View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6212_low_1 (Length: 555)

Name: NF6212_low_1
Description: NF6212
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6212_low_1
NF6212_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-544)||(49686418-49686952)
chr1 (31-544)||(49690690-49691218)
chr1 (31-544)||(49679055-49679584)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 544
Target Start/End: Original strand, 49686418 - 49686952
Alignment:
Q  19 ggattggttggctacccttttaccacagttgaattcccaaactgtggtgcatttggcaattcaaggttgtgacgatctcaacaaaactgctacgaaacac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686418 ggattggttggctacccttttaccacagttgaattcccaaactgtggtgcatt-ggcaattcaaggttgtgacgatctcaacaaaactgctacgaaacac 49686516  T
Q  119 gtccagtttaccaaagga----------ttcaagttacaaacattaaaaatgagcggtccaacactatttccattgttgatctgaatttcaccaagcttt 208  Q
    ||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686517 gtccagtttaccaaaggaggaaaacactttcaagttacaaacattaaaaatgagcggcccaacactatttccattgttgatctgaatttcaccaagcttt 49686616  T
Q  209 tgcagaaaaatgcttgcgaggcctttagctatgatatcactctccctcctccctctccttttggaactttttatatgaaagacaacataacagctttcaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686617 tgcagaaaaatgcttgcgaggcctttagctatgatatcactctccctcctccctctccttttggaactttttatatgaaagacaacataacagctttcaa 49686716  T
Q  309 atgcagccatacccaaaaattagccagcaacccaccaaataatttcttcaaaaatagtacatgtcctcgctatgatttttacttcggtgattcaacaata 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686717 atgcagccatacccaaaaattagccagcaacccaccaaataatttcttcaaaaatagtacatgtcctcgctatgatttttacttcggtgattcaacaata 49686816  T
Q  409 tctaatgatgagtccaaccactctttcacgtcctgttttccgtttcatcttcctgtcattaaattaggttttgcactttctggtaacccatttcgattgt 508  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686817 tctaatgatgagcccaaccactctttcacgtcctgttttccgtttcatcttcctgtcattaaattaggttttgcactttctggtaacccatttcgattgt 49686916  T
Q  509 tagctgatgaaattacctttaatttcaaatcttcat 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49686917 tagctgatgaaattacctttaatttcaaatcttcat 49686952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 31 - 544
Target Start/End: Original strand, 49690690 - 49691218
Alignment:
Q  31 tacccttttaccacagttgaattcccaaactgtggtgcatttggcaattcaaggttgtgacgatctcaacaaaactgctacgaaacacgtccagtttacc 130  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||  | |||||||| |||    
T  49690690 tacccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtgcatt-ggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagtatgtccagttaacc 49690788  T
Q  131 aaagga----------ttcaagttacaaacattaaaaatgagcggtcca------acactatttccattgttgatctgaatttcaccaagcttttgcaga 214  Q
    ||| ||          | ||||||| ||| ||| | ||| |  ||||||      |||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||| |||    
T  49690789 aaaagaggaaaactcttccaagttaaaaagattgataatcactggtccattggcaacactatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggaga 49690888  T
Q  215 aaaatgcttgcgaggcctttagctatg---atatcactctccctcctccctctccttttggaactttttatatgaaagacaacataacagctttcaaatg 311  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||   |||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  49690889 aaaatgcttgtgaggcattcagctatgttaatattaccctccctcctcccactccttttggaactttttttatgaaaaactacataacagctttcaaatg 49690988  T
Q  312 cagccatacccaaaaattagccagcaacccaccaaataatttcttcaaaaatagtacatgtcctcgctatgatttttacttcggtgattcaacaatatct 411  Q
    || |||||||| |||||||| ||   |||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| || ||||||||||||||| || ||||   |||||| |    
T  49690989 caaccatacccgaaaattaggcattcaccctccaagtaatttcttcataaatagttcttgtcatccctatgatttttactttggcgatt---caatattt 49691085  T
Q  412 aatgatgagtccaaccactctttcacgtcctgttttccgtttcatcttcctgtcattaaattaggttttgcactttctggtaacccatttcgattgttag 511  Q
     |||||||||||||||||||||||  ||||||||   | || ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||  || |||     
T  49691086 gatgatgagtccaaccactctttcgtgtcctgttcgtcattgcatcttcctgtcaatgaattaggctttgcactttccggtaacccatttccctttttaa 49691185  T
Q  512 ctgatgaaattacctttaatttcaaatcttcat 544  Q
    || |||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  49691186 ctaatgaaattacctttcagttccaatcttcat 49691218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 31 - 544
Target Start/End: Original strand, 49679055 - 49679584
Alignment:
Q  31 tacccttttaccacagttgaattcccaaactgtggtgcatttggcaattcaaggttgtgacgatctcaacaaaactgctacgaaacacgtccagtttacc 130  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||    
T  49679055 tacccttttacaacagttgaattcccaagctgtggtacatt-ggcaattcaaggttgtgataatctcaacaaaactgctatgaagcacgtccagttaacc 49679153  T
Q  131 aaagga----------ttcaagttacaaacattaaaaatgagcggtcca------acactatttccattgttgatctgaatttcaccaagcttttgcaga 214  Q
    ||||||          ||||||||||||||||| | |||    ||||||      |||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||| |||    
T  49679154 aaaggaggaaaactctttcaagttacaaacattgataatcgcgggtccattggcaacactatttccattattgaccccaatatcaccaagcttttggaga 49679253  T
Q  215 aaaatgcttgcgaggcctttagctatg---atatcactctccctcctccctctccttttggaactttttat-atgaaagacaacataacagctttcaaat 310  Q
    | |||||||| ||||| || ||| |||   |||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||    
T  49679254 agaatgcttgtgaggcattcagccatgttaatattacactccttccttcctctccttttggaacttttttttatgaaaaactacataacagctttcaaat 49679353  T
Q  311 gcagccatacccaaaaattagccagcaacccaccaaataatttcttcaaaaatagtacatgtcctcgctatgatttttacttcggtgattcaacaatatc 410  Q
    ||| || ||||| |||||||| || | | || |||| ||||||||||| ||||||| | |||| || ||||||||||||||| || ||||   ||||||     
T  49679354 gcaaccgtacccgaaaattaggcatccaacctccaagtaatttcttcagaaatagttcttgtcatccctatgatttttactttggcgatt---caatatt 49679450  T
Q  411 taatgatgagtccaaccactctttcacgtcctgttttccgtttcatcttcctgtcattaaattaggttttgcactttctggtaacccatttcgattgtta 510  Q
    | |||||||||||||||||||||||  ||||||||   | || ||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || || ||||||| ||| |||    
T  49679451 tgatgatgagtccaaccactctttcgtgtcctgttcgtcattgcatcttcctgtcaatgaattaggctttgcactttccggcaatccatttccattctta 49679550  T
Q  511 gctgatgaaattacctttaatttcaaatcttcat 544  Q
    | |||| |||| |||||| | |||||| ||||||    
T  49679551 gatgatcaaataacctttcagttcaaaccttcat 49679584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University