View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6210_low_20 (Length: 427)

Name: NF6210_low_20
Description: NF6210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6210_low_20
NF6210_low_20
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (14-427)||(2623445-2623858)
chr6 (14-427)||(2591901-2592314)
chr6 (18-427)||(2596515-2596924)
chr6 (22-427)||(2568956-2569361)
chr6 (18-427)||(2439959-2440368)
chr6 (18-427)||(2672331-2672740)
chr6 (20-427)||(2641171-2641578)
chr6 (20-427)||(2450686-2451090)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Original strand, 2623445 - 2623858
Alignment:
Q  14 gaaatagaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaag 113  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623445 gaaatagaaggtcacaaagctataaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaag 2623544  T
Q  114 gattctcgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatga 213  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623545 gattttcgattaaatttgatgctggaaaatcgacagctctggtagggaaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatga 2623644  T
Q  214 ttctcttcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaaca 313  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2623645 tccacttgaagggatagtgacaattgatggcagagacataaaaacttataatctaaggtcattaaggaaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaaca 2623744  T
Q  314 ttgtttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| | |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2623745 ttgtttggtggtaccataaaagaaaatattgcatatggatcatatggtgatcaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctc 2623844  T
Q  414 acgatttcatatca 427  Q
    | ||||||||||||    
T  2623845 atgatttcatatca 2623858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Original strand, 2591901 - 2592314
Alignment:
Q  14 gaaatagaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaag 113  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  2591901 gaaatagaaggttacaaagctgaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtttattttgcatatccgtctagaccaaatgtgatgatttttgaag 2592000  T
Q  114 gattctcgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatga 213  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592001 gattctcgattaaaattgatgccggaaaatcaacagcgttggtaggagaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatga 2592100  T
Q  214 ttctcttcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaaca 313  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2592101 tccacttaaagggatagtgacaattgatggtagggacataaaaatttataatctaaggtcactaaggaaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaaca 2592200  T
Q  314 ttgtttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctc 413  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2592201 ttgtttagtggtaccatcaaagaaaatattgcatatggatcatatgatgataaggttgatgaaagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctc 2592300  T
Q  414 acgatttcatatca 427  Q
    | ||||||||||||    
T  2592301 atgatttcatatca 2592314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2596924 - 2596515
Alignment:
Q  18 tagaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggatt 117  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |  ||||||||||| ||    
T  2596924 tagaaggttacagagctgaaaaattaataggaaaaattgaacttcgtgatgtatattttgcatatccaggtagacctaatgttacaatttttcaagggtt 2596825  T
Q  118 ctcgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattct 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  2596824 ctcgattaaaattgatgcaggaaaatcgacggctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcgacaattataggactaattgagagattctatgatcca 2596725  T
Q  218 cttcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgt 317  Q
     || |||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||| || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2596724 tttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctacgatcattaaggaaacatattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgt 2596625  T
Q  318 ttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2596624 ttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacga 2596525  T
Q  418 tttcatatca 427  Q
    ||||||||||    
T  2596524 tttcatatca 2596515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2569361 - 2568956
Alignment:
Q  22 aggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggattctcg 121  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2569361 aggttacaaagctgaaaaattaataggaataattgaactttttgatgtacattttgcatatccggctagacctaatgtgatgatttttcaagggttctcg 2569262  T
Q  122 attaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattctcttc 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||| | |||     
T  2569261 attaaaattgatgctggaaaatcgacagctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcaacaatcataggacttattgaaagattctatgatccactta 2569162  T
Q  222 aagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgtttgg 321  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  2569161 aagggatagtgacaattgatggtagagacataaagacatataatctaaggtcattaagggaacacattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgtttag 2569062  T
Q  322 tggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacgatttc 421  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||     
T  2569061 tggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttacgatgataaggttgatgagagtgaaattatagaggcatcaaaggctgcaagtgctcatgatttt 2568962  T
