View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6240_low_4 (Length: 534)

Name: NF6240_low_4
Description: NF6240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6240_low_4
NF6240_low_4
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (19-529)||(29965018-29965528)
chr5 (19-529)||(30009270-30009780)
chr5 (51-513)||(30007314-30007776)
chr5 (27-500)||(29953779-29954252)
chr5 (24-526)||(30001185-30001684)
chr5 (53-511)||(30043224-30043682)
chr5 (51-513)||(29995525-29995986)
chr5 (51-517)||(30067739-30068205)
chr5 (58-510)||(29946808-29947261)
chr5 (29-526)||(29944820-29945317)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (299-390)||(31890612-31890703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 29965528 - 29965018
Alignment:
Q  19 ctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965528 ctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaaatgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttc 29965429  T
Q  119 catattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattga 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29965428 catattcaaattggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaagcaatgcaccaattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattga 29965329  T
Q  219 atcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965328 atcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattgctgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaact 29965229  T
Q  319 catcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttat 418  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965228 catcagcgttttctaaccaaatatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttat 29965129  T
Q  419 gctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965128 gctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatca 29965029  T
Q  519 tattcttcgac 529  Q
    |  ||||||||    
T  29965028 ttctcttcgac 29965018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Original strand, 30009270 - 30009780
Alignment:
Q  19 ctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009270 ctttatggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaaatgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttc 30009369  T
Q  119 catattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattga 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30009370 catattcaaattggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaagcaatgcaccaattgagctacaacaaatctaaccgtaaccaaacccaattga 30009469  T
Q  219 atcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaact 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009470 atcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattgctgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaact 30009569  T
Q  319 catcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttat 418  Q
    ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009570 catcagcgttttctaaccaaatatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttat 30009669  T
Q  419 gctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009670 gctttctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacagggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatca 30009769  T
Q  519 tattcttcgac 529  Q
    |  ||||||||    
T  30009770 ttctcttcgac 30009780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 51 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 30007776 - 30007314
Alignment:
Q  51 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 150  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  30007776 tccaaacgataactcggtattgcctgcaaatgctgagctcttggtatagagagtccaaatttctcctccatattcaaattggaaggactaatattatgtg 30007677  T
Q  151 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 250  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||  |||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30007676 gaagttcccagttaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacgataattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaaccaaa 30007577  T
Q  251 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 350  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||    
T  30007576 tggtatagattcaaactcatgtccttgataattcattttcttgtcaataaatctctctgggtaaaattcatcagcattttctgaccaaacgttacaatct 30007477  T
Q  351 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 450  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30007476 ctcccaatagcccatgcatttactataactcgagtctttttcgttataaaatatccatcaattgttatgctctctctacattcacgagggattaataagg 30007377  T
Q  451 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 513  Q
    ||||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30007376 gtccaacaggataaagtcttaaggtttcatcaacaaccatatctaagtaattaaacttcttca 30007314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 27 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 29954252 - 29953779
Alignment:
Q  27 acctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattca 126  Q
    |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  29954252 acctattcaaccctgtcatcacatgccaaacgataagtcggtattacatgcaagtgttgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattca 29954153  T
Q  127 aatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccagg 226  Q
    ||| |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||| || | ||| ||  |||| || || |||||| ||||||| |||||    
T  29954152 aattggaaggactgatattatatggaagttcccaatcaaaacaatgcaccaattgggcaataaccaacttaacggtcactaaacccgattgaattccagg 29954053  T
