View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6131_high_41 (Length: 417)

Name: NF6131_high_41
Description: NF6131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6131_high_41
NF6131_high_41
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (10-255)||(7143841-7144086)
chr4 (43-252)||(5676962-5677173)
chr4 (30-249)||(22344406-22344627)
chr4 (324-401)||(7143699-7143776)
chr4 (323-399)||(5174496-5174573)
chr4 (323-399)||(4840949-4841026)
chr4 (367-399)||(5197237-5197269)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-252)||(2352439-2352683)
chr7 (10-255)||(14073991-14074238)
chr7 (10-255)||(14384019-14384266)
chr7 (50-252)||(30406346-30406550)
chr7 (34-255)||(18494888-18495110)
chr7 (12-73)||(2506102-2506163)
chr7 (30-89)||(18496875-18496934)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-255)||(23854346-23854597)
chr2 (144-254)||(18235541-18235653)
chr2 (50-248)||(28455476-28455675)
chr2 (50-116)||(25460903-25460969)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (43-255)||(24517892-24518106)
chr5 (54-232)||(24512314-24512494)
chr5 (38-255)||(17029035-17029254)
chr5 (35-255)||(25681656-25681877)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (43-253)||(24926982-24927194)
chr8 (44-137)||(6358852-6358945)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (10-255)||(17859247-17859493)
chr6 (101-166)||(21606793-21606858)
chr6 (10-90)||(22726925-22727005)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-255)||(13912417-13912637)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (35-255)||(16957479-16957699)
chr1 (30-179)||(31318736-31318883)
chr1 (10-89)||(9854231-9854310)
[»] scaffold0386 (2 HSPs)
scaffold0386 (10-252)||(10860-11104)
scaffold0386 (50-252)||(7870-8074)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 7144086 - 7143841
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  7144086 aatatccctacatatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgccgtgtgcctcttaaa 7143987  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaattagactcttgaacaaaagtcatatgtaacaat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7143986 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaattagactcttgaacaaaagtcatatgtaacaat 7143887  T
Q  210 tcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7143886 tcagttaaagtgcaagaattagtttatgaactctaacctagtttgc 7143841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 43 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 5677173 - 5676962
Alignment:
Q  43 ctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagat 142  Q
    |||||| |||||||||||||||  || ||||||| |||||| |||||||| |||| | ||||  ||||||| || ||||| ||||||||| |||  ||||    
T  5677173 ctccataactcaattatgaaagttatggacatatcctttgacgtcaacatctcgcattcctccaaaattgtaatataaagaaattacacttcattcagat 5677074  T
Q  143 ttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaac 240  Q
     ||||||||| ||| | ||| | || ||||||||||  ||||||||||  ||||| |||||||||| |||| || |||||| |||||||||||||| |||    
T  5677073 gtctaaccctaatatcataaagatccctaataaattaaagactcttgagaaaaagccatatgtaacgattcggtgaaagcgtaagaattagtttatgaac 5676974  T
Q  241 tctaacctagtt 252  Q
     |||||| ||||    
T  5676973 cctaaccgagtt 5676962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 30 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22344627 - 22344406
Alignment:
Q  30 attgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattac 129  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||  || ||  ||||||| ||  | ||||| | |||||| |||||||||| ||||    
T  22344627 attgctccataacctccataacaaaattatgaaagtcatggacatatcattcgacctcaacatctcatgcgcctcctgaattgttatctaaaggacttac 22344528  T
Q  130 actccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaat--tagactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaa 227  Q
    |||||| | || | ||||||||||||||||||| | ||  ||||||||   |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||||  ||||     
T  22344527 actccaagaaggtctctaaccctcataccctaatgatccgtaataaatgaaagactcttgaccaaaagttatatgtaaccattcggttaaagcataagac 22344428  T
Q  228 ttagtttattaactctaaccta 249  Q
    ||||| ||| | ||||||||||    
T  22344427 ttagtctatgacctctaaccta 22344406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 324 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 7143776 - 7143699
Alignment:
Q  324 ggattacctttgtagttgtccttaacaaagcctctgattgttgtatactagggggtgttccagaaaggttgttgtaag 401  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7143776 ggattacctctgtagttgtccttaacaaagcctccgattgtcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtaag 7143699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5174573 - 5174496
Alignment:
Q  323 aggattacctttgtagttgtccttaacaaagcctctga-ttgttgtatactagggggtgttccagaaaggttgttgta 399  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  | ||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5174573 aggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgta 5174496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 399
Target Start/End: Original strand, 4840949 - 4841026
Alignment:
Q  323 aggattacctttgtagttgtccttaacaaagcctctga-ttgttgtatactagggggtgttccagaaaggttgttgta 399  Q
    |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  | ||||  | ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4840949 aggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttgttgta 4841026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5197269 - 5197237
Alignment:
Q  367 tatactagggggtgttccagaaaggttgttgta 399  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5197269 tatactaggtggtgttccagaaaggttgttgta 5197237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 2352439 - 2352683
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| ||| || |||||||||| |||| ||   |||||| |||||||| ||| ||||||| | ||    
T  2352439 aatatccctacagatgtcggattgctccataaactccataactaaaatatgaaagccgtagatattacctttgaagtcaacatctcgtgtgcctccttaa 2352538  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaaca 207  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  2352539 ttatcatctaaaagaattacactccatgaagatgtctaaccctcataccctaagggtcgctaataaattaaagactcttgaagaaaagtcatatgtaacg 2352638  T
Q  208 attcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtt 252  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  2352639 attcggttaatgtgcaagaattagtttataaaccctaacctagtt 2352683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 14074238 - 14073991
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||| |||||| ||||| || | | || |||| ||||    
T  14074238 aatattcctacagatgtcagattactccataacctccataacttaattataaaagccatggatttatcctttgacgtcaagatctagtgttcctcctaaa 14074139  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaaca 207  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||| |||||| || |||| |||||  |||||||||| |||||| |||||||||      
T  14074138 ttttcatctaaaggaattacacttcattgagatgtctaaccctaatactctaaggatccctaacaaattaaagactcttgagcaaaagccatatgtaaag 14074039  T
Q  208 attcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  14074038 attcagttaaagcgtaagaattagtttatgaactctaaccgagtttgc 14073991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 14384266 - 14384019
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||  ||| |||||| ||||| || | | || |||| ||||    
T  14384266 aatattcctacagatgtcagattactccataacctccataacttaattataaaagccatggatttatcctttgacgtcaagatctagtgttcctcctaaa 14384167  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaaca 207  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||| |||||| || |||| |||||  |||||||||| |||||| |||||||||      
T  14384166 ttttcatctaaaggaattacacttcattgagatgtctaaccctaatactctaaggatccctaacaaattaaagactcttgagcaaaagccatatgtaaag 14384067  T
Q  208 attcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  14384066 attcagttaaagcgtaagaattagtttatgaactctaaccgagtttgc 14384019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30406550 - 30406346
Alignment:
Q  50 actcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaac 149  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||  |||||  ||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||    
T  30406550 actcaattacgaaagtcatggacatatcatttgacatcaacttctcgcgtgcatcctaaattgtcatctaaaggaattacaattcatagagatgtctaac 30406451  T
Q  150 cctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacc 247  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| ||| || || ||||| ||| ||| ||    
T  30406450 cctcataccctaaaggtacctaataaattaaagacttttgagcaaaagtcatatgtaaaaatttggttaaagcacaataactactttatgaaccctaccc 30406351  T
Q  248 tagtt 252  Q
    |||||    
T  30406350 tagtt 30406346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 255
Target Start/End: Original strand, 18494888 - 18495110
Alignment:
Q  34 ctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactc 133  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  | || | |||||| | |||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  18494888 ctccataacctccataactcaattattaaagccatgaatatgtcctttgacggcaacatctcgtgtgactcctaaattgtcatctaaaggaattacactt 18494987  T
Q  134 catggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattag 231  Q
    ||| || || ||| ||||| | |||  | ||||  ||||| ||||  ||||  ||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  18494988 cat-gatatgtctcaccctaaaacctaaggggttcctaatgaattaaagacaattgagaaaaagtcatatgtaacaattcggttaaagcgcaagaactag 18495086  T
Q  232 tttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    ||||| |||  |||||| ||||||    
T  18495087 tttataaaccttaaccttgtttgc 18495110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 2506163 - 2506102
Alignment:
Q  12 tatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagaca 73  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||||    
T  2506163 tatccctacagatgttggattgctcaataacctccataactaaattatgaaaaccattgaca 2506102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 18496934 - 18496875
Alignment:
Q  30 attgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaa 89  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  18496934 attgctccataacctccataactcgactatgaaagccatggacatatcctttgacgtcaa 18496875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Original strand, 23854346 - 23854597
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    |||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||    
T  23854346 aatatccctatagacgtcggattgctccataacctccataactcaattatgaaagccatggacatatcctttgacgtcaacatctcgtgtgcctcctaaa 23854445  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaacc--ctcataccctaagggtctctaataaatt--agactctt--gaacaaaagtcatatgt 203  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  |||| ||||||||| || |||||||| |  ||||||||  ||| |||| |||||| |    
T  23854446 ttgccaactaaagcaattacactccatggagatgtctcaccctctcacaccctaaggatccctaataaaataaagactcttgagaaaaaaaatcatatat 23854545  T
Q  204 aacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    ||  |||| |||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||    
T  23854546 aatgattcggttaaagcacaagaattaatttatgaacccaaacctagtttgc 23854597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 144 - 254
Target Start/End: Original strand, 18235541 - 18235653
Alignment:
Q  144 tctaaccctcataccctaagggtctctaataaatta--gactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaact 241  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||     
T  18235541 tctagccctcataccctaagggtctctgataaattaaagactcttgatcaaaaattatatgtaacgattcggttaaagcgcaagaattagtttataaacc 18235640  T
Q  242 ctaacctagtttg 254  Q
    |||||||||||||    
T  18235641 ctaacctagtttg 18235653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Original strand, 28455476 - 28455675
Alignment:
Q  50 actcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaac 149  Q
    ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| | |||||| ||| ||  ||| |||| | |||| ||||||||||| ||| |||| |||| |||| |    
T  28455476 actcagttatgaaagccatgaacatgttctttgacggcaacatctcgtgtaactcctaaactatcatgtaaaggaattatacttcatg-agatatctacc 28455574  T
Q  150 cctcataccctaagggtctctaataaatta--gactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacc 247  Q
    ||| |||||| | ||||| ||||| |||||  ||| ||||| ||||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||| || |||||| ||| ||||||    
T  28455575 cctaatacccaatgggtccctaatgaattaaagacacttgagcaaaagtcataggtaatgatttagttaaagcgtaagagtttgtttatgaaccctaacc 28455674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 25460969 - 25460903
Alignment:
Q  50 actcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| | | ||||||| |||||||||||    
T  25460969 actcaattatgaaagccatggacatatcctttgacgtcaacatcttgtgtgcctcctaaattgtcat 25460903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 43 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 24518106 - 24517892
Alignment:
Q  43 ctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagat 142  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||  ||  | |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  24518106 ctccataactcaattataaaagccatggacatatcctttgacgtcaacatcccgtcttcctcctaaattgtcatctaaagaaattacacttcattgagat 24518007  T
Q  143 ttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaac 240  Q
     ||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||  |||||||||| |||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | |||    
T  24518006 gtctaacccttataccctaaggatccataataaattaaagactcttgagcaaaatccatatgtaacgattcgattaaagcgcaagaattagtttgtgaac 24517907  T
Q  241 tctaacctagtttgc 255  Q
     |||| | |||||||    
T  24517906 cctaatcgagtttgc 24517892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 54 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 24512494 - 24512314
Alignment:
Q  54 aattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctc 153  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||||  ||||||| ||   |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  24512494 aattatgaaagtcatagacatatccattgaaatcaacatctcatatgcctcctaaattgtaatctaaaagaattacactccatgaagatgtctaaccctc 24512395  T
Q  154 ataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagt 232  Q
    ||| |||||||||| |||||||| |  | |||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||    
T  24512394 atagcctaagggtccctaataaactaaatactcttgaccaaaaatcatatgtaacgattcggttaaagtgcaagacttagt 24512314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 17029254 - 17029035
Alignment:
Q  38 ataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatg 137  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||| |||  | ||   ||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  17029254 ataacctccataactcgattatgaaagccatggacatatcctttgacgttgacatctcgttttccatctaaattgacatctaaaggaattacacttcatt 17029155  T
Q  138 gagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatta--gactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagttta 235  Q
    ||||| ||||||| | |||||||| || || |||||| ||||  ||||||||| ||||||  ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  17029154 gagatgtctaaccataataccctatggatccctaatatattaaagactcttgagcaaaagcaatatgtaactatttagttaaagagcaagaattagttta 17029055  T
Q  236 ttaactctaacctagtttgc 255  Q
    |  || |||||| |||||||    
T  17029054 tgtaccctaaccaagtttgc 17029035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 35 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 25681877 - 25681656
Alignment:
Q  35 tccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactcc 134  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| | |||||| | ||  || ||| ||| ||| ||||||||||  |||||||||| |||| |    
T  25681877 tccataacctccataactcaattatgaaagccatgaacatgtcctttgacgacagtatctcgtgtgactcctaaattgtcacataaaggaattgcacttc 25681778  T
Q  135 atggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatta--gactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagt 232  Q
    ||| |||| ||||||| | |||||| || |||| ||||| |||||  ||  ||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  25681777 atg-agatatctaaccttaatacccaaaaggtccctaatgaattaaagaaacttgagcaaaagccatatgtaacgattcaattaaagtgcaagaattagt 25681679  T
Q  233 ttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||| ||| | ||||| ||||||    
T  25681678 ttatgaaccccaaccttgtttgc 25681656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 43 - 253
Target Start/End: Original strand, 24926982 - 24927194
Alignment:
Q  43 ctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagat 142  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||| |   ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24926982 ctccataactcaattatgaaagccatggatatatcttttgaagtcaacatcttaggtgtctcctaaattgtcatctaaaggaattacactcgatggagat 24927081  T
Q  143 ttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaac 240  Q
     | ||||| |||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||  |||  ||||||  ||| ||   |||||||||||||||||||||||| |||    
T  24927082 atttaaccttcataccctaagggtccctcataaattaaagactcttgagaaaacatcatataaaacgatatggttaaagcgcaagaattagtttatgaac 24927181  T
Q  241 tctaacctagttt 253  Q
     ||| ||||||||    
T  24927182 cctagcctagttt 24927194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 6358945 - 6358852
Alignment:
Q  44 tccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatg 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||||   || ||  |||||   ||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6358945 tccataactcaattatgaaagccatgatcacatcttttgactgcaacatcccgtgtgactcttaaattgtcatctaaaggaattacacttcatg 6358852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 255
Target Start/End: Original strand, 17859247 - 17859493
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    ||||| || |||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| | |||||| | |||||| ||| ||| ||| ||||    
T  17859247 aatattccgacagatgtcggattactccataacctccataactcaattatgaaagccatgaacatgtcctttgacggcaacatctcgtgtgactcctaaa 17859346  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaaca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || || ||||||||| |||||| || |||  ||||| ||||  |||| |||||  |||| ||||||||||      
T  17859347 ttgtcatctaaaggaattacactacat-gatatgtctaaccctaatacccaaatggttgctaatgaattaaagacacttgagaaaaattcatatgtaatg 17859445  T
Q  208 attcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| || ||  ||||||| ||||||    
T  17859446 attcaggtaaagcgcaagatttagttcatgaatcctaaccttgtttgc 17859493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 166
Target Start/End: Original strand, 21606793 - 21606858
Alignment:
Q  101 cctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggt 166  Q
    |||||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21606793 cctcttaagttttcatctaaagaaattaaactccatggagatgtctaaccctcataccctaagggt 21606858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 22727005 - 22726925
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaac 90  Q
    ||||| ||||||||||| | ||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| || || |||| |||||| ||||||    
T  22727005 aatattcctacagatgtcggattactccataatctccataactaaattatgaaagcaatggaaatatcctttgacgtcaac 22726925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13912637 - 13912417
Alignment:
Q  36 ccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactcca 135  Q
    |||||||||| || | |||||||||||||||||  | || | |||||| | |||||| ||| ||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||    
