View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6239_high_6 (Length: 308)

Name: NF6239_high_6
Description: NF6239
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6239_high_6
NF6239_high_6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-293)||(36314320-36314596)
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (28-293)||(19503747-19504009)
chr8 (53-293)||(19355714-19355951)
chr8 (29-293)||(19404923-19405184)
chr8 (28-293)||(19345334-19345596)
chr8 (41-250)||(19410958-19411164)
chr8 (29-250)||(19555236-19555454)
chr8 (35-293)||(19376801-19377056)
chr8 (41-293)||(19592308-19592554)
chr8 (40-293)||(19337681-19337925)
chr8 (41-293)||(19469220-19469466)
chr8 (41-293)||(19540144-19540390)
chr8 (29-152)||(19468410-19468533)
chr8 (41-155)||(19457977-19458091)
chr8 (41-155)||(19522987-19523101)
chr8 (193-293)||(19390951-19391051)
chr8 (44-126)||(19172660-19172742)
chr8 (41-139)||(19287901-19287999)
chr8 (41-126)||(19390779-19390864)
chr8 (193-294)||(19172498-19172599)
chr8 (63-110)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-125)||(19543241-19543337)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 20 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 36314596 - 36314320
Alignment:
Q  20 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314596 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 36314497  T
Q  120 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa---gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314496 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagat 36314397  T
Q  217 gagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314396 gagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 36314320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 28 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 19504009 - 19503747
Alignment:
Q  28 tggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtt 127  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  19504009 tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtt 19503910  T
Q  128 tttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttgga 227  Q
    ||||||||||  | ||||||||||   ||  | ||||||||| || | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19503909 tttcagaaaattgcgggaacacca---aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttgga 19503813  T
Q  228 gaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    ||||||||| |||||||||||||   ||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19503812 gaaattgtaattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtatattctattcat 19503747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 53 - 293
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355951
Alignment:
Q  53 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 152  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T
Q  153 gcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgt 252  Q
      |||   ||||||||| || |   |||| |  |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||      
T  19355814 ataaa---gacaatgcaacaactactgaaggtgatgtgaattatggttatagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaattgctatggattcca 19355910  T
Q  253 agaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    |||||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19355911 agaattatacattaattttactggatgtatatactattcat 19355951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 29 - 293
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405184
Alignment:
Q  29 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 128  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  129 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 228  Q
    ||||||  |||  ||||| ||||| ||  ||   |||||||||| |   |||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19405023 ttcagaggaagacgggaagaccaaacatcat---caatgcatcaactactgaaggtgatgtgaattatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 19405119  T
Q  229 aaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    |||||||| |||| ||||||||| |||| ||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19405120 aaattgtaattgctatggattcgaagaactatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19405184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 28 - 293
Target Start/End: Original strand, 19345334 - 19345596
Alignment:
Q  28 tggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtt 127  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  19345334 tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatggtgaggtt 19345433  T
Q  128 tttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttgga 227  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |    | ||| ||| | ||   | |||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19345434 tttcagaaaatggtgggaacaccaacc---ttagactatgaaacagtgtttgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttgga 19345530  T
Q  228 gaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    ||||||||  |||||||||||||   ||||| |||| ||||  ||||||||||  |||||||||||    
T  19345531 gaaattgttattgcaatggattccaggaattttatggtaatgggactggatgtacattctattcat 19345596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 41 - 250
Target Start/End: Original strand, 19410958 - 19411164
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19410958 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19411057  T
Q  141 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 240  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || |||||||||   | || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  19411058 cgggaagaccaagc---atagacaattcaacaacatatgaattcgacgtgacttatagttacagtgattgcaagatcagatgttggaaaaattgtagttg 19411154  T
Q  241 caatggattc 250  Q
    ||||||||||    
T  19411155 caatggattc 19411164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 29 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555236
Alignment:
Q  29 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 128  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  129 ttcagaaaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggag 228  Q
    |||||||||||| ||||| ||||   || || |||||| || || | |||||||   |||| | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagacca---aacatagacaattcaacaacgtatgaattcgatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgaaatgttggaa 19555258  T
Q  229 aaattgtagttgcaatggattc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  19555257 aaattgtagttgcaatggattc 19555236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 35 - 293
