View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6152_low_1 (Length: 1425)

Name: NF6152_low_1
Description: NF6152
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6152_low_1
NF6152_low_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (18-1417)||(23852021-23853420)
chr2 (18-1238)||(23751320-23752535)
chr2 (18-1168)||(22618713-22619863)
chr2 (18-433)||(20573044-20573459)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1392; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1417
Target Start/End: Original strand, 23852021 - 23853420
Alignment:
Q  18 agtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctcaatatggtttacatgattccatgacagat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852021 agtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctcaatatggtttacatgattccatgacagat 23852120  T
Q  118 tgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaaggttaagcaattccaaagaagtcaaatttcgaag 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852121 tgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaaggttaagcaattccaaagaagtcaaatttcgaag 23852220  T
Q  218 agctaatggaagtgagccattaagagcatttcttcgaagataaagatgttgaagtttggcacaattactcaaccaaaatggaactgaactaagactattg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852221 agctaatggaagtgagccattaagagcatttcttcgaagataaagatgttgaagtttggcacaattactcaaccaaaatggaactgaactaagactattg 23852320  T
Q  318 ttagaaaggacaataacttcaacggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctgcaagattgagtgtcttaatactag 417  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852321 ttagaaaggacaataactttaacggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctgcaagattgagtgtcttaatactag 23852420  T
Q  418 aaaagtttgtgtaactaactagtttatgatcactactgtgcatcttggttatgctgcagttcatcaagtctaattctaacaaagaaggaatcatgttaag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852421 aaaagtttgtgtaactaactagtttatgatcactactgtgcatcttggttatgctgcagttcatcaagtctaattctaacaaagaaggaatcatgttaag 23852520  T
Q  518 tacgaagaacaaattttgtgccctcccaagaaaaacatcactcaggtaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852521 tacgaagaacaaattttgtgccctcccaagaaaaacatcactcaggtaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgt 23852620  T
Q  618 aaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttccaaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852621 aaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttccaaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaa 23852720  T
Q  718 attgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaattgaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852721 attgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaattgaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatg 23852820  T
Q  818 agcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacagtttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtca 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852821 agcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacagtttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtca 23852920  T
Q  918 atttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaa 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852921 atttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaa 23853020  T
Q  1018 agcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaaccaaatgatgaatggccacaggaacatagtaacatgaaatatgtactcaaaag 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853021 agcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaaccaaatgatgaatggccacaggaacatagtaacatgaaatatgtactcaaaag 23853120  T
Q  1118 tgaaacaactgaaaaagcaaaactttggtttctatccatatttaagggaagagactgaagcagagctgcaagtcgggtgggcacaacacaaccgtgacac 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853121 tgaaacaactgaaaaagcaaaactttggtttctatccatatttaagggaagagactgaagcagagctgcaagtcgggtgggcacaacacaaccgtgacac 23853220  T
Q  1218 aaccaacacaacttaaataggcatctcattttattatgtcctttcatttgttcatttttatatttggaacgagtcatgttgatgttctatttccgtgcat 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23853221 aaccaacacaacttaaataggcatctcattttattatgtcctttcatttgttcatttttatatttggaacgagtcatgttgatgttctatttccgtgcat 23853320  T
Q  1318 atcttgagcacttatttatatttggggacaccttatattcaaacacaattgagtctctatgtaattgaactctagttaattggtatctatgatgatgtcc 1417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23853321 atcttgagcacttatttatatttggggacaccttatattcaaacacaattgagtctctatgtaattgaactctagttaattggtatctatgttgatgtcc 23853420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1238
Target Start/End: Original strand, 23751320 - 23752535
Alignment:
Q  18 agtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctcaatatggtttacatgattccatgacagat 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  23751320 agtcggtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgctggtatagaaccctcaatatggttcacatgattccatgaaatat 23751419  T
