View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6193_low_15 (Length: 274)

Name: NF6193_low_15
Description: NF6193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6193_low_15
NF6193_low_15
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-267)||(14090421-14090689)
chr8 (3-267)||(42277518-42277784)
chr8 (151-267)||(36831786-36831904)
chr8 (24-206)||(5339509-5339691)
chr8 (129-267)||(8269046-8269186)
chr8 (3-267)||(43095356-43095622)
chr8 (31-261)||(34662275-34662506)
chr8 (3-108)||(36831639-36831744)
chr8 (141-242)||(27470691-27470794)
chr8 (3-71)||(27470857-27470925)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (2-267)||(20216370-20216637)
chr7 (3-267)||(47247492-47247758)
chr7 (3-267)||(39973243-39973509)
chr7 (3-267)||(30712882-30713148)
chr7 (136-267)||(31188241-31188374)
chr7 (129-267)||(28244349-28244489)
chr7 (31-267)||(46271765-46272002)
chr7 (151-267)||(25783765-25783883)
chr7 (154-267)||(20219330-20219445)
chr7 (3-77)||(20221124-20221197)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (28-208)||(13681928-13682108)
chr6 (28-267)||(25062492-25062729)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (3-267)||(43628340-43628606)
chr1 (3-267)||(50543399-50543665)
chr1 (3-267)||(28793669-28793935)
chr1 (3-267)||(35065429-35065694)
chr1 (141-267)||(42097083-42097211)
chr1 (141-267)||(10885640-10885768)
chr1 (3-61)||(32298256-32298314)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (3-267)||(6658510-6658774)
chr5 (3-267)||(38364715-38364981)
chr5 (3-264)||(20828371-20828634)
chr5 (136-267)||(43453183-43453316)
chr5 (3-267)||(10014773-10015039)
chr5 (3-71)||(36339702-36339770)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (3-267)||(3408450-3408716)
chr2 (140-267)||(21639161-21639287)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (3-267)||(39347887-39348153)
chr3 (3-261)||(8626628-8626889)
chr3 (141-267)||(43722329-43722457)
chr3 (3-267)||(42722771-42723037)
chr3 (193-267)||(51897498-51897574)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (141-267)||(235319-235447)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (3-267)||(30844940-30845206)
chr4 (134-267)||(901535-901670)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 14090689 - 14090421
Alignment:
Q  1 gtttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatg 100  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14090689 gttttcaattatttgcagtggtatggaaatttaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagacgcgatacaagataaacagaccacctctatcatggatg 14090590  T
Q  101 cacggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcga 200  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14090589 cacggtggtggcgtgacagaatgcagcgcaccggtctttcttggcttcatgataccagctacaacctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtgga 14090490  T
Q  201 gaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14090489 gaggtgacacgaggagacttcgagtttccacctttcattaggggggatgacagtgacacttgatgatgt 14090421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 42277518 - 42277784
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||| || | | ||  | |||||||| || |    
T  42277518 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaaaatagaagcgatgcatgatgaagaaaacaaatttatcatggctgga 42277617  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||   |||| | |||  |||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||   ||| |||||||| || || ||||    
T  42277618 cggtggtgggagaacaaattgcatgacaccggccttggttggctccaggataccaactacagcatgattgaccatggtctaatttgtgccttcgttgaga 42277717  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  42277718 ggtggcacgaggagacttccaacttccaccttccgtttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 42277784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 267
Target Start/End: Original strand, 36831786 - 36831904
Alignment:
Q  151 gataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatga 248  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||   | |||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| |||||    
T  36831786 gataccagctacagcatgattgaccatggtttgatctgtgcctttgtggagaggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttggggagatga 36831885  T
Q  249 cagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  36831886 cagtcacacttgatgatgt 36831904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 5339509 - 5339691
Alignment:
Q  24 tggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgcacggtggtggcgtgacaaaatt 123  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||   ||||||||| |||||| ||||||    ||||| |     
T  5339509 tggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagcgatgcatgataatgacaccagacctatcatggctgcacgatggtgggagaacaaatta 5339608  T
Q  124 cagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg 206  Q
    ||| ||||| | |||  |||||| || || |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5339609 cagggcaccggccttggttggctccaggacaccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggagaggtg 5339691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 267
Target Start/End: Original strand, 8269046 - 8269186
Alignment:
Q  129 caccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttc 226  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||| | ||||||| | ||||||  ||||||||  |||||||||| || |  |||    
T  8269046 caccggtctttcttggcttaaggataccagctacaaccggattgaccacgacctgatttctacatttgcggagaggtggcacgaggagacatcaagcttc 8269145  T
