View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6203_low_18 (Length: 406)

Name: NF6203_low_18
Description: NF6203
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6203_low_18
NF6203_low_18
[»] chr2 (34 HSPs)
chr2 (20-396)||(9065760-9066138)
chr2 (20-396)||(8573672-8574035)
chr2 (20-202)||(9291736-9291918)
chr2 (72-396)||(9315644-9315963)
chr2 (20-237)||(10347537-10347760)
chr2 (80-237)||(10335632-10335792)
chr2 (72-293)||(9284388-9284615)
chr2 (51-202)||(12012729-12012877)
chr2 (51-379)||(10371480-10371802)
chr2 (51-202)||(10352923-10353074)
chr2 (73-221)||(9061358-9061506)
chr2 (72-202)||(11987685-11987815)
chr2 (72-222)||(9328390-9328543)
chr2 (296-396)||(12012952-12013054)
chr2 (20-132)||(16268952-16269064)
chr2 (51-396)||(9320596-9320947)
chr2 (81-202)||(9274314-9274435)
chr2 (63-208)||(9364436-9364581)
chr2 (51-222)||(12006295-12006469)
chr2 (51-190)||(12019065-12019204)
chr2 (306-396)||(9291563-9291655)
chr2 (147-202)||(7115942-7115997)
chr2 (333-396)||(10352735-10352798)
chr2 (296-396)||(11987890-11987992)
chr2 (75-202)||(10341163-10341293)
chr2 (297-396)||(9364242-9364343)
chr2 (72-192)||(8579703-8579823)
chr2 (149-378)||(9294915-9295144)
chr2 (296-396)||(12019292-12019391)
chr2 (81-134)||(7115852-7115905)
chr2 (334-378)||(10335449-10335493)
chr2 (338-382)||(10341038-10341082)
chr2 (336-394)||(10347400-10347459)
chr2 (341-396)||(12006543-12006598)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (20-202)||(37462279-37462464)
chr3 (296-396)||(37462095-37462198)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (62-376)||(29467968-29468273)
chr1 (54-393)||(29453484-29453799)
chr1 (197-396)||(29443632-29443828)
chr1 (62-237)||(29423056-29423219)
chr1 (296-396)||(29422938-29423039)
chr1 (62-131)||(29443509-29443578)
[»] scaffold0667 (1 HSPs)
scaffold0667 (20-396)||(4070-4446)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (80-209)||(41966914-41967043)
chr8 (332-384)||(41967175-41967227)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (333-382)||(26574535-26574584)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (73-131)||(45230293-45230351)
chr7 (80-182)||(45237760-45237862)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 396
Target Start/End: Original strand, 9065760 - 9066138
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9065760 ggaagtaaggttctgttggaagcaattgaggttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgatttgaagagtgaacaagttatttatgttg 9065859  T
Q  120 aaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9065860 aaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaa 9065959  T
Q  220 gagaaggtacttcttatttattttctaag--ttgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgta 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9065960 gagaaggtacttcttatttattttctaagttttgagttcttgctttgtacaagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgta 9066059  T
Q  318 gctaaactctgctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9066060 gctaaactttgctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 9066138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 396
Target Start/End: Original strand, 8573672 - 8574035
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||  ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  8573672 ggaagtaaggttctgttggaaggaattgaagttttgtcggaggtatgtcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagtcagttatgttg 8573771  T
Q  120 aaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggag---aatcgaacaac 216  Q
    ||||| |||||||||||||||   || || ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||| | ||||     
T  8573772 aaggaattcctaattggaatgcagctatgttttgtgttggaagtcttgtaccacctttcttccctgttgataattgtaggaaggaggagaattgtacaag 8573871  T
Q  217 caagagaaggtacttcttatttattttctaagt----tgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatat 312  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||| |||    |||||||||||| |                     ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8573872 caagagaaggtactt---atttattttcttagttttttgagttcttgctgt---------------------atgtacccaatgacccatcatatgatat 8573947  T
Q  313 atgtagctaaactct--gctcaaggtcaaattgaagtcttatca--taggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    |||| | ||||||||  ||| ||||||||||| || ||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8573948 atgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttg 8574035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9291918 - 9291736
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| | || |||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  9291918 ggaagtaaggttctgttggacggaactcaggttttgttggaggtaaatcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttg 9291819  T