Q  422 atatca 427  Q
    ||||||    
T  2568961 atatca 2568956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Original strand, 2439959 - 2440368
Alignment:
Q  18 tagaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggatt 117  Q
    ||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||| | |||||||| ||    
T  2439959 tagaaggtttcagagctgaaaagttgataggaaaaattgtatttcatgacgtacatttttcatatccggctaggcctaatgtgatggtctttcaagggtt 2440058  T
Q  118 ctcgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattct 217  Q
    ||| ||| ||||||| || |||||||| || | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  2440059 ctctattgaaattgacgccggaaaatcaacggctttggttggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattctatgatcca 2440158  T
Q  218 cttcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgt 317  Q
    ||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2440159 cttaaagggatagtgacagttgatggtagagacataaaaacttataatctacgatcattaaggaaacatattgcacttgtgagtcaagaaccaacattgt 2440258  T
Q  318 ttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacga 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2440259 ttggtggtaccataagagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggctgcaaatgctcacga 2440358  T
Q  418 tttcatatca 427  Q
    ||||||||||    
T  2440359 tttcatatca 2440368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2672740 - 2672331
Alignment:
Q  18 tagaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggatt 117  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2672740 tagaaagttaccaagctgaaaagttaataggaaaaattgaacttcgtgatgtatatttttcatatccagctagacctaatgttatgatttttcaaggatt 2672641  T
Q  118 ctcgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattct 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||  |     
T  2672640 ctcgattaaaattgatgcaggaaaatcaacggctttggtaggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattctatgaccca 2672541  T
Q  218 cttcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgt 317  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  2672540 cttaaagggatagtgacaattgacggtagagacataaagacatataatctcaggtcattgaggaaacacattgcccttgtgagtcaagaaccaacattgt 2672441  T
Q  318 ttggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacga 417  Q
    || ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  2672440 ttagtggtaccataagggaaaatattgcatatggagcttatgatgatacggttgatgagagtgagattatagaggcatcaaaggcttcaaatgctcatga 2672341  T
Q  418 tttcatatca 427  Q
    ||| ||||||    
T  2672340 ttttatatca 2672331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 20 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 2641578 - 2641171
Alignment:
Q  20 gaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggattct 119  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2641578 gaaggttacaaagccaaaaatttgatagggaaaattgaacttcttgatgtagattttgcatatccgggtagacctaatgtgatgatctttcaagggttct 2641479  T
Q  120 cgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattctct 219  Q
    | |||||||| || |||||||||||||| | |||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |  |    
T  2641478 caattaaaatcgacgctggaaaatcgacggctttggtcggggaaagtggttcagggaaatcaacaatcataggactaattgagagattctatgatccaat 2641379  T
Q  220 tcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgttt 319  Q
    | ||||||||||||||||||| ||    || |||||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||    
T  2641378 taaagggatagtgacaattgatggtgaagatataaagtcttataatctaaggtcgttaaggaaacacattgcacttgtaagtcaagaaccaacactgttt 2641279  T
Q  320 ggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacgatt 419  Q
    |||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  2641278 ggtggtaccataagggaaaatattgcatacggagcctatgatgataaagttgatgagagtgagattattcaggcatcaaaggctgcaaatgctcatgatt 2641179  T
Q  420 tcatatca 427  Q
    ||||||||    
T  2641178 tcatatca 2641171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 427
Target Start/End: Original strand, 2450686 - 2451090
Alignment:
Q  20 gaaggttacaaagctaaaaagttaataggaaaaattgaattttgtgatgtatattttgcatatccgtctagacctaatgtgatgatttttcaaggattct 119  Q
    |||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  || || |||||||| ||||    
T  2450686 gaaggttacaaagtagaaaagttgataggaaaaattgaatttcatgatgtacattttgcatatccgtctaggcctaatgcaatcatctttcaagggttct 2450785  T
Q  120 cgattaaaattgatgctggaaaatcgacaggtttgatgggggaaagtggttctgggaaatcaacgatcataggactaattgagaggttctatgattctct 219  Q
    ||||||||||| |||  || ||||| || | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||||| |  |    
T  2450786 cgattaaaattaatgtcggtaaatcaacggctttggtcggggaaagtggttctggaaaatcgacaatcataggactaattgagagattttatgatccaat 2450885  T
Q  220 tcaagggatagtgacaattgacggaagggacataaaaacttataatataaggtcattaaggaaacacattgcactcgtgagtcaagaaccaacattgttt 319  Q
      ||||||||||||| ||||| || || || |||||  |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  2450886 aaaagggatagtgacgattgatggtagtgatataaagtcttataatctaaggtcattaaggaagcatatttcacttgtgagtcaagagccaacattgttt 2450985  T
Q  320 ggtggtaccataaaagaaaatattgtatatggagcatatgatgataaagttgatcagagtgagattatagaggcttcaaaggctgcaaatgctcacgatt 419  Q
    |||||||||||||  || ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  2450986 ggtggtaccataagggagaatattgcatatggagcat---atgataaggttgatgagagtgagattatagatgcagctaaggctgcaaatgctcatgatt 2451082  T
Q  420 tcatatca 427  Q
    | ||||||    
T  2451083 ttatatca 2451090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University