View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6134_high_1 (Length: 761)

Name: NF6134_high_1
Description: NF6134
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6134_high_1
NF6134_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-750)||(34333269-34334000)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 34334000 - 34333269
Alignment:
Q  19 agacgttgccatcataatctagactagattaattaggaactatttcaacacaacaatggtcgtgaaatgatagttctggcttatgaactttttagttcca 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34334000 agacgttgtcatcataatctagactagattaattaggaactatttcaacacaacaatggtcgtgaaatgatagttctggcttatgaactttttagttcca 34333901  T
Q  119 ttgaccaaaaattgcaccaaggtccccaagaatttgatggactcattaagcactctcattcaaagtcataatacatttgatggacaccaactcaattatg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  34333900 ttgaccaaaaattgcaccaaggtccccaagaatttgatggactcattaagtactctcattcaaagtcataatacatttgatggacaccaccttaattatg 34333801  T
Q  219 taccgtggaataaaattttaaaaatgattatttgggaccacggtgcggattgggacaccaaattaaattttgacctatttctatactaaacacccatatc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34333800 taccgtggaataaaattttaaaaatgattatttgggaccacggtgtggattgggacaccaaattaaattttgacctatttctatactaaacacccatatc 34333701  T
Q  319 cacttcaaagtaatccaaacgctcagggtgcaatcacacgagaaatttgacgatgatccactctgagcgtcaaggaacttttccaccaagttaccttgac 418  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34333700 cacttcaaagtaactcaaacgctctgggtgcaatcacacgagaaatttgacgatgatccactctgagcgtcaagaaacttttccaccaagttaccttgac 34333601  T
Q  419 acctcaaatgtatatgcgagaatattctttcaaaatcaatttacacatacatcaaatgtaccactctaactcatcaatcacttattgagttaaatttcaa 518  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34333600 acctcaaatgtatatacgagaatattctttcaaaatcaatttacacatacatcaaatgtaccactctaactcaacaatcacttattgagttaaatttcaa 34333501  T
Q  519 agtacatgaaagtaagggtgagaataaaccaacgaatatgatcctactatttagtctacatcagacccaaatcaaaccaannnnnnnncttacaaaatta 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||    
T  34333500 agtacatgaaagtaagggtgagaataaaccaacgaatatgatcctacgatttagtctacatcagacccaaatcaaaccaattttttttcttacaaaatta 34333401  T
Q  619 aaagatatgtcaaattaagtatttatttgaaaacattcatatgaaataaacaaactaataaatttgtttgtttttacgaacccgtgcttcaagtacaaca 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34333400 aaagatatgtcaaattaagtatttatttgaaaacattcatatgaaataaacaaactaataaatttgtttgtttttacgaacccgtgcttcaagtacaaca 34333301  T
Q  719 ttccgttggaaaactcacgccatattccttca 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34333300 ttccgttggaaaactcacgccatattccttca 34333269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University