Q  120 aaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    ||||| ||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9291818 aaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttctaccaccttccttccctgttgataattgtaggaag 9291736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9315963 - 9315644
Alignment:
Q  72 agaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    ||||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||    
T  9315963 agaagctgttttggtgtgacttgatgagtgaacaagttatttatgttgaaggaatttctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtacc 9315864  T
Q  172 aacttccttccctgttgataattgtag---gaaggagaatcgaaca------accaagagaaggtacttcttatttattttctaagttgagttcttgctt 262  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||  |||      | ||||||||||||   ||||| ||||     | ||||||| |||||     
T  9315863 accttccttccctgttgattattgtaggaagaaggagaatcatacaagcaagaacaagagaaggta---cttatatatt-----atttgagtttttgcta 9315772  T
Q  263 tgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactc--tgctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggat 360  Q
    ||||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||||||||| |||||| ||||||     
T  9315771 tgtataagttaatgtcagttcaatg--------gacccatcatatgatataagtagttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattcttattataggac 9315680  T
Q  361 aaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    || ||||| ||||||||||| || | ||||||||||    
T  9315679 aaggattccctaattactttaaattctctacctttg 9315644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10347760 - 10347537
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  | |  |||||||||||||| | |||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  10347760 ggaagtaaggttctgttggaaagagctcatgttttgttggaggtacaacataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttg 10347661  T
Q  120 aaggagt---tcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtag---gaaggagaatcgaac 213  Q
    ||||| |   |||||||  |||||| ||| || ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||   |    
T  10347660 aaggaattcctcctaatatgaatgaaactatgttttgtgttggaagtcttgtcccaccttccttccctgttgataatcgtaggaagaaggagaatcatcc 10347561  T
Q  214 aaccaagagaaggtacttcttatt 237  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  10347560 aagcaagagaaggtacttcttatt 10347537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 80 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10335792 - 10335632
Alignment:
Q  80 ttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttcct 179  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||||  || ||||||    
T  10335792 ttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgtttcaccttcct 10335693  T
Q  180 tccctgttgataattgtag---gaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatt 237  Q
    | |||||||||||| ||||   |||| ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||    
T  10335692 tacctgttgataatcgtaggaagaagcagaatcgtacaagcaagggaaggtacttcttatt 10335632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 293
Target Start/End: Original strand, 9284388 - 9284615
Alignment:
Q  72 agaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||| ||    
T  9284388 agaagctggtttggtatgatttgaagagtgagcaagttatttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtgcc 9284487  T
Q  172 aacttccttccctgttgataatt---gtaggaaggagaatcg----aaca--accaagagaaggtacttc-ttatttattttctaagttgagttcttgct 261  Q
    | |||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||    | ||  | |||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||    || |||||    
T  9284488 accttccttccctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagcaagagaaggtacttctttattgattatctgagt----tttttgct 9284583  T
Q  262 ttgtataagttaatatcagttcaatggaccca 293  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||    
T  9284584 ttgtataagttaattttagtttaatggaccca 9284615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 202
Target Start/End: Original strand, 12012729 - 12012877
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||  || ||||    
T  12012729 ttttgttggaggtaaatcataagaagctggtttggtatgatttgaagagt---caagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagctatgat 12012825  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  12012826 ttgtgttggaagtcttgtaccaccctccttccctgttgataattctaggaag 12012877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 10371802 - 10371480
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    |||||||||||||| | |||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||| | ||||  || || |    
T  10371802 ttttgttggaggtacaacattggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaaattctaatttggatgatgctatggt 10371703  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtacca--acttcctt-ccctgttgataattgtag---gaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttc 244  Q
