttgtattttcattt 53590086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 301 - 399
Target Start/End: Original strand, 53590140 - 53590238
Alignment:
Q  301 atgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    |||||| |||||| || ||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  53590140 atgaagaatgtcaatagcataaatgtgcaaggtatgatcacgaccaataataaccatgtcaactccttcgaaacaatcactctcacaaataatgttgac 53590238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 235 - 392
Target Start/End: Original strand, 33460163 - 33460321
Alignment:
Q  235 catattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaa-ggatgtcagtaacataagtgtacaaggt 333  Q
    |||||| |||||| ||| || || ||| ||||| || ||  ||||||| ||| || |||||||| ||| || |||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  33460163 catattatgttccctaagaacattcaccaatgtagtgttaccatttccatgtgaagcatctctaatataaaaggatgttagtagtataagtgtgcaaggt 33460262  T
Q  334 atgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||  ||| ||| |||||||||| || |||||    
T  33460263 atgatcacgatcaacaacaatcaggtcaaccactttcaagcaatcactctaacgaataa 33460321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 10877807 - 10877654
Alignment:
Q  151 gagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttcctta 250  Q
    ||||||||  |||||||  ||| ||||| | ||||||||  || || |||||||||||  ||||||  |||||||||||||| |||| || |||||| ||    
T  10877807 gagagattgcatgtcaggcggagggcagattcagtgagccgagcaccttgcatgtgatacttccttagccataaaatctgcacacatgttatgttcccta 10877708  T
Q  251 aaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatga 304  Q
    |  | |||||  ||||||||||||||||| |  |||||| |||||||| |||||    
T  10877707 agtacatgcatcaatgttgtattttcattcctatgtaaagcatctctaatatga 10877654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 50426285 - 50426222
Alignment:
Q  26 acatgtcttgttcaatctcttatctttttagnnnnnnnnnnatagtgttataatgtaacgaggc 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||    
T  50426285 acatgtcttgttcaatctcttatctttttagttttttttttatagtgttataatgtaacgaggc 50426222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 110 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12608168 - 12607879
Alignment:
Q  110 agggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattg--catgtga 207  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||  ||||||| ||| |||||||||| |||||| || || ||   |||||||    
T  12608168 agggagagacgaaattaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccgtgtcagacggagggcagttccaatgagcagagcaccttttacatgtga 12608069  T
Q  208 tctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagg 307  Q
    || ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  12608068 tccttccttagccataaaatctgcacacatattttgttccttatgaacatgcaccaatgttgtatttccatttccatgtaaaccatctctaatatgaagg 12607969  T
Q  308 atgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  12607968 atgtcagtagcataagtgtgcaagatatgattacgaccatcaataatcaggtctactgcttccaaacaatcactc--acaaataatgttgac 12607879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 113 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 12563505 - 12563221
Alignment:
Q  113 gagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatcttt 212  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||| || || | ||| |||||  ||  |||  ||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||| ||    
T  12563505 gagagtcgaaattaagttccaagcttatctcccatgatgacagatttcataccaggcggagggcagttcgagtgagcatagcaccttgcatgtgatcctt 12563406  T
Q  213 ccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtc 312  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  12563405 ccttaaccataaaatctgcacacatatttttttcct-aaaaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaagaatctctattatgaaggatgtc 12563307  T
Q  313 agtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttga 398  Q
     ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  12563306 ggtagcataagtgttcaaagtatgatcacgaccaacaataatcaggtcaactacttccaaacaatcactctcacaaataatgttga 12563221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 113 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 15243706 - 15243411
Alignment:
Q  113 gagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatcttt 212  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||| ||| | | |||||||||| ||| ||   ||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||| ||    
T  15243706 gagagtcgaaattaagttccaagcatatctcttaggatgagagattccatgccaagcggagggcagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgatcctt 15243607  T
Q  213 ccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtc 312  Q
    ||||  ||||||||| |||| |||| | ||||||| ||| || |||||| |||||||| ||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||     
T  15243606 ccttagccataaaatatgcacacatgtattgttccctaagaacatgcaccaatgttgttttttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtg 15243507  T
Q  313 agtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  15243506 agtagcataagtgtgcaaggtatgatcatgaccatcaataatcaggtcaactacttcaaaacaatcactcttacaaataatgttgacataaccttt 15243411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 204 - 399
Target Start/End: Original strand, 28932216 - 28932411
Alignment:
Q  204 gtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatg 303  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||  ||| || |||||| |||||||||||| || |||| |||| | ||||| || ||||    
T  28932216 gtgatctttccttagccataaaatctacacacatattttgttctctaagaacatgcaccaatgttgtatttccacttccatgtagagcatctttaatatg 28932315  T
Q  304 aaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  28932316 aaggatgtcagtagtataagtgtgcaaggtatgatcacggccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgac 28932411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 198 - 399
Target Start/End: Original strand, 1758601 - 1758802
Alignment:
Q  198 ttgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctct 297  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | ||||||||| || ||| || |||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  1758601 ttgcatgtgatcgttccttagccataaaatctgcacatatattttgtcccctaagaacatgcatcaatgttgtatttccattttcatgtaaatcatctct 1758700  T
