View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6187_low_1 (Length: 498)

Name: NF6187_low_1
Description: NF6187
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6187_low_1
NF6187_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-473)||(16842476-16842939)
chr4 (132-382)||(24217462-24217712)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (10-473)||(37711721-37712184)
chr5 (10-474)||(37639968-37640432)
chr5 (10-492)||(37533178-37533660)
chr5 (10-491)||(37594403-37594884)
chr5 (10-483)||(37702755-37703228)
chr5 (10-473)||(37823992-37824455)
chr5 (10-474)||(37435803-37436267)
chr5 (10-473)||(37392492-37392955)
chr5 (204-473)||(37400672-37400941)
chr5 (204-492)||(37696799-37697087)
chr5 (10-277)||(37400412-37400679)
chr5 (10-277)||(37697080-37697347)
chr5 (135-474)||(37412981-37413320)
chr5 (260-474)||(37382185-37382399)
chr5 (138-462)||(37428840-37429164)
chr5 (132-179)||(37343272-37343319)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-483)||(14553197-14553670)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Original strand, 16842476 - 16842939
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842476 catcatcactttttcatctaccttatctttctaatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 16842575  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842576 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 16842675  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842676 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 16842775  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||   | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  16842776 tccaaaatcttaccgccctagatttatcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagggtatctcgatct 16842875  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaacctt 473  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  16842876 ttcacacaatacttttctttctatcaacactgatagcattgctgactccatcttacccaacctt 16842939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 132 - 382
Target Start/End: Original strand, 24217462 - 24217712
Alignment:
Q  132 aacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||   ||| |  |||||||  | ||||| |  |||||||| |    
T  24217462 aacatgttaaatggaacaattccgcaatggtgttattccttgccttcgttgttagagttggatcttagtgacaaccaaataacaggttcgattggtgaat 24217561  T
Q  232 tctcaacatattctttgaagtctt-tgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttacttacttat 330  Q
    ||||||| |||  ||||| | ||| | | ||| ||||||||||| || |||||  ||||| |||||||||||| | | || ||||||||| ||  ||||     
T  24217562 tctcaacttataatttga-gccttctatttctgtctaataacaatctgcaaggtgatttttcaaattcaatatataagcttcaaaatcttgctgccttaa 24217660  T
Q  331 atttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaa 382  Q
      ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24217661 gcttgtcatcaaacaacttgagtggtgttgtggactttcaccaattttcaaa 24217712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 37712184 - 37711721
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37712184 catcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcagataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37712085  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||||||||  ||||  ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||  || |||||||     
T  37712084 gagctatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattctttgccttcattgttagagttgggcctcagcgacaaccac 37711985  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  37711984 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaac 37711885  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  37711884 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtatctcgttct 37711785  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaacctt 473  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  37711784 ttcacacaatacttttctttctatcaacattgatagcagtattgactccatcatacccaacctt 37711721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 10 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 37640432 - 37639968
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||    
T  37640432 catcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttagcatataacaaactagttggcccaattccaattgaaatcgcaaaacgttccaaatt 37640333  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |  ||||| ||    
T  37640332 gagatatgtgggtttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagtgacaacaat 37640233  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  37640232 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgtatctctttaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaac 37640133  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||  ||||    
T  37640132 tccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaagttcccttgatct 37640033  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttg 474  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37640032 ttcccataatagttttctttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttg 37639968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 10 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 37533660 - 37533178
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||  |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37533660 catcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37533561  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  || |||||||     
T  37533560 gagctatgtgggtttgagtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttacacctcagcaacaaccac 37533461  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  37533460 ctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttcaac 37533361  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||  ||||    
T  37533360 tccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaggttcccttgatct 37533261  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagtattatcta 492  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37533260 ttcccataatagttttctttctatcaacattaatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatcta 37533178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 10 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 37594884 - 37594403
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||  |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37594884 catcatcactttttcatctacctcacctttctattttaggtttatcatataacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37594785  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  || ||||| ||    
T  37594784 gagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagaattgtacctcagcaacaacaat 37594685  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| |||    