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19377056
Alignment:
Q  35 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcaga 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttcaaa 19376900  T
Q  135 aaaaggtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattg 234  Q
     ||||   |||| ||||   || || |||||||||||| |   ||||  | |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19376901 gaaagactggaagacca---aacatagacaatgcatcaaccattgaacaggatgtgacttatgtttacagtgattgcaagataagatgttggagaaattg 19376997  T
Q  235 tagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    || |||||||||||||  |||||| |||   |||  |||||||||| ||||||||||||    
T  19376998 taattgcaatggattccaagaattttatcgcaatgggactggatgtatattctattcat 19377056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Original strand, 19592308 - 19592554
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592308 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 19592404  T
Q  141 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 240  Q
     ||||||||||   ||  | ||||||||| || | | ||||  | |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  19592405 cgggaacacca---aacgtagacaatgcaacaacgtttgaacaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagattagatgttggagaaattgtaattg 19592501  T
Q  241 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19592502 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19592554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 40 - 293
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337925
Alignment:
Q  40 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 139  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  140 gtgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagtt 239  Q
    ||||||| |||||  |||   ||||||||| || || |||||     ||    | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19337781 gtgggaagaccaaataaa---gacaatgcaacaacagatgaa---cctg---ctaatggttacgatgattgcaagatgagatgttggagaaattgtaatt 19337871  T
Q  240 gcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    || ||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  19337872 gctatggattcgaagaattatacagtaattttactggatgtatatactattcat 19337925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 19469466 - 19469220
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19469466 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaagg 19469370  T
Q  141 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 240  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19469369 cgggaagaccaagc---attgacaattcaacaacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattg 19469273  T
Q  241 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19469272 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19469220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 19540390 - 19540144
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19540390 aatgcagatatgtgttacggatatagtg---atggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaagg 19540294  T
Q  141 tgggaacaccaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttg 240  Q
     ||||| |||||||   || |||||| || || | | ||||  | |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  19540293 cgggaagaccaagc---attgacaattcaacaacgtttgaagaggatgtgacttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtaattg 19540197  T
Q  241 caatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattcat 293  Q
    || || ||||  |||||  |||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  19540196 cagtgcattccaagaatattatgataatgggactggatgtgtattccattcat 19540144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  29 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 128  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  129 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 152  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 41 - 155
Target Start/End: Original strand, 19457977 - 19458091
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19457977 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19458076  T
Q  141 tgggaacaccaagca 155  Q
     ||||| ||||||||    
T  19458077 cgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 41 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 19523101 - 19522987
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaagg 140  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  19523101 aatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaagg 19523002  T
Q  141 tgggaacaccaagca 155  Q
     ||||| ||||||||    
T  19523001 cgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 193 - 293
Target Start/End: Original strand, 19390951 - 19391051
Alignment:
Q  193 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 292  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  19390951 ttatagttacagtgattgcaagatgagatgttggaaaaattgtagttgcaatggattccaagaattgtatgataatgggactggatgtatattctattca 19391050  T
Q  293 t 293  Q
    |    
T  19391051 t 19391051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 44 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  44 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 126  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 41 - 139
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 139  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 126
Target Start/End: Original strand, 19390779 - 19390864
Alignment:
Q  41 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 126  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  19390779 aatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 19172599 - 19172498
Alignment:
Q  193 ttatggttacagtgattgcaagatgagatgttggagaaattgtagttgcaatggattcgtagaattatatgataatttgactggatgtgtattctattca 292  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||   |||||||| |||  |||||| |||  ||||  |||||||||| |||| ||||||    
T  19172599 ttatggttacagtgattgtaagatcagttgttggagaaactgtgaatgcaatgggttccaagaattttatcgtaatgggactggatgtatattttattca 19172500  T
Q  293 tc 294  Q
    ||    
T  19172499 tc 19172498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 110
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  63 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 110  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 29 - 125
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  29 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University