View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6189_high_1 (Length: 743)
Name: NF6189_high_1
Description: NF6189
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6189_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 726
Target Start/End: Original strand, 16286618 - 16287334
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattcttaagaagcgtgcacatctcaa |
109 |
Q |
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| T |
16286618 |
aataatagatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattctttagaagcgtgcacatctcaa |
16286717 |
T |
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| Q |
110 |
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209 |
Q |
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| T |
16286718 |
atgagacacataacatgagacacaaggaatttcaacattaagaaatacaagaatttctgaacttttcttttatgcagactggtttttctgttagtcgaag |
16286817 |
T |
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| Q |
210 |
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309 |
Q |
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| T |
16286818 |
tctcttgggatatttcgagggggtaattacgttgttttacaatccacgtggaatcctagctgttgaaaccatttcaaacttgggaattatgtactatgtt |
16286917 |
T |
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| Q |
310 |
ttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggcattgtgacatcaatgttatttg |
409 |
Q |
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| T |
16286918 |
ttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggcattgtgacatcaatgttatttg |
16287017 |
T |
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| Q |
410 |
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509 |
Q |
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| T |
16287018 |
gtgttggatttcttactctgcaacaaaaacttctagataaaaaagaaaaaactcatattaaagcttatctattttggtgtttaacactttctgtcacagg |
16287117 |
T |
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| Q |
510 |
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609 |
Q |
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| T |
16287118 |
cttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaaggatacattaacagcagctatgttaactgatgcatatggt |
16287217 |
T |
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| Q |
610 |
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709 |
Q |
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| T |
16287218 |
tgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctctcagtaatcactacctttttgttcatagctttttgtttta |
16287317 |
T |
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| Q |
710 |
ctgtggtgagacctatc |
726 |
Q |
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| T |
16287318 |
ctgtggtgagacctatc |
16287334 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 17263161 - 17262429
Alignment:
| Q |
10 |
aataatatatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattcttaagaagcgtgcacatctcaa |
109 |
Q |
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| T |
17263161 |
aataatacatgaagtgcaaagatattctagtctcaacataatagtttccattgaaaattggcttaagtaatcatattcttaagaagcgtgcccatctcaa |
17263062 |
T |
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| Q |
110 |
atgagacacataacatgagacacaagga-----------------atttcaacattaagaaatacaagaatttctgaacttttcttttatgcagactggt |
192 |
Q |
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| T |
17263061 |
atgagacacataacatgagacacaaggagtaattagtcacaaggaatttcaacattaagaaatacaagaatttctgaacttttcttttatgcagactggt |
17262962 |
T |
|
| Q |
193 |
ttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattacgttgttttacaatccacgtggaatcctagctgttgaaaccatttcaaacttgg |
292 |
Q |
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| T |
17262961 |
ttttctgttagtcgaagtctcttgggatatttcgagggggtaattaccttgttttacaatccacgtggaatcctagctgttgaaaccatttcaaacttgg |
17262862 |
T |
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| Q |
293 |
gaattatgtactatgttttcctaagtggattagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggcattgt |
392 |
Q |
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| T |
17262861 |
gaattatgtactatgttttcctaagtggtttagagatgaattcagacaccatcttaagatcaagaaagaaaggcactagcatggcaattgctggcattgt |
17262762 |
T |
|
| Q |
393 |
gacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctgcaacaaaaacttctagatnnnnnnnnnnnnnctcatattaaagcttatctattttggtgttta |
492 |
Q |
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| T |
17262761 |
gacatcaatgttatttggtgttggatttcttactctg-aacaaaaacttctagataaaaaagaaaaaactcatattaaagcttatctattttggtgttta |
17262663 |
T |
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| Q |
493 |
acactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaaggatacattaacagcagctatgt |
592 |
Q |
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| T |
17262662 |
acactttctgtcacaggcttccccgtccttgctagaattcttgctaagcttaagcttttgtatacaaagcttggaaaggatacattaacagcagctatgt |
17262563 |
T |
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| Q |
593 |
taactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctctcagtaatcactacctttttgtt |
692 |
Q |
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| T |
17262562 |
taactgatgcatatggttgggttttgtttacattgttgattcctgctgctaataattggggagaaggttattatctctcagtaatcactacctttttgtt |
17262463 |
T |
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| Q |
693 |
catagctttttgttttactgtggtgagacctatc |
726 |
Q |
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| T |
17262462 |
catagctttttgttttactgtggtgagacctatc |
17262429 |
T |
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