T  37594684 cttacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgtttctctctaataacagcctacatggtcattttccaaattcaatatttcaac 37594585  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    ||||||||||  ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  37594584 tccaaaatctatcttacttaactttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtcgattttcaccaattttcaaaattaaacaaactagaatatctccatct 37594485  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagtattatct 491  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37594484 ttcacacaatagttttctttctatcaactttgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagttttatct 37594403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 10 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 37703228 - 37702755
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |  ||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37703228 catcatcactttttcatctacctcacctttttattttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37703129  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  || |||||||     
T  37703128 gagctatgtgggtttgagggataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagggttggtcctcggcgacaaccac 37703029  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  37703028 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttggatctctctagtaacaacctacatggtcattttccaaattcaatatatgaac 37702929  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |  |||  |||    
T  37702928 tccaaaatcttaccaacttagatttgtcgtcaacaaacttgagtggtgtcgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcattct 37702829  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttag 483  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702828 ttcacacaatagttttatttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttag 37702755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 37824455 - 37823992
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37824455 catcatcactttttcatctacctcatctttcttatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37824356  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    |||   ||||| ||| ||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  || |||||||     
T  37824355 gagtattgtggatttaagctttaacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgggcctcagcgacaaccac 37824256  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  37824255 ctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataacaacctacgaggtcattttccaaattcaatatttcaac 37824156  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  |||  |||    
T  37824155 tccaaaatcttaccgagttaattttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactaaattccctcgttct 37824056  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaacctt 473  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  37824055 ttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaacctt 37823992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 10 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 37436267 - 37435803
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||    
T  37436267 catcatcactttttcatctaccccacctttctcatttagatttatcatttaacaaactagttggcccaattccaattgaaattacaaaacgtttaaaatt 37436168  T
Q  110 gagctatgtgggttt-gagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaacca 208  Q
    ||||||||||||| | || | | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| |  ||||||||    
T  37436167 gagctatgtgggtctagaat-ataacatgttaaatggaacaattccacagtggtgttattatttgccttcattgttagagttgtacctccattacaacca 37436069  T
Q  209 tctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||  |||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  37436068 tctcacagggttcattggtgagttttcaacatattcttttcaatctttgactctctcaaataacaacctagaaggtcatttttcaaattcaatatttcaa 37435969  T
Q  309 ctccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatc 408  Q
    ||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || |||    | ||| |||    
T  37435968 ctccaaaatcttactgaattagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaacttaaaaatctaattctcctcaatc 37435869  T
Q  409 tttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttg 474  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37435868 tttcgcacaatagttttctttctatcaacactaatagcagtgctgactccatcttacccaaccttg 37435803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Original strand, 37392492 - 37392955
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||    
T  37392492 catcatcactttttcatctacccaacctttcttttttagatttatcatctaacaaactagttggcccaattccagttcaaatcacaaaacgctcaaaatt 37392591  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||  ||||  |||  ||   |||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  || |||||  |||     ||||||||    
T  37392592 gagcattgtgaatttaggttctaacatgtttaatggtacaattccgcagtggtgttattctttgccttcattaatagagttggacctcaatgacaaccat 37392691  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  37392692 ctcacagggttcattgatgagttttcaacttattctttgcaatctttgtatctctcaaataacaacctacatggtcattttccaaattcaatatttgaac 37392791  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  37392792 tccaaaatcttaccaacttagatttgtcttcaacaaacttaagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacagactatggtatctctatct 37392891  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaacctt 473  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  37392892 ttcacacaatggttttctttctatcaacattgatagcagtgttgacaccatcttacctaacctt 37392955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 204 - 473
Target Start/End: Original strand, 37400672 - 37400941
Alignment:
Q  204 aaccatctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatat 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37400672 aaccacctcacagggttcattggtgagttttcaacatattctttgcaatatttgcttctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37400771  T
Q  304 ttgaactccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttct 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400772 ttgaactccaaaatcttacttacttagatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttct 37400871  T
Q  404 ccatctttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaacctt 473  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  37400872 ccatctttcccataatagttttctttctatcaacattgatagcagtgctgactccatcttacccaacctt 37400941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 204 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 37697087 - 37696799
Alignment:
Q  204 aaccatctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatat 303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37697087 aaccacctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatctttgcatctctctaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatat 37696988  T
Q  304 ttgaactccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttct 403  Q
    || |||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||    
T  37696987 ttcaactccaaaaccttaccgagttatatttgtcatcaaccaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactatggcatct 37696888  T
Q  404 ccatctttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttagtattatcta 492  Q
    |  |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37696887 cgttctttcacacaatacttttcttgctatcaacactgatagcagtgctgactccatcttacccaaccttgttgacttagaattatcta 37696799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Original strand, 37400412 - 37400679