    ||||||||  ||||||||||||  ||  |||| || |||||||||| ||||   |||||||||||  |||| ||||||||||||||| || |||          
T  10371702 ttgtgttggtagtcttgtaccaccacccccttaccttgttgataatggtaggaagaaggagaatcatacaagcaagagaaggtacttattgttt------ 10371609  T
Q  245 taagttgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactc--tgctcaaggtcaaatt 342  Q
    |||  |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||        || ||||||||| ||||||| || |||||||  || | |||||||||||    
T  10371608 taa-ctgagtttttgttgtgtataagttaatatcagttcaatg--------gatccatcatattatatatgcagttaaactctgtgttaaaggtcaaatt 10371518  T
Q  343 gaagtcttatcataggataaa-gattctctaattactt 379  Q
    ||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||    
T  10371517 gaattcttatcatagggtaaaggattttctaattactt 10371480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 51 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10353074 - 10352923
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    ||||||||  |||||||  | |||| || ||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | ||| ||||| | |||||||| ||||    
T  10353074 ttttgttgagggtagatgttgagaatctattttggtatgatttggagagtaaacaagttagttatgttcaagaaattcttaatttggatgacactatgat 10352975  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  10352974 ttgtgttggaagtcttgtaccaccttacttccctgttgataatcgtaggaag 10352923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 73 - 221
Target Start/End: Original strand, 9061358 - 9061506
Alignment:
Q  73 gaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacca 172  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||  || || ||| ||||| |||||| ||| ||    
T  9061358 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtctcgtatca 9061457  T
Q  173 acttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaaga 221  Q
     ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  9061458 cctttcttccctgttgatacttgtaagaaggagaatcgtacaagcaaga 9061506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 202
Target Start/End: Original strand, 11987685 - 11987815
Alignment:
Q  72 agaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||| |   ||||  || |||||||||||| ||||||||||||    
T  11987685 agaagctggtttggtatgatttgaagagtgaacaatttagttatgttgacggaattcctaaattcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacc 11987784  T
Q  172 aacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  11987785 accctccttccctgttgataattctaggaag 11987815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 72 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9328543 - 9328390
Alignment:
Q  72 agaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||   ||||   | || ||| ||||| ||||||||||||    
T  9328543 agaagctgtttttgtatgattttaggagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcctgatttccatgatgttatgttttctgttggaagtcttgtacc 9328444  T
Q  172 aacttccttccctgttgataattgtag---gaaggagaatcgaacaaccaagag 222  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||| |||| ||||||    
T  9328443 accttccttccctgttgataattctaggaagaaggagaatcgtacaagcaagag 9328390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Original strand, 12012952 - 12013054
Alignment:
Q  296 gacccatcatatgatatatgtagctaaactc--tgctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacct 393  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||  || | |||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12012952 gacccatcatatgatatatgtagttagactccatgttaaaggtcaaattgaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 12013051  T
Q  394 ttg 396  Q
    |||    
T  12013052 ttg 12013054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 16269064 - 16268952
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| | || |||||||||||| |||||||||| ||  || || ||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16269064 ggaagtaaggttctctttgaaggaattgaggttttgttggacgtgcattataagaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacgagttagttatgttg 16268965  T
Q  120 aaggagttcctaa 132  Q
    ||||| |||||||    
T  16268964 aaggaattcctaa 16268952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9320947 - 9320596
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    ||||||||  |||||||  | ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||   |||    | || |    
T  9320947 ttttgttgagggtagatgctgagaagctgttttggtatgatttgaagagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcctgatttccatggagttatgtt 9320848  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag---gagaatcgaacaaccaagag------aaggtacttcttatttatt 241  Q
    |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||   |||||||| |||| ||||||      ||||||||| || || |||    
T  9320847 ttgtgttggaagtcttgtcccaccttccttccctgttgataattctaagaagaaggagaatcgtacaagcaagagcatgagaaggtacttgtt-ttgatt 9320749  T
Q  242 ttctaagtt----gagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactct--gctcaagg 335  Q
