View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6210_high_7 (Length: 547)
Name: NF6210_high_7
Description: NF6210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6210_high_7 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 45390004 - 45389486
Alignment:
| Q |
12 |
cataggcagagttcaagataaaatatggtgttgatatatatttcaacacatattgtggaaagaagcactgcatgaaacatgaaatatgtcagaatcttgt |
111 |
Q |
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| T |
45390004 |
cataggcagagttcaagataaaatatggtgttgatatatatttcaacacatattgtggaaagaagcactgcatgaaacatgaaatatgtcagaatcttgt |
45389905 |
T |
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| Q |
112 |
acaatcttcctgagctaatgatgaaagttcatggaaacataccaggtctggataagaagacatggcactggtgcagtttttatccaggttctgtactgac |
211 |
Q |
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| T |
45389904 |
acaatcttcctgagctaatgatgaaagttcatggaaacataccaggtctggataagaagacattgcactggtgcagtttttattcaggttctgtactgac |
45389805 |
T |
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| Q |
212 |
ccctgttacacaagacaaaactatgtcaagtaagcctgtttactgttacccgcttttctttctcttatgcaatttgaaaaattcaatatagggaatagca |
311 |
Q |
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| T |
45389804 |
ccctgttacacaagacaaaactatgtcaagtaagcctgtttactgttacccgcttttctttctcttatgcaatttgaaaaattcaatatagggaatagca |
45389705 |
T |
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| Q |
312 |
tgtggattcctttctctatttcataagatattgaagagatgagtaagaagtattaaacaagaatgatgttaaaaatatccatttgagctctatgctttta |
411 |
Q |
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| T |
45389704 |
tgtggattcttttctctatttcataagatattgaagtgatgagtaagaagtattaaacaagaatgatgttaaaaatatccatttgagctctatgctttta |
45389605 |
T |
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| Q |
412 |
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511 |
Q |
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| T |
45389604 |
attagactattatgtgtgtatctctgtatttagaatagcatgattgtaaaacgcaacatatgtcagctctgaaactaatatttacaaataatatcattgg |
45389505 |
T |
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| Q |
512 |
actctatgaaagtgatatc |
530 |
Q |
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| T |
45389504 |
actctatgaaagtgatatc |
45389486 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 45374846 - 45374328
Alignment:
| Q |
12 |
cataggcagagttcaagataaaatatggtgttgatatatatttcaacacatattgtggaaagaagcactgcatgaaacatgaaatatgtcagaatcttgt |
111 |
Q |
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| T |
45374846 |
cataggcagagttcaagataaaatatggtgttgatatatatttcaacacatattgtggaaagaagcactgcatgaaacacgaaatatgtcagaatcttgt |
45374747 |
T |
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| Q |
112 |
acaatcttcctgagctaatgatgaaagttcatggaaacataccaggtctggataagaagacatggcactggtgcagtttttatccaggttctgtactgac |
211 |
Q |
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| T |
45374746 |
acaatcatcctgagctaatgatgaaagttcatggaaacatactaggtctggataagaaggcatcgcactggtgcaatttttattcaagttctgtactgac |
45374647 |
T |
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| Q |
212 |
ccctgttacacaagacaaaactatgtcaagtaagcctgtttactgttacccgcttttctttctcttatgcaatttgaaaaattcaatatagggaatagca |
311 |
Q |
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| T |
45374646 |
ccctgttacacaagacaaaactatgtcaagtaagcccgtttactgttgcccacttttctttctcttatgcaatttgaaaaattcaatatagggaatagca |
45374547 |
T |
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| Q |
312 |
tgtggattcctttctctatttcataagatattgaagagatgagtaagaagtattaaacaagaatgatgttaaaaatatccatttgagctctatgctttta |
411 |
Q |
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| T |
45374546 |
tgtggcttcctttctctatttcataggatattgaaataatgagtaagaagtattaaacatgaaggatgttaaaaatatccatttgagcactatgcttttt |
45374447 |
T |
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| Q |
412 |
attagactattatgtgtgtatctctgtatttagaatagcatgattgtaaaacgcaacatatgtcagctctgaaactaatatttacaaatgatatcattgg |
511 |
Q |
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| T |
45374446 |
attagactattatgtgcatagctctatatttagaatagaatgattgtaaaacacaacatatgtcagctctgaagctaatatttacaaatgatatcattcg |
45374347 |
T |
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| Q |
512 |
actctatgaaagtgatatc |
530 |
Q |
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| T |
45374346 |
actctatgaaagtgatatc |
45374328 |
T |
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