Q  298 agtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    | |||||||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  1758701 aatatgaaggatgttagtggcataagtgtgcaaggtatgatcacaactagcaataatcaggtcaattgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttg 1758800  T
Q  398 ac 399  Q
    ||    
T  1758801 ac 1758802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 183 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 36128261 - 36128080
Alignment:
Q  183 agtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttcc 282  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||     || |||||| |||||| |||||||||||      
T  36128261 agtgagcagagcaccttgcatgtgatctttccttagccataaaatttgcacacatattttgttccc----aacatgcaccaatgttatattttcattttt 36128166  T
Q  283 gtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgctt 368  Q
     |||| |  ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  36128165 atgtataggatctctaatataaaggatgtcagtaacataagtatgtaagttatgatcacgaccaacaataatcaagtcaactgctt 36128080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 397
Target Start/End: Original strand, 45260771 - 45260948
Alignment:
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatg-tcagtaaca 319  Q
    ||||||| ||||  ||||||||| ||| ||| || |||||  ||| | || || ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |  ||| ||    
T  45260771 ataaaatatgcacgcatattttgctccataagaacatgcatcaatatagtgttgtcatttccgtgtaaaacatctctaatatgaagaatgtttggtagca 45260870  T
Q  320 taagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||  ||||||||| | || || |||||| |||| ||||| |||||||| ||||    
T  45260871 taagtgtgcaatgtatgttcacgaccatgaataatcagcttaaatgattccaagcaattactctcacaaataatgttg 45260948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 177 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 12597194 - 12597097
Alignment:
Q  177 agttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattt 274  Q
    ||||||||| |||| |  || ||| |||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||| || ||| |||||    
T  12597194 agttccagtaagcagaacaccttgaatgtgatccttccttagccataaaatctgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaaagttatattt 12597097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 150 - 408
Target Start/End: Original strand, 54698 - 54956
Alignment:
Q  150 tgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttcctt 249  Q
    |||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  54698 tgagagattccatgtcaggtggaggacagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgattcttccttagccataaagtctgcacacatattttgttccct 54797  T
Q  250 aaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagca 349  Q
    ||||| |||||  |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  54798 aaaaacatgcaacaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagcaacataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatca 54897  T
Q  350 ataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  54898 ataatcaggtcacctacttccaaacaatcactctcacaaataatgttcacatagccttt 54956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 110 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 44440652 - 44440348
Alignment:
Q  110 agggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatc 209  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| | | |||||||  ||  |||| ||| |  |||||||| || || || |  ||||||||||||    
T  44440652 agggagagtcgaaattaagtttcaagcttatctctcaggattagagatttcataccagacggaggatagttccagcgaacagagcaacttgcatgtgatc 44440553  T
Q  210 tttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggat 309  Q
     ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||    
T  44440552 cttccttaaccataaaatctgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtattttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggat 44440453  T
Q  310 gtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttg 409  Q
    || |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||     
T  44440452 gttagtagcataagtgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataattgagtcatctgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagcctttt 44440353  T
Q  410 ttact 414  Q
    |||||    
T  44440352 ttact 44440348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 109 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4653912 - 4653613
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||  |||||||| ||| | || |||||||||||| || || ||| |||||||    
T  4653912 gagggagagtcgaaattaagttccaaacttatctctcaaaatgagagatttcatgtcagacggaggacacttccagtgagcagagcaccttgtatgtgat 4653813  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagga 308  Q
    | ||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||  | | || ||| || ||| | |||||| ||||||| |||| | ||||| || |||||| ||    
T  4653812 ccttccttagccataaaatttgcacacatattttgttctatgagaacatgtaccaatatagtatttccatttccatgtagagcatctttaatatgaaaga 4653713  T
Q  309 tgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    ||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  4653712 tgttagtagcataagtgtgtaaggtatgatcacgaccatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttaacatagccttt 4653613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 120 - 408
Target Start/End: Original strand, 8271031 - 8271319
Alignment:
Q  120 gaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcc 219  Q
    |||||||| ||| ||||||||  |||||| ||||| |||| || ||||  ||| |||| |||||||||||| || |  |||||||||||  ||||||  |    
T  8271031 gaaattaaattctaaacttat--ctcaagatgagacattccatatcaggcggagggcaattccagtgagcatagcatcttgcatgtgattcttccttagc 8271128  T
Q  220 cataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgt--attttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaa 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| || | ||||||  |||| ||||| | |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  8271129 cataaaatctgcatacatattttgttccctaagaacatgaaccactgttgtgtatttccattttcatgtaaagcatctctaatatgaaggacgtcagtaa 8271228  T
