View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6237_low_3 (Length: 555)

Name: NF6237_low_3
Description: NF6237
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6237_low_3
NF6237_low_3
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (10-540)||(29806-30336)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (10-540)||(26397521-26398051)
chr2 (11-540)||(26459649-26460188)
chr2 (20-498)||(25830088-25830566)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (10-540)||(276916-277446)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-506)||(56108028-56108524)
chr4 (11-540)||(20646265-20646777)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-506)||(26013795-26014291)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-506)||(6965300-6965796)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-540)||(33001981-33002509)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (113-525)||(845527-845930)
chr1 (11-384)||(30399994-30400367)
chr1 (11-384)||(30406551-30406924)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (232-506)||(13863507-13863782)


Alignment Details
Target: scaffold0182 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 540
Target Start/End: Original strand, 29806 - 30336
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29806 agtatcaaaggaaatcacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacatgaccatcatcatccaaatca 29905  T
Q  110 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29906 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacaacggtccttat 30005  T
Q  210 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30006 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 30105  T
Q  310 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30106 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 30205  T
Q  410 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 509  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30206 ttgatcaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttctaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 30305  T
Q  510 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30306 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 30336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 540
Target Start/End: Original strand, 26397521 - 26398051
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397521 agtatcaaaggaaatcacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 26397620  T
Q  110 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397621 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactacagcattgcctttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 26397720  T
Q  210 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397721 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcttccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 26397820  T
Q  310 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397821 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcatggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 26397920  T
Q  410 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397921 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 26398020  T
Q  510 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26398021 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 26398051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 11 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 26460188 - 26459649
Alignment:
Q  11 gtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatc---caaat 107  Q
    |||||||| || || |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||   |||||    
T  26460188 gtatcaaaagatatcacatctccaaactctttgtaatcatctataccatttgcatccatccaaaatacatttttcagacgaccatcatcatcatccaaat 26460089  T
Q  108 caaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtcctt 207  Q
    | |  |||||||||||||||| ||||| || ||||||| || || || | |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  26460088 ccatcgcataaaagaatcttggattttgtttttgcataagcgtacaacattccaacattgcatttgcatctcctgattccaaagtcaaacgacgatcctt 26459989  T
Q  208 atctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactcca 307  Q
    |||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| | |||||||| | |||| |||    
T  26459988 atctaaaagatttttaatatctttctccaagcaaccaactttctcataccctccgtgttgtttcgcaagtgtggcaaaaaatttgcttggtttcacacca 26459889  T
Q  308 acatgttgcaaagtttc-------aatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatga 400  Q
    |||||||||||||||||       |||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  26459888 acatgttgcaaagtttcaataatcaatacattgcttttgagctttattgattcttctatggcaaggaaaataatgcgcatatgctggaaaaagatcatga 26459789  T
Q  401 ttgtgatctttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggat 500  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||||| |  || ||||  ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26459788 ttgtgatctttgatgaattcatggatcacccatctgtcaccacaatttcttttgatatgtaaggcagccccacattcaaccttcaaacaaggacgtggat 26459689  T
Q  501 tttgtgcggtcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
    ||||  | ||||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  26459688 tttgcaccgtcgattctcgttttttaccatgtctcgtgca 26459649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 498
Target Start/End: Original strand, 25830088 - 25830566