Q  118 tgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaaggttaagcaattccaaagaagtcaaatttcgaag 217  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||| |||    
T  23751420 tgaggtacaaaagactctctaacccatctaaccattttggaacagattcaattttgttttgggaaaggtctagctatttcaaggaagtcaaatttctaag 23751519  T
Q  218 agctaatggaagtgagccattaagagcatttcttcgaagataaagatgttgaagtttggcacaattactcaaccaaaatggaactgaactaagactattg 317  Q
    |||| |||||| ||| || ||||||||||| |||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23751520 agcttatggaactgaacctttaagagcattgcttccaagataaagatagtcaagtttggcacaattactcaaccaaattggaactgaactaatactattg 23751619  T
Q  318 ttagaaaggacaataacttcaacggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctgcaagattgagtgtcttaatactag 417  Q
    |||||||||  ||||  |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  23751620 ttagaaaggttaatattttcaattgaagtcatgtttctaaaagcattcagatctggaccatcaagtctattatctgcaagattgagtgatttaatactag 23751719  T
Q  418 aaaagtttgtgtaactaactagtttatgatcactactgtgcatcttggttatgctgcagttcatcaagtctaattctaacaaagaaggaatcatgttaag 517  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  23751720 aaaaatttgtgtaactaacaagttgttgatcatgactgtgcatcttggttatgcttcagttcttcaattctaattctatcaaagaaggaagcatggtaag 23751819  T
Q  518 tacgaagaacaaattttgtgccctcccaagaaaaacatcactcaggtaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgt 617  Q
    |||   ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  23751820 taccttgaataaattttgtgccttcccaagaaaaacatcactcatttaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaatttacatcatcagagtgt 23751919  T
Q  618 aaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttccaaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaa 717  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||| ||| |||||| |    
T  23751920 aaataagaatttaaactgagatcaagaaagttcaattttgtgaggtttctaaggttatttgggattattccactcaaattggaatcagagatagaaagga 23752019  T
Q  718 attgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaattgaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatg 817  Q
    ||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || || | |||| |    
T  23752020 attttaactgattcattaaatggataaatgttggtattggacttgaatttaaattgtttccactaaggtctaaattactaagatttttaaaatttgaaag 23752119  T
Q  818 agcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacagtttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtca 917  Q
    ||  | |||||| |   |||||| |||||||  |||||   | | ||||||||| | | ||| || || | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23752120 agatgtatggatttctggagctttaagcttattttttgttaatgaacagtttgattgatatttttttcttctttgtgggtagcatggattcctaaggtca 23752219  T
Q  918 atttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaa 1017  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  23752220 attttaacaacatgacctgtaatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacattcatttccttcccaagaggaaagtcttaatgatgtatcattaa 23752319  T
Q  1018 agcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaaccaaatgatgaatggccacaggaacatagtaacatgaaatatgtactcaaaag 1117  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  23752320 agcttcctttgagttcaagaagtgcttgcctctcttgttctatgcaaccaaatgatgaatggctactagaacatagtaacatgaaacatgtgctcaaaag 23752419  T
Q  1118 tgaaacaactgaaaaagcaaaactttggtttctatccatatttaagggaagagactgaagcagagctgcaagtcgggtgggcacaacacaaccgtgacac 1217  Q
     ||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||  |||| |||| |||||||     |||||| | ||| |    
T  23752420 ggaaacaacaacaaaagcataactttggtttctatgcatatttgagggaagtgaatgaagcaacgctgtaagttgggtggg-----cacaacggggactc 23752514  T
Q  1218 aaccaacacaacttaaatagg 1238  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  23752515 aaccaacacaacttaaatagg 23752535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1168
Target Start/End: Original strand, 22618713 - 22619863
Alignment:
Q  18 agtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctcaatatggtttacatgattccatgacagat 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |   ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  22618713 agtcggtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtattgaaccctcaatatggttcacatgattccatgaaatat 22618812  T
Q  118 tgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaaggttaagcaattccaaagaagtcaaatttcgaag 217  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| ||| ||||||||||||| |||    
T  22618813 tgaggtacaaaagactctctaacccatctaaccattttggaacagattcaattttgttttgggaaaggtctagctatttcaaggaagtcaaatttctaag 22618912  T
Q  218 agctaatggaagtgagccattaagagcatttcttcgaagataaagatgttgaagtttggcacaattactcaaccaaaatggaactgaactaagactattg 317  Q