Q  318 cataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||    
T  8271229 cataagtgtgcaaggtatgatcacaaccagcagtaatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacataaccttt 8271319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 219 - 414
Target Start/End: Original strand, 45036059 - 45036254
Alignment:
Q  219 ccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaac 318  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  45036059 ccataaaatttgcacacatgttttgttccctaagaacatgcactaatgttgtattttcattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagc 45036158  T
Q  319 ataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||    
T  45036159 ataagtgtgcaaggtatgatcatcaccatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacataaccttttttact 45036254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 114 - 408
Target Start/End: Original strand, 6570934 - 6571224
Alignment:
Q  114 agagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttc 213  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| ||| |    ||| |||||||||||||||||     | ||||||| |||| |||    
T  6570934 agagtcgaaattaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccatgcc----ggagggcagttccagtgagcagcacgccttgcatgcgatccttc 6571029  T
Q  214 cttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtca 313  Q
    |||   ||||||||||||| || ||||||||||| ||| || ||| || ||| ||||||||  |||||| || ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  6571030 cttagtcataaaatctgcacacgtattttgttccctaagaacatgtactaatattgtatttctatttccatgcaaagcatctctaatatgaaggatgtca 6571129  T
Q  314 gtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    ||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||    
T  6571130 gtagcataagtgtgtaagttatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgtttccgaacaatcaccctcacaaataatgttgacatagccttt 6571224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 279 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 37193067 - 37192947
Alignment:
Q  279 ttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatc 378  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37193067 ttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtaagtagcataaatgtgcaagatatgatcacgaccatcaataatcaggttaactgtttccaaacaatc 37192968  T
Q  379 actcttacaaataacgttgac 399  Q
    ||| | | |||||| ||||||    
T  37192967 actttcaaaaataatgttgac 37192947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 408
Target Start/End: Original strand, 45041847 - 45041947
Alignment:
Q  308 atgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctt 407  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||| |||  ||||| |||| || ||||    
T  45041847 atgtcaataacataagtgtgcaagatatgatcattaccatcaataattaaatcaactgcttttaaacaatcactctcacaggtaacgatgacataacctt 45041946  T
Q  408 t 408  Q
    |    
T  45041947 t 45041947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 22540287 - 22540151
Alignment:
Q  110 agggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatc 209  Q
    ||||||||  |||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||| || ||||  ||| |||| |||||| || || || || ||| ||||||      
T  22540287 agggagagaagaaattaagttccaagtttatctctcaggatgagagattccatatcaggcggagggcaattccagcgaacagagcaccttgtatgtgact 22540188  T
Q  210 tttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttc 246  Q
     ||||||   ||||||||||||| | |||||||||||    
T  22540187 cttccttagtcataaaatctgcacatatattttgttc 22540151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 329 - 397
Target Start/End: Original strand, 40996901 - 40996969
Alignment:
Q  329 aaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||| ||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||    
T  40996901 aaggtatgatcacgaccaacaacaaacagttcaaccgcttctaaataatcactctcacaattaatgttg 40996969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 112 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 11076074 - 11075778
Alignment:
Q  112 ggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctt 211  Q
    |||| ||||||||||||||  || ||||| |||||   |||||||||  || ||||| ||| |||||||||| |||||| || || |||||||||||  |    
T  11076074 ggagggttgaaattaagttttaagcttatctctcagaatgagagatttcatttcagacggagggcagttccaatgagcagagtactttgcatgtgattct 11075975  T
Q  212 tccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgt 311  Q
    |||||  |||||||| || || ||||||||||||| |||  || |||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  11075974 tccttagccataaaacctacacacatattttgttcgttaggaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaagcatctttaatatgaaggatgt 11075875  T
Q  312 cagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
     |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  11075874 tagtagcataagtgtgcaaggtatgatcacgacaagcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagccttt 11075778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 121 - 414
Target Start/End: Original strand, 16824012 - 16824304
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| | |  ||||||||| ||| | |   || |||||||||| |||||| || || |||||||||||| || |||  ||    
T  16824012 aaattaagttccaagcttatctcttaggaagagagattccatgcccgtcagagggcagttccattgagcagagcaccttgcatgtgatcctttcttagcc 16824111  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    ||||||| || | |||||||||||||| ||| || |||| | |||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  16824112 ataaaatttgtacacatattttgttccctaagaacatgcgccaatgttgtattttcattttcatgtaaagcatctctaatatgaaggatgtcagtagcat 16824211  T
Q  321 aagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||    
T  16824212 aagtgtgcaaagtatgatctcgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaa-cactctcacaaataatgttgacataaccttttttact 16824304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 109 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 2887783 - 2887486
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||   ||| ||||  || | ||  |   ||||||| || || ||||||| |||    