Q  227 acaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagca 326  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||| ||||| || || |||    
T  29954052 acaacgtctgcggccagaaccaaatggtagagattcaaactcttgtccttgataattcattttcttgccaatgaatctctctgggtaaaattcttcggca 29953953  T
Q  327 ttttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctc 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||    
T  29953952 ttttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgagtcttttcctttataaaatatccatcaattgttacactctctc 29953853  T
Q  427 tacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaa 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||    
T  29953852 tacattcacgagggagtaataagggtgcaacagggtaaagtcttaaagtttcatgaaccaccatctctaagtaa 29953779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 24 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 30001684 - 30001185
Alignment:
Q  24 tggacctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatat 123  Q
    |||| ||||||||||||  |||||   |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  30001684 tggaactattcaagcttagcatca---tccaaacgataacttggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatat 30001588  T
Q  124 tcaaatcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatccc 223  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  |||| |||| || |||||||||||| ||    
T  30001587 tcaaattggaaggactaatattatgtggaagttcccagttaaagcaatgcacgaattgagctataaccaacttaaccgtaatcatacccaattgaattcc 30001488  T
Q  224 aggacaacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatca 323  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||| || |||    
T  30001487 aggacaacgtctacgaccagaaccaaatggtatagattcaaactcttgtccgagataattcatttttttctcaataaatctctctgggtaaaattcttca 30001388  T
Q  324 gcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgcttt 423  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| | |    
T  30001387 gcattttctgaccaaacatcaggatctctcccaattgcccatgcatttactataactcgtgtcttttcttttatagaataatcatcaattgttatgttct 30001288  T
Q  424 ctctacattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattc 523  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||| |||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| | |||    
T  30001287 ctctacattcacgagggattaataaaggtgcaacaggataaagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaggtaattaaaattcttcaaatccttttc 30001188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 53 - 511
Target Start/End: Original strand, 30043224 - 30043682
Alignment:
Q  53 caaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtgga 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  30043224 caaacgataactcggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattcaaattggagggactaatattatgtgga 30043323  T
Q  153 agttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatg 252  Q
    |||||||| |||||  |||| |  |||||||||| ||| ||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  30043324 agttcccagttaaaacaatggataaattgagctataaccaatttaacagtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgaccagaaccaaatg 30043423  T
Q  253 gtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctct 352  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||   |||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  30043424 gtatagattcaaactcttgtccaagataattcatttttttctctacaaatctctctgggtaaaattctttagcattttctgaccaaacattaggatctct 30043523  T
Q  353 ccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggt 452  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||| | || ||| |||    
T  30043524 ccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattgttgtgctctctctagattcacgagggactagtaacggt 30043623  T
Q  453 ccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttctt 511  Q
     | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30043624 gctacggggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttctt 30043682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 51 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 29995986 - 29995525
Alignment:
Q  51 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 150  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||   ||||  |||||||||||||    
T  29995986 tccaaacgataacttggtattgcatgcaaatgttgagttcttggtatagtgagtccaaatttttcctccatattcaaactagaagaactaatattatgtg 29995887  T
Q  151 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 250  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  |||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  29995886 gaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaatcgtaattaaacccaattgaattccaggacaacgcctacgactagaaccaaa 29995787  T
Q  251 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 350  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||    
T  29995786 tggtatagattcaaactcttgtccgagataattcagttt-ttctcaataaatctctctggataaaattcttcggcattttctgaccaaacattaggatct 29995688  T
Q  351 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 450  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||| | |||||||| | || ||| |    
T  29995687 ctccctattgcccatgcatttactataagtcgtgtcttttcctttataaaataaccatcaattattgtgctctctctagactcacgagggactagtaatg 29995588  T
Q  451 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttca 513  Q
    || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29995587 gtgcaacagggtaaagtcttaaggtctcatcaaccaccatatctaaataattcaacttcttca 29995525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 51 - 517
Target Start/End: Original strand, 30067739 - 30068205