Q  227 caccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    || ||||| ||  ||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  8269146 catcttccatttcgggagatgacagtgacacttaatgatgt 8269186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 43095356 - 43095622
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||   ||||||| | ||||    
T  43095356 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagcgatgcatgataatgacaccagacctatcatagctgca 43095455  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    ||||| ||     ||||| | ||| ||||| | |||  |||||| || || |||||||||| | ||||||||||   |||||||||| | ||||  ||||    
T  43095456 cggtgatgagagaacaaattgcagagcaccggccttgtttggctccaggacaccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtacctttgcggaga 43095555  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  | ||||||||||| |  |||||| |||  || |||| ||| ||||| |||||||| |||||    
T  43095556 ggtggcatgaggagacttccagcttccactttctatttggggagataacagtcacacttgacgatgt 43095622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 34662506 - 34662275
Alignment:
Q  31 ttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgcacggtggtggcgtgacaaaattcagcgca 130  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| | || ||| |||||  | ||||   ||||||| | |||||||||||||    ||||| ||||| |||    
T  34662506 ttaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagtgaggcatgataatgacaccagacctatcattgctgcacggtggtgggagaacaaatttcagggca 34662407  T
Q  131 ccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttcca 228  Q
     | | |||  |||||| || || |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| || |||||  || || ||||||| |  |||||    
T  34662406 tcggccttggttggctccaggacaccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggaaaggtggcacaagaagacttccagcttcca 34662307  T
Q  229 ccttccgttaggggggatgacagtaacacttga 261  Q
    ||||||||| |||| |||| |||| ||||||||    
T  34662306 ccttccgtttggggagatg-cagtcacacttga 34662275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 3 - 108
Target Start/End: Original strand, 36831639 - 36831744
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| |  ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  36831639 ttttaattatttgcaatggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatggctgca 36831738  T
Q  103 cggtgg 108  Q
    ||||||    
T  36831739 cggtgg 36831744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27470794 - 27470691
Alignment:
Q  141 ttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtgac--gaggagacttcgaatttccaccttccgtta 238  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   ||||   ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| |  ||||||||||||||     
T  27470794 ttggctccaggataccagctacaacatgattgaccatggtctggcctgtgcctttgtggagaggtgacacgaggagacttccagcttccaccttccgttt 27470695  T
Q  239 gggg 242  Q
    ||||    
T  27470694 gggg 27470691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 27470925 - 27470857
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgca 71  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||    
T  27470925 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcatcaacagaaagaagatagaagcgatgca 27470857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20216637 - 20216370
Alignment:
Q  2 tttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgc 101  Q
    |||||||||||||| || ||| |   ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  20216637 tttttaattatttgcagtggtgtcacaatttaatatgcatcaacaacggaaagaagatagaaacgatgcatgataaacagaccacccctatcatggttgc 20216538  T
Q  102 acggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgag 201  Q
    | ||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||  ||| |||| ||||||||| |||    
T  20216537 atggtggtggcgtgacataatgcagggcacctgtctttcttggcttcaggacaccagctacagcttgattgaccacggtctaatttctgcatttgtggag 20216438  T
Q  202 aggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  20216437 aggtggtacgaggagacttcgagttttcaccttccgtttggggagatgacaatgacacttgatgatgt 20216370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 47247492 - 47247758
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| |||||  | ||||   ||||||||| ||||    
T  47247492 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacgaaaagaagatagaagcgatgcatgataatgacaccagacctatcatggctgca 47247591  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| ||||||| |||  |||||| || || |||||||||| | |||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||    
T  47247592 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccagccttggttggctccaggacaccagctacaacatgattgaccatagtctgatttgtgcctttgtggaga 47247691  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||| || | || ||||||||| |||||||| |||||    
T  47247692 ggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccatttgtggagatgacagtcacacttgacgatgt 47247758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 39973243 - 39973509
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||  | ||||   ||||||||| ||||    
T  39973243 ttttaattatttgcagtggtgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagcaatgcatgataatgacaccagacctatcatggctgca 39973342  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| |||||   |||  ||||||  | || |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||  ||||| ||||    
T  39973343 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccgaccttggttggctcaaggacaccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgtctttgtggaga 39973442  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||| |||||    
T  39973443 ggtggtacgaggagacttccagcttccaccttccgtttggggagatgacaatcacacttgacgatgt 39973509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 30713148 - 30712882