Alignment:
Q  20 gaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatcaaatgcataaa 119  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  25830088 gaaatcacatctccaaattctttataatcatctctaccttttgcatccatccaaaacacatttcttacacgatcttcatcatccaaatcaattgcataaa 25830187  T
Q  120 agaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttatctaaataatt 219  Q
    | ||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||   |||| ||||| || |||||   |||||||||    |||||||||| |||    
T  25830188 aaaatctaggattttcttcttgcataagcataaaacactccaacattgttgttgcttctcccgactctaatgccaaacgacgacttttatctaaatgatt 25830287  T
Q  220 tctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaacatgttgcaaa 319  Q
    |||||  |||||||||||||| | ||  || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||| | ||||| |||| ||||||||||| |||    
T  25830288 tctaatgtctttctccaagcagctaatgttttcataccctccatgttgtttggccattgtggcgaaaatttcggttgttttcaccccaacatgttgtaaa 25830387  T
Q  320 gtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctttgatgaagc 419  Q
    ||||||||||| |||| |||||  ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| || ||||    
T  25830388 gtttcaatacagttcttttgagacttattgattcttctatgacaagaaaaataatgtgcatatgttggaaaaaccttatgattgtgatctttaattaagc 25830487  T
Q  420 catggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtgg 498  Q
     ||| || | |||||||||||  ||  || |||| ||  |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25830488 tatgaacaatccattttccattgcaatttattttgatgcgtaagctggcctcacaatccaccttcaaacaaggacgtgg 25830566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 499; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 540
Target Start/End: Original strand, 276916 - 277446
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 109  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  276916 agtatcaaaggaaatcacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 277015  T
Q  110 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277016 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgtataaaatacttcagcattgcctttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 277115  T
Q  210 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277116 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcttccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 277215  T
Q  310 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277216 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcatggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 277315  T
Q  410 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 509  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277316 ttgattaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaagccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcgg 277415  T
Q  510 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277416 tcgactctcgttttttcccatatcttgtgca 277446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 56108524 - 56108028
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 109  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||    
T  56108524 agtatcaaatgaaatcacatctccaaactcttgatagtcttctctaccttttgcatccacccaaaatacatttttcatgcgaccctcatcatccatatca 56108425  T
Q  110 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 209  Q
    | |||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||||| | || | |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||  | ||||    
T  56108424 attgcataaaagaatcctggactttcttcttgcatgagcataaaacaatctaacattgcatttgcatctccagattctaaagccaaacgccgacctttat 56108325  T
Q  210 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 309  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  56108324 ctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgttttcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaattttgcttgttctcactccaac 56108225  T
Q  310 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 409  Q
    ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  56108224 atggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctggaaaaagttcgtgattgtggtct 56108125  T
Q  410 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 506  Q
    || ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56108124 ttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacgtaaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 56108028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 11 - 540
Target Start/End: Original strand, 20646265 - 20646777
Alignment:
Q  11 gtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatcaa 110  Q
    |||||||| || || |||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  20646265 gtatcaaaagatatcacatctccaaactctttgtaatcatctataccatttgcatccacccaaaatacatttttcagacgaccatcatcatccaaatcca 20646364  T
Q  111 atgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttatc 210  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||    
T  20646365 tcgcataaaagaatcttgaatttttttcttgcataagcgtaaaacactccaacattgcatttgcatctcctgattccaaagtcaaacgatgatccttatc 20646464  T
Q  211 taaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaaca 310  Q
    ||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||                 ||| |||||| ||||||    
T  20646465 taaaagatttctaatatctttctccgagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttcg-cat----------------gttggtctcacaccaaca 20646547  T
