View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6178_low_43 (Length: 357)

Name: NF6178_low_43
Description: NF6178
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6178_low_43
NF6178_low_43
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (11-338)||(9373601-9373928)
chr5 (11-338)||(9305069-9305396)
chr5 (11-338)||(9301451-9301778)
chr5 (23-338)||(9297236-9297551)
chr5 (33-338)||(9367717-9368022)
chr5 (23-338)||(9292629-9292944)
chr5 (30-341)||(9349116-9349427)
chr5 (30-338)||(9288097-9288405)
chr5 (30-338)||(9351595-9351906)
chr5 (22-338)||(9356490-9356806)
chr5 (30-338)||(9331867-9332178)
chr5 (106-338)||(9328963-9329195)
chr5 (117-338)||(9361023-9361241)
chr5 (121-254)||(9307772-9307905)
chr5 (127-254)||(9355034-9355161)
chr5 (23-110)||(9310083-9310170)
chr5 (175-254)||(9347606-9347685)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (23-257)||(31476657-31476891)
chr8 (23-281)||(31502021-31502279)
chr8 (23-281)||(31466811-31467069)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 338
Target Start/End: Original strand, 9373601 - 9373928
Alignment:
Q  11 cacagaatcttgtttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacac 110  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9373601 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacac 9373700  T
Q  111 catgttacaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9373701 catgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaacaagtgtagccgaatataaattc 9373800  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373801 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaag 9373900  T
Q  311 accttgtcgcagtgattacagttcttag 338  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9373901 accttgtcgcagttattacagttcttag 9373928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 11 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9305396 - 9305069
Alignment:
Q  11 cacagaatcttgtttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacac 110  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9305396 cacagaagcttgtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 9305297  T
Q  111 catgttacaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattc 210  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  9305296 tatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggaaaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 9305197  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  9305196 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaataaagatcaag 9305097  T
Q  311 accttgtcgcagtgattacagttcttag 338  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9305096 accttgttgcagtgattacagttcttag 9305069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 11 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9301778 - 9301451
Alignment:
Q  11 cacagaatcttgtttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacac 110  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9301778 cacagaagcttgtttctcaccatcatggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaaaatgttggatatatgtggcattacaagggacac 9301679  T
Q  111 catgttacaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattc 210  Q
     |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  9301678 tatgttacacattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattt 9301579  T
Q  211 ttcacaaagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  9301578 ttcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcttcacttttgaaaaaagatcaag 9301479  T
Q  311 accttgtcgcagtgattacagttcttag 338  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9301478 accttgttgcagtgattacagttcttag 9301451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 23 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9297551 - 9297236
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaat 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9297551 tttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagaattattggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacaccatgttacaaat 9297452  T
Q  123 taaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9297451 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaacaagtgtagccgaatataaatttttcactaagaag 9297352  T
Q  223 atgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcag 322  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9297351 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatatttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcag 9297252  T
Q  323 tgattacagttcttag 338  Q
    | ||||||||||||||    
T  9297251 ttattacagttcttag 9297236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 33 - 338
Target Start/End: Original strand, 9367717 - 9368022
Alignment:
Q  33 tcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaattaaagaaaat 132  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9367717 tcaaggtgagaaatttgttgaagagttgttggatggttcagtgaaaattttggatatctgcggcatcacaagggacaccgtgtcacaaattaaagaaaat 9367816  T
Q  133 gttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaagaaga 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9367817 gttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaaggcagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaagaaga 9367916  T
Q  233 atgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcagtgattacagt 332  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9367917 atgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcgcttttgaatcaagatcaagaccttgttgcagtgattacagt 9368016  T
Q  333 tcttag 338  Q
    | ||||    
T  9368017 tattag 9368022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 23 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9292944 - 9292629
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaat 122  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||    
T  9292944 tttctcaccatcagggtgagaaatttgtggaagagttgctggatggttcaatgaaagttttggatatctgtggcatcaccagggacatcgtgttacaaat 9292845  T
Q  123 taaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9292844 taaagaaaatgttcaatcacttcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaaacattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 9292745  T