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||  | ||||   ||||||||| ||||    
T  30713148 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagcgatgcatgataatgacaccaaacctatcatggttgca 30713049  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| ||||||| |||  |||||| || || |||||||||| | ||||||||||   | | |||||||| ||||| || |    
T  30713048 cggtggtgggagaacaaattgcagtgcaccagccttggttggctccaagacaccagctacatcatgattgaccattgtttaatttgtgcctttgtggata 30712949  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  |||||||||| |||  ||| | ||||||| |||||||| |||||    
T  30712948 ggtggcacgaggagacttccagcttccaccttcagtttagggaggtgacagtcacacttgacgatgt 30712882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 31188374 - 31188241
Alignment:
Q  136 ctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttc 233  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||   |||||||||||| ||||| ||||||||  || |||||||||| |  ||||||||||    
T  31188374 ctttgttggcttcaggataccagctacaacatgattggccattgtctgatttgtgcctttgtggagaggtggcacaaggagacttccagcttccaccttc 31188275  T
Q  234 cgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31188274 cgtttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 31188241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 129 - 267
Target Start/End: Original strand, 28244349 - 28244489
Alignment:
Q  129 caccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttc 226  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| ||  ||||||||| | ||| | | ||||||||   |||||||  |||||||||||||||  |||    
T  28244349 caccggtctttcttagcttcatgatacaagctacaaccaaattgaccacgacctgctatctgcatttgcgcagaggtgtcacgaggagacttcgagcttc 28244448  T
Q  227 caccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    || |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  28244449 catcttccgtttggggagatgacagtgacacttgatgatgt 28244489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 46272002 - 46271765
Alignment:
Q  31 ttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgcacggtggtggcgtgacaaaatt-cagcgc 129  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||  ||||  | ||||   ||||||||| |||||| |||||| | ||  ||||| ||| ||    
T  46272002 ttaaaatgcatcaacaacgaaaagaagatagaagcgatgcataataatgacaccagacctatcatggttgcacgatggtgg-gagaagaaattgcagggc 46271904  T
Q  130 accagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttcc 227  Q
    ||||| |||  |||||| || || |||||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| |||| |  ||||    
T  46271903 accagccttggttggct-caggacaccagctacaacctgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtagagaggtggcacgaagagccttccagcttcc 46271805  T
Q  228 accttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||| |||  |||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  46271804 acctttcgtatgggaagatgacagtcacacttgacgatgt 46271765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 25783883 - 25783765
Alignment:
Q  151 gataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatga 248  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||| ||| |  |||||||||| |||  ||| |||||    
T  25783883 gataccagctacaacctcattgaccatcgtcttatttgtgcctttgtggagaggtggcacgaggagaattccagcttccaccttctgtttagggagatga 25783784  T
Q  249 cagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  25783783 cagtcacacttgatgatgt 25783765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20219445 - 20219330
Alignment:
Q  154 accagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacag 251  Q
    |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||  ||||| ||||||||  || |||||||||| |  |||||||||| ||| |||| |||||||     
T  20219445 accagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgtctttgtggagaggtggcacaaggagacttccagcttccaccttctgtttggggagatgacaa 20219346  T
Q  252 taacacttgatgatgt 267  Q
    | |||||||| |||||    
T  20219345 tcacacttgacgatgt 20219330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 20221197 - 20221124
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataa 77  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  20221197 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaaaggaaagaa-atagaagcgatgcatgataa 20221124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 28 - 208
Target Start/End: Original strand, 13681928 - 13682108
Alignment:
Q  28 aatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgcacggtggtggcgtgacaaaatt-cag 126  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||  | ||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||    
T  13681928 aatttaaaatgcatcaacgatggaaagaagatagaagcgatatatgataaacattccatccctatcatggctgcacggtggtgacatgacaaaattgcag 13682027  T
Q  127 cgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtgac 208  Q
     |||||  |||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  13682028 ggcaccgatctttcttgg-tttaggataccaactacagactgattgaccacggtctgatttttgcatttgtggagaggtgac 13682108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 28 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 25062729 - 25062492
Alignment:
Q  28 aatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgcacggtggtggcgtgacaaaattcagc 127  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | | |||||| ||| |  | ||||   |||||||||||||| |||||||| ||||    ||||       
T  25062729 aatttaaaatgcatcaaaaatgggaagaagattaatgtgatgcatgatgacgataccaagcctatcatggatgcatggtggtggagtgatgggattc--- 25062633  T
Q  128 gcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaattt 225  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||  |||| | | ||||||| | ||||||||  |||||||||||||||  ||    