     |   ||||    ||||| ||||| ||||| |||| || ||| |||||||||||||        |||||||||||||  || ||||||||  |||  |||    
T  9320748 atactagttttttgagtttttgctatgtattagttgatgtcaattcaatggaccca--------tcatatgatatattaagttaaactctatgctatagg 9320657  T
Q  336 tcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    |||||||||| | |||| || ||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9320656 tcaaattgaatttttattatcggacaaggatactctaattactttgaagtctctacctttg 9320596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9274435 - 9274314
Alignment:
Q  81 tttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttcctt 180  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||| |  ||||  ||| | ||||| |||| |||| |||||||| | |||||    
T  9274435 tttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttttgttaaaggaattcctaacttcaatggaactattatttgggttggaagttttgtaccaccctcctt 9274336  T
Q  181 ccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  9274335 ccctgttgataattctaggaag 9274314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9364581 - 9364436
Alignment:
Q  63 tagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaag 162  Q
    |||||| | ||||||| |||||||| ||| | ||||||||| | |||| |  ||||  |||| ||||||||  ||||||  || ||||||||||||  ||    
T  9364581 tagatcgtaagaagctgttttggtacgatctcaagagtgaaaacgttactagtgttccaggaattcctaatatgaatgaagctatgatttgtgttggtag 9364482  T
Q  163 tcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaat 208  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9364481 tcttgtaccaccttctttacctgttgataattgtaggaaggagaat 9364436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 51 - 222
Target Start/End: Original strand, 12006295 - 12006469
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||| ||| |||| ||||   ||||  |  ||||    
T  12006295 ttttgtttgaggtaaatcataagaagctggtttggtatgatttgaagagtgaagaagttaattacattgagggaattccaaatttcgatgaagcgatgat 12006394  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgt---aggaaggagaatcgaacaaccaagag 222  Q
    |||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| ||||||   | |||||||||||| |||| ||||||    
T  12006395 ttgtgttggaagtcttgtactgccttccttccctgttgagaattgtacgaagaaggagaatcgtacaagcaagag 12006469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Original strand, 12019065 - 12019204
Alignment:
Q  51 ttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgat 150  Q
    |||||||||| ||| ||||| | | |||  ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||  |  ||||    
T  12019065 ttttgttggatgtaaatcataatatgctggtttggtatgatttgaagagtcagcaagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagccatgat 12019164  T
Q  151 ttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgat 190  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  12019165 ttgtgttggaagtcttgtaccaccttccttacctgctgat 12019204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 306 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9291655 - 9291563
Alignment:
Q  306 atgatatatgtagctaaactct--gctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    |||||| |||||| ||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9291655 atgatacatgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 9291563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 147 - 202
Target Start/End: Original strand, 7115942 - 7115997
Alignment:
Q  147 tgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7115942 tgatttgttttgaaagccttgtaccaccttccttccctgttgataattgtaggaag 7115997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 333 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 10352798 - 10352735
Alignment:
Q  333 aggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  10352798 aggtcaaattgaattcttatcataggataaggattctctaattactttgacgtctttacctttg 10352735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Original strand, 11987890 - 11987992
Alignment:
Q  296 gacccatcatatgatatatgtagctaaactct--gctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacct 393  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||| |  | | |||||||||||||| || ||| |||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11987890 gacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgttaaaggtcaaattgaattcctattataggacaaggattttctaattactttgaagtctctacct 11987989  T
Q  394 ttg 396  Q
    |||    
T  11987990 ttg 11987992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10341293 - 10341163
Alignment:
Q  75 agctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttat---gttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||   ||||||||| ||||| ||| | ||||  || |||| ||||||| |||| | |||||    
T  10341293 agctgttttggtatgatttggagagtgaacaagttagttattatgttgaaggaattcctgatttggatgatgctatgatgtgtgttggaagtatagtacc 10341194  T