Q  311 tgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctt 410  Q
    |||||||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  20646548 tgttgcaaagtttcaatacattgtttttgagcttgattgattcttctatggcaaggaaaataatgcgcatatgctggaaaaagatcatgattgtgatctt 20646647  T
Q  411 tgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcggt 510  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||  || ||||  ||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  20646648 tgataaagtcatggatcacccatttgtcaccacaatttctttttatatgtaaggcagccccacattccaccttcaaaagaggacgtggattttgtgccgt 20646747  T
Q  511 cgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||| |||||    
T  20646748 cgattctcgttttttaccatgtctcgtgca 20646777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 26014291 - 26013795
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatca 109  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||    
T  26014291 agtatcaaatgaaatcacatctccaaactcttgatagtcttctctaccttttgcatccacccaaaatacatttttcatgcgaccctcatcatccatatca 26014192  T
Q  110 aatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttat 209  Q
    | |||||||||||||| || | |||||||||||||  |||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||  | ||||    
T  26014191 attgcataaaagaatcctggactttcttcttgcatgagcataaaacaatccaacattgcatttgcatctccagattctaaagccaaacgccgacctttat 26014092  T
Q  210 ctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaac 309  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  26014091 ctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgttttcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaaatttgcttgttctcactccaac 26013992  T
Q  310 atgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatct 409  Q
    ||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||    
T  26013991 atggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctggaaaaagtttgtgattgtggtct 26013892  T
Q  410 ttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 506  Q
    || ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| |  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26013891 ttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacataaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 26013795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 10 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 6965796 - 6965300
Alignment:
Q  10 agtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatcc-acccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatc 108  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||| |  |||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||| |||    
T  6965796 agtatcaaatgaaatcacatctccaaactcttgatagtgttctctaccttttgcatgcgacccaaaatacatttttcatgcgaccctcatcatccatatc 6965697  T
Q  109 aaatgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtcctta 208  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||  | |||    
T  6965696 aattgcataaaagaatcctggattttcttcttgcatgagcataaaacaatccaacattgcatttgcatctcctgattctaaagccaaacgccgaccttta 6965597  T
Q  209 tctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaa 308  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| | || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  6965596 tctaaatggtttcttacatctttctccaagcaaccaatgtt-tcatatcctccatattctttggccattgtggcaaaaaatttgcttgttctcactccaa 6965498  T
Q  309 catgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatc 408  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||   ||||||| ||    
T  6965497 catggtgcaaagtttcaatagaatgcttttgagctttattgattcctctatggcaaggaaaataatgtgcatatgctagaaaaagtttgggattgtggtc 6965398  T
Q  409 tttgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 506  Q
    ||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||  ||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6965397 tttaatgaagctatgaacaatccattttccatcacaaattcttttaacacgtaaactagcctcacatcccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 6965300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 11 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 33002509 - 33001981
Alignment:
Q  11 gtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatcaa 110  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||    
T  33002509 gtatcgaatgaaatcacatctccaaattcttgataatcatctctaccttttgcatccacccaaaatacgtttcttacacgatcttcatcatccaaatcaa 33002410  T
Q  111 atgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttatc 210  Q
     ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||   |||||||||| || |||||   |||||||||    |||||    
T  33002409 ttgcataaaa-aatctaggattttcttcttgcataagcataaaacactccaacattgttgttgcatctcccgactctaatgccaaacgacgacttttatc 33002311  T
Q  211 taaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaaca 310  Q
    ||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||  || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| ||||||    
T  33002310 taaatgatttctaatgtctttctccaagcatccaatgttttcataccctccatgttgtttggccattgtggcgaaaattttggttgttttcaccccaaca 33002211  T
Q  311 tgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctt 410  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  33002210 tgttgtaaagtttcaatacagttcttttgagacttattgattcttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaacctcatgattgtgatctt 33002111  T
Q  411 tgatgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcggt 510  Q
