View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6144_low_2 (Length: 518)

Name: NF6144_low_2
Description: NF6144
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6144_low_2
NF6144_low_2
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (7-501)||(18013753-18014247)
chr8 (8-501)||(43444117-43444610)
chr8 (221-378)||(21024836-21024993)
chr8 (228-378)||(19967816-19967966)
chr8 (228-405)||(32527902-32528079)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (8-501)||(8988544-8989037)
chr7 (8-501)||(43585429-43585922)
chr7 (8-501)||(35966857-35967350)
chr7 (8-501)||(35988269-35988762)
chr7 (221-378)||(29870497-29870654)
chr7 (164-200)||(30507122-30507158)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-501)||(26256579-26257060)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-501)||(16941549-16942042)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (221-378)||(20783655-20783812)
chr1 (221-378)||(29472060-29472217)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 18014247 - 18013753
Alignment:
Q  7 tccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcact 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18014247 tccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtttgaatttctcaaccaaccttgtatcatctccggtcact 18014148  T
Q  107 aaaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactca 206  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18014147 aaaagatcataaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacgtaaagagtggactcagataaactttttacaaagcctatactca 18014048  T
Q  207 tcaagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcat 306  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18014047 tcaagtgatcatttatcctgctgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcat 18013948  T
Q  307 cacaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18013947 cacaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttga 18013848  T
Q  407 gtagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18013847 gcagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 18013753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 43444610 - 43444117
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  43444610 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatctgtcatttcaaaagcctacatcatttcttgtttgaactcttcaaccagccttgtaccatctccggtcacta 43444511  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| | || ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||     
T  43444510 acatatcatcaacatagagagaaactatcaaaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataagcttttctcaaagcctatgttcaa 43444411  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  43444410 cagatgatcatttatcctactgtaccaagctcttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 43444311  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  43444310 acgaatccatcaggctgctccacatatatttcttcctgtaaaactccatttagaaaggctgatttgacatctaactgaaagactttccagcccttttgag 43444211  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  43444210 cagcaactgccaacaccaatctaattgtatccaatcttgacacaagtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatatatgcatacccttt 43444117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Original strand, 21024836 - 21024993
Alignment:
Q  221 atcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgg 320  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||| ||  ||||| || || |    
T  21024836 atcctgctgtaccaagctcttggagcttgtttcaaaccatacaaggccttcttcaatagatagaccttatcttcatgccctttcacaacaaaaccttcag 21024935  T
Q  321 gctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatc 378  Q
    | ||||| |||||||| ||||| | || || |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  21024936 gttgctcaacatatatttcttcctctagaaatccatttaaaaatgctgacttgacatc 21024993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 228 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 19967966 - 19967816
Alignment:
Q  228 tgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgggctgctc 327  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||| ||  ||||| || || || |||||    
T  19967966 tgtaccaagctcttggagcttgtttcaagccatacaaggccttcttcaatagatagaccttatcttcatgccctttcacaacaaaaccttcaggttgctc 19967867  T
Q  328 cacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatc 378  Q
     |||||||| ||||| | || || |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  19967866 aacatatatttcttcctctagaaatccatttaaaaatgctgacttgacatc 19967816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 228 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 32528079 - 32527902
Alignment:
Q  228 tgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgggctgctc 327  Q
    |||||||||| |||||||| || || || |||||||| || || || |  ||||| || || |||||||| |||| | ||| ||| || || ||||| ||    
T  32528079 tgtaccaagctcttggtgcctgcttcaatccataaagagccttcttaagaagataaaccttgtcttcttcccctttcttcataaagccttcaggctgttc 32527980  T
