View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6214_low_1 (Length: 859)

Name: NF6214_low_1
Description: NF6214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6214_low_1
NF6214_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-841)||(525286-526117)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 526117 - 525286
Alignment:
Q  13 agcagagagacgttgcgattggaacatatatgtaagtgggtcatgtagtataagaaactaaaaaacaagtgggtgggggtgtgggaagggaattatggaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  526117 agcagagagacgttgcgattggaacatatatgtaagtgggtcatgtagtataagaaactaaaaaacaagtgggtgggggtgtgggaagggaattatggaa 526018  T
Q  113 ctgctatggtttaagaggttgtcctaaaagagaatgaaaaaacacatgcaaaatgagtttgaatatgatagaagattattacttaggaggtggtgatggt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  526017 ctgctatggtttaagaggttgtcctaaaagagaatgaaaaaacacatgaaaaatgagtttgaatatgatataagattattagttaggaggtggtgatggt 525918  T
Q  213 gaagcctgagaagaggtgaaaaggaatggtaatagaagtgtgtgcagttattgcttacggtaatgagagggtgtagtagcatttatggaggtacgagttg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525917 gaagcctgagaagaggtgaaaaggaatggtaatagaagtgtgtgcagttattgcttacggtaatgagagggtgtagtagcatttatggaggtacgagttg 525818  T
Q  313 gtgtaaatgggatgtaggatatactatagagacagacagagaagcagaaaggtaatctcatgagttttaaatttattaannnnnnngctctgatgtttgg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  525817 gtgtaaatgggatgtaggatataatatagagacagacagagaagcagaaaggtaatctcatgagttttaaatttattaatttttttgctctgatgtttgg 525718  T
Q  413 tgtggtggagtgaataccttctgaactcttaattactcatatgtctcaatttcctccctcagtatactaccaccagtactactactgctgtctttgcctc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525717 tgtggtggagtgaataccttctgaactcttaattactcatatgtctcaatttcctccctcagtatactaccaccagtactactactgctgtctttgcctc 525618  T
Q  513 ttgctcttgcattacatatttattcctagtttggttgtttggtgttgttttctttgggttcatcttagattcttctatacttacttatcacatcagctcc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525617 ttgctcttgcattacatatttattcctagtttggttgtttggtgttgttttctttgggttcatcttagattcttctatacttacttatcacatcagctcc 525518  T
Q  613 ctctacatacgttctcttctgtattctctttatttatatcttcatttatttgaggggagatatagtgt-tatgtcctcccattt-----nnnnnnnnnnn 706  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||                    
T  525517 ctctacatacgtcctcttctgtattctctttatttatatcttcatttatttgaggggagatatagtttcaaagtcctcccatttaaaaaattaaaaatta 525418  T
Q  707 nnnnntgttaaagtctttaataaggatctagatcactaacttgatgttgctcctaacacttctcgagactcgctaacaagtaatattagtcttggtttag 806  Q
         ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  525417 aaaaatgttaaagtctt---taaggatctagatcactaacttgatgttgctcctaacacttctcgagactcgctaacaagtactattagtcttggtttgg 525321  T
Q  807 cttgacgagagagtgtgagtggagtcggatataac 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  525320 cttgacgagagagtgtgagtggagtcggatataac 525286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University