View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6284_high_1 (Length: 667)

Name: NF6284_high_1
Description: NF6284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6284_high_1
NF6284_high_1
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (18-639)||(27508118-27508739)
chr4 (388-638)||(27503544-27503794)
chr4 (102-386)||(27468899-27469194)
chr4 (53-386)||(27514127-27514471)
chr4 (388-637)||(27524146-27524394)
chr4 (388-618)||(27468624-27468855)
chr4 (388-622)||(27475853-27476088)
chr4 (387-619)||(27514505-27514736)
chr4 (195-382)||(27476133-27476320)
chr4 (195-388)||(27523910-27524104)
chr4 (50-381)||(27489342-27489684)
chr4 (19-182)||(27503111-27503280)
chr4 (264-384)||(27556962-27557082)
chr4 (282-382)||(27503399-27503499)
chr4 (261-377)||(27497858-27497975)
chr4 (19-176)||(27466482-27466638)
chr4 (44-175)||(27473556-27473687)
chr4 (44-175)||(27526457-27526588)
chr4 (322-386)||(27506260-27506324)
chr4 (19-175)||(27516925-27517080)
chr4 (44-174)||(27476352-27476482)
chr4 (405-497)||(27517383-27517475)
chr4 (322-386)||(27479400-27479464)
chr4 (103-174)||(27523807-27523878)
chr4 (315-386)||(27554104-27554174)
chr4 (49-135)||(27500681-27500767)
chr4 (231-308)||(27517168-27517243)
chr4 (325-386)||(27486460-27486521)
chr4 (19-63)||(27570381-27570424)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 639
Target Start/End: Original strand, 27508118 - 27508739
Alignment:
Q  18 agatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508118 agatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggc 27508217  T
Q  118 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtcttagagacttcaagggttatggtagctagataatgcataattct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508218 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcatatgaaagatcacatggagttgtcttagagacttcaagcgttatggtagctagataatgcataattct 27508317  T
Q  218 tgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcact 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508318 tgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcact 27508417  T
Q  318 taccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaaggacatctcatttggtaggaagtggaagcttt 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508418 tactagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttataaaattatgaaggacatctcatttggtaggaagtggaagcttt 27508517  T
Q  418 gtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgctctctatccttccaccccttcaataatagtt 517  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508518 gtattggacattgtttaagaaggtagggtacactctaagacagcaccacatgctaccttatcactatgctctctatccttccaccccttcaataatagtt 27508617  T
Q  518 tttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacagcacaactcattagcttcatcaattacttagt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27508618 tttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacagcacaactcattagcatcatcaattacttagt 27508717  T
Q  618 tacatccttcttacttttgata 639  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  27508718 tacatccttcttacttttgata 27508739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 388 - 638
Target Start/End: Original strand, 27503544 - 27503794
Alignment:
Q  388 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaa-ggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 486  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  27503544 acatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaaggtaggggacactctaagacaacaccacatgctacattatccctatga 27503643  T
Q  487 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27503644 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacag 27503743  T
Q  587 cacaactcattagcttcatcaattacttagttacatccttcttacttttgat 638  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  27503744 cacaattcatt-gcatcatcaaatacttaattacatccatcttacatttgat 27503794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 102 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27469194 - 27468899
Alignment:
Q  102 atcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtctt-----------agagacttcaagggt 190  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||            | | |||||||  |     
T  27469194 atcaatgaaggagggccatgagatatgagtcatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctaaatgaatggatatacttcaaatgg 27469095  T
Q  191 tatggtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatct 290  Q
    | | |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  27469094 tgtagtagatagataatgcataattcttgagtagaagcatcatatgatagatagacttgaaagtagaaccacagacatgtagaatggtttgagttgatct 27468995  T
Q  291 attgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27468994 attgttatccatggccttatagtcacttaccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaag 27468899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 53 - 386
Target Start/End: Original strand, 27514127 - 27514471
Alignment:
Q  53 aatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtat 152  Q
    ||||||||||| ||||||||||  ||||||   ||||| |  |  ||| ||||||||||||||||||| || | ||||  ||| ||||||||| || |||    
T  27514127 aatatatatagatgaaaggatatgtaacaaacagtcggcagctacaatgatcaatgaaggagggccatgaggtttgagctatggccagacaagagcatat 27514226  T
Q  153 gaaagatcacatggagttgtct-tagag----------acttcaagggttatggtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattga 241  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||           |||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  27514227 gaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatggataaacttcaagtgttgtagtagatagataatgcataattcttgagcataagcatcatataattga 27514326  T
Q  242 tagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtc 341  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  27514327 tagacttgaaagtaaagccacaaacatatagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattatagtcacttactagctggacatcagcattatc 27514426  T
Q  342 ataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27514427 ataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaag 27514471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 388 - 637
Target Start/End: Original strand, 27524146 - 27524394
Alignment:
Q  388 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgct 487  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  27524146 acatctcatttggtagcaattggaagctttgtattggatattgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatccctatgat 27524245  T
Q  488 ctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacagc 587  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||| ||||| ||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  27524246 ctatatccttcaaccccttcaataatagtttttcttgaaatttgggtttgagagaactttaaaatctatatataaacttcctctctccttcacaaacaga 27524345  T
Q  588 acaactcattagcttcatcaattacttagttacatccttcttacttttga 637  Q
    | |||||||| || | ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  27524346 aaaactcatt-gcattatcaaatatttagttacatccttcatacatttga 27524394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 388 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 27468855 - 27468624
Alignment:
Q  388 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacatt-gtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 486  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  27468855 acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgc 27468756  T
Q  487 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 586  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||||| | | |||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27468755 tctctatccatcaaacccttcaataatagtttttgttgaaatttgattttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctcgccttcacaaacag 27468656  T
Q  587 cacaactcattagcttcatcaattacttagtt 618  Q
     |||||||||| || ||||||| || ||||||    
T  27468655 gacaactcattggcatcatcaaatatttagtt 27468624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 8e-66
Query Start/End: Original strand, 388 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 27476088 - 27475853
Alignment:
Q  388 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaa-ggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 486  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  27476088 acatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaaggtagggtacactctaagacaacaccccatgctaccttatccctgtgc 27475989  T
Q  487 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 586  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27475988 tctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacag 27475889  T
Q  587 cacaactcattagcttcatcaattacttagttacat 622  Q
    ||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||    
T  27475888 cacaactgattggcatcatcaaatatttagttacat 27475853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 387 - 619
Target Start/End: Original strand, 27514505 - 27514736
Alignment:
Q  387 gacatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacatt-gtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatg 485  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  27514505 gacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatg 27514604  T
Q  486 ctctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaaca 585  Q
    |||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| | |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  |    
T  27514605 ctctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaaatttggttctgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataa--a 27514702