T  2887783 gagggagagtcgaaattaagttccaaacttatctctgaggatgagagatatcatgccaga--gaggacaaattttgtgagcagagcaccttgcatgagat 2887686  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttg--ttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaag 306  Q
    | ||||||| ||||||||| | || ||||||||||  |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  2887685 ccttccttgaccataaaatttacacacatattttgttttcctt-aaaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatataaatcatctctaatatgaag 2887587  T
Q  307 gatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcct 406  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| ||| ||    
T  2887586 gatgacagtagcataagtgtgcaa-gtatgatcacgatcagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaaccactctcgcaaataatgttgacatagtct 2887488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 121 - 414
Target Start/End: Original strand, 39997409 - 39997702
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||||||| || || ||||  | |||||||||| |||||||  |||  |||||||||||||||  || || ||| |||||||| ||||||  ||    
T  39997409 aaattaagttccaagctgatctctcgtgatgagagattccatgtcaggcggagagcagttccagtgagccgagcaccttggatgtgatcattccttagcc 39997508  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||| ||| || |||||  |||||||| |||  ||| || || ||| |||||||| ||||| | |||| |||| |||    
T  39997509 ataaaatttgcacacatattttgctccctaagaacatgcatcaatgttgtgtttctattcccatggaaagcatctctaatatgatgaatgtaagtagcat 39997608  T
Q  321 aagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||| | || ||||| |||||    
T  39997609 aagtttgcaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcataaataatgttggcataaccttttttact 39997702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 151 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 9427911 - 9427665
Alignment:
Q  151 gagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttcctta 250  Q
    ||||||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||| | || || |||||||||||| ||||||   | |||||||| |||||  |||||||||| ||    
T  9427911 gagagattctatgcctgatggagggcagttccagcgagtagagcaccttgcatgtgatccttccttagtcgtaaaatctacatacgaattttgttcccta 9427812  T
Q  251 aaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaa 350  Q
    | || |||| | ||| |||||||  ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||| ||     
T  9427811 agaacatgcgccaatcttgtattaccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcagtagtataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatcag 9427712  T
Q  351 taatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    ||| || ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  9427711 taagcatgtcaactgaatccaaacaatcactctcacaaataatgttg 9427665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8266971 - 8266680
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||  | | | |  ||| ||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||| ||  ||    
T  8266971 aaattaagttccaagcttatctctcaaaatgagagatttcaagcctggcggagggcagttccagcgagtagagcaccttgcatgtgatctttctttagcc 8266872  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||  ||||||| |||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |||    
T  8266871 ataaaatctgcacaagtattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctttaatat-aaggatgtcagtagcat 8266773  T
Q  321 aag-----tgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    |||     ||| |||||||||| |||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||    
T  8266772 aagataagtgtgcaaggtatgaccacgaccatcagtaagcatgtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttggcatagccttt 8266680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 174 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 18566020 - 18565796
Alignment:
Q  174 ggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtatt 273  Q
    |||| |||||| ||||| || || |||||| ||||| ||||||  ||||||||||| || | || ||||||||| ||| || |||||| |||||||||||    
T  18566020 ggcaattccagcgagcagagcactttgcatatgatcattccttaaccataaaatctacacatatgttttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtatt 18565921  T
Q  274 ttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaa 373  Q
       |||| |  ||||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  18565920 actattttcaagtaaagcatctctaatatgaagtatgtcaatagcataagtgtgcaatgtataatcacgaccatcaataatcaggtcaactactttcaaa 18565821  T
Q  374 caatcactcttacaaataacgttga 398  Q
    |||||||||| |||||||| |||||    
T  18565820 caatcactctcacaaataatgttga 18565796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 219 - 411
Target Start/End: Original strand, 3620887 - 3621079
Alignment:
Q  219 ccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaac 318  Q
    ||||||||| || | |||| ||||||||  ||| || |||||| ||||| || || |||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  3620887 ccataaaatttgtacacatgttttgttctctaagaacatgcactaatgtagtgttatcatttccatgtaaaatatctctaatatgaaggatgtcagtaac 3620986  T
Q  319 ataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgtt 411  Q
    |||||| |  |||||||||||||||||| ||| || ||  ||||  |||||||| ||| |||||| |||||||| ||||   |||||||||||    
T  3620987 ataagtatgtaaggtatgatcacgaccaacaacaaacatctcaaacgcttccaagcaaccactctcacaaataatgttgttatagcctttgtt 3621079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 284 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 15258970 - 15258860
Alignment:
Q  284 tgtaaatcatctctag--tatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcact 381  Q
    |||||||||||||||   |||||| ||||| |||| |||||| |||||| |||||||||| |||| |||  | ||  ||||||||||||||||| |||||    
T  15258970 tgtaaatcatctctaaaatatgaatgatgtgagtagcataagggtacaaagtatgatcacaaccaacaacgaacaactcaactgcttccaaacagtcact 15258871  T
Q  382 cttacaaataa 392  Q
     | ||||||||    
T  15258870 atcacaaataa 15258860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 121 - 188
Target Start/End: Original strand, 14751548 - 14751615
