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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6185_low_2 (Length: 464)
Name: NF6185_low_2
Description: NF6185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6185_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 453
Target Start/End: Original strand, 37187812 - 37188246
Alignment:
| Q |
24 |
acttaagcatccttgaagggttatatatattcccacgaagatgtaaaatagaaatgactttagaaattcaagtata-----ctatactatattcaaaggt |
118 |
Q |
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| T |
37187812 |
acttaagcatccttgaagggttatatatattcccaccaagatgtaaaatagaaatgactttagaaattcaagtatactatactatactatattcaaagtt |
37187911 |
T |
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| Q |
119 |
tgacttgcaaactttgttaacagggagaatatgttattgtttaaagataatattgagaagaataatacaaaaccctcaccaaagaacagttggaaattaa |
218 |
Q |
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| T |
37187912 |
tgacttgcaaactttgttaacggggagaatatgttattgtttaaagataatattgagaagaataatacaaaaccctcaccaaagaacagttggaaattaa |
37188011 |
T |
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| Q |
219 |
atccttaactttgcacaaacttaatcaatattacatgcatgtggagaaagaacgtgactaaacaatgcctagcaaataagtaaggtattctttagagaca |
318 |
Q |
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| T |
37188012 |
atcctcaactttgcacaaacttaatcaatattacatgcatgtggggaaagaacgttactcaacaatgcctagcaaataagtaaggtattctttagagaca |
37188111 |
T |
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| Q |
319 |
tattttgttacagggaaacccaatttgagattttccttgacataaatcaatccttacacgaaaaggaagaactaaattggaagaaaatacaacccatcaa |
418 |
Q |
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| T |
37188112 |
tattttgttacagggaaacccaatttgagattttccttgacataaatcaatccttacacgaaaaggaagaactaaattggaagaaaatacaacccatcaa |
37188211 |
T |
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| Q |
419 |
tgtgtatatatacgtaacataaccccatatttcat |
453 |
Q |
| |
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| T |
37188212 |
tgtgtatatatacgtaacataaccccatatttcat |
37188246 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 453
Target Start/End: Original strand, 37892739 - 37893143
Alignment:
| Q |
52 |
attcccacgaagatgtaaaatagaaatgactttagaaattcaagtatactatactatattcaaaggttgacttgcaaactttgttaacagggagaatat- |
150 |
Q |
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| T |
37892739 |
attcccacgaagatgtaaaatagaaatgactttagaaattcaagtatactata-----ttcaaaggttgacttgcaaactttgttaacagggagaatatt |
37892833 |
T |
|
| Q |
151 |
gttattgtttaaagataatattgagaagaataatacaaaaccctcaccaaagaacagtt-------ggaaattaaatccttaactttgcacaaacttaat |
243 |
Q |
| |
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| T |
37892834 |
gttattgtttaaagataatattgagaagaataatacaaaaccctcaccaaagaacagttggaagttggaaattaaatccttaactttgcacaaacttaat |
37892933 |
T |
|
| Q |
244 |
caatattacatgcatgtggagaaagaacgtgactaaacaatgcctagcaaataagtaaggtattctttagagacatattttgttacagggaaacccaatt |
343 |
Q |
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| T |
37892934 |
caatattacatgcatgtggagaaagaacgtgactaaacaatgcctagcaaataagtaaggtattctttagagacatattttgttacagggaaacccaatt |
37893033 |
T |
|
| Q |
344 |
tgagattttccttgacataaatcaatccttacacgaaaaggaagaactaaattggaagaaaatacaacccatcaatgtgtatatatacgtaacataaccc |
443 |
Q |
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| T |
37893034 |
tgagattttccttgacataaatcaatccttacacgaaaaggaagaactaaattggaagaaaatataacccatcaatgtgtatatatacgtaacataaccc |
37893133 |
T |
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| Q |
444 |
catatttcat |
453 |
Q |
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| T |
37893134 |
catatttcat |
37893143 |
T |
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