Q  172 aacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    | ||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  10341193 acctttcttccctgttgacaatcgtaggaag 10341163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 297 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9364343 - 9364242
Alignment:
Q  297 acccatcatatgatatatgtagctaaactctgc--tcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctt 394  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||    | |||||||||| ||| |||||| |||||| || || ||||||||||||||||||| | ||||||    
T  9364343 acccatcatatgatatatgtacttaaactctatattaaaggtcaaatggaattcttattataggacaaggagtctctaattactttgaagtctatacctt 9364244  T
Q  395 tg 396  Q
    ||    
T  9364243 tg 9364242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 8579703 - 8579823
Alignment:
Q  72 agaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtacc 171  Q
    ||||||| |||||||||||| | || |||||| |||||| || |||| ||||| |||||||||  ||||| ||| |||||| ||||| ||  ||| ||||    
T  8579703 agaagctgttttggtatgatctcaaaagtgaagaagttacttgtgttcaaggaattcctaatttcaatgaaactatgatttatgttggaacccttctacc 8579802  T
Q  172 aacttccttccctgttgataa 192  Q
    | ||||||| ||| |||||||    
T  8579803 accttccttgcctattgataa 8579823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 149 - 378
Target Start/End: Original strand, 9294915 - 9295144
Alignment:
Q  149 atttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataatt---gtaggaaggagaatcg----aaca--accaagagaaggtacttc-ttattt 238  Q
    |||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||    | ||  | |||||||||||||||| |||||     
T  9294915 atttatgttgaaagtctcgtagcaccttccttccctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagcaagagaaggtacttctttattg 9295014  T
Q  239 attttctaagttgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactc--tgctcaaggt 336  Q
    ||| ||| |||    || ||||||||||||||||||| | |||| ||||        |||||||||||| || ||||| | |||||||  |||| |||||    
T  9295015 attatctgagt----tttttgctttgtataagttaattttagtttaatg--------gacccatcatataatttatgtggttaaactctatgctaaaggt 9295102  T
Q  337 caaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattact 378  Q
    ||||||||| |||||| |||||| |  | |||||||||||||    
T  9295103 caaattgaattcttattataggacaggggttctctaattact 9295144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Original strand, 12019292 - 12019391
Alignment:
Q  296 gacccatcatatgatatatgtagctaaactctgc-tcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctt 394  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||   | || ||  | | ||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12019292 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgttaatgt--attggaattcttattataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctt 12019389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 81 - 134
Target Start/End: Original strand, 7115852 - 7115905
Alignment:
Q  81 tttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaatt 134  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  7115852 tttggtatgatttgaagagcgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatt 7115905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 10335493 - 10335449
Alignment:
Q  334 ggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattact 378  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  10335493 ggtcaaattgaattcttatcataggatgaggattctctaattact 10335449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 338 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 10341082 - 10341038
Alignment:
Q  338 aaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttga 382  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10341082 aaattgaattcttatcataggataaggattctctaattaccttga 10341038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 336 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 10347459 - 10347400
Alignment:
Q  336 tcaaattgaagtcttatcataggataaag-attctctaattactttgaagtttctacctt 394  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  10347459 tcaaattgaattcttatcataggatagagtattttctaattactttgaagtctttacctt 10347400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 341 - 396
Target Start/End: Original strand, 12006543 - 12006598
Alignment:
Q  341 ttgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
    ||||| ||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12006543 ttgaattcttattttaggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttg 12006598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 20 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 37462464 - 37462279
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaa-gctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgtt 118  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  37462464 ggaagtaaggttttgttggaaggcattcaggttttgttgaaggtagatca-cagaaagctgttttggtatgattggaagagtgaacaagttagttatatt 37462366  T