T  13912637 ccataacctcgataagtcaattatgaaagccatgaatatgtcctttgacggcaacatctcgtgtgactcctaaattgtcacctataggaattacacttca 13912538  T
Q  136 tggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtt 233  Q
    | ||||| |  |||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||  ||||  |||||  |||| ||||||||   |||||| |||||||||||||    
T  13912537 t-gagatgtacaaccctaataccccaagggtctctaatgaattaaagacatttgagaaaaagaaatatttaacaatttgattaaagtgcaagaattagtt 13912439  T
Q  234 tattaactctaacctagtttgc 255  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||    
T  13912438 tatgaaccctaaccttgtttgc 13912417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 35 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 16957699 - 16957479
Alignment:
Q  35 tccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactcc 134  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||  |||| | |||| |    || || ||| | | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  16957699 tccataaccttcataactcaattatgaaagccatgaacatgtccttttactgaaatatctcgtgcgactcctaaattgtcatataa-ggaattacacttc 16957601  T
Q  135 atggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatta--gactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagt 232  Q
    ||| |||| ||||||||| |||||| | ||||| ||||| |||||  ||| ||||| |||||| ||||| | | || || ||||||||||||||||||||    
T  16957600 atg-agatatctaaccctaatacccaaggggtccctaatgaattaaagacacttgagcaaaagccatatattataagtcggttaaagcgcaagaattagt 16957502  T
Q  233 ttattaactctaacctagtttgc 255  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||    
T  16957501 ttatgaaccctaaccttgtttgc 16957479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 179
Target Start/End: Original strand, 31318736 - 31318883
Alignment:
Q  30 attgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattac 129  Q
    |||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||| | |||||||||| |  |||||   ||| ||||||  | ||||||||| |||| || ||||    
T  31318736 attgctccataacctcgataactaaattatgaaagtcatggccatattctttaacttcaaccgctcgtgtgccttctgaattgtcatataaa-gatttac 31318834  T
Q  130 actccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatta 179  Q
    | | |||| |||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31318835 a-ttcatgaagatgtctaagtctcataccctaagggtccctaataaatta 31318883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 9854310 - 9854231
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaa 89  Q
    ||||| |||| ||||||  |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||    
T  9854310 aatattcctatagatgtcaaattgctccataacatccataaatcaattatgaaagtcatgaacatatcctttgacgtcaa 9854231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0386 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 2)
Name: scaffold0386
Description:

Target: scaffold0386; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 10 - 252
Target Start/End: Original strand, 10860 - 11104
Alignment:
Q  10 aatatccctacagatgttgaattgctccataacctccatgactcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaa 109  Q
    ||||| || |||||||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| |||||  |||||||| |   || |||| |||     
T  10860 aatattcccacagatgtcggattactccataacctccataactcaattatgaaagctatggacatatcctttggcgtcaacatcttttgttcctcctaat 10959  T
Q  110 ttgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaaccctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaaca 207  Q
    |||  || ||||| ||||| | | ||| ||||| |||| |||| ||||| ||| | ||  |||||||||  |||||||| | |||||| |||||||||      
T  10960 ttgcaatataaagaaattaaaattcattgagatgtctatccctaataccataaagatcattaataaattaaagactctttagcaaaagccatatgtaagg 11059  T
Q  208 attcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacctagtt 252  Q
    ||||  | |||  |||||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  11060 attctttgaaaatgcaagaattagtttatgaaccctaaccgagtt 11104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0386; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 252
Target Start/End: Original strand, 7870 - 8074
Alignment:
Q  50 actcaattatgaaagccatagacatattctttgatgtcaacatgtcgcgtgcctcttaaattgtcatctaaaggaattacactccatggagatttctaac 149  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||| || | || |||||||| || ||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||    
T  7870 actcaattatgaaagctatggacatatcctttgacgtcaacatctcgtgttcatcctaaattgtaatataaagaaattacaattcattgagatgtctaac 7969  T
Q  150 cctcataccctaagggtctctaataaatt--agactcttgaacaaaagtcatatgtaacaattcagttaaagcgcaagaattagtttattaactctaacc 247  Q
    | | ||||| |||   || ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||||   |||  | ||||| ||||||||||||||  ||| ||||||    
T  7970 cttaataccataaacatccctaataaattaaagactcttgagcaaaatccataggtaatggttcgctgaaagcacaagaattagtttacgaaccctaacc 8069  T
Q  248 tagtt 252  Q
     ||||    
T  8070 gagtt 8074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University