    |||| |||||| ||| || ||||||||||| |||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  22618913 agcttatggaactgaacctttaagagcattgcttccaagataaagatagtcaagtttggcacaattactcaaccaaattggaactgaactaatactattg 22619012  T
Q  318 ttagaaaggacaataacttcaacggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctgcaagattgagtgtcttaatactag 417  Q
    |||||||||  ||||  |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  22619013 ttagaaaggttaatattttcaattgaagtcatgtttctaaaagcattcagatctggaccatcaagtctattatctgcaagattgagtgatttaatactag 22619112  T
Q  418 aaaagtttgtgtaactaactagtttatgatcactactgtgcatcttggttatgctgcagttcatcaagtctaattctaacaaagaaggaatcatgttaag 517  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  22619113 aaaaatttgtgtaactaacaagttgttgatcatgactgtgcatcttggttatgcttcagttcttcaattctaattctatcaaagaaggaagcatggtaag 22619212  T
Q  518 tacgaagaacaaattttgtgccctcccaagaaaaacatcactcaggtaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgt 617  Q
    |||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  22619213 taccttgaataaattttgtgccttcccaagaaaaacatcactcaagtaaaggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaatttacatcatcagagtgt 22619312  T
Q  618 aaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttccaaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaa 717  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||| ||| |||||| |    
T  22619313 aaataagaatttaaactgagatcaagaaagttcaattttgtgaggtttctaaggttatttgggattattccactcaaattggaatcagagatagaaagga 22619412  T
Q  718 attgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaattgaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatg 817  Q
    ||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || || | |||| |    
T  22619413 attttaactgattcattaaatggataaatgttggtattggacttgaatttaaattgtttccactaaggtctaaattactaagatttttaaaatttgaaag 22619512  T
Q  818 agcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacagtttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtca 917  Q
    ||  | |||||| |   |||||| |||||||  |||||   | | ||||||||| | | ||| || || | |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22619513 agatgtatggatttctggagctttaagcttattttttgttaatgaacagtttgattgatatttttttcttctttgtgggtagcatggattcctaaggtca 22619612  T
Q  918 atttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaa 1017  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  22619613 atttttataacatgacctgtaatgttgctgcaacttatacctttccatttacaacattcatttccttcccaagaggaaagtcttaatgatgtatcattaa 22619712  T
Q  1018 agcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaaccaaatgatgaatggccacaggaacatagtaacatgaaatatgtactcaaaag 1117  Q
    |||||||||||| | | | |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  22619713 agcttcctttgagtgctaaaagagcttgcctctcttgttctaagcaaccaaatgatgaatggctactagaacatagtaacatgaaacatgtgctcaaaag 22619812  T
Q  1118 tgaaacaactgaaaaagcaaaactttggtttctatccatatttaagggaag 1168  Q
     ||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  22619813 ggaaacaacaacaaaagcataactttggtttctatgcatatttgagggaag 22619863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 18 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 20573459 - 20573044
Alignment:
Q  18 agtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctcaatatggtttacatgattccatgacagat 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |   |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  20573459 agtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtatagaaccctcaatatggttcacatgattccatgaaatat 20573360  T
Q  118 tgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaaggttaagcaattccaaagaagtcaaatttcgaag 217  Q
    |||| |||||||  ||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||||    
T  20573359 tgaggtacaaaatactctttaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttgttttgggaaaggtcaagcaacgtcaaggaagtcaaatttcgaag 20573260  T
Q  218 agctaatggaagtgagccattaagagcatttcttcgaagataaagatgttgaagtttggcacaattactcaaccaaaatggaactgaactaagactattg 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||| ||||||     ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |  ||||||    
T  20573259 agctaatggaagtgagccattgagagcattgcttccgagagaaagataacccagttttgcacaattacctaaccaaaatggaactgaactgattctattg 20573160  T
Q  318 ttagaaaggacaataacttcaacggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctgcaagattgagtgtcttaatactag 417  Q
    ||||||||| |||||  |||||  |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20573159 ttagaaaggtcaatagtttcaattgaagtcatgtttctaaaagcattcagatttggaccattaagtccattatctgcaagattgagtgacttaatgctag 20573060  T
Q  418 aaaagtttgtgtaact 433  Q
    |||| |||||||||||    
T  20573059 aaaaatttgtgtaact 20573044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University