Q  328 cacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttg 405  Q
     ||||| || |||||||| || |  ||||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||| ||| ||||    
T  32527979 aacataaatttcttcttgcaagaaaccatttaaaaaagctgatttaacatccaactggtatactttccaacccttttg 32527902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 8989037 - 8988544
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| |  ||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  8989037 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatctgtcatttcaaaagccttcatcatttcttgtttgaactcttcaacgagccttgtatcatctccggtcacta 8988938  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||     
T  8988937 acatatcatcaacatagagagaaactatcagaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataagcttttctcaaagcctatgttcaa 8988838  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  8988837 catatgatcatttatcctactgtaccaagcttttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 8988738  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8988737 acgaatccatcaggctgctccacatatatttcttcctgtaaaactccatttagaaaggctgatttgacatctaactgaaagactttccagcccttttgag 8988638  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  8988637 cagcaactgccaacaccaatctaattgtatccaatcttgacacaggtgcaaacgtgtcagaataatcaacaccaaaaatatatgcatacccttt 8988544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 43585922 - 43585429
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| |  ||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  43585922 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatctgtcatttcaaaagccttcatcatttcttgtttgaactcttcaacgagccttgtatcatctccggtcacta 43585823  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||     
T  43585822 acatatcatcaacatagagagaaactatcagaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataagcttttctcaaagcctatgttcaa 43585723  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  43585722 catatgatcatttatcctactgtaccaagcttttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 43585623  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  43585622 acgaatccatcaggctgctccacatatatttcttcctgtaaaactccatttagaaaggctgatttgacatctaactgaaagactttccagcccttttgag 43585523  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  43585522 cagcaactgccaacaccaatctaattgtatccaatcttgacacaggtgcaaacgtgtcagaataatcaacaccaaaaatatatgcatacccttt 43585429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Original strand, 35966857 - 35967350
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||  | | ||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  35966857 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatcgatcatttcaaaaaccttcatcatttcttgtttgaactcttcaaccagccttgtatcatctccggtcagta 35966956  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||     
T  35966957 acatatcatcaacatagagagaaactatcagaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataagcttttctcaaagcctatgttcaa 35967056  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  35967057 cagatgatcatttatcctactgtaccaagctcttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 35967156  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  35967157 acgaatccctcaggctgctccacatatatttcttcctgtaaaactccatttagaaagcctgatttgacatctaactgaaagactttctagcccttttgag 35967256  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35967257 cagcaattgccaacaccaatctaattgtatccaatcttgacacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatctgtgcatacccttt 35967350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Original strand, 35988269 - 35988762
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||  | | ||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  35988269 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatcgatcatttcaaaaaccttcatcatttcttgtttgaactcttcaaccagccttgtatcatctccggtcagta 35988368  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||  ||||||||||  |||     
T  35988369 acatatcatcaacatagagagaaactatcagaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataagcttttctcaaagcctatgttcaa 35988468  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  35988469 cagatgatcatttatcctactgtaccaagctcttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 35988568  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  35988569 acgaatccctcaggctgctccacatatatttcttcctgtaaaactccatttagaaagcctgatttgacatctaactgaaagactttctagcccttttgag 35988668  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35988669 cagcaattgccaacaccaatctaattgtatccaatcttgacacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatctgtgcatacccttt 35988762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 29870654 - 29870497
Alignment:
Q  221 atcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgg 320  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||| ||  ||||| || || |    
