View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6203_low_1 (Length: 914)

Name: NF6203_low_1
Description: NF6203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6203_low_1
NF6203_low_1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (11-914)||(53491223-53492129)
chr3 (11-663)||(53498819-53499468)
chr3 (66-412)||(16069958-16070303)
chr3 (677-872)||(53499888-53500085)
chr3 (477-663)||(16070390-16070576)
chr3 (695-898)||(16071131-16071337)
chr3 (152-190)||(53516478-53516516)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (119-654)||(45354908-45355440)
chr7 (739-895)||(45354189-45354343)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 889; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 889; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 914
Target Start/End: Original strand, 53491223 - 53492129
Alignment:
Q  11 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491223 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 53491322  T
Q  111 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491323 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 53491422  T
Q  211 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491423 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 53491522  T
Q  311 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491523 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 53491622  T
Q  411 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491623 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 53491722  T
Q  511 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491723 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 53491822  T
Q  611 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaacaggaggaaaggcctcaaatactcattacagatgccaaagatgcatata 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491823 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaacaggaggaaaggcctcaaatactcattacagatgccaaagatgcatata 53491922  T
Q  711 ttaaggcagattcctaaaataacta---gacggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgcaaaagcactgtgaccttcttgccaaaggaactcac 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53491923 ttaaggcagattcctaaaataactacttgacggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgcaaaagcactgtgaccttcttgccaaaggaactcac 53492022  T
Q  808 gactcctgcaatcaaaatttgaataagcaccctaaaatgggactataaacaagttccaatataaagtagatgtgcatgataaaaacaatatccaagacta 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53492023 gactcctgcaatcaaaatttgaataagcaccctaaaatgggactataaacaagttccaatataaagtagatgtgcatgataaaaacaatatccaagacta 53492122  T
Q  908 attcacc 914  Q
    |||||||    
T  53492123 attcacc 53492129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 663
Target Start/End: Original strand, 53498819 - 53499468
Alignment:
Q  11 aacctgtgaaaaattgaagtgatttatttggtatctcattgaacataaacagtagaagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaa 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  53498819 aacctgtgcaaaattgaagtgatttatttggtgtctcattgaacatacagggtagaagcaaaatgacatgtg--agaatataagagcaacaacaggacaa 53498916  T
Q  111 catagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaaca 210  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |    
T  53498917 catagataacctgtttattttctaaatccattggcctaatttcaatccttagagggacgcctttcatttcccattcagaatacttcttttcaggagagta 53499016  T
Q  211 gttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 310  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53499017 gctatctctagaatctaactcagcacgtatttt-tgcttcacacagcatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatcttt 53499115  T
Q  311 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53499116 gtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcgccatgaaccatcaccattgctccaatctgt 53499215  T
Q  411 taaaaaagcggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 510  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53499216 taaataagcggactaaaatataaatgcaatcgtacataaaaggagttcttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatag 53499315  T
Q  511 ccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttg 610  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  53499316 ccccatgagttctgccaaaccattgctttctctcccttcttatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtcccaagcaatgggtagttg 53499415  T
Q  611 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaaca 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53499416 caccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaactgaaca 53499468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 66 - 412
Target Start/End: Original strand, 16069958 - 16070303
Alignment:
Q  66 aagcaaaatgacatatgtaagaatataagagcaacaacaagacaacatagataacctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagg 165  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||| || |  |||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | ||| |||    
T  16069958 aagcataatgacatatgaaagaatacaagtgcaataatataacaacattaataacctgcttatttcctaaaccctttagcccaatttcaaccattaaagg 16070057  T
Q  166 gacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaacagttatctctagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcac 265  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||||    
T  16070058 gacacctttcatttcccattcagaatactttctttcaagagaatagttatctctagaatctaactcggcacgaatttttt-cttcacgcaacatcttcac 16070156  T
Q  266 agttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatctttgtaaggcactggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcacc 365  Q
     | ||||||||||| ||||| |||||||| |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  16070157 ggctgctttacaagcgtcattgattccttcacaatcaacgtttttgtaaggcactggaatcacaatgacttgagttgatgctactttaggcggtagcacc 16070256  T
