View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6155_high_14 (Length: 367)

Name: NF6155_high_14
Description: NF6155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6155_high_14
NF6155_high_14
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (14-353)||(1478656-1478995)
chr5 (130-353)||(1482850-1483073)
chr5 (141-353)||(1487327-1487539)
chr5 (149-353)||(1499897-1500101)
chr5 (149-353)||(1505634-1505838)
chr5 (147-307)||(1509816-1509965)
chr5 (150-353)||(1492825-1493028)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (130-353)||(24163032-24163255)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (149-353)||(44129231-44129435)
chr1 (149-353)||(44133436-44133640)
chr1 (149-353)||(44141858-44142062)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (107-353)||(46706207-46706453)
chr7 (149-353)||(5284965-5285169)
chr7 (149-353)||(5311054-5311258)
chr7 (130-353)||(5315768-5315991)
chr7 (149-353)||(5288958-5289162)
chr7 (149-337)||(5303169-5303357)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (249-307)||(37858725-37858783)
chr3 (240-310)||(37862742-37862812)
chr3 (249-349)||(39030732-39030832)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1478995 - 1478656
Alignment:
Q  14 gaagctacaaacagtatattcgtcttaacatcgatggtacatgaactatgtctttattcttgcatggaatttcaagtttaaaagtaatacaataaaataa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478995 gaagctacaaacagtatattcgtcttaacatcaatggtacatgaactatgtctttattcttacatggaatttcaagtttaaaagtaatacaataaaataa 1478896  T
Q  114 aacaatcaagaaatttatatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478895 aacaatcaagaaatttatatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtgagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcac 1478796  T
Q  214 ctgtggttttaagtccctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478795 ctgtggttttaagtccctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttc 1478696  T
Q  314 cctggtggccttcattttttcaggttttaagcctaacttt 353  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478695 cctagtggccttcattttttcaggttttaagcctaacttt 1478656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 130 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1483073 - 1482850
Alignment:
Q  130 atatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtcc 229  Q
    |||||||||| || || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||    
T  1483073 atatagccacactgtgcaaaacaacggtttcaatggtaagtccaggtccaaagccgaacaacacaccccaatcaagcccttctcctgtggtcttaagccc 1482974  T
Q  230 ctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcatt 329  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||     
T  1482973 ctcttgagaagatttctttcgcatctcatctaagataaacaatacacatgcacttgacatgttaccatattcactaagtacttctctagtggctttcatc 1482874  T
Q  330 ttttcaggttttaagcctaacttt 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  1482873 ttttcaggttttaagcctaacttt 1482850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 141 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1487539 - 1487327
Alignment:
Q  141 ctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccg 240  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| |    
T  1487539 ctatggagaacaacagtttcaatggtaagtccaggtccaaagccgaacaacactccccatttaagtccttctcctgtggtctcaagtccctcttgagctg 1487440  T
Q  241 atttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttt 340  Q
    || |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  1487439 atctctttctcatttcatccaatataaacaatacacaagcacttgacatgttaccatattcactaagtacttccctagtggccttcatcttttccggttt 1487340  T
Q  341 taagcctaacttt 353  Q
     ||  ||||||||    
T  1487339 caaagctaacttt 1487327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1500101 - 1499897
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||  | |||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||| ||    
T  1500101 aacaacagtttcaatggtaagtccaggtccaaagcttaacaatacaccccattcttgtccttcacctgtggtcttaagtcgatcttgagtcgatttcctt 1500002  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   | || |||  ||||||| ||| |||||||    
T  1500001 ctcatctcattcaagatgaacaatacagatgcactagacatattaccatattcactaagcacttccctaacgaccctcaacttttcagctttcaagccta 1499902  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  1499901 acttt 1499897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1505838 - 1505634
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||| || || || || | ||| |||||||| |||||||||    
T  1505838 aacaacagtttcaatagtaagtcccggtccaaagccaaataacacaccccattcatgtccttctccggtagtcttcaatccatcttgagctgatttcttt 1505739  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||| |||    
T  1505738 ctcatttcatctaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactaagcacttctctagtggctttcatcttttcaggctttaaggcta 1505639  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  1505638 acttt 1505634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 147 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 1509965 - 1509816