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgag 188  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  14751548 aaattaagttccaaggttatctctcaggatgagagattctatgtcagacggagggcagttccggtgag 14751615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 350 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 26479557 - 26479515
Alignment:
Q  350 ataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  26479557 ataatcagctcaactgattccaaacaatcactctcacaaataa 26479515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 232
Target Start/End: Original strand, 43684303 - 43684416
Alignment:
Q  119 tgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgc 218  Q
    |||| ||||||||||| |||||| ||||   | |||||||| ||||||||  || || | ||||| |||||| || || || ||||||||| ||||||      
T  43684303 tgaagttaagttccaagcttattcctcagaataagagattccatgtcagacagagggtaattccaatgagcagagcaccttacatgtgatcattccttag 43684402  T
Q  219 ccataaaatctgca 232  Q
    ||||||||||||||    
T  43684403 ccataaaatctgca 43684416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 121 - 399
Target Start/End: Original strand, 5464468 - 5464746
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| | |||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||| ||||| || |||||||||||| ||||||  ||    
T  5464468 aaattaagtttcaagcttatctctcaggatgagagattctatgtcagacggagggcagtttcagtgaccaaagcaccttgcatgtgatccttccttagcc 5464567  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||  || ||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||    
T  5464568 ataaaatctgcacatgtattttgttccccaagaatatgcaccaatgttctatttccatttccatgtaaaacatctctaatatgaaggatgctagtagcat 5464667  T
Q  321 aagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    |||||| |||||||||||||  | || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  5464668 aagtgtgcaaggtatgatcaaaatcaacaataataaggtcaactgcttccaaacaaccactctaacaaataatgttgac 5464746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 109 - 392
Target Start/End: Original strand, 27046049 - 27046331
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||  | | |||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||    
T  27046049 gagggagagtcgaaattaagctccaagcttatctcctaggatgagagatttcatgtcaggcggatgacagttccagtgagcagagcaccttgcatgtgat 27046148  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagga 308  Q
    | ||||||   || ||||| |||  || ||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  27046149 ccttccttagtcacaaaatttgcccacgtattttgttccataagaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaaacatctctaatatgaagga 27046248  T
Q  309 tgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
    || | ||| |||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  27046249 tgacggtagcataagtgtgtaaggtatgatcacg-ccaacaataatcaagtcaactgcttccaatcgatcactctcacaaataa 27046331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 120 - 414
Target Start/End: Original strand, 10328875 - 10329173
Alignment:
Q  120 gaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcc 219  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||| |||||||  ||| |   ||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||  |    
T  10328875 gaaattaagttccaagtttatctctcaggatgagagattccatgtcaggcggaggatggttccagtgagcagagcactttgcatgtgatccttccttcac 10328974  T
Q  220 cataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagta--- 316  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||| ||| || |||||| |||||||| ||  ||||||| |||||| |||||||| | ||||  |||||| ||       
T  10328975 tataaaatttgcacacatattttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtgttcccatttccatgtaaagcatctctaatgtgaaaaatgtcaatagca 10329074  T
Q  317 -acataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||||| |||||||| |||||    
T  10329075 tatataagtgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataatcaggtcaactccttcctaacaatcactctcacaaaaaatgttgacatagccttttttact 10329173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 124 - 414
Target Start/End: Original strand, 25828309 - 25828598
Alignment:
Q  124 ttaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccata 223  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| |||  ||   || | ||||||| ||||| |  |||| |||||||||||| ||||||   ||||    
T  25828309 ttaagttccaagcttatctctcaggatgagagattccatgctaggcagaagacagttccggtgagtagggaaccttgcatgtgatccttccttagacata 25828408  T
Q  224 aaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataag 323  Q
    ||||||||| |||||||| |||| | || || |||||| |||||||||||| ||||| | |||| | ||||| || |||||||||||||| || |||||     
T  25828409 aaatctgcacacatatttcgttcgt-aataacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtagagcatctttaatatgaaggatgtcaatagcataac 25828507  T
Q  324 tgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
    | | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  25828508 tctgcaaggtatgatcacgaccaacaacaatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacatataatgttgacatagccttttttact 25828598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 113 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12501894 - 12501681
Alignment:
Q  113 gagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatcttt 212  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||| ||||||| ||| |||||| ||| |||  ||  ||||||||||||||||| || || |||||||  |||  |    
T  12501894 gagagtcgaaattaagttcgaagcttatctctcaagatgaaagattccatgccaggaggggggcagttccagtgagcagagcaccttgcatgcaatccgt 12501795  T
Q  213 ccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtc 312  Q
    ||||  |||||||||||||| |||| ||||||  | ||| || |||||| |||||||||||| ||||| | |||||| | |||||| ||||||||||||     
T  12501794 ccttagccataaaatctgcacacatgttttgtaacctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaacgtctctaatatgaaggatgta 12501695  T
Q  313 agtaacataagtgt 326  Q
    ||||  ||||||||    
T  12501694 agtagaataagtgt 12501681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 120 - 347
Target Start/End: Original strand, 5949476 - 5949703
Alignment:
Q  120 gaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcc 219  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||   |||||||||| ||| | |  ||| |||| |||||||||| | || || |||||||||||| || |||  |    
