View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6227_low_1 (Length: 680)

Name: NF6227_low_1
Description: NF6227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6227_low_1
NF6227_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-671)||(6386946-6387608)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 562; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 671
Target Start/End: Original strand, 6386946 - 6387608
Alignment:
Q  19 cgaagagcactcgcaacttggtgaaagtcaatgcatgatgataatgacagcatccagcagtgattttgattcattttgttaggcttcaaaggcttacatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6386946 cgaagagcactcgcaacttggtgaaagtcaatgcatgatgataatgacagcatccagcagtgattttgattcattttgttaggcttcaaaggcttacatt 6387045  T
Q  119 acatgttttgatnnnnnnnn--gcatctttatgtttgagtatgcatgagcatggattgcaacattaattttgctgcctacaaattgcataaatcagtatt 216  Q
    ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6387046 acatgttttgataaaaaaaaaagcatctttatgtttgagtatgcatgagcatggattgcaacatgaattttgctgcctacaaattgcataaatcagtatt 6387145  T
Q  217 gcacaaattgaatgtcaatgtggtagtgttacaattggaatccaattttgaacaaaagagaattaaaatctaaccaaatagtacatttgaagggaacttg 316  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6387146 gcacaaattgaatgtcaatgtgctagtgttacaattggaatccaattttgaacaaaagagaattaaaatctaaccaaatagtacatttgaagggaacttg 6387245  T
Q  317 caacttcttgaatacgcagcaagcatcaacataaataaaaacaacaatatcgaaatagtaggtgcactgatgagaagtgagtatctcagatgcagcgctg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6387246 caacttcttgaatacgcagcaagcaacaacataaataaaaacaacaatatcgaaatagtaggtgcactgatgagaagtgagtatctcagatgcagtgctg 6387345  T
Q  417 agcctgctcctaaactcaccaatcttcctcaagggaatatcagtatcctccagagaagattcaaattgtatttgcttctattatatctttccgatttcag 516  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6387346 agcctgctcccaaactcaccaatcttcctcaagggaatatcagtatcctccagagaagattcaaattgtatttgcttctattatatctttccgatttcag 6387445  T
Q  517 agttcattgttgttgtaaattgtaataacctatgaaccactaacacaaacacagataccgatgctacaa-atcgttccatgctacgagttta-------c 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |    
T  6387446 agttcattgttgttgtaaattgtaataacctatgaaccactaacacaaacacagatatcgatgctacaacatcgttccatgctacgagtttacatgtatc 6387545  T
Q  609 atgtatcatacatcattgtgctcagtttttggctgctgagccaccggacatgaccacctatgc 671  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6387546 atgtatcatacatcattgtgctcagtttttggctgctgagcaaccggatatgaccacctatgc 6387608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University