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  37400412 catcatcactttttcatctacctcatctttctcatttatatttatcatctaacaaactagttggcccaattccaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 37400511  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  || ||||| ||    
T  37400512 gagctatgtgtttttgggtgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttgtacctcagcaacaacaat 37400611  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacct 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||| ||||    
T  37400612 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37400679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 37697347 - 37697080
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  37697347 catcatcactttttcatctaccccacctttctcatttaggtttatcatttaacaaactagttgggccaattccaattgaaatcacaaaacgttccaaatt 37697248  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||| ||||||  ||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||  |||  ||  ||||||     
T  37697247 gagttatgtgtttttggatgataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttatacctggacctcagcagcaaccac 37697148  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacct 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||| ||||    
T  37697147 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgcaatatttggatctctctaataaccacct 37697080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 135 - 474
Target Start/End: Original strand, 37412981 - 37413320
Alignment:
Q  135 atgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttct 234  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||  ||| || ||| |||||| |||  |  ||||||| |||| ||||| |||||| |||||||    
T  37412981 atgttaaatggaacaaatcctcattggtgttattatttgttttctttattagagttgtacctcagtgacaaccacctcagagggtccattggagagttct 37413080  T
Q  235 caacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttacttacttatattt 334  Q
    |||| ||||| ||| |    |||  |||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||    
T  37413081 caacttattcgttgcaaaaattgcttctctctaataacaagttacatggtcattttccaaattcaatatttaaattccaaaatcttacttacttaggttt 37413180  T
Q  335 gtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatctttcacacaatagttttctttctatc 434  Q
    |||||||||||||||||  || | |||||| ||||| ||||||||||| ||  | ||||||   || ||  ||||||| | ||| | |||||||||| ||    
T  37413181 gtcatcaacaaacttgaacggcgatgtggactttcatcaattttcaaattttgaaaaactaactttccttgatctttcccgcaacaattttctttctgtc 37413280  T
Q  435 aacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttg 474  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  37413281 aacattggtagcagtgttgactccatctcacccaaccttg 37413320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 260 - 474
Target Start/End: Original strand, 37382185 - 37382399
Alignment:
Q  260 tctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgtt 359  Q
    |||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||| | || | |||||||||  | |||||   ||||||||||| |||||||||||||||    
T  37382185 tctctctaataacaacataaaaggtgattttccaaattcaatatataaattacaaaatctttttgacttaggattgtcatcaaccaacttgagtggtgtt 37382284  T
Q  360 gtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatctttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactcca 459  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |  || || ||||  || ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||    
T  37382285 gtggactttcaccaattttcaaattgtaagaagctatttttccttgatctttcccacaatagtttgctttctatcaatattgaaagcagagttgactcca 37382384  T
Q  460 tcttacccaaccttg 474  Q
    |||||||||||||||    
T  37382385 tcttacccaaccttg 37382399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 138 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 37429164 - 37428840
Alignment:
Q  138 ttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccatctcacagggttcattggtgagttctcaa 237  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |  |||||  ||     | ||||| ||||||||||  |||||||||||||| |    
T  37429164 ttaaacggaacaattccacactggtgttattccttgccttcgttgtcatggttgtatctcaatgataaccaactcacagggtcaattggtgagttctcta 37429065  T
Q  238 catattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaactccaaaatcttacttacttatatttgtc 337  Q
    |   ||| ||||| | | | |  ||||| ||||||||  |||| || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  37429064 ctagttcattgaattatctattcctctcgaataacaagttacatggtccttttccaaattcaatatttgaaatccaaaatcttacttacttagctttgtc 37428965  T
Q  338 atcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatctttcacacaatagttttctttctatcaac 437  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| || | ||||| || || ||   |||    || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37428964 atcaaccaacttgagaggtgtagtagacttttacaatttttctaagtttaaattacttactttcctcgatctttcgcacaatagctttctttctatcaac 37428865  T
Q  438 attgatagcaatgttgactccatct 462  Q
     |||| || ||| ||||||||||||    
T  37428864 tttgacagtaatattgactccatct 37428840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 37343319 - 37343272
Alignment:
Q  132 aacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcg 179  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  37343319 aacatgttaaatggaaaaattctaaattggtgttttactttgccttcg 37343272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 10 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 14553670 - 14553197
Alignment:
Q  10 catcatcactttttcatctaccttatctttctgatttatatttatcatttaacaaactggttggcccaattccaattgaaatcacaaaaacttcaaaatt 109  Q
    |||||||||||||| |||||||| | ||||||  ||||| |||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  14553670 catcatcactttttaatctacctcagctttcttttttatgtttatcatctaacaaactagttgggccgattgcaattgaaatcacaaaacgttcaaaatt 14553571  T
Q  110 gagctatgtgggtttgagtgagaacatgttaaatggaacaattccaaattggtgttattctttgccttcgttgttaaagttgtcccttcgctacaaccat 209  Q
    ||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || |||||||     
T  14553570 gagctatgtggatttaagttataacatgttaaatggaacaattccacattggtgttattctttgccttcgttgttagagttatccctcagcgacaaccac 14553471  T
Q  210 ctcacagggttcattggtgagttctcaacatattctttgaagtctttgtatctctctaataacaacctacaaggccattttccaaattcaatatttgaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14553470 ctcacagggttcattggtgagttttcaacttattctttgcaatctttggatctctcaaataacaacctacaaggtcattttccaaattcaatatttgaac 14553371  T
Q  310 tccaaaatcttacttacttatatttgtcatcaacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaacaaactatggtttctccatct 409  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |  ||| ||||    
T  14553370 tccaaaatcttaccgacttatatttgtcatccacaaacttgagtggtgttgtggattttcaccaattttcaaaattaaaaaaactaaattccctcgatct 14553271  T
Q  410 ttcacacaatagttttctttctatcaacattgatagcaatgttgactccatcttacccaaccttgttgacttag 483  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14553270 ttcacacaatagttttatttctatcaacattgatagcagtgctaactccatcttacccaaccttgttaacttag 14553197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University