T  25062632 -caccagtctttcttggcttcaggatatcagctactgccagattgaccacggtctgctatctgcatttatggagaggtgacacgaggagacttcgagctt 25062534  T
Q  226 ccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||| ||| |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  25062533 ccatctttcgtttgggaagatgacagtgacacttgatgatgt 25062492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43628606 - 43628340
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| |||||  | || |   ||||||||| | ||    
T  43628606 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacgaaaagaagatagaagcgatgcatgataatgacacaagacctatcatggcttca 43628507  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| ||||| | |||  |||||| || || || ||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||    
T  43628506 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccggccttggttggctccaggacactagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggaga 43628407  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  43628406 ggtggcacgaggagacttccaccttccaccttccgtttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 43628340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 50543399 - 50543665
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || |   |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||  | ||||   ||||||||| ||||    
T  50543399 ttttaattatttgcagtgacgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagcgatgcatcataatgacaccagacctatcatggctgca 50543498  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| ||||| | |||  |||||| ||  | |||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||    
T  50543499 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccggccttggttggctccagaacaccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggaga 50543598  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  50543599 ggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttggggagatgacagtcacacttgacgatgt 50543665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 28793935 - 28793669
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    |||||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  28793935 ttttaattatttgtagtggcgtgaaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatggctgca 28793836  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | | ||| |||||   |||  ||| || || ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| |||||  ||||  |||    
T  28793835 cggtggtgggagaacagattgcagggcaccgaccttggttgactccaagataccagctacaacatgattgaccatggtctgatatgtgccattgtgtaga 28793736  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  28793735 ggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccatttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 28793669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 35065429 - 35065694
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| | |||||||||||| || | |||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  35065429 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaatgaaaatgcatcaacaacgaaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatggttgca 35065528  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| |||||   |||  |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   ||| || ||||| ||||| ||||    
T  35065529 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccgaccttggttggctccaggataccagctacaacatgattgaccatggtctaatctgtgcctttgtggaga 35065628  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| || |||||||||| ||| |||| ||||||| | || |||||||||||    
T  35065629 ggtggcacgaggagacttccaacttccaccttcggtttggggagatgacaatcac-cttgatgatgt 35065694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 42097211 - 42097083
Alignment:
Q  141 ttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtgac--gaggagacttcgaatttccaccttccgtta 238  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||||| |||||  |||||||||  ||||||||||| |  ||||||||||||||     
T  42097211 ttggctccaggataccagctacaacatgattgaccatggtctgatctgtgcctttgtgaagaggtgacacgaggagacttccagcttccaccttccgttt 42097112  T
Q  239 ggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  42097111 agggagatgacagtcacacttgatgatgt 42097083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 141 - 267
Target Start/End: Original strand, 10885640 - 10885768
Alignment:
Q  141 ttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgtta 238  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||  |||| |||| ||| ||||| | ||||||  ||||||||||||| |  ||||| ||||| ||     
T  10885640 ttggctccaggataccagctacatcatgattgaccatgatctaatttatgcctttgtggggaggtggcacgaggagacttccagcttccagcttccattt 10885739  T
Q  239 ggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  |||| ||| ||||||||||||||    
T  10885740 ggggaaatgaaagtcacacttgatgatgt 10885768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 32298314 - 32298256
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatag 61  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  32298314 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatag 32298256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 6658510 - 6658774
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  6658510 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatggttgca 6658609  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | | ||| ||||| | |||  ||||||  | ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||    
T  6658610 cggtggtgggagaacagattgcagggcaccggccttggttggctctaggataccagctacaacatgattgaccatggtctgatctgtgcctttgtggaga 6658709  T