Q  223 atgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcag 322  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  9292744 atgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgttgcac 9292645  T
Q  323 tgattacagttcttag 338  Q
    ||||||||||||||||    
T  9292644 tgattacagttcttag 9292629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 30 - 341
Target Start/End: Original strand, 9349116 - 9349427
Alignment:
Q  30 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaattaaagaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9349116 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcggtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacaccatgttacaaataaaagaa 9349215  T
Q  130 aatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 229  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9349216 aatgttcaatcacttcagtcttctcttagaaggagaaagggaaaatcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacgaagaagatgaaga 9349315  T
Q  230 agaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcagtgattac 329  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  9349316 aaaatgtcataaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgctgctgtgattac 9349415  T
Q  330 agttcttagtga 341  Q
    ||||||||||||    
T  9349416 agttcttagtga 9349427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 30 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9288405 - 9288097
Alignment:
Q  30 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaattaaagaa 129  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9288405 ccatcgaggtgagaaatttgtcgaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatctgtggcatcacaagggacaccatgttacagattaaagaa 9288306  T
Q  130 aatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 229  Q
    ||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9288305 aatgttcaatcccttcactcttcccttagaaggagaaagagagattcaagcatcgaaacaagtgtagccgaatataaattattcacaaagaagatgaaga 9288206  T
Q  230 agaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgcagtgattac 329  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9288205 agaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacgaatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaccttgttgcagtgattac 9288106  T
Q  330 agttcttag 338  Q
    |||||||||    
T  9288105 agttcttag 9288097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 30 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9351906 - 9351595
Alignment:
Q  30 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaattaaagaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  9351906 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacatcatgttacaaattaacgaa 9351807  T
Q  130 aatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 229  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9351806 aatgttcaatcaattcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 9351707  T
Q  230 agaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatca---agatcaagaccttgtcgcagtgat 326  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||    
T  9351706 agaacgtcacaaagttgattacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaattagatcaagaccttgttgcagtgat 9351607  T
Q  327 tacagttcttag 338  Q
    ||||||||||||    
T  9351606 tacagttcttag 9351595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 22 - 338
Target Start/End: Original strand, 9356490 - 9356806
Alignment:
Q  22 gtttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaa 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | || ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  9356490 gtttctcaccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcggtgaaacttttagatatatgtggcatcacaagagacaccatgctacaaa 9356589  T
Q  122 ttaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaa 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9356590 ttaaagaaaatgttcaatcacttcactctgctcttagaaggagaaagggggattcaagcatcgaaactagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaa 9356689  T
Q  222 gatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttgtcgca 321  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||    
T  9356690 gatgaagaaaaatgtcgcaaagttgatcacatctttaaaacagatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaaaatcaagaccttgttgca 9356789  T
Q  322 gtgattacagttcttag 338  Q
    |||||||||||||||||    
T  9356790 gtgattacagttcttag 9356806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 30 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9332178 - 9331867
Alignment:
Q  30 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaattaaagaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  9332178 ccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcagtgaaagttttggatatatgtggcatcacaagggacatcatgttacaaattaacgaa 9332079  T
Q  130 aatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 229  Q
    ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9332078 aattttcaatcaattcactcttctcttagaaggagaaagggagaatcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattcttcacaaagaagatgaaga 9331979  T
Q  230 agaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatca---agatcaagaccttgtcgcagtgat 326  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||    
T  9331978 agaacgtcacaaagttgattacatctttaaaacatatggaaagtaaatttggagcttcctcacttttgaataaattagatcaagaccttgttgcagtgat 9331879  T
Q  327 tacagttcttag 338  Q
    ||||||||||||    
T  9331878 tacagttcttag 9331867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 106 - 338
Target Start/End: Original strand, 9328963 - 9329195
Alignment:
Q  106 gacaccatgttacaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatata 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  9328963 gacaccatgttacaaattaaagaaaatgttcaatcacttcactcttctattagaaggagaaaaggagaatcaagcattgaaaaatgtgtagcagaatata 9329062  T
Q  206 aattcttcacaaagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaaga 305  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  9329063 aattattcacaaagaagatgaagaagaatgtcacaaagttgatctcatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaataaaga 9329162  T
