View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6173_low_3 (Length: 317)
Name: NF6173_low_3
Description: NF6173
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6173_low_3 |
 | |
|
| [»] scaffold0027 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0360 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 28347254 - 28346955
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28347254 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
28347155 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28347154 |
tcctcgtacaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
28347055 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28347054 |
tggcagcagggtttaatgacgatgccttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
28346955 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 26404516 - 26404218
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26404516 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
26404417 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26404416 |
tcctcgttcaacctaccaacccc-ctacactttgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
26404318 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26404317 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcattaatgaaatctggaccaactcaacttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
26404218 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 40755519 - 40755221
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40755519 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
40755420 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| || |
|
|
| T |
40755419 |
tcctcgttcaacctaccagcccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatggaaaatc |
40755320 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
40755319 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
40755221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 27252120 - 27251822
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
27252120 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccatatcaatcacaatac |
27252021 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
27252020 |
tcctcattcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
27251921 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
27251920 |
tggcagtagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcataagttcaaaatgaagtcactattgaaactaatgatgatg |
27251822 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 200 - 282
Target Start/End: Original strand, 43654933 - 43655015
Alignment:
| Q |
200 |
ccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaat |
282 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
43654933 |
ccatagaaagtctggcagcatggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgccaaat |
43655015 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 200 - 304
Target Start/End: Original strand, 36902638 - 36902742
Alignment:
| Q |
200 |
ccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaac |
299 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||| | | |||||||||||||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
36902638 |
ccatagaaagtctggttgcagggtttaacgaagatgatttcgttaatgaaatttggacgaactttgttccacaagtgcaaaatgaggtgactatggaaac |
36902737 |
T |
|
| Q |
300 |
taatg |
304 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
36902738 |
caatg |
36902742 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 180 - 215
Target Start/End: Original strand, 43655009 - 43655044
Alignment:
| Q |
180 |
gccaaattcacaaactaatcccatagaaagtctggc |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
43655009 |
gccaaattcacaaactaataccatagaaagtctggc |
43655044 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 25084054 - 25084353
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25084054 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttattcagaccaatcacaatac |
25084153 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25084154 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctatgcacctcaatggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
25084253 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25084254 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaacttagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
25084353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 25142024 - 25142323
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25142024 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttattcagaccaatcacaatac |
25142123 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25142124 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctatgcacctcaatggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
25142223 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25142224 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaacttagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
25142323 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 25061641 - 25061940
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
25061641 |
tcatcatggagaaaactctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccaaaccaatcacaatac |
25061740 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25061741 |
tcctcgttcgacctaccaacccctccacactttgtaaactatccacaaacaacctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
25061840 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25061841 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
25061940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 5626145 - 5625847
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5626145 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
5626046 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |
|
|
| T |
5626045 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatagaaaatc |
5625946 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
5625945 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
5625847 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 5896725 - 5896426
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5896725 |
tcatcatggagaaagctctcgaatatcaaactattcatttgatgatttcaatccaactcaacacaccacacaaactagttatccagaccaatcacaatac |
5896626 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| || |
|
|
| T |
5896625 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactacccccaaacaagctacgcacctcaatgaccaaattcacaaactaataccatagaaaatc |
5896526 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5896525 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
5896426 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 27820418 - 27820120
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27820418 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
27820319 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |
|
|
| T |
27820318 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatagaaaatc |
27820219 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
27820218 |
tggcagcagggtttaacgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
27820120 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 20880801 - 20881099
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20880801 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacaccaaccggttatccagaccaatcacaatac |
20880900 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
20880901 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaatcccatagaaaatc |
20881000 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
20881001 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaattcagcttcacaaatgcaaaatgaagtcgctatcgaaactaacgatgatg |
20881099 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 42830413 - 42830711
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42830413 |
tcatcatggagaaagctcttgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
42830512 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |
|
|
| T |
42830513 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccaccctttgtcaactatccccaagcaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatagaaaatc |
42830612 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
42830613 |
tggcagcagggtttaacgacgatgacttcgttaatgaaatttggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
42830711 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 2496485 - 2496783
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
2496485 |
tcatcatggagaaagctcttgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagatcaatcacaatac |
2496584 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
2496585 |
tcctcattcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaaactatgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
2496684 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
2496685 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaacttagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatcgaaactaatgatgatg |
2496783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Original strand, 33405552 - 33405845
Alignment:
| Q |
18 |
tggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatactcctcg |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33405552 |
tggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagaccaatcacaatactcctcg |
33405651 |
T |
|
| Q |
118 |
ttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtctggcag |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
33405652 |
ttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtttggcag |
33405751 |
T |
|
| Q |
218 |
cagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33405752 |
cagggtttaatgacgatgacttcgttaataaaatctgtaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaactagtgatgatgt |
33405845 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 12 - 309
Target Start/End: Original strand, 28472340 - 28472637
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
28472340 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacatcaatccaactcagtacacctcacaaaccagttacccagactagtcacaatac |
28472439 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
28472440 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccatacattgtaaactatcccaaaacaaactacacacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
28472539 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgat |
309 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28472540 |
taacagcagggtttaacgacgatgacttcgttaatgaaatatggaccaactcagccccacaagtgaaaaatgaagtcactatggaaactaatgatgat |
28472637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4199839 - 4199540
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4199839 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcaatacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
4199740 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
4199739 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
4199640 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4199639 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaaatcgctatggaaactaatgatgatgt |
4199540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 7087602 - 7087901
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7087602 |
tcatcatggagaaagctcccgaatatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcactacaccacacaaaccagttatccataccaatcacaatac |
7087701 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
7087702 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatcctcaaacaagctacacacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
7087801 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7087802 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttccttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatggagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
7087901 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 31668433 - 31668138
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |
|
|
| T |
31668433 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcaaactatccatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagaccaatcacaatgc |
31668334 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
31668333 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagttacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
31668234 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatg |
307 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31668233 |
tagcagcatggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaactaatgatg |
31668138 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 8289467 - 8289168
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8289467 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaacttttcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagacaaatcacaatac |
8289368 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8289367 |
tcctctttcaacctaccatcccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcattggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
8289268 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
8289267 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaacttagcttcacaagtgcaaaatgaagtcaatatggaaattaatgatgatgt |
8289168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21179865 - 21179569
Alignment:
| Q |
15 |
tcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatactcc |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
21179865 |
tcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagactaatcacaatactcc |
21179766 |
T |
|
| Q |
115 |
tcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtctgg |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
21179765 |
tcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtctgg |
21179666 |
T |
|
| Q |
215 |
cagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21179665 |
cagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaactaatgatgatgt |
21179569 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 49004141 - 49003842
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49004141 |
tcatcatggagaaagctctccaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcaatacaccacacaaaccagttattcagaccaatcacaatac |
49004042 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
49004041 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
49003942 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49003941 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
49003842 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 53137156 - 53136858
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
53137156 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
53137057 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
53137056 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaatcccatagaaaatc |
53136957 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
53136956 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaattcagcttcacaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
53136858 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 51798892 - 51799191
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51798892 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttattcagaccaatcacaatac |
51798991 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
51798992 |
tcctcgttcaacctaccaactcctccacacattgtaaactattcccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
51799091 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51799092 |
tggcagcaaggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaaatcgctatggaaactaatgatgatgt |
51799191 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 47096313 - 47096611
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
47096313 |
tcatcatggagaaagttctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
47096412 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
47096413 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaatcccatagaaaatc |
47096512 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
47096513 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaattcagcttcacaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