Q  203 ggtgacgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| | |||||||||| |  |||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  6658710 ggtggcaaggagacttccagcttccaccttctgtttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 6658774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 38364715 - 38364981
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| |  | || |   ||||||||| ||||    
T  38364715 ttttaattatttgcagtggagtggaaaattaaaatgcatcaacaatggaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacacaagacctatcatggctgca 38364814  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | |  || ||||| | |||  |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||||| ||||| |||     
T  38364815 cggtggtgggagaacagattgtagggcaccggccttggttggctccaggataccagctacaacatgattgaccatggtctgatatgtgcctttgtggagt 38364914  T
Q  203 ggtgac--gaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| |  ||||||||||| |  ||||||||||| || |||| ||||| ||| ||||||||||||||    
T  38364915 ggtggcatgaggagacttctagattccaccttccatttggggagatgatagtcacacttgatgatgt 38364981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 3 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 20828634 - 20828371
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||| ||||||| || ||  |||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  20828634 ttttagttatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacagaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatggctgca 20828535  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | | ||  ||||| | |||  |||| | || ||||||||||||||  ||||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||    
T  20828534 cggtggtgggagaacagattgcatggcaccggccttggttgggtccaagataccagctacagtatgattgaccatggtctgatctgtgcctttgtggaga 20828435  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatga 264  Q
    ||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||||||    
T  20828434 ggtggcacgaggagacttccaggttccaccttccgttcggggaggtgacagtcacacttgatga 20828371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 136 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 43453316 - 43453183
Alignment:
Q  136 ctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttc 233  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  | ||||||| ||| |  ||||| ||||    
T  43453316 ctttcttggcttcatgatacaagctacattcaaattgaccacaacttgatttctgcatttgtggagaggtggcatgaggagatttcaagcttccatcttc 43453217  T
Q  234 cgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| |||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  43453216 cgtttggggagatgacaatgacacttgatgatgt 43453183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 10014773 - 10015039
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||| | || ||  |||||| |||||||||||||| || | |||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||| | ||||    
T  10014773 ttttaattattcgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacgaaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacaccagacctatcatagctgca 10014872  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | | ||  ||||| | |||  |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||| ||| | ||||    
T  10014873 cggtggtgggagaacagattgcacggcaccggccttggttggctccaggataccagctacagcatgattgaccatggtctgatttgtgcctttatggaga 10014972  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  | ||| ||||||  |  || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  10014973 ggtggcatgagaagactttcagctttcaccttccgtttggggagatgacagtcacacttgatgatgt 10015039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Original strand, 36339702 - 36339770
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgca 71  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| || |||||    
T  36339702 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcagcaacggaaagaagatagaagcaatgca 36339770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 3408716 - 3408450
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||| | |||||| |||||  | ||||   ||||||||| ||||    
T  3408716 ttttaattatttgtagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaactgaaaaaagatagaagtgatgcatgataatgacaccagacctatcatggttgca 3408617  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||||| | ||| |||||   |||  |||||| || || |||||||||||| ||||||||||   |||||||| ||| ||| | ||||    
T  3408616 cggtggtgggagaacaaattgcagggcaccgaccttggttggctccaggacaccagctacagcatgattgaccatggtctgatttatgcctttttggaga 3408517  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| |||||    
T  3408516 ggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttcgggagatgacagtcacacttgacgatgt 3408450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 140 - 267
Target Start/End: Original strand, 21639161 - 21639287
Alignment:
Q  140 cttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgtt 237  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| ||| ||||| ||||||||  || |||||||||| |  ||||||||    ||    
T  21639161 cttggcttcaggataccagctacagcctgattgaccatggtctaatttatgcctttgtggagaggtggcacaaggagacttccagcttccacct---att 21639257  T
Q  238 aggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
     |||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  21639258 tggggagataacagtcacacttgatgatgt 21639287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 7e-21; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 39347887 - 39348153
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    |||||||||||||  | ||  |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| | |||||| ||| |  | | ||   ||||||||| ||||    