T  5949476 gaaattaagttccaagcttatctctcagaatgagagattccatgccgggcggagggcaattccagtgagtagagtaccttgcatgtgatcctttcttagc 5949575  T
Q  220 cataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaaca 319  Q
    | |||||||  || |||| ||||||||| ||| || |||||| |||||||||||| ||||| | ||||||  ||||| | ||||||||||||  |||  |    
T  5949576 cgtaaaatcaacacacatgttttgttccctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaatatctcgaatatgaaggatgttggtagta 5949675  T
Q  320 taagtgtacaaggtatgatcacgaccag 347  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  5949676 taagtgtgcaaggtatgatcatgaccag 5949703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 12527528 - 12527315
Alignment:
Q  113 gagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatcttt 212  Q
    |||||| | |||||||||| || ||||| ||||| | ||| |||||| |||  ||  ||  ||||||||| ||| ||| || || |||||||  |||  |    
T  12527528 gagagtcggaattaagttcgaagcttatctctcaggatgaaagattccatgctaggcggggggcagttcctgtgggcagagcaccttgcatgcaatccgt 12527429  T
Q  213 ccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtc 312  Q
    ||||  |||||||||||||| |||| ||||||  | ||| || |||||| |||||||||||| ||||| | |||||| | |||||| ||||||||||||     
T  12527428 ccttagccataaaatctgcacacatgttttgtaacctaagaacatgcaccaatgttgtatttccattttcatgtaaaacgtctctaatatgaaggatgtt 12527329  T
Q  313 agtaacataagtgt 326  Q
    |||| |||||||||    
T  12527328 agtagcataagtgt 12527315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 41029536 - 41029411
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||  ||| ||||||| ||| | |||||||||| ||||||| |||| | |||||||| |||||| || || ||| |||||| | ||||||  ||    
T  41029536 aaattaagtctcaagcttatttttcacgatgagagattccatgtcaggtggaggacagttccaatgagcagagcaccttgtatgtgacccttccttagcc 41029437  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttc 246  Q
    ||||||||| || |||||||||||||    
T  41029436 ataaaatctacacacatattttgttc 41029411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 300 - 410
Target Start/End: Original strand, 36817452 - 36817562
Alignment:
Q  300 tatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || |||  |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||| ||| |    
T  36817452 tatgaagtatgttagtagcataagtgtgcaaggtatgatcgcgacaagcaacaaacagcccaaccgctttcaagcaatcactctcacaaataacattggc 36817551  T
Q  400 gtagcctttgt 410  Q
     |||| |||||    
T  36817552 atagcttttgt 36817562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 13278744 - 13278638
Alignment:
Q  120 gaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcc 219  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| | |||||||||| ||| |||  ||| ||| ||||||||||||| || || |||||||| ||| ||||||  |    
T  13278744 gaaattaagttccaaggttatctctcaggatgagagattccatgacaggcggagggcggttccagtgagcagagcaccttgcatgtcatccttccttagc 13278645  T
Q  220 cataaaa 226  Q
    |||||||    
T  13278644 cataaaa 13278638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 198 - 408
Target Start/End: Original strand, 41940534 - 41940742
Alignment:
Q  198 ttgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctct 297  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||| ||| || |||||  |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  41940534 ttgcatgtgatccttccttagccataaaatttgca--catattttgttccctaagaacatgcatcaatgttgtattaccatttccatgtaaaacatctct 41940631  T
Q  298 agtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    | ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  41940632 aatatgaaggatgtcggtagcataagtgtgcaaggtatgatcacgaccgtcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacaaataatgttg 41940731  T
Q  398 acgtagccttt 408  Q
    || ||||||||    
T  41940732 acatagccttt 41940742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 121 - 414
Target Start/End: Original strand, 47924180 - 47924473
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgccc 220  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| |   |||||||||| ||| | | |||| |||| || ||||||||| || || |||||| ||||| || |||  ||    
T  47924180 aaattaagttccaagcgtatctcttagaatgagagattccatgcccggtggagggcaatttcagtgagcagagcaccttgcatatgatccttacttagcc 47924279  T
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||  | | ||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  47924280 ataaaatcagcacacatgttttgttcgctgagaatatgcaccaatgttatatttccattttcatgtaaaacatctcgaatatgaaggatgtcagtagcat 47924379  T
Q  321 aagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctttgttact 414  Q
    |||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||| |||||    
T  47924380 aagtgtgcaaggtatgatcatgatcatcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacttaaccttttttact 47924473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 112 - 392
Target Start/End: Original strand, 40656045 - 40656325
Alignment:
Q  112 ggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctt 211  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| | ||| | ||| |||||  ||  |||||||| |||| ||| |||||||| || || | |||| ||||  |    
T  40656045 ggagagtcaaaattaagttccaaacttatctatcaggatgaaagatttcataccagatggagggcaattctagtgagcatagcacctcgcatatgattct 40656144  T
Q  212 tccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgt 311  Q
    |||||   ||||||||||||| |||||||||||||  | | || |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||  ||||    
T  40656145 tccttagtcataaaatctgcacacatattttgttctcttagaacatgcaccaatgtcgtatttccatttccatgtaaaacatctctgatatgaaatatgt 40656244  T
Q  312 cagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
     ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  40656245 tagtagtataagtgtgcaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgctttcaaacaatcactctcacaaataa 40656325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 125 - 408
Target Start/End: Original strand, 27184679 - 27184967
Alignment:
Q  125 taagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataa 224  Q
    |||||||||| ||||| |||||    ||||||||  || ||||| ||| | || |||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||  ||||||    