    | ||||||| ||| || | |||||||||||||||  || |||| ||  |||| |    |||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||| ||    
T  33002110 taatgaagctatgaacaatccattttccatcacaatttattttgatgcgtaagctgatctcacaattcaccttcaaacaaggacgtgggttatctgctgt 33002011  T
Q  511 cgactctcgttttttcccatatcttgtgca 540  Q
     ||  |||  ||||| ||||||||||||||    
T  33002010 ggatgctctcttttttccatatcttgtgca 33001981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 113 - 525
Target Start/End: Original strand, 845527 - 845930
Alignment:
Q  113 gcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaattcaaacgacggtccttatcta 212  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||    
T  845527 gcataaaagaatcttgaattttgttcttgcataagcgtaaaacactccaacattgcatttgcatctcctgatttcaaagtcaaacgacgatccttatcta 845626  T
Q  213 aataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaacatg 312  Q
    ||  |||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||    
T  845627 aaagatttataatatctttttccgagcaaccaactttctcataccctccgtgttgtttcgcaagtgtggcaaaaattttgcttggtctcacaccaatatg 845726  T
Q  313 ttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctttg 412  Q
    |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  845727 ttgcaaagtttcaatacattgcttttgagcttgattgattcttctatggcaaagaaaataatgcgcatatgctggaaaaagatcatgattgtgatctttg 845826  T
Q  413 atgaagccatggaccacccattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgcggtcg 512  Q
    |||||| |||||| ||||||| |  ||         ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  845827 atgaagtcatggatcacccatctgtca---------cttttgatatgtaaggcagccccacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtgtcgttg 845917  T
Q  513 actctcgtttttt 525  Q
    | |||||||||||    
T  845918 attctcgtttttt 845930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 30400367 - 30399994
Alignment:
Q  11 gtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatcaa 110  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||    
T  30400367 gtatcaaacgaaatcacattcccaaactcttgatattcatctctaccttttacatctactcaaaatacatttcttacacgatcctcatcatctaaatcaa 30400268  T
Q  111 atgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt--caaacgacggtcctta 208  Q
       || |||| |||||   ||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |||| ||||| || ||||||    |||| ||||    |||    
T  30400267 tcacacaaaaaaatctaagattttattcttgcataagcataaac-actccaacattgcagttgcgtctcccgactctaaaaagccaaatgacgactttta 30400169  T
Q  209 tctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaa 308  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||| |  | || |  | |||||| ||||| |||| ||||    
T  30400168 tctaaatgatttctaatgtctttctccaagcaaccaatgttttcatatcatccatgttgtttggtcgctatgacgtaaattttggttgttttcaccccaa 30400069  T
Q  309 catgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30400068 catgttgcaaagtttcaatacaattcttttgagc-ttattgattcttctatgacaaggaaaataatgtgcatatgt 30399994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 30406924 - 30406551
Alignment:
Q  11 gtatcaaaggaaattacatctccaaacactttataatcatctctaccctttccatccacccaaaatacattttttacacgaccatcatcatccaaatcaa 110  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||    
T  30406924 gtatcaaacgaaatcacattcccaaactcttgatattcatctctaccttttacatctactcaaaatacatttcttacacgatcctcatcatctaaatcaa 30406825  T
Q  111 atgcataaaagaatcttgaattttcttcttgcatacgcataaaatactccagcattgcatttgcatctcctgattctaaatt--caaacgacggtcctta 208  Q
       || |||| |||||   ||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |||| ||||| || ||||||    |||| ||||    |||    
T  30406824 tcacacaaaaaaatctaagattttattcttgcataagcataaac-actccaacattgcagttgcgtctcccgactctaaaaagccaaatgacgactttta 30406726  T
Q  209 tctaaataatttctaacatctttctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaa 308  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||| |  | || |  | |||||| ||||| |||| ||||    
T  30406725 tctaaatgatttctaatgtctttctccaagcaaccaatgttttcatatcatccatgttgtttggtcgctatgacgtaaattttggttgttttcaccccaa 30406626  T
Q  309 catgttgcaaagtttcaatacaattctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30406625 catgttgcaaagtttcaatacaattcttttgagc-ttattgattcttctatgacaaggaaaataatgtgcatatgt 30406551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 232 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 13863782 - 13863507
Alignment:
Q  232 ctccaagcaaccaactttctcatatcctccgtgttgtttggccattgtggcaaagattttgcttgttctcactccaa-catgttgcaaagtttcaataca 330  Q
    ||||||||||||||  || ||||||| | | | || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  13863782 ctccaagcaaccaatgttttcatatctttcatattctttggccattgtggcaaaaaatttgcttgttctcactccaaacatggtgcaaagtttcaataga 13863683  T
Q  331 attctgttgagctttattgattgttctatggcaaggaaaataatgtgcatatgttggaaaaagttcatgattgtgatctttgatgaagccatggaccacc 430  Q
    || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||| || | |    
T  13863682 atgcttttgagctttattgatttctctatggcaaggaaaataatgtgaatatgctgaaaaaagttcgtgattgtggtctttaatgaagctatgaacaatc 13863583  T
Q  431 cattttccatcacatcttcttttaatatgtaaaccagcctcacattccaccttcaaacaaggacgtggattttgtg 506  Q
    |||||  |||||||  || |||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13863582 catttcgcatcacaattttttttaatacgtaaactagcctcgcatcccaccttcaaataaggacgtggattttgtg 13863507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University