View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6264_high_3 (Length: 734)

Name: NF6264_high_3
Description: NF6264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6264_high_3
NF6264_high_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-719)||(2352534-2353225)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 719
Target Start/End: Original strand, 2352534 - 2353225
Alignment:
Q  21 acacttgcacaaacaaaggcaagaaatcattggacggacatatgctacgtgtacggctaagatttaatgttcaggggacctcaaaataatagaaaatcct 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352534 acacttgcacaaacaaaggcaagaaatcattggac----atatgctacgtgtacggctaagatttaatgttcaggggacctcaaaataatagaaaatcct 2352629  T
Q  121 ccgtatttttggctttctccggttttgtgtacgggttagggtgtgtcatgtgtaacgagttgatcattaccttgtgacatgtttcttattgaaagagcaa 220  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352630 ccgtatttttggctttttccggttttgtgtacgggttagggtgtgtcatgtgtaacgagttgatcattaccttgtgacatgtttcttattgaaagagcaa 2352729  T
Q  221 attaattaaggcatcaattttaatagatacagtgtaggggaccaaatctggttgagaatgtgaatactgtnnnnnnnnnnnnnnccaacactgcttaagt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||||||    
T  2352730 attaattaaggcatcaattttaatagatacagtgtaggggaccaaatctggttgagaatgtgaatactgtaaaaaaaaaaa---ccaacactgcttaagt 2352826  T
Q  321 agtaagcaccaagtgggtttgattatacgttggagtttaaaaaatcttagttgtattgtagataagacaattatgcaggccagggttttttctcagaata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352827 agtaagcaccaagtgggtttgattatacgttagagtttaaaaaatcttagttgtattgtagataagacaattatgcaggccagggttttttctcagaata 2352926  T
Q  421 tatcaaacatcccatcctcgatctacaagaaagtgacattacatatcaaatgtggcactgatgtagacatgccacaataggatcattaactatcataact 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2352927 tatcaaacatcccatcctcgatctacaagaaagtgacattacatatcaaatgtggcaccgatgtagacatgccacaataggatcattaactatcataact 2353026  T
Q  521 ttgcacatgatgactttaatctgtggtgtaaaacatatgttttgcaatgagagattgcatagatttgtctcaatgaacaaagaaaaagacgtatgtgtcg 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2353027 ttgcacatgatgactttaatctgtggtgtaaaacatatgttttgcaatgagagattgcatagatttgtctcaatgaacaaagaaaaagacgtatgtgtcg 2353126  T
Q  621 agattgtaaaaagcatgtttgctaagtgtgtggatcatggtccatgcatgcaggatgaggtgtacaactgcgttcatggatggtattgaatgtatatat 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2353127 agattgtaaaaagcatgtttgctaagtgtgtggatcatggtccatgcatgcaggatgaggtgtacaactgcgttcatggatggtattgaatgtatatat 2353225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University