View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6142_low_1 (Length: 406)

Name: NF6142_low_1
Description: NF6142
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6142_low_1
NF6142_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-400)||(38965824-38966223)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-400)||(35600303-35600702)
chr2 (1-400)||(40656105-40656504)
chr2 (1-400)||(37363985-37364384)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-400)||(18334410-18334809)
chr7 (1-263)||(38702728-38702990)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-400)||(4443500-4443899)
chr6 (1-400)||(13512217-13512616)
chr6 (1-223)||(28694555-28694777)
chr6 (1-110)||(10082247-10082356)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-400)||(33886912-33887311)
chr5 (1-400)||(37567325-37567703)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-400)||(33901456-33901855)
chr3 (1-256)||(26249191-26249446)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-400)||(34676485-34676883)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (1-341)||(1-341)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-400)||(9764075-9764473)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 38965824 - 38966223
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965824 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 38965923  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965924 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 38966023  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966024 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 38966123  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38966124 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 38966223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 35600702 - 35600303
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600702 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 35600603  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600602 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 35600503  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600502 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 35600403  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35600402 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 35600303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 40656504 - 40656105
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656504 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 40656405  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656404 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 40656305  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656304 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 40656205  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40656204 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 40656105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 37363985 - 37364384
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  37363985 tcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactctgctgcc 37364084  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364085 caacaccttgctcattcctattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccacctcatggatcag 37364184  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364185 gtcctgttgggtttgcatatgggaaacaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcattttgggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 37364284  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37364285 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttcttctcac 37364384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 18334410 - 18334809
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334410 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 18334509  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334510 caacaccttgctcattcatattccagccttgatcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 18334609  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334610 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 18334709  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18334710 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 18334809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 263
Target Start/End: Original strand, 38702728 - 38702990
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702728 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 38702827  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702828 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 38702927  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 263  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702928 gtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccg 38702990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 4443500 - 4443899
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443500 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 4443599  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443600 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 4443699  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443700 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 4443799  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4443800 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 4443899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 13512616 - 13512217
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512616 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 13512517  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512516 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 13512417  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512416 gtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 13512317  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13512316 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 13512217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 28694777 - 28694555
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694777 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 28694678  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694677 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 28694578  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatggg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  28694577 gtcctgttgggtttgcatatggg 28694555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 10082247 - 10082356
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||||||    
T  10082247 tcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttccactccgctgcc 10082346  T
Q  101 caacaccttg 110  Q
    ||||||||||    
T  10082347 caacaccttg 10082356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 33886912 - 33887311
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886912 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 33887011  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887012 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 33887111  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887112 gtcctgctgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 33887211  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33887212 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaggtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 33887311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 37567325 - 37567703
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567325 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 37567424  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567425 caacacct---------------------tgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 37567503  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567504 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 37567603  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37567604 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggaagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 37567703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 33901456 - 33901855
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33901456 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcttccgcatcatcatcacacactagaggagccctcacactctctcggcttccactatgctgcc 33901555  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901556 caccaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 33901655  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33901656 ctcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccggatttctggagtgagctcaggttgccgagaagaaccc 33901755  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33901756 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttctcac 33901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 26249446 - 26249191
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249446 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacaccctggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 26249347  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249346 caacaccttgctcattcatattcaagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 26249247  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249246 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatca 26249191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 34676485 - 34676883
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676485 tcatcatcttcgccctcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcagcacaaactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 34676584  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676585 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaat-tgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 34676683  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676684 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 34676783  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  34676784 tccccaacattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttcttctcac 34676883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 341 - 1
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  341 tcatcctcttcgccctcaccatacacttcataggggtcatccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 242  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  241 taataccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 142  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  141 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 42  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 9764473 - 9764075
Alignment:
Q  1 tcatcctcttcgccatcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacactctctcggcttccactctgctgcc 100  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||| |||||||    
T  9764473 tcatcatcttcgcc-tcaccatacacttcataggggtcgtccgcatcatcatcacacactggaggagccctcacattttgtcggcttctactatgctgcc 9764375  T
Q  101 caacaccttgctcattcatattccagccttgctcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattctcgttgcttcctaaccacctcatggatcag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9764374 caacaccttgctcattcctattccagccttgttcttgcctaaatgtgtccaactgagagtctaggaattcttgttgcttcctaaccaccttctggatcag 9764275  T
Q  201 gtcctgttgggtttgcatatgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcagatcccgcatttctggagtgagctcaggttgccgagaagagccc 300  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9764274 ctcttgttgggtttgcatttgggcagcaagctgttcttgagtcaacctagtgatcatatcccgcatttcgggagtgagctcaggttgccgacaagagccc 9764175  T
Q  301 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgccccttcttcttatcac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9764174 tccccagcattaagggtcaactttagagtggtagcaacacccttgcggtagtttccagctaagtttcctgcaccgtacaatcgcccctttttcttctcac 9764075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University