View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6154_high_9 (Length: 346)

Name: NF6154_high_9
Description: NF6154
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6154_high_9
NF6154_high_9
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-346)||(5502419-5502764)
chr2 (1-346)||(5486605-5486947)
chr2 (1-294)||(5478482-5478775)
chr2 (2-346)||(5468846-5469187)
chr2 (2-237)||(5491606-5491841)
chr2 (1-278)||(5497378-5497655)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 5502419 - 5502764
Alignment:
Q  1 cattgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  5502419 cattgatctctctaagaataatctttctggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctgaatttgtcctggaatcacctaact 5502518  T
Q  101 tgggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctcca 200  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5502519 ggggaattaccaaacaacattggattattaacaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtcccattcctcaaagcatggcctcca 5502618  T
Q  201 tgacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatgtccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaattaatgc 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  5502619 tgacattcctaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatggctaatcagtttgccaccttcaatgagccatcaatttatga 5502718  T
Q  301 aggcaacacagggctttgtggacaccctttgccaacaaattgctca 346  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5502719 aggcaacccggggctttgtggacatcctttgccaactgattgctca 5502764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 5486605 - 5486947
Alignment:
Q  1 cattgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  5486605 cattgatctctctaagaataatctttctggagagataccagagaagatagcacagttgattcacctaggtgccctgaatttgtcttggaatcagctaact 5486704  T
Q  101 tgggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctcca 200  Q
     || | ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| | || |||| ||||||||| ||||    
T  5486705 gggaacatacccaacaacattggatcattaacaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatatttcaggttcaatccctccaagcatggcttcca 5486804  T
Q  201 tgacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatgtccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaattaatgc 300  Q
    | |||||    || | ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||  || | ||||| |||  |||||||||||||| ||||    |||     
T  5486805 ttacatttttgagccttttgaacttatcatacaacaacctttctggacaaattccagtggctaatcaatttggcaccttcaatgagctatca---tatgt 5486901  T
Q  301 aggcaacacagggctttgtggacaccctttgccaacaaattgctca 346  Q
    ||||||  |||| |||||||| || |||||||| || |||||||||    
T  5486902 aggcaatgcaggactttgtggccatcctttgccgactaattgctca 5486947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 5478482 - 5478775
Alignment:
Q  1 cattgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaact 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| |||    
T  5478482 cattgatctctctaagaattatctttctggagagataccagagaagataacacagctgattcacttaggtgctctgaatttgtcctggaatcagcttact 5478581  T
Q  101 tgggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctcca 200  Q
     || | ||||| || |||||||||| | ||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||  |||| |  | |||| ||||||||| || |    
T  5478582 gggaatatacccaataacattggatcactaatagatttagaaaatcttgacctttcacataataatctttcaggtccagtccctccaagcatggcttcaa 5478681  T
Q  201 tgacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatgtccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaat 294  Q
    ||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  5478682 tgacattcttgagtcatttgaatttgtcatacaacaatctttcagaacaaattccgatggctaatcagtttggcaccttcaatgagccagcaat 5478775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 346
Target Start/End: Original strand, 5468846 - 5469187
Alignment:
Q  2 attgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaactt 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||| |||     
T  5468846 attgatctctcgaagaataatctttctggagagataccagagaagataacacaactgtttcacttaggtgctctgaatttgtcttggaatcagcttactg 5468945  T
Q  102 gggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctccat 201  Q
    |  | ||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||   ||| | || |||   |||||||| |||||    
T  5468946 gaaatatacccaacaacattggatcacaaagagatttagaaaatcttgacctttcacataacaatctttccggtccaatccctgcgagcatggcttccat 5469045  T
Q  202 gacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatgtccaatcagttttccaccttcaatgagccatcaattaatgca 301  Q
    ||||| |   ||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |   | |||||||||  |||||||||||||| ||||    ||| |    
T  5469046 gacatccttgagttatttgaacttgtcctacaacaacctctctggacaaattccaacagctaatcagtttggcaccttcaatgagctatca---tatgta 5469142  T
Q  302 ggcaacacagggctttgtggacaccctttgccaacaaattgctca 346  Q
    ||||||  ||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||    
T  5469143 ggcaaccaagggctttgtggggatcctttgccaactaattgctca 5469187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 5491606 - 5491841
Alignment:
Q  2 attgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaactt 101  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||| |||     
T  5491606 attgatttctctaagaattatctttctggagagataccagagaacataacacaactgattcacttgggcgctctaaatttgtcctggaatcagcttactg 5491705  T
Q  102 gggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctccat 201  Q
    || | ||||| | ||| ||||||| | ||| | ||||||||  |||||| |||||||| ||| |||||  |||| | || |||| || |||||| |||||    
T  5491706 ggaatatacccagcaagattggatcactaacagatttagaatatcttgatctttcacataacaatctttcaggtccaatccctccaaacatggcttccat 5491805  T
Q  202 gacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaa 237  Q
    |||||| |  |||| |||||||||||||||||||||    
T  5491806 gacatttctgagtcgtttgaacttgtcatacaacaa 5491841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Original strand, 5497378 - 5497655
Alignment:
Q  1 cattgatctctctaagaataatctttccggagagatacccgagaagataatacaactgattcacctaggtgccctaaatttatcctggaatcagctaact 100  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||| ||| || |||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||    
T  5497378 cattgatctttctaagaatgatctttctggagagattccagtgaagataacacagctaattcacctaggtgctctgaatctgtcatggaatcagctaact 5497477  T
Q  101 tgggaaataccaaacaacattggattattaagaaatttagaaagtcttgacctttcacacaaccatcttataggtaccattcctcaaagcatggcctcca 200  Q
     || | ||||| |   ||||||||||| ||| | |||||||||  |||||| ||||||| ||| | |||   ||| | || |||| ||  ||||| ||||    
T  5497478 gggaatatacctagtgacattggattactaaaagatttagaaaaccttgacttttcacataacaacctttcgggtcctatccctccaactatggcttcca 5497577  T
Q  201 tgacattcccaagtcatttgaacttgtcatacaacaaccttttgggacaaattccgatgtccaatcagttttccacct 278  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||||||| || | ||||||||| ||||||    
T  5497578 tgacattcctaagtcatttgaacttgtcatacaacaatctttccggaagaattccgctggctaatcagtttgccacct 5497655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University