T  29870654 atcctgttgtaccaagctcttggagcttgtttcaaaccatacaaggccttcttcaatagatagaccttatcttcatgccctttcacaacaaaaccttcag 29870555  T
Q  321 gctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatc 378  Q
    | ||||| |||||||| ||||| | || || |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  29870554 gttgctcaacatatatttcttcctctagaaatccatttaaaaatgctgacttgacatc 29870497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 164 - 200
Target Start/End: Original strand, 30507122 - 30507158
Alignment:
Q  164 taaagagtggactcagataaactttttgcaaagccta 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  30507122 taaagagtggattcagataaacttttagcaaagccta 30507158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 26257060 - 26256579
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26257060 ccaagaaagtaagtcataagaccaagatctgtcatttcaaaagccttcatcatttcttgtttgaactcttcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 26256961  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| ||||| |||||            ||||||  | |     
T  26256960 acatatcatcaacatagagagaaactatcagaacattgtttcccttatgcttcacataaagagttgactcggataa------------gcctatgttgaa 26256873  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
    ||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |    
T  26256872 cagatgatcatttatcctactgtaccaagctcttggtgcttgttttaagccataaagagcctttttgagtagataaactttatcttctttaccttgcacc 26256773  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  26256772 acgaatccctcaggctgctccacatatatttcttcctataaaactccatttagaaaggctgatttgacatctaactgaaagactttctagcccttttgag 26256673  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26256672 cagcaactgccaacaccaatttaattgtatccaatcttgacacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatctgtgcatacccttt 26256579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 16942042 - 16941549
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatatgtcataagaccaagatctgtcatttcaaatgcttgcatcatttcttgtctgaattgctcaaccaaccttgtatcatctccagtcacta 107  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16942042 ccaagaaagtaggtcataagaccaagatctgtcatttcgaaagcctgcatcatttcttgtttgaactcttcaaccagccttgtatcatctccggtcacta 16941943  T
Q  108 aaagatcatcaacatagagagaaactatgagaatattatttcctgtatgtttcacataaagagtggactcagataaactttttgcaaagcctatactcat 207  Q
    | | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |  |||| ||||||||||||||||||| | |||  |||||  |||| |||||| |||     
T  16941942 acatatcatcaacatagagggaaactatcagaagattattttccttatgcttcacataaagagtggacttatataggcttttcacaaatcctatattcaa 16941843  T
Q  208 caagtgatcatttatcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatc 307  Q
     |  ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||| |  ||||||||||| ||||| | |||||| |||||||||| || ||||||||      
T  16941842 tagatgatcatttatcctactgtaccaagcccgtagtgcttgtttgaggccataaagggcctttttgagtagataaactttatcttatttaccttgcaca 16941743  T
Q  308 acaaatccctcgggctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatctaactgaaatactttccagcccctttgag 407  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | |||||||| || |||||| || |||||||| ||| | ||||    
T  16941742 acaaatccctctgactgctccacatatatttcttcttgtaaaactccatgtaaaaaggttgatttgagatttaactggaacactttccatcccttctgag 16941643  T
Q  408 tagcaactgctaacaccaatctaattgtgtctaatctggatacaggtgcaaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 501  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16941642 cagcaaccactaacaccaatctaattgtatctaatcttgatacaggtgcgaaagtgtcagaataatcaacaccaaaaatttgtgcatacccttt 16941549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Original strand, 20783655 - 20783812
Alignment:
Q  221 atcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgg 320  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||| ||  ||||| || || |    
T  20783655 atcctgctgtaccaagctcttggagcttgtttcaaaccatacaaggccttcttcaatagatagaccttatcttcatgccctttcacaacaaaaccttcag 20783754  T
Q  321 gctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatc 378  Q
    | ||||| |||||||| ||||| | || || |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  20783755 gttgctcaacatatatttcttcctctagaaatccatttaaaaatgctgacttgacatc 20783812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 29472217 - 29472060
Alignment:
Q  221 atcctgttgtaccaagcccttggtgcttgttttaacccataaagggcttttttcaatagatagactttatcttcttcaccttgcatcacaaatccctcgg 320  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||| ||  ||||| || || |    
T  29472217 atcctgctgtaccaagctcttggagcttgtttcaaaccatacaaggccttcttcaatagatagaccttatcttcatgccctttcacaacaaaaccttcag 29472118  T
Q  321 gctgctccacatatatctcttcttgtaaaactccattcaaaaaagctgatttgacatc 378  Q
    | ||||| |||||||| ||||| | || || |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  29472117 gttgctcaacatatatttcttcctctagaaatccatttaaaaatgctgacttgacatc 29472060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University