T  39347887 ttttaattatttgctgtggcgtggaaaattaaaatgcatcaacaacggaaagaagatagaagagatgcatgatgatgacatcaaacctatcatggctgca 39347986  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    ||||||| |    ||| | | ||| ||||||| |||  ||||||  | ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||    
T  39347987 cggtggtaggagaacagattgcagggcaccagccttggttggctctaggataccagctacaacatgattgaccatggtctgatctgtgcctttgtggaga 39348086  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||| ||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  39348087 ggtggcacgaggatacttccagcttccaccttccgtttggggagatgacaatcacacttgatgatgt 39348153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 8626889 - 8626628
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatca-tggatgc 101  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||  | || |   |||||| ||| |||    
T  8626889 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgtatcaacaatgaaaaaaagatagaagcgatgcatgataatgacactagacctatcaatggctgc 8626790  T
Q  102 acggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgag 201  Q
    ||||||||||    ||||| | ||  |||||   |||  |||||| || || |||| ||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||     
T  8626789 acggtggtgggagaacaaattgcaaggcaccgaccttggttggctccaggacaccatctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggat 8626690  T
Q  202 aggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttga 261  Q
    |||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  8626689 aggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttggggagatgacagtcacacttga 8626628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 141 - 267
Target Start/End: Original strand, 43722329 - 43722457
Alignment:
Q  141 ttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgtta 238  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||   |||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| |  |||||||||| |||     
T  43722329 ttggctccaggataccagctatagcatgattgaccatggtctgatctgtgcctttgtggagaggtggcacgaggagacttccagcttccaccttctgttt 43722428  T
Q  239 ggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
     ||| |||||||||  |||||||||||||    
T  43722429 agggagatgacagtctcacttgatgatgt 43722457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Original strand, 42722771 - 42723037
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||| ||| |  | ||||   ||||||||| ||||    
T  42722771 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcagcaacggaaagaagatagaagtgatgcatgatgatgacaccagacctatcatggctgca 42722870  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    || ||||||    ||| | | ||| ||||| | |||  |||||| || || |||||||||| | ||||||||||   |||||   |||| ||||| || |    
T  42722871 cgatggtgggagaacagattgcagggcaccggccttggttggctacaggacaccagctacaacatgattgaccatggtctgaaccgtgcctttgtggaaa 42722970  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||  ||||||||||||| |  ||||||||| |||| ||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  42722971 ggtggcacgaggagacttccagcttccacctttcgtttggggaaatgacagtcacacttgatgatgt 42723037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 267
Target Start/End: Original strand, 51897498 - 51897574
Alignment:
Q  193 tttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  51897498 tttgtggagaggtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttggggagatgacaatcacacttgatgatgt 51897574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 141 - 267
Target Start/End: Original strand, 235319 - 235447
Alignment:
Q  141 ttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgtta 238  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||  ||||| ||||||| |  ||||||||||| ||     
T  235319 ttggctccaggataccagctacaacatgattgaccatggtctgatttgtgcctttgtggagaggtggcacgagtagacttccagcttccaccttccattt 235418  T
Q  239 ggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  235419 ggggagatgacattcacacttgatgatgt 235447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 30845206 - 30844940
Alignment:
Q  3 ttttaattatttgtagcggtatggaaatttaaaatgcatcaataatggaaagaagatagacgcgatgcaagataaacagaccatctctatcatggatgca 102  Q
    ||||||||||||| || ||  |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||| |  | ||||    |||||| | ||||    
T  30845206 ttttaattatttgcagtggcgtggaaaattaaaatgcatcaataacggaaataagatagaagagatgcatgatcatgacaccagacttatcatagctgca 30845107  T
Q  103 cggtggtggcgtgacaaaattcagcgcaccagtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgaga 202  Q
    |||||||||    ||| | | ||  |||||   |||  |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||   |||||| | ||| ||||| ||||    
T  30845106 cggtggtgggagaacagattgcatggcaccgaccttggttggctccaagataccagctacatcatgattgaccatggtctgatctatgcctttgtggaga 30845007  T
Q  203 ggtg--acgaggagacttcgaatttccaccttccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
     |||  ||||||||||||| |  |||||||||||||| | || ||| ||||| ||||||||||||||    
T  30845006 tgtggcacgaggagacttccagcttccaccttccgtttgaggagataacagtcacacttgatgatgt 30844940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 267
Target Start/End: Original strand, 901535 - 901670
Alignment:
Q  134 gtctttcttggcttcatgataccagctacagcctgattgaccacaatctgatttgtgcatttgtcgagaggtg--acgaggagacttcgaatttccacct 231  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||| ||||  |||||||||| ||||  | | ||||||||  ||||||||  |||| ||||||| ||  ||||| ||    
T  901535 gtctttcttggctttagaataccagcttcagcaagattgaccacgatctcctatctgcatttgcagagaggtggcacgatgagactttgagcttccatct 901634  T
Q  232 tccgttaggggggatgacagtaacacttgatgatgt 267  Q
    ||  || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  901635 tctatttggggagatgacagtgacacttgatgatgt 901670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University