Q  366 aatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgtta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16070257 aatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcactccaatctgtta 16070303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 677 - 872
Target Start/End: Original strand, 53499888 - 53500085
Alignment:
Q  677 caaatactcattacagatgccaaagatgcatatattaaggcagattcctaaaataacta---gacggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgca 773  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53499888 caaagactcattacagatgccaaaaatgcatatagtaaggcagattcctaaaataactacttgatggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgca 53499987  T
Q  774 aaagcactgtgaccttcttgccaaaggaactcacgactcctgcaatcaaaatttgaataagcaccctaaaatgggactataaacaagttccaatataaa 872  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  53499988 aaagcaccgtgaccttcttgccaaagaaactcacgactcctgcaatcaaaatttgtataagcaccc-aaaatgggactatgaacaagtttcaatataaa 53500085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 477 - 663
Target Start/End: Original strand, 16070390 - 16070576
Alignment:
Q  477 tagacattaaaagcttacagttcgagtagaatagccccatgaattctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttt 576  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||| ||| |||||     
T  16070390 tagacattgaaagcttacagttcgagtagaaaacccccatgagttctgccaaaccattgttttctctaccttcttatcttcaaagtttatctcaaacttc 16070489  T
Q  577 tcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttgcaccttgtatcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaaaattgaaca 663  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  16070490 tcagcaaacttttgtcccaaacaatgggtagctgcaccttgtatcccacgaccaatgtttggaataaaagcctagaaaaattgaaca 16070576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 695 - 898
Target Start/End: Original strand, 16071131 - 16071337
Alignment:
Q  695 gccaaagatgcatatattaaggcagattcctaaaataacta---gacggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgcaaaagcactgtgaccttct 791  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||   || ||||||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||||||||| ||||||    
T  16071131 gccaaatatgcaaatattaaggcaaattcctaaaacaactacttgatggaatacctctgcatctgcttcttcctcagaagcaaaagcactgtgtccttct 16071230  T
Q  792 tgccaaaggaactcacgactcctgcaatcaaaatttgaataagcaccctaaaatgggactataaa--caagttccaatataaagtagatgtgcatgataa 889  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| |  | ||||||   |||||| |  ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  16071231 tgccaaagaaactcacgactcctgcaatcaaaatttgtctaa-ctgcttaaaat-atactatatatgcaagttctaatacaaagtagatgtgcgtgataa 16071328  T
Q  890 aaacaatat 898  Q
    |||||||||    
T  16071329 aaacaatat 16071337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 190
Target Start/End: Original strand, 53516478 - 53516516
Alignment:
Q  152 tcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaa 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  53516478 tcaatccttagagggacacctttcatttcccattcagaa 53516516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 119 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 45355440 - 45354908
Alignment:
Q  119 acctgcttatttactaaatcctttggcccaatttcaatccttagagggacacctttcaattcccaatcagaatacttcctttcaggagaacagttatctc 218  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||| |||| | |||||||| |||| ||||    
T  45355440 acctgcttatttgctaaatccttgggcccgatttcaatccttagaggaacacctttcatttcccactgagaatatttccatccaggagaatagttgtctc 45355341  T
Q  219 tagaatctaactcagcacgtattttttgcttcacacaacatattcacagttgctttacaagtgtcatagattccttgagtatcaacatctttgtaaggca 318  Q
    | | |||| |||||||||| |||  | |||||  |||||||||||||||||||  |||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45355340 tggcatctgactcagcacgaattcct-gcttccaacaacatattcacagttgcggtacaggcatcaaagattccttgagtatcagcatctttgtaaggca 45355242  T
Q  319 ctggaatcacaatgacttgagtcgatgctactttaggaggtagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcgctccaatctgttaaaaaag 418  Q
    | ||||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||    
T  45355241 caggaatcacaatgacttgaactgatgctactttaggtggcagcaccaatcccttgtcatcaccatgaaccatcaccatcaccccaatctgttgaaaaag 45355142  T
Q  419 cggacaaaaatataaatgcaatcgtacataagaggaatccttccattcatgtatactctagacattaaaagcttacagttcgagtagaatagccccatga 518  Q
    || | | |||  | ||||||||| ||  | |||  |||  | | || |||||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  45355141 cgcaaagaaacgttaatgcaatcata-tttagaccaatattgcaatgcatgtatattgaagaaatt-aaagcttacagttcgagtactataggcccacga 45355044  T
Q  519 attctgccaaaccattgctttctctcccttcatatcttcaaattttacctcgaacttttcagcaaacttttgtctcaaacaatgggtagttgcaccttgt 618  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| | |||| ||| ||| ||| |||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  45355043 gttctgccagaccattgctttctctcccttctcattttcatagtttatctcaaacattttagcaaaattttgtcccaaacaatgagaagttgcaccttgt 45354944  T
Q  619 atcccacaaccagtgtttggaataaatgcctaggaa 654  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45354943 ataccacgaccagtgtttggaataaatgcctaggaa 45354908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 739 - 895
Target Start/End: Complemental strand, 45354343 - 45354189
Alignment:
Q  739 ggaatacctctgcatgtgcttcatcctctgttgcaaaagcactgtgaccttcttgccaaaggaactcacgactcctgcaatcaaaatttgaataagcacc 838  Q
    |||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  45354343 ggaatacctctgtatctgcttcctcctttgttgcaaaagcagtgtgtccttcttgccaaagaaactcacgactcctgcaattaaaattggtataagtacc 45354244  T
Q  839 ctaaaatgggactataaacaagttccaatataaagtagatgtgcatgataaaaacaa 895  Q
    || |||| |||||||| | |||| || |||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  45354243 ctgaaat-ggactatacaaaagtgcc-atacgaagtaaatgtacatgataaaaacaa 45354189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University