View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6261_low_11 (Length: 347)

Name: NF6261_low_11
Description: NF6261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6261_low_11
NF6261_low_11
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (18-338)||(2351155-2351475)
chr2 (19-338)||(2327135-2327454)
chr2 (19-329)||(2330850-2331160)
chr2 (27-338)||(2321290-2321601)
chr2 (27-327)||(2303588-2303888)
chr2 (27-328)||(2293975-2294276)
chr2 (27-338)||(2310306-2310617)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (27-317)||(41127170-41127463)
chr8 (19-131)||(26506771-26506883)
chr8 (19-131)||(26494726-26494838)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (158-280)||(15176287-15176409)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 18 - 338
Target Start/End: Original strand, 2351155 - 2351475
Alignment:
Q  18 ctttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351155 ctttttaacggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagttta 2351254  T
Q  118 agccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351255 agccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggata 2351354  T
Q  218 taatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351355 taatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaa 2351454  T
Q  318 caagaattcactgtgatgatg 338  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  2351455 caagaattcactgtggtgatg 2351475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 338
Target Start/End: Original strand, 2327135 - 2327454
Alignment:
Q  19 tttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327135 ttttgaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatggtggcagagatggggttggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 2327234  T
Q  119 gccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatat 218  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||||||    
T  2327235 gccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgatattacagggagtaaagagatcaagatgatgccgtttggagctggtaggagaatttgtccgggatat 2327334  T
Q  219 aatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaac 318  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  2327335 aatttagctttactccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccggagggtggccatgtcgatttgtcagaaaaat 2327434  T
Q  319 aagaattcactgtgatgatg 338  Q
      |||||||| ||| |||||    
T  2327435 ttgaattcaccgtggtgatg 2327454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Original strand, 2330850 - 2331160
Alignment:
Q  19 tttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2330850 ttttgaatggttatttggtgcctaaagatgggacggtgaattttatggttgcagagatggggttggaccctcgtgtttgggaggatccaatggaatttaa 2330949  T
Q  119 gccagagaggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatat 218  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  2330950 gccagaaaggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccatttggagctgggaggagaatttgtcctggatat 2331049  T
Q  219 aatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaac 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||||||| || ||||    
T  2331050 aatttagctttgcttcatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttcccgagggtggtcgcgttgatttgtcagagaaac 2331149  T
Q  319 aagaattcact 329  Q
    | |||||||||    
T  2331150 aggaattcact 2331160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 27 - 338
Target Start/End: Original strand, 2321290 - 2321601
Alignment:
Q  27 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321290 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctgtcggagatggcgtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaa 2321389  T
Q  127 ggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagc 226  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  2321390 ggtttttgaaggatgagacttttgatattatagggagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaaggagaatttgtcccggacttaatttagc 2321489  T
Q  227 tttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattc 326  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  2321490 tttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcaattggcagcttccggagggtggccatgttgatttgtcggaaaaagatgaattc 2321589  T
Q  327 actgtgatgatg 338  Q
    ||| || |||||    
T  2321590 actatggtgatg 2321601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 27 - 327
Target Start/End: Original strand, 2303588 - 2303888
Alignment:
Q  27 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2303588 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtgaatttcatgctggcggagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaaa 2303687  T
Q  127 ggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagc 226  Q
    |||||| ||||||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||  |||||||| ||||| | |  |||||||||    
T  2303688 ggttttggaaggatgagaattttgacattacagggagtaaggagataaagatgatgccgtttgaagctgaaaggagaatttgtcctgcacttaatttagc 2303787  T
Q  227 tttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattc 326  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2303788 tttgctccatttagaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaagcttccagagggcggctatgttgatttgtcggaaaaacaagaattc 2303887  T
