View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6230_low_2 (Length: 496)

Name: NF6230_low_2
Description: NF6230
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6230_low_2
NF6230_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-474)||(38850532-38851005)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (15-473)||(38316341-38316799)
chr8 (17-435)||(38312966-38313388)
chr8 (15-473)||(38325186-38325644)
chr8 (15-435)||(38305651-38306068)
chr8 (15-469)||(38320443-38320894)
chr8 (15-435)||(38299732-38300149)
chr8 (15-434)||(38308385-38308796)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 474
Target Start/End: Original strand, 38850532 - 38851005
Alignment:
Q  1 tatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38850532 tatgcacaccacagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataacaa 38850631  T
Q  101 accattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850632 accattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccc 38850731  T
Q  201 caatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850732 caatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcg 38850831  T
Q  301 cgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850832 cgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattg 38850931  T
Q  401 ttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggaggtatag 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850932 ttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggaggtatag 38851005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 15 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 38316799 - 38316341
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    ||||||||||||||| | |||||| | ||| | |||||||||  |||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  38316799 ctaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaac 38316700  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
     ||||||| |||||||||||||| ||| ||  | ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38316699 aaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 38316600  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
     |||| |||||||||  |||||||| |   | ||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38316599 ttcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggtaaacaagacgaaagttgagaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 38316500  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||      
T  38316499 gctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatgctagccaattcttgtttaagcttta 38316400  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggaggtata 473  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | |||||||||    
T  38316399 gtttctctttcgtgtacaaatgcgaaacataagcctcaataacatttgtcggaggtata 38316341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 38313388 - 38312966
Alignment:
Q  17 aactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaaca 116  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |    
T  38313388 aactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaa 38313289  T
Q  117 agttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaact 216  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  38313288 agttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaact 38313189  T
Q  217 caaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagc 316  Q
    |||||||||||||||| |||||  | | ||||||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38313188 caaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggtaaacaagacagaagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgagc 38313089  T
Q  317 agtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcc----tattaggaatggtagttaattgttgtttaagctt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||  |||| ||| ||||||||    
T  38313088 agtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctatttattaggaatggtagccaattcttgcttaagctt 38312989  T
Q  413 aggtttctctttcgtgtacaaat 435  Q
      ||||||  |||||||||||||    
T  38312988 gagtttctgattcgtgtacaaat 38312966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 15 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 38325644 - 38325186
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||| | | |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  38325644 ctaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaac 38325545  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| | ||  | ||||||   ||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38325544 caagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 38325445  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
     |||| |||||| ||||| ||||| |||| |||   ||| || |||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38325444 ttcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaaattgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatga 38325345  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    || |||| |||||| |||| |  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  38325344 gcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtgcaagattcccacaaatcaaaagttaaagataccctattaggaatggtagccaattgttgtttaagcttag 38325245  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggaggtata 473  Q
     |||||||||| |||||||||| |  || ||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  38325244 atttctctttcatgtacaaatgagtgacataagcctcaataacatttgtaggaggtata 38325186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 15 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 38306068 - 38305651
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||| ||||| |||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  38306068 ctaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaac 38305969  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
    |||| |||| |||||| |||||||||||||| |  | || | |||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  38305968 caagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaa 38305869  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |   ||| ||     |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  38305868 ctcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggta---aaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgc 38305772  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||      
T  38305771 gcagtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttca 38305672  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaat 435  Q
    ||||||||||| |||| ||||    
T  38305671 gtttctctttcatgtataaat 38305651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 38320894 - 38320443
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| |||   ||||||||  ||||| |||||| | |  |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||     
T  38320894 ctaactagtttcaacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaac 38320795  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  38320794 caagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaa 38320695  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
    |||||||||||||||||| |||||  | | |||    |||| ||||  || |||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  38320694 ctcaaccattctctcacacatctcagctccagt---gggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatga 38320598  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||  || |  |||||||||||      
T  38320597 gcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagatatcctattaggaatggtagccaaatcctgtttaagcttga 38320498  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggagg 469  Q
    ||||| |||||||||||||||  || || ||||| |  ||||||||| |||||||    
T  38320497 gtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttataggagg 38320443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 38300149 - 38299732
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||| ||| | ||||||| | |||||||||||| | |  |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||    
T  38300149 ctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaa 38300050  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
    |||||||| |||  |||| |||||||||||| | ||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  38300049 caagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaa 38299950  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
    |||||||||||||||||| ||||   ||     ||  ||  ||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38299949 ctcaaccattctctcacacatct---cagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatga 38299853  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |  ||||||||||  ||      
T  38299852 gcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagttaaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattga 38299753  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaat 435  Q
    |||||||||  ||||||||||    
T  38299752 gtttctcttcagtgtacaaat 38299732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 38308796 - 38308385
Alignment:
Q  15 ctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgagtgcaaaacaattcacacgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaa 114  Q
    |||||||||||  || | |||||||| ||| | ||||||||  ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||     
T  38308796 ctaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaac 38308697  T
Q  115 caagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 214  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||| ||  | ||||||| |||||||||| | ||| |  || |||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  38308696 caagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctctactccccaatcattcaac-- 38308599  T
Q  215 ctcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatga 314  Q
          |||||||||||| || |   | | |||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  38308598 ------cattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaaaagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatga 38308505  T
Q  315 gcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagatatcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttag 414  Q
    || |  ||||||||||||||  |||||||   |||||||||||| ||||| | |||||||||| ||| |||||||||||  | ||||||||| ||||||     
T  38308504 gcggataaacaaatataagtgccagtagtacaagattcccacaactcaaaggttaaagatatcttataaggaatggtagccagttgttgtttgagcttat 38308405  T
Q  415 gtttctctttcgtgtacaaa 434  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  38308404 gtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University