Alignment:
Q  147 agaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttct 246  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||           |||| ||||| ||||||||  |||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  1509965 agaacaactgtttcaatggtaagtctaggtccaaagcc-----------cccattcaagtccttcaccaatggtcttaattccctcttgagctgatttct 1509877  T
Q  247 ttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaag 307  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  1509876 ttctcatctcgtctaagatgaacaatacacatgcacttgacatattaccatattcactaag 1509816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 150 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 1493028 - 1492825
Alignment:
Q  150 acaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttctttc 249  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| ||| | ||||| || || || || |  || | |||||  ||||||||||    
T  1493028 acaacagtctcaatggtaagtcctggtccaaagccgaatagcacaccccattcatgcccttctccggttgtcttcaaaccattttgagttgatttctttc 1492929  T
Q  250 tcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagcctaa 349  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||  |||||  |||| ||||| || |||||| ||||    
T  1492928 tcatttcatccaagataaacaatacacatgcacttgacatatttccatattcacttagcacctcccgtgtggctctcatcttttcgggctttaaggctaa 1492829  T
Q  350 cttt 353  Q
    ||||    
T  1492828 cttt 1492825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 130 - 353
Target Start/End: Original strand, 24163032 - 24163255
Alignment:
Q  130 atatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtcc 229  Q
    |||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  24163032 atatagccacactgtggagaacaatcgtttcaatggtaagtcctggcccaaagcttaacaacacaccccattcaagcccttctcctgtggtctttagtcc 24163131  T
Q  230 ctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcatt 329  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||  || |||||  ||||     
T  24163132 atcttgagccgatttgtttctcatctcatctaagatgaataatacacatgcacttgacatgttaccatattcactaagcatttttctagtggcactcatc 24163231  T
Q  330 ttttcaggttttaagcctaacttt 353  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||    
T  24163232 ttttcaggtttcaaggctaacttt 24163255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44129435 - 44129231
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || ||||||    
T  44129435 aacaacagtttcaatagtaagacctggtccaaagccaaataaaacaccccactcaagtccttctcccgtggtcttcagtccatcttgagctgacttcttt 44129336  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  44129335 ctcatttcatctaagataaacaaaacacaagcacttgacatatttccatattcactaagcacttctctggtggctttcatcttttcaggttttaaggcta 44129236  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  44129235 acttt 44129231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44133640 - 44133436
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| |||||||| || | ||| |||||||| || ||||||    
T  44133640 aacaacagtttcaatggtaagacccggtccaaagccaaataaaacaccaaattcaagtccttctcctgtggtcttcaatccatcttgagctgacttcttt 44133541  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  44133540 ctcatttcatctaagataaacaaaacacaggcacttgacatatttccatattcactaagcacttctctggtggctttcatcttttcaggttttaaggcta 44133441  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  44133440 acttt 44133436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 44142062 - 44141858
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||  | ||||| ||||| || ||||| || | ||| |||||||| || ||||||    
T  44142062 aacaacagtttcaatggtaagacccggtccaaagccaaataaaacaccaaactcaagtccttctcccgtggtcttcaatccatcttgagctgacttcttt 44141963  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  44141962 ctcatttcatctaagataaacaaaacacaggcacttgacatatttccatattcactaagcacttctctggtggctttcatcttttcaggttttaaggcta 44141863  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  44141862 acttt 44141858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 107 - 353
Target Start/End: Original strand, 46706207 - 46706453
Alignment:
Q  107 aaaataaaacaatcaagaaatttatatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaagg 206  Q
    ||||||||| ||| ||| | || ||||||| || || || | |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||     
T  46706207 aaaataaaataattaagcatttcatatagcgacactgtgcaaaacaacagtttctatggtaagtcctggtccaaagccaaataacacaccccattcaagt 46706306  T
Q  207 ccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaa 306  Q
    ||||| ||||| || || || || |||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  46706307 ccttctcctgttgtcttcagaccatcttgagttgatttctttctcatttcatctaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactaa 46706406  T
Q  307 gtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagcctaacttt 353  Q