Q  327 a 327  Q
    |    
T  2303888 a 2303888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 27 - 328
Target Start/End: Original strand, 2293975 - 2294276
Alignment:
Q  27 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaga 126  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |    
T  2293975 ggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttcttgctggcggagatggcgttggatcctcgtgtttgggaggacccgttggagtttaagccagaaa 2294074  T
Q  127 ggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagc 226  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || ||||| |||||||||  |||||||||    
T  2294075 ggtttttgaaggatgagacttttgacattacaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagc 2294174  T
Q  227 tttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattc 326  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  2294175 tttgctccatttggaatattttgtggctaacttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaatacaagaattc 2294274  T
Q  327 ac 328  Q
    ||    
T  2294275 ac 2294276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 27 - 338
Target Start/End: Original strand, 2310306 - 2310617
Alignment:
Q  27 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaga 126  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  |  |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |    
T  2310306 ggttatttggtgcctaaaaacgggacggtgaatttctttctggcggagatggcgttggatcgtcgtgtttgggaggacccattggagtttaagccagaaa 2310405  T
Q  127 ggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagc 226  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || ||||| |||||||||  |||||||||    
T  2310406 ggtttttgaaggatgagacttttgtcattccaggaagtaaagagataaagatgatgccgtttggagctggaagaagaatttgtcccggacttaatttagc 2310505  T
Q  227 tttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagaaggtgggcatgttgatttgtcggaaaaacaagaattc 326  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  2310506 tttgctccatttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccagagggcgggcatgttgatttgacggaaatacaagaattc 2310605  T
Q  327 actgtgatgatg 338  Q
    ||| || |||||    
T  2310606 actatggtgatg 2310617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 27 - 317
Target Start/End: Original strand, 41127170 - 41127463
Alignment:
Q  27 ggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaagccagaga 126  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |   || ||||| ||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |    
T  41127170 ggttacttgctgcctaaaaatgtggtagtgaatttcatggtggcagacatagggagggaccctagtgtttgggaagatccattggagtttaaaccagaaa 41127269  T
Q  127 ggtttttgaaggatgaaacatttgacattacggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagc 226  Q
    ||||||||||||||||  | ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  41127270 ggtttttgaaggatgaggcttttgatattaccgggactaaagagataaagatgatgccgtttggagttgggaggagaatttgtcctggatataatttagc 41127369  T
Q  227 tttgcttcacttggaatattttgtggctaatttggtttggaatttcgattggaaggttccaga---aggtgggcatgttgatttgtcggaaaaa 317  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||| |||   || |||  ||||||||||||||||||||    
T  41127370 tttgctccatttggaatactttgtggctaatttggtctggaattttaattggaagattctagagggagctggttatgttgatttgtcggaaaaa 41127463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 131
Target Start/End: Original strand, 26506771 - 26506883
Alignment:
Q  19 tttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 118  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||| ||||  || ||    
T  26506771 tttttaacggttacttggtgcctaaaaatgggacagttaattttatggtggcagaggttgggtgggatccaagtgtttgggaggatcccatggcattcaa 26506870  T
Q  119 gccagagaggttt 131  Q
    |||||| ||||||    
T  26506871 gccagataggttt 26506883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 131
Target Start/End: Original strand, 26494726 - 26494838
Alignment:
Q  19 tttttaatggttatttggtgcctaaaaatgggacggtcaattttatggtggcagagatggggtgggatcctcgtgtttgggaggatccaatggagtttaa 118  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || |  |||||    |||||||||||||| | || ||||||    
T  26494726 ttttgaatggttacttggtgcctaaaaatgggactgtgaattttatggtggcagatataggattagatccaacggtttgggaggatcctacggtgtttaa 26494825  T
Q  119 gccagagaggttt 131  Q
    |||||||||||||    
T  26494826 gccagagaggttt 26494838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 158 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 15176409 - 15176287
Alignment:
Q  158 ggggagtaaagagataaagatgatgccatttggtgttggtaggagaatctgtcccggatataatttagctttgcttcacttggaatattttgtggctaat 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||||| ||||| || |||  |||||| ||| | ||||||||||| ||||| || |||    
T  15176409 ggggagtaaagagataaagatgatgccatttggagcagggaggagaatgtgtcctggctatggtttagcattgttgcacttggaatactttgttgccaat 15176310  T
Q  258 ttggtttggaatttcgattggaa 280  Q
    || |||| |||||| || |||||    
T  15176309 tttgttttgaattttgagtggaa 15176287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University