47096611 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 11 - 311
Target Start/End: Original strand, 39506321 - 39506621
Alignment:
| Q |
11 |
atcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaata |
110 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39506321 |
atcatcatggagaaagctccccaacatcaaactattcatttgatgactttaatccaactcagtacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaata |
39506420 |
T |
|
| Q |
111 |
ctcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagt |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
39506421 |
ctcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagt |
39506520 |
T |
|
| Q |
211 |
ctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39506521 |
ctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcaacttcacaagtgcaaaataaagtcactatggaaactaatgatgatg |
39506620 |
T |
|
| Q |
311 |
t |
311 |
Q |
| |
|
| |
|
|
| T |
39506621 |
t |
39506621 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30892300 - 30892002
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30892300 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
30892201 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |
|
|
| T |
30892200 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatagaaaatc |
30892101 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
30892100 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgtcaatgatatctggaccaattcagcttcccaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
30892002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 31157000 - 31157299
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31157000 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccagttattcagaccaatcacaatac |
31157099 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
31157100 |
tcctcgttcaacctaccaacccctctacattttgttaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
31157199 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31157200 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
31157299 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 32631671 - 32631376
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || |||| |||||||||| |
|
|
| T |
32631671 |
tcatcattgagaaagctctcaaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcaaaacaccccacaaactagttaccctgaccgatcacaatac |
32631572 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
32631571 |
tcctcgttcatcttaccaacccctccaaacattgtaaactatccccaaacaaactattcaccccaatggccacatccacaacctaataccataaaaagtc |
32631472 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatg |
307 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |||| | | ||| |||||||||||| || |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
32631471 |
gggttgtagggtttaatggcaatgatttcgttaatgaaatttggactaactttgttgcacgagtgcaaaatgaggtgactatggaaaccaatgatg |
32631376 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 192 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 7685103 - 7684984
Alignment:
| Q |
192 |
aactaatcccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgct |
291 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7685103 |
aactaataccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgct |
7685004 |
T |
|
| Q |
292 |
atggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7685003 |
atggaaactaatgatgatgt |
7684984 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Original strand, 12994584 - 12994873
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
12994584 |
tcatcatggagaaagctcccaaatatcaaactattcatttgatgacttttatccaacccaaaacaccccacaaaccagtatcccagaccaatgacaatac |
12994683 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|| || |||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| || || ||| ||| ||| ||| || | | ||||||||| || |
|
|
| T |
12994684 |
tcttctttcaacttaccaacccctccgaacaatgtacactatccccaaacaaacttcgtaccccaatggc------cacctaccagtaccatagaaaatc |
12994777 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatg |
307 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12994778 |
tggctgcagggtttaacgaagatgatttcgttaatgaaatttggacgaactctgttccacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaaataatgatg |
12994873 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 12 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 7685178 - 7685104
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaac |
86 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
7685178 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaac |
7685104 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 138
Target Start/End: Original strand, 32634919 - 32635045
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||| |||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
32634919 |
tcatcataaagaaagctctcaaacatcaaactattcatttgacaacttcaattcaaatcagatcaccccacaaactagttacccagaccaattacaatac |
32635018 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctcca |
138 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
32635019 |
tccttgttcaacctatcaacccctcca |
32635045 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 200 - 307
Target Start/End: Original strand, 13023869 - 13023976
Alignment:
| Q |
200 |
ccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaac |
299 |
Q |
| |
|
||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || || ||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
13023869 |
ccatagaaaatctagctgcagggtttaacgaagatgatttcgttaatgaaatttgaacgaactctgttccacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaaa |
13023968 |
T |
|
| Q |
300 |
taatgatg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||| |
|
|
| T |
13023969 |
taatgatg |
13023976 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 122
Target Start/End: Original strand, 13023704 - 13023814
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||| |||| ||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
13023704 |
tcatcatggagaaagctcccaaatatcaaactattcatttgatgacttttatccaacctaaaacaccccacaaatcagtatcccaaaccaaccacaatac |
13023803 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaa |
122 |
Q |
| |
|
|| || ||||| |
|
|
| T |
13023804 |
tcttctttcaa |
13023814 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0027 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:
Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 56068 - 55770
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
56068 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
55969 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
55968 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaatcccatagaaaatc |
55869 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
55868 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaattcagcttcacaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
55770 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 42606362 - 42606063
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42606362 |
tcatcacggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagaccaatcacaatac |
42606263 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
42606262 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggccaaattcacaaactaataccatagaaagtt |
42606163 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42606162 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctgtaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatggaaactaatgatgatgt |
42606063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 44803965 - 44804264
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44803965 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcactacaccacacaaaccagttttccagaccaatcacaatac |
44804064 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
44804065 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatcctcaaacaagctacgcacctcaatgaccaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
44804164 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44804165 |