T  27184679 taagttccaagcttatctctcagaaagagagatttcatatcagacggaggacaattccagtgagcagagcacattgcacgtgatccttccttagccataa 27184778  T
Q  225 aatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtca-----gtaaca 319  Q
    ||| | ||||||||||||||||| ||  || |||||  |||||||||||  ||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||     ||| ||    
T  27184779 aatatacatacatattttgttccctatgaacatgcattaatgttgtattaccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcatgtcagtagca 27184878  T
Q  320 taagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  27184879 tatgtgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttcacatagccttt 27184967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 219 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 54259491 - 54259303
Alignment:
Q  219 ccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaac 318  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||||| ||| || |||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||    
T  54259491 ccatgaaatttgcacacatattttgttccctaagaacatgctccaatgttgtatttccatttccatgtaaatcatctctattacgaaggatatcagtaac 54259392  T
Q  319 ataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagcctt 407  Q
    ||||||||  | | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  54259391 ataagtgtgtaggttatcatcacaaccagcaataaacaggtcaactgcttccaaacaatcactctcacaaataatgttgacatagcctt 54259303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 170 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 50946123 - 50945895
Alignment:
Q  170 ggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttg 269  Q
    |||||| |||| ||||||||| || |  |||||||||||| ||||||  | ||||||||| ||  ||||||||||||  |||||| |||||  |||||||    
T  50946123 ggatggtagtttcagtgagcagagcatcttgcatgtgatccttccttagcaataaaatctacacgcatattttgttctctaaaaacatgcatcaatgttg 50946024  T
Q  270 tattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttc 369  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||| | || |||||||||| ||  ||| ||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||  | |||    
T  50946023 tattttcattttcatgtaaaacatctctaatgtggaggatgtcagcaatctaa-tgtgcaacatatgatcacgaccaacaataatcaggtcaatcggttc 50945925  T
Q  370 caaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  50945924 caaacaatcactttcacaaataatgttgac 50945895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 109 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25969967 - 25969736
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||  | |||||||||| ||| ||   | | |||||||| |||||||| |  || |||||||||||    
T  25969967 gagggagagtcgtaattaagttccaagcttatctctcgggatgagagattccatgccaagcgaagggcagttctagtgagcagaacaccttgcatgtgat 25969868  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaagga 308  Q
      |||     | ||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||    
T  25969867 tcttcag---ctataaaatatgcacacatattttgttccttaagaacatgcaccaatgttgtattttcatttccatgtaaaacatctctaatatgaagga 25969771  T
Q  309 tgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacga 343  Q
     |||| |  |||||||||  |||||||||||||||    
T  25969770 cgtcattggcataagtgtgtaaggtatgatcacga 25969736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 184 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 11371750 - 11371620
Alignment:
Q  184 gtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccg 283  Q
    ||||||| || || |||||| ||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||| |||||||||||| |||||||     
T  11371750 gtgagcagagcaccttgcatttgatcattccttagccataaaatctgcacacatattttgttcct-aagaacatgcaccaatgttgtatttccatttcca 11371652  T
Q  284 tgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagt 315  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  11371651 tgtaaataatctctaatatgaacgatgtcagt 11371620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 198 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 6450600 - 6450482
Alignment:
Q  198 ttgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctct 297  Q
    ||||||||||| | |||||  ||||||||||| || |||||||||||||| ||| || ||| || | |||||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  6450600 ttgcatgtgatttatccttaaccataaaatctacacacatattttgttccctaagaacatgaaccactgttgtatttccattttcatgtaaatcatctct 6450501  T
Q  298 agtatgaaggatgtcagta 316  Q
    | ||| ||| |||||||||    
T  6450500 aatataaagaatgtcagta 6450482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 392
Target Start/End: Original strand, 29969163 - 29969321
Alignment:
Q  234 acatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggt 333  Q
    |||| ||||| || |||| ||||||||  ||| | || || ||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||| || ||||| |||  ||| |    
T  29969163 acatgttttgctctttaagaatatgcatcaatatagtgttatcatttctgtgtaagatatctctaatatgaaggatgtcaatagcataaatgtctaagat 29969262  T
Q  334 atgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataa 392  Q
    ||||||||||| ||||| || ||  | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29969263 atgatcacgacgagcaacaaacaatttaaccgcttccaaacaatcactctcacaaataa 29969321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 24016076 - 24015971
Alignment:
Q  292 atctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaata 391  Q
    ||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| ||  |  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  24016076 atctctaatatgaacgatgttaataacataagtgtgtaaggtatgatcacaacaagcaacaaagatttcaactgcttccaaagaatcactctcacaaata 24015977  T
Q  392 acgttg 397  Q
    | ||||    
T  24015976 atgttg 24015971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 125 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 2443531 - 2443243
Alignment:
Q  125 taagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcccataa 224  Q
    |||||||||| ||||| |||||    ||||||||  || ||||| ||| | || |||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||  ||||||    