    | ||||| || |||||  |||| |||||||| || ||| ||||||||    
T  46706407 gcacttctctagtggctctcatcttttcaggcttcaaggctaacttt 46706453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5285169 - 5284965
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || || || | ||| | |||||  |||||||||    
T  5285169 aacaacggtttcaatggtaagtcctggtccaaaaccaaataatacaccccattcaagtccttctcccgttgtcttcaatccgttttgagttgatttcttt 5285070  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||| || ||| |||    
T  5285069 ctcatttcatccaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactgagcacttctctggttgcattcatcttttcaggcttcaaggcta 5284970  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  5284969 acttt 5284965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5311258 - 5311054
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || || || | ||| | |||||  |||||||||    
T  5311258 aacaactgtttcaatggtaagtcctggtccaaaaccaaataatacaccccactcaagtccttctcccgttgtcttcaatccgttttgagttgatttcttt 5311159  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||| |||||| |||    
T  5311158 ctcatttcatctaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactgagcacttctctagttgcattcatcttttcaggctttaaggcta 5311059  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  5311058 acttt 5311054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 130 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 5315991 - 5315768
Alignment:
Q  130 atatagccacgctatggagaacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtcc 229  Q
    |||||||||||||  | | |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || || || | |||    
T  5315991 atatagccacgctgcgcaaaacaaccgtttcaatggtaagtcctggtccaaaaccaaataatacaccccattcaagtccttctcccgttgtcttcaatcc 5315892  T
Q  230 ctcttgagccgatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcatt 329  Q
     |||| ||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| || ||||| || || || |||||     
T  5315891 gtctttagttgatttctttctcatttcatctaagataaacaaaacacacgcacttgacatatttccatattcactgagcacttctctagttgcattcatc 5315792  T
Q  330 ttttcaggttttaagcctaacttt 353  Q
    |||||||| |||||| ||||||||    
T  5315791 ttttcaggctttaaggctaacttt 5315768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 149 - 353
Target Start/End: Original strand, 5288958 - 5289162
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || || || | ||| |||   |  |||||||||    
T  5288958 aacaacagtttcaatggtaagtcctggtccaaaaccaaataagacaccccattcaagtccttctccagttgtcttcaatccgtctatggttgatttcttt 5289057  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| || || || ||||| |||||||| |||||| |||    
T  5289058 ctcatttcatctaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactgagcacttctctagttgcattcatcttttcaggctttaaggcta 5289157  T
Q  349 acttt 353  Q
    |||||    
T  5289158 acttt 5289162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 149 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5303357 - 5303169
Alignment:
Q  149 aacaactgtttcaatggtaagtccaggtccaaagccaaacaacacaccccagtcaaggccttcacctgtggttttaagtccctcttgagccgatttcttt 248  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || || |  || |||| ||  |||||||||    
T  5303357 aacaaccgtttcaattgtaagtcctggtccaaaaccaaataacacaccccattcaagtccttctccagttgtcttcaacccatctttagttgatttcttt 5303258  T
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcagg 337  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||||||    
T  5303257 ctcatttcatctaagataaacaaaacacatgcacttgacatatttccatattcactgagcacttctctagttgcattcatcttttcagg 5303169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 249 - 307
Target Start/End: Original strand, 37858725 - 37858783
Alignment:
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaag 307  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  37858725 ctcatctcatccaagatgaataacacacatgcacttgacatgttaccatactcgctaag 37858783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 310
Target Start/End: Original strand, 37862742 - 37862812
Alignment:
Q  240 gatttctttctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtac 310  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |  ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37862742 gatttcatcctcatctcatccaagatgaatagcacacacgcacttgacatgttaccatattcgctaagtac 37862812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 39030832 - 39030732
Alignment:
Q  249 ctcatctcatccaagatgaacaatacacatgcgcttgacatgttaccatattcactaagtacttccctggtggccttcattttttcaggttttaagccta 348  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||  ||||| | |||||| || || ||||||||||    
T  39030832 ctcatctcatccaaaatgaataacacggatggacttgacatgttaccatactcactaagtacatgccgagtggcttgcattttctctggctttaagccta 39030733  T
Q  349 a 349  Q
    |    
T  39030732 a 39030732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University