View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6131_high_5 (Length: 836)

Name: NF6131_high_5
Description: NF6131
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6131_high_5
NF6131_high_5
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-820)||(20721056-20721875)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 20721875 - 20721056
Alignment:
Q  1 taagaagaagctggtataagcaaaactaaacagagggaaaaggagagtaaattaaacatctctttagtaactgagccaaaagagcaaaagnnnnnnnttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  20721875 taagaagaagctggtataagcaaaactaaacagagggaaaaggagggtaaattaaacatctctttagtaactgagccaaaagagcaaaagaaaaaaattc 20721776  T
Q  101 caaacagagaaactgtggttgctaataaatatggatccattcccagaagttcaagttctaaagaatggaataccaaatattaatgaaatttcaaaatttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20721775 caaacagagaaactgtggttgctaataaatatggatccattcccagaagttcaagttctaaagaatggaataccaaatattaatgaaatttcaaaatttt 20721676  T
Q  201 gtagtgagtacttatgaattgttgttttatgaacggtcaaagctacaaaactaatccttacaaagaaaagccgtatgttctaaattctaaacttctagca 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  20721675 ggagtgagtacttatgaattgttgttatatgaacggtcaaagctacaaaactaatccttacaaagaaaagtcgtatgttctaaattctaaacttctagcg 20721576  T
Q  301 atcatcacaactctcatggtctcttagaacaaggaaatatttgaaaatttctaaaagagcttattttccctcttccaatgaacaaggacatccaaacaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20721575 atcatcacaactctcatggtctcttagaacaaggaaatatttgaaaatttctaaaagagcttattttccctcttccaatgaacaaggacatccaaacaag 20721476  T
Q  401 tatctctccaaatgtgtaacatagcctccgcaaatcaaaatatcttacgtcgcccaacacaagggatgttcatgttacaagaaaatcagtatgaaattga 500  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20721475 tatctctccaaatgcgtaacatagcctccgcaaatcaaaatattttacgtcgcccaacacaagggatgttcatgttacaagaaaatcagtatgaaattga 20721376  T
Q  501 ccgtaaagtgatacaagcaactatcacctcctcatagaattcatcctccagttcctccactacagggtcattagatctgcttccatatattgaactcagc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20721375 ccgtaaagtgatacaagcaactatcacctcctcatagaattcatcctccagttcctccactacagggtcattagatctgcttccatatattgaactcagc 20721276  T
Q  601 tcttctgaacttgatgaaagactatacctctgatgaggaggtaaccctgcaagagcgcgagctacagcagctgcagcaacagctcgagctggaacctgtt 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20721275 tcttctgaacttgatgaaagactatacctctgatgaggaggtaaccctgcaagagcacgagctacagcagctgcagcaacagctcgagctggaacctgtt 20721176  T
Q  701 caacaaaaaatttagaacattaaacatgactcaaacttacagatcaaacaaggagtcttacagaccaacaaacattttaataaaaacagaacaataaccg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20721175 caacaaaaaatttagaacattaaacatgactcaaacttacagatcaaacaaggagtcttacagaccaacaaacattttaataaaaacagaacaataacca 20721076  T
Q  801 gagaacattcactgttaggt 820  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  20721075 gagaacattcactgttaggt 20721056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University