tggcagcagagtttaatgacgatgacttcgttagtgaaatctggtccaactcagctttacaagtgcaaaacgaagtcgctatggaaactaatgaagatgt |
44804264 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 35306468 - 35306766
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35306468 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccatacaaaccagttacccagaccaatcacaatac |
35306567 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
35306568 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatgtccaaattcacaaactaataccatagaaagtt |
35306667 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
35306668 |
tggcagcagggttt-atgacgatgatctcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcattatggaaactaattatgatgt |
35306766 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Original strand, 43632413 - 43632712
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
43632413 |
tcatcatggagaaagctcctgaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtataccacacaaaccagttacctagaccaatcacaatac |
43632512 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
43632513 |
tcctcgttcaacctaccaacctctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatgaccaaattcacaaactaataccatagaaagta |
43632612 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
43632613 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctgaaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatgaaaactaatgatgatgt |
43632712 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 21063474 - 21063772
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21063474 |
tcatcatggagaaagctcctgaacatcaaactattcatttgatgactttaatccaactcagtacaccacacaaactagttacccagaccaatcacaatac |
21063573 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||| ||| || |
|
|
| T |
21063574 |
tcctcgttcaacctacccacccctccacacatcgtaaactatcctcaaacaaactacgcacctcaatgaccaaattcacgaactaataccatacaaaatc |
21063673 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
21063674 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttctttaatgaaatctggaccaactcagctcaacaagtgcaaaatgaagtcactataaaaactaatgatgatg |
21063772 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 12 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 49912401 - 49912102
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49912401 |
tcatcatggagaaagctcccaaacatcaaactattcatttgatgacttcaatccaactcagtacaccacacaaaccagttacccagaccaatcacaatac |
49912302 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
49912301 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacacattgtaaactatccccaaacaagctacgcacctcaatggctaaattcacaaactaataccatagaaagtc |
49912202 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
49912201 |
tggcaggagggtttaataacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcactatgaaaactaatgatgatgt |
49912102 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 48345015 - 48344717
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48345015 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
48344916 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
48344915 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaatcccatagaaaatc |
48344816 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
48344815 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgtcaatgatatatggaccaattcagcttcccaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
48344717 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 45729281 - 45728979
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
45729281 |
tcatcatggagaaagctcccaaatttcaaactattcatttgatgactttaatcaaactcaaaacaccccacaaactagtttcccagaccaatcacgatac |
45729182 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaa-cccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaa------actaatcccata |
204 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||||| || | || | ||||||||||||| ||||| ||| || ||||| | ||||| || | | ||||| |
|
|
| T |
45729181 |
tcctctttcaacctaccaaccccctccaaacaatatacattatccccaaacaaactacgtacccgaatggccacaaccacaaccacataccagtaccata |
45729082 |
T |
|
| Q |
205 |
gaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatg |
304 |
Q |
| |
|
|||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | | ||||||||||||| || ||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
45729081 |
gaaaatctggctgcagggtttaacgaagatgaattcgttaatgaaatttggacgaactctgttccacaagtgcaaaacgaggtcactatagaaactaatg |
45728982 |
T |
|
| Q |
305 |
atg |
307 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
45728981 |
atg |
45728979 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 12 - 310
Target Start/End: Original strand, 7829409 - 7829707
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaacacaccacacaaaccagttatccagaccaatcacaatac |
111 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7829409 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatttgatgactacaatccaactcaatacaccacacaaaccggttatccagaccaatcacaatac |
7829508 |
T |
|
| Q |
112 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattcacaaactaatcccatagaaagtc |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| || |
|
|
| T |
7829509 |
tcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacctcaatggccaaattcacaaacaaataccatagaaaatc |
7829608 |
T |
|
| Q |
212 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7829609 |
tggcagcagggtttaatgacgatgacttcgtcaatgatatctagaccaattcagcttcccaaatgcaaaatgaagtcgctatggaaactaacgatgatg |
7829707 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 85 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 40844843 - 40844618
Alignment:
| Q |
85 |
accagttatccagaccaatcacaatactcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaa |
184 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
40844843 |
accagttacccagaccaatcacaatactcctcgttcaacctac-aacctctccacacattgtaaactaaccccaaacaagctacgcacctcaatgaccaa |
40844745 |
T |
|
| Q |
185 |
attcacaaactaatcccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatga |
284 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40844744 |
attcacaaactaataccatagaaagtttggcagcatggtttaatgacgatgatttcgttaatgaaatctagaccaactcagcttcacaagtgcaaaatga |
40844645 |
T |
|
| Q |
285 |
agtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
40844644 |
agtcactatgaaaactaatgatgatgt |
40844618 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 225 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 24953889 - 24953803
Alignment:
| Q |
225 |
taatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatggaaactaatgatgatgt |
311 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
24953889 |
taatgatgatgacttcgttgatgaaatctagacgaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtcgctatgacaactaatgatgatgt |
24953803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 40844882 - 40844844
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcatggagaaagctctcgaacatcaaactattcatt |
50 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
40844882 |
tcatcatggagaaagctcccgaacatcgaactattcatt |
40844844 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0360 (Bit Score: 186; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0360
Description:
Target: scaffold0360; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 89 - 310
Target Start/End: Original strand, 10137 - 10358
Alignment:
| Q |
89 |
gttatccagaccaatcacaatactcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtaaactatccccaaacaacctacgcacctcaacggccaaattc |
188 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
10137 |
gttatccagaccaatcacaatactcctcgttcaacctaccaacccctccacactttgtcaactatccccaaacaagctatgcacttcaatggccaaattc |
10236 |
T |
|
| Q |
189 |
acaaactaatcccatagaaagtctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtc |
288 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10237 |
acaaacaaataccatagaaaatctggcagcagggtttaatgacgatgacttcgttaatgaaatctggaccaactcagcttcacaagtgcaaaatgaagtc |
10336 |
T |
|
| Q |
289 |
gctatggaaactaatgatgatg |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
10337 |
gctatggaaactaacgatgatg |
10358 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University