T  2443531 taagttccaagcttatctctcagaaagagagatttcatatcagacggaggacaattccagtgagcagagcacattgcacgtgatccttccttagccataa 2443432  T
Q  225 aatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtca-----gtaaca 319  Q
    ||| | ||||||||||||||||| ||  || |||||  |||||||||||  ||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||     ||| ||    
T  2443431 aatatacatacatattttgttccctatgaacatgcattaatgttgtattaccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatgtcatgtcagtagca 2443332  T
Q  320 taagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  2443331 tatgtgtgcaaggtatgatcacgaccatcaataatcaagtcaactgcttccaaacaatcattctcacaaataatgttcacatagccttt 2443243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 198 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 29047386 - 29047185
Alignment:
Q  198 ttgcatgtgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctct 297  Q
    |||||||||||| || | |  |||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||    
T  29047386 ttgcatgtgatccttacatagccataaaatctgcacacatattttgttccctaagaa-atgtactaatgttttattaccatttccatgtaaagcatctct 29047288  T
Q  298 agtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttg 397  Q
    | |||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||   ||||||||||||| | | |||||| ||||    
T  29047287 aatatgaaggatgttagtagcataaatgtgcaaggtatgatcacgaccatcagtaagcaggtcaactg---ccaaacaatcactttcataaataatgttg 29047191  T
Q  398 acgtag 403  Q
    | ||||    
T  29047190 atgtag 29047185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 392
Target Start/End: Original strand, 10992931 - 10993046
Alignment:
Q  277 atttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaa 376  Q
    |||||| |||||| ||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  10992931 atttccatgtaaaacatctctaacatgaaagatgtcagtagcataagtgtgcaaggtatgatcacgactatccataatcaggtcaactgctttcaaacaa 10993030  T
Q  377 tcactcttacaaataa 392  Q
    ||||||| ||||||||    
T  10993031 tcactctcacaaataa 10993046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 337 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 6862032 - 6861970
Alignment:
Q  337 atcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgac 399  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  6862032 atcacgatcagcaataatcaggtcaactacttccaaacaactactcttacaaataatgttgac 6861970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6863643 - 6863509
Alignment:
Q  109 gagggagagttgaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgat 208  Q
    |||||||||| |||| ||||||| ||  |||| | | | | |||||||||| ||| |||||| | ||||||| ||||||||| || || ||||||||||     
T  6863643 gagggagagtcgaaactaagttctaagtttatcttttaggatgagagattctatgccagatgaagggcagtttcagtgagcagagtaccttgcatgtga- 6863545  T
Q  209 ctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttcc 247  Q
       |||||  | |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  6863544 ---tccttagcaataaaatccgcacacatattttgttcc 6863509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 17915164 - 17915100
Alignment:
Q  121 aaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagt 185  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||| |||  ||| ||||||| ||||    
T  17915164 aaattaagttccaagcttatctctcaagatgagagattccatgccaggcggagggcagtttcagt 17915100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 221 - 408
Target Start/End: Original strand, 12291798 - 12291985
Alignment:
Q  221 ataaaatctgcatacatattttgttccttaaaaatatgcacaaatgttgtattttcatttccgtgtaaatcatctctagtatgaaggatgtcagtaacat 320  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||  ||| || || ||| ||||| | |||  ||||| | |||||| |||||||| |||||||||| ||  || |||    
T  12291798 ataaaacctgcacacatattttgttctctaagaacatacaccaatgtagcattgccattttcatgtaaaacatctctaatatgaaggatctcgctagcat 12291897  T
Q  321 aagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaataacgttgacgtagccttt 408  Q
    |||||| ||| | ||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| | ||||||||    
T  12291898 aagtgtgcaatgcatgatcacggccaacgataatcagctcaactgcttccaagcaatcactctcacaaataatgttgtcatagccttt 12291985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 291 - 392
Target Start/End: Original strand, 12292017 - 12292118
Alignment:
Q  291 catctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataatcaggtcaactgcttccaaacaatcactcttacaaat 390  Q
    |||||||| |||||||||| ||| || ||||||||| ||| | ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  12292017 catctctaatatgaaggatctcactagcataagtgtgcaatgcatgatcacggccaacaataatcagctcaactgcttccaagcaatcactctcacaaat 12292116  T
Q  391 aa 392  Q
    ||    
T  12292117 aa 12292118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 247
Target Start/End: Original strand, 38697375 - 38697502
Alignment:
Q  120 gaaattaagttccaaacttatttctcaaggtgagagattcaatgtcagatggatggcagttccagtgagcaaagaacattgcatgtgatctttccttgcc 219  Q
    ||||||||||| |||  |||| ||||| | |||||||||| ||| ||||  || ||||||||||   |||| || |  |||||||||||| ||||||  |    
T  38697375 gaaattaagtttcaagtttatctctcaggatgagagattccatgccagacagagggcagttccaaccagcagagcatcttgcatgtgatccttccttagc 38697474  T
Q  220 cataaaatctgcatacatattttgttcc 247  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||    
T  38697475 tataaaatctgcagacatattttgttcc 38697502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 1362587 - 1362546
Alignment:
Q  205 tgatctttccttgcccataaaatctgcatacatattttgttc 246  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1362587 tgatctttccttagccataaaatctacatacatattttgttc 1362546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0154 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0154
Description:

Target: scaffold0154; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 291 - 353
Target Start/End: Original strand, 19503 - 19564
Alignment:
Q  291 catctctagtatgaaggatgtcagtaacataagtgtacaaggtatgatcacgaccagcaataa 353  Q
    |||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||    
T  19503 catctcta-tatgaaagatgttagtaacataagcgtgcaaggtatgatcacaaccatcaataa 19564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University