Q  119 gaaggagttcctaattggaatgacactg---tgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaag 202  Q
    |||||||||||||||| |||||   |||   ||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||    
T  37462365 gaaggagttcctaatttgaatggagctgctatgatttgtgttgaaagtcttgtatcacctcctttccctgttgataattgtaggaag 37462279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 37462198 - 37462095
Alignment:
Q  296 gacccatcatatgatatatgtagctaaactct--gctcaa-ggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacc 392  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||  ||| || |||||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37462198 gacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaattcttgttataggacaaggattctctaattactttgaagtctctacc 37462099  T
Q  393 tttg 396  Q
    ||||    
T  37462098 tttg 37462095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 62 - 376
Target Start/End: Original strand, 29467968 - 29468273
Alignment:
Q  62 gtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaa 161  Q
    ||||| ||| ||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||  || |||||||||||| ||    
T  29467968 gtagaccatgagaagttgttttggtatgatctcaagagtgaacatgttaattatgttgaaggaattcctaatttgaatgaagctatgatttgtgttggaa 29468067  T
Q  162 gtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttctaag----ttgagttct 257  Q
    ||||||||||| ||||||||||            |||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||    ||||||| |    
T  29468068 gtcttgtaccaccttccttccc------------taggaacgagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttattgattgtctgagttttttgagtttt 29468155  T
Q  258 tgctttgtataagttaatat--cagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaactctgct-caaggtcaaattgaagtcttatca 354  Q
    || | |||||||||||||||  ||||| ||||||||   |  |  || |||||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||| |||||| |    
T  29468156 tgttatgtataagttaatatcacagtt-aatggacc---tatcatatgatatgatatatgcagttaaactctgttaaaaggtcaaattgaattcttatta 29468251  T
Q  355 taggataaagattctctaatta 376  Q
    ||||| || |||||||||||||    
T  29468252 taggacaatgattctctaatta 29468273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 393
Target Start/End: Original strand, 29453484 - 29453799
Alignment:
Q  54 tgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttg 153  Q
    ||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||   || |  || |||||||    
T  29453484 tgttggaagtagattgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttg 29453583  T
Q  154 tgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttctaagttgag 253  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||||||             ||||| ||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||| ||     ||||    
T  29453584 tgttggaagtcttgtgccaccttccttccc------------caggaaagagaattatacaagcaagagaaggtactccttatttattatc-----tgag 29453666  T
Q  254 ttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgatatatgtagctaaac--tctgctcaaggtcaaattgaagtctta 351  Q
    || ||||| ||||||||||||| ||||||||||         || ||||||||||||||||| || |||||  | || | || || |||||||| |||||    
T  29453667 tttttgctctgtataagttaatttcagttcaat--------agatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagt-aaattgaattctta 29453757  T
Q  352 tcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacct 393  Q
    | |||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29453758 ttatagaacaaggattctctaattactttgaagtctctacct 29453799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 197 - 396
Target Start/End: Original strand, 29443632 - 29443828
Alignment:
Q  197 aggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatttattttctaagttgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatg 296  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||     ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||       
T  29443632 aggaaggagaatcaaacaagcaagagaaggtacttcttattgattacct-----gagttttttctttgtataagttaatatcaattcaatggaccca--- 29443723  T
Q  297 acccatcatatgatatatgtagctaaactc--tgctcaa-ggtcaaattgaagtct-------tatcataggataaagattctctaattactttgaagtt 386  Q
         ||||||||||||| ||| |||||||  || | || |||||||||||| |||       |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||     
T  29443724 -----tcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaaggattctctaattattttgaagtc 29443818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 62 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29423219 - 29423056
Alignment:
Q  62 gtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaa 161  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||   || |  |  |||||||||||| ||    
T  29423219 gtagatcctgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttcaaggaattcctaatttcgatcaagccatgatttgtgttggaa 29423120  T
