View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6199_low_21 (Length: 250)

Name: NF6199_low_21
Description: NF6199
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6199_low_21
NF6199_low_21
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (11-250)||(20379277-20379516)
chr5 (11-250)||(21865504-21865743)
chr5 (77-247)||(20666830-20667000)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (14-250)||(28270642-28270878)
chr6 (14-250)||(28305611-28305847)
chr6 (14-250)||(28349392-28349628)
chr6 (15-250)||(16582432-16582667)
chr6 (15-250)||(16612713-16612948)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (11-250)||(30690962-30691201)
chr2 (11-250)||(21114033-21114272)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (11-250)||(4949263-4949502)
chr7 (36-223)||(1959087-1959274)
chr7 (17-223)||(1956601-1956806)
[»] scaffold0605 (1 HSPs)
scaffold0605 (11-250)||(6324-6563)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (11-247)||(143886-144122)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Original strand, 20379277 - 20379516
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20379277 cagagacaaccattatctcatcctgttgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 20379376  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20379377 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctagtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 20379476  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
20379477 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 20379516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21865743 - 21865504
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
21865743 cagagacagccattatctcttcctattgtcagcactcaagctgagaaggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgcaagtactcctcaacatg 21865644  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
21865643 ctatgcttgaaggttatctttggagtacaccctttggttctagtgaagtattccgtcccgatatctctaaagttcaagctccttttgtgcaactaacaac 21865544  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21865543 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 21865504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 77 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20667000 - 20666830
Alignment:
77 atttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgact 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | || | || || ||    
20667000 atttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctatgtttgaaggttatctctggagcacacccttcggttctggtgaagtactccgccttgttgtct 20666901  T
177 ctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagct 247  Q
    | ||||| |||||||||||||||| ||  | || |  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||    
20666900 ccaaggtccaagctccttttgtgccacatataatgtttatccctcaattgggccctttgttccctcaagct 20666830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 28270642 - 28270878
Alignment:
14 agacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28270642 agacaaccattatctcatcctattgtcagcactcaggatcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 28270741  T
114 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28270742 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtattttgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 28270841  T
214 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28270842 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 28270878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 28305611 - 28305847
Alignment:
14 agacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28305611 agacaaccattatctcatcctattgtcagcactcaggatcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 28305710  T
114 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28305711 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtattttgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 28305810  T
214 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28305811 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 28305847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 14 - 250
Target Start/End: Original strand, 28349392 - 28349628
Alignment:
14 agacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28349392 agacaaccattatctcatcctattgtcagcactcaggatcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgcta 28349491  T
114 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28349492 tgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtattttgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcc 28349591  T
214 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
28349592 tatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 28349628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 250
Target Start/End: Original strand, 16582432 - 16582667
Alignment:
15 gacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
16582432 gacagccattatctcatcctattgtcagcactcaagctcagacagttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtactcctcaacatgctat 16582531  T
115 gcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
16582532 gcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgccctgatgtctctaaggttcaagctccttttgtgcaaccgacaacgcct 16582631  T
215 atccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16582632 atccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 16582667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 15 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16612948 - 16612713
Alignment:
15 gacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
16612948 gacagccattatctcatcctattgtcagcactcaagctcagacagttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtactcctcaacatgctat 16612849  T
115 gcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
16612848 gcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgccctgatgtctctaaggttcaagctccttttgtgcaaccgacaacgcct 16612749  T
215 atccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16612748 atccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 16612713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30691201 - 30690962
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30691201 cagagacaaccattatctcatcctgttgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 30691102  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30691101 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttcttgtgaagtattttgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 30691002  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
30691001 gcctatccctcaaccggttcctttgttccctcaagctgct 30690962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Original strand, 21114033 - 21114272
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
21114033 cagagacagtcattatctcatcctattgtcagcattcaagctcagacggttgcttccactactccgatttcaatagtgtttgctagtagtcctcaacatg 21114132  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||     
21114133 ctatgcttgaaggttatatctagggcacaccctttggttctagtgatgtattccttcccgatgtctctaaggttcaagttccttttgtgcaacagacaaa 21114232  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||||||| |||||| ||| | |||| |||||||| |||||    
21114233 gcctatctctcaactgggccatttgctccctcaacctgct 21114272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 4949502 - 4949263
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
4949502 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcagactcagacagttgcttccactaccccgatttcaacggtgtttgctagtactcctcaacatg 4949403  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
4949402 ctatgctggaaggttatctttggagtacaccctttgattctggtgaagtattccgtcccgatgtctctaaggttcaagctccttttgtgcaactaacaac 4949303  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
4949302 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaatctgct 4949263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 36 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1959274 - 1959087
Alignment:
36 ttgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctatgcttgaaggttatctatgggg 135  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |  | |||||||||||||||||| || |||||||| ||| |    
1959274 ttgtcagcactcaagctcagacggttgcttccactacacctatttcaacagtgttcgccaacactcctcaacatgctatgctggagggttatctctggag 1959175  T
136 cacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcctatccctcaa 223  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||| ||||| | || |||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||    
1959174 cacacctttaagttctggtgaagtattccgtcccgttgtctctgaggttcaagctccgtttgtgcaacagacgacgcctatccctcaa 1959087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 223
Target Start/End: Original strand, 1956601 - 1956806
Alignment:
17 cagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatgctatgc 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| |||||    
1956601 cagccattatctcttcctattgtcagcactcaagcttagaaggttgcttccactaccccgatttcaacagtgttcgctagtactccttatcatgttatgc 1956700  T
117 ttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaacgcctat 216  Q
    |||    ||||||  ||  |||||| ||  ||| ||||||||||||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||    
1956701 ttgtgaattatctccggaacacacctttaagttttggtgaagtattatgtcc-gatgtctctgaggttcaagctccttttgtgaagcagacgacgccaat 1956799  T
217 ccctcaa 223  Q
    |||||||    
1956800 ccctcaa 1956806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0605 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0605
Description:

Target: scaffold0605; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6563 - 6324
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
6563 cagagacagccattatctcttcctattgccagcactcaagctgagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtactcctcaacatg 6464  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
6463 ctatgctggaaggttatctttggagcacaccctttggttttggtgaagtattccatcccaacgtctctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacagc 6364  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagctgct 250  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
6363 gccgatccctcaaccgggtcctttgttccctcaatctgct 6324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 11 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 144122 - 143886
Alignment:
11 cagagacagccattatctcatcctattgtcagcactcaggctcagacggttgcttccactaccccgatttcaacagtgtttgctagtagtcctcaacatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
144122 cagagacagccattatctcatcctattgtcagctctcaagctcagacggttgcttccaccaccccaatttcaacagtattttctagtagtcctcaacatg 144023  T
111 ctatgcttgaaggttatctatggggcacaccctttggttctggtgaagtatttcgtcctgatgactctaaggttcaagctccttttgtgcaactgacaac 210  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
144022 ctatgcttgaaggttatctctggggcacaccctttggttctagtgaagtatttcgtcccgatatctccaaggttcaagctccctttgtgcaactgacaac 143923  T
211 gcctatccctcaaccgggtcctttgttccctcaagct 247  Q
     || ||||||||| |||  ||| ||||||||||||||    
143922 accgatccctcaatcggaccctatgttccctcaagct 143886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University