Alignment:
Q  51 tccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtg 150  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | || |||||||||||||    
T  30067739 tccaaacgataacttggtattgcgtgcaaatgctgagctcttggtatagtgagtccaaatttctcctccatattcaaattgaatggactaatattatgtg 30067838  T
Q  151 gaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaa 250  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||  ||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  || ||||    
T  30067839 aaagttcccaattaaagcaatgcacaaattgagctataaccaacttaacagtagttaaacccaattgaattccagggcaacgtctacgaccataatcaaa 30067938  T
Q  251 tggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatct 350  Q
    ||||| |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  30067939 tggtaaactttcaaactcttgtctttgataattcattttcttttcaataaatctctttggataaaattcttcagcattttctgaccaaacattaggatct 30068038  T
Q  351 ctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagg 450  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||| | |||| | || |||||    
T  30068039 ctccctattgcccatgcatttaccataattctcgtcttttcctttataaaataatcatcaattgttatgttctctctacatttaggagggactagtaagg 30068138  T
Q  451 gtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatc 517  Q
    || |||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30068139 gtgcaacaggatacagtcttaaggtttcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatc 30068205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 58 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 29947261 - 29946808
Alignment:
Q  58 gataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatag--tgactccaaatttctcttccatattcaaatcggaagggctaatattatgtggaagt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||    
T  29947261 gataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggaatagagtga-tctaaatttctcctccatattcaaattggaaggactaatattacatggaagt 29947163  T
Q  156 tcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggacaacgtctacgacctgaaccaaatggta 255  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| | | |||  || | |||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29947162 tcccaattaaagcaatgtaccaattgagctataaccattttaattgtgatcaaacccatttcaattccaggacaacgtctacgaccagaaccaaatggta 29947063  T
Q  256 tagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccc 355  Q
    |||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||| ||| || |||  |||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  29947062 tagatttaaacttatgtccttcataattcattttcatgtcaataaatctttctggatgaaattcttcataattttctgaccaaacactagaatctctctc 29946963  T
Q  356 tatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctctacattcacgaggaagtaataagggtcca 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  29946962 tatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttccattataaaatatccatcaattgttatactctctctacattcacgagggagtaacaagggtgca 29946863  T
Q  456 acggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttct 510  Q
    || |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  29946862 acagggtaaagtcttaaagtttcatgaaccaccatatctaagtaacttaacttct 29946808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 29 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 29945317 - 29944820
Alignment:
Q  29 ctattcaagcttctcatcacattccaaacgataactcggtattgcgtgcaagtgttgagcccttggtatagtgactccaaatttctcttccatattcaaa 128  Q
    ||||||||||||  |||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||    |||||||||||| ||||| ||||||    
T  29945317 ctattcaagcttgccatcacctgccaaacgataacttggtattgcgtgtaagtgttgagctctatgtatagattgtccaaatttctcatccatgttcaaa 29945218  T
Q  129 tcggaagggctaatattatgtggaagttcccaattaaaggaatgcaccaattgagctacaacaaatctaacagtaaccaaacccaattgaatcccaggac 228  Q
    |  ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     || ||||||||   |||| |||||||||| ||||| |    
T  29945217 ttagaaggactaatattatatggaagtttccaattaaagcaatgcaccaattgagctatgcttaacctaacagtcctcaaagccaattgaattccagggc 29945118  T
Q  229 aacgtctacgacctgaaccaaatggtatagattcaaattcttgtccttgataattcattttcttatcactaaatctctctggataaaactcatcagcatt 328  Q
    |||| ||||||||  | ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||| |||||||| | |||| ||||||||| |||| || ||||||||    
T  29945117 aacgcctacgaccaaatccaaatggtatactttcaaactcttgtccttcataattcaatttcttattaataaacctctctggacaaaattcttcagcatt 29945018  T
Q  329 ttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtcttttcctttataaaatatccatcaattgttatgctttctcta 428  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  29945017 ttctgaccaaacattaggatctctcgctattgtaaatgcatttactataactcgtgtcttttcctttacaaaataaccatcaattgttatgttctctcta 29944918  T
Q  429 cattcacgaggaagtaataagggtccaacggggtaaagtcttaatgtctcatcaaccaccatatctaagtaattcaacttcttcaaatcatattcttc 526  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||  ||| || | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  29944917 cattcacgagggagtaagaagggtgaaactggatgaagtcttaaagtttcatcaaccaccatatctaagtaattaaaattcttcaaatccttttcttc 29944820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 299 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 31890703 - 31890612
Alignment:
Q  299 aaatctctctggataaaactcatcagcattttctgaccaaacatttgaatctctccctatagcccatgcatttactataactcgtgtctttt 390  Q
    |||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||| | ||||||||||| || || || ||||||||    
T  31890703 aaatctctctggataaaacgtctcagcattatccgaccaaacattagtgtctctccctattgtccatgcatttattaaaattcttgtctttt 31890612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University