Q  306 tcaagaccttgtcgcagtgattacagttcttag 338  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9329163 tcaagaccttgttgcagtgattacagttcttag 9329195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 117 - 338
Target Start/End: Original strand, 9361023 - 9361241
Alignment:
Q  117 acaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcaca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9361023 acaaattaaagaaaatgttcaaacacttcactcttctcttagaaggagaaaaggagattcaagcattgaaaaaagtgtagcagaatataaattcttcaca 9361122  T
Q  217 aagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagtttcttcacttttgaatcaagatcaagaccttg 316  Q
    ||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  9361123 aaga---tgaagaagaatgtcacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttggagcttcctcacttttgaatcaagatcaagaaattg 9361219  T
Q  317 tcgcagtgattacagttcttag 338  Q
    | ||||||||||||||||||||    
T  9361220 ttgcagtgattacagttcttag 9361241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 121 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9307905 - 9307772
Alignment:
Q  121 attaaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaaga 220  Q
    ||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||  | |||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||  ||    
T  9307905 attaaggaaaatgttcaagtactttactctgctcttagaaggataaaatgggattgaagcattgaaaaaagtgtagctaaatataacttcttctcagtga 9307806  T
Q  221 agatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatc 254  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  9307805 agatgaagaagaatgctaggaagttgatcacatc 9307772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 127 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9355161 - 9355034
Alignment:
Q  127 gaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatga 226  Q
    |||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||  | |||| |||||   |||||||||||||  ||||||| || ||| ||| ||||||||    
T  9355161 gaaaatgttcaggcactttattctgctcttagaaggagaaaatgggattgaagcaacaaaaaaagtgtagctaaatataacttattctcaatgaagatga 9355062  T
Q  227 agaagaatgttacaaagttgatcacatc 254  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  9355061 agaagaatgctaggaagttgatcacatc 9355034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 9310083 - 9310170
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacac 110  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  | |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9310083 tttctcaccatcatggcgagaaatttgtcgaagaattgttggatggttcagtgaaagttttggatatttgtggcatcacaagggacac 9310170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 175 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9347685 - 9347606
Alignment:
Q  175 tcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaagatgaagaagaatgttacaaagttgatcacatc 254  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||    
T  9347685 tcaagcatcgaaaagagtgttgctaaatataacttcttctcaatgaagatgaagaagaatgctaggaggttgatcacatc 9347606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 257
Target Start/End: Original strand, 31476657 - 31476891
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaat 122  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||     
T  31476657 tttctcaccatcaaggtgaaaaatgtgtggaagagttgttggatagttctatgagaatcttggatatatgtggcatcacaagggacaccattttgcaaac 31476756  T
Q  123 taaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | ||||||||| |||| || || ||||| || ||||||||  |||||| |||||| || ||||| |||||||||||||| |||    
T  31476757 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttctctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaagaagtgtggcagaatacaaattcttcacaaaaaag 31476856  T
Q  223 atgaagaagaatgttacaaagttgatcacatcttt 257  Q
    ||||| || |||||||  |||||||||||||||||    
T  31476857 atgaaaaaaaatgttaacaagttgatcacatcttt 31476891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 281
Target Start/End: Original strand, 31502021 - 31502279
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaat 122  Q
    |||||| ||||  |||||||||||   | |||||| |||||||| |||||||||  || |||||||| |||||||| || ||||| || ||  | |||||    
T  31502021 tttctcaccatagaggtgagaaatgcattgaagaggtgttggatagttcaatgagaattttggatatttgtggcatcactagggatacaattcttcaaat 31502120  T
Q  123 taaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | |||||||||  ||| || || ||||| || ||||||||  |||||| ||||||  |  |||| |||||||||||||| |||    
T  31502121 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttgtctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaataagtgtgacacaatacaaattcttcacaaaaaag 31502220  T
Q  223 atgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttgg 281  Q
    ||||| || |||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| | |||||||||    
T  31502221 atgaaaaaaaatgttaacaagttgatcacatctttgaagcaaatggatagtaaatttgg 31502279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 281
Target Start/End: Original strand, 31466811 - 31467069
Alignment:
Q  23 tttctcgccatcaaggtgagaaatttgtggaagagttgttggatggttcaatgaagatgttggatatctgtggcattacaagggacaccatgttacaaat 122  Q
    |||||| ||||  |||||||||||   | |||||| |||||||| |||||||||  || |||||||| |||||||| || | ||| || ||  | |||||    
T  31466811 tttctcaccatagaggtgagaaatgcattgaagaggtgttggatagttcaatgagaattttggatatttgtggcatcactaaggatacaattcttcaaat 31466910  T
Q  123 taaagaaaatgttcaaacacttcactctgctcttagaaggagaaagggagattcaagcattgaaaaaagtgtagccgaatataaattcttcacaaagaag 222  Q
     || |||||||||||| | |||||||||  ||| || || ||||| || ||||||||  |||||| |||||| |  ||||| ||||| ||||||||   |    
T  31466911 caaggaaaatgttcaagcccttcactcttgtctaaggagaagaaaaggtgattcaagtgttgaaagaagtgtggaagaatacaaatttttcacaaaactg 31467010  T
Q  223 atgaagaagaatgttacaaagttgatcacatctttaaaacatatggaaactaaatttgg 281  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||  ||| || |||||||| | |||||||||    
T  31467011 atgaagaaaaatgtcaccaagttgatcacaagtttgaagcatatggatagtaaatttgg 31467069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University