Q  162 gtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaagagaaggtacttcttatt 237  Q
    |||||||| || ||||||||||            ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  29423119 gtcttgtatcaccttccttccc------------taggaaggagaatcgcacaagcaagagaaggtacttcttatt 29423056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 296 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 29423039 - 29422938
Alignment:
Q  296 gacccatcatatgatatatgtagctaaactctgctcaa-ggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctt 394  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||| | || |||||||||||| |||||| ||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  29423039 gaccgatcatatgatatatctagttaaactctgttaaaaggtcaaattgaattcttattatatgacaatgattctctaattattttgaagtctctacctt 29422940  T
Q  395 tg 396  Q
    ||    
T  29422939 tg 29422938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 131
Target Start/End: Original strand, 29443509 - 29443578
Alignment:
Q  62 gtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttccta 131  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||||||| | |||||||||   |||| ||||||||||||| ||||||    
T  29443509 gtagatcgtgagaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 29443578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4446 - 4070
Alignment:
Q  20 ggaagtaaggttgtgttggaaggaattgagattttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttg 119  Q
    |||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||   ||    
T  4446 ggaagtaaggttctgattgaaggaattgaggttttgttggaggtgcatcataagaagctgttttggtatgatttgaagactgaacaagttagtta---tg 4350  T
Q  120 aaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataatt---gtaggaaggagaatcgaaca-- 214  Q
    ||| | ||||| |||  ||||   ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||  |||      
T  4349 aagaaattcctgatttcaatggagctaagatttgtgttggaagtcttgtaccaccttcctttcctgttgataattctagtaagaaggagaatcatacatg 4250  T
Q  215 ----accaagagaaggtacttcttatttattttctaagttgagttcttgctttgtataagttaatatcagttcaatggacccaatgacccatcatatgat 310  Q
        | ||||| ||||||||| ||  ||||    |   || |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||        |||||||||||||||    
T  4249 caagagcaagaaaaggtacttattgattatcgagttttttcagtttttgctgtgtataagttaatatctgttcaatg--------gacccatcatatgat 4158  T
Q  311 atatgtagctaaactc--tgctcaaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaagtttctacctttg 396  Q
     ||| ||| |||||||  |||| ||  |||||||||| |||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| | ||||||||||    
T  4157 ttatttagttaaactctgtgctaaaactcaaattgaattcttattataggaaaaggattctataattactttgaattctctacctttg 4070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 209
Target Start/End: Original strand, 41966914 - 41967043
Alignment:
Q  80 ttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttcct 179  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||   ||||  |  || ||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  41966914 ttttggtatgatttgaagagtgaacaaattacttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagccatgttttgtgttggaagtcttgtaccaccttcct 41967013  T
Q  180 tccctgttgataattgtaggaaggagaatc 209  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  41967014 tccctgttgttaattgtaagaaggagaatc 41967043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 332 - 384
Target Start/End: Original strand, 41967175 - 41967227
Alignment:
Q  332 aaggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttgaag 384  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  41967175 aaggttaaattgaattcttattataggataactattctctaattacttcgaag 41967227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 26574584 - 26574535
Alignment:
Q  333 aggtcaaattgaagtcttatcataggataaagattctctaattactttga 382  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26574584 aggtcaaattgaattcttatcataggataaggattctctaattactttga 26574535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 45230351 - 45230293
Alignment:
Q  73 gaagctcttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttccta 131  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||    
T  45230351 gaagctgttttggtatgatttcaagagtgaacaagttactcatgttcaaggaattccta 45230293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 45237862 - 45237760
Alignment:
Q  80 ttttggtatgattttaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcctaattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttcct 179  Q
    |||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||  |||| |||||| || ||||||     ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  45237862 ttttggtatgacctcaagaatgaacaagttatttatgttcgaggaattcctactttgaatgaagtaatgatttgtgctgaaagccttgtaccaccttcct 45237763  T
Q  180 tcc 182  Q
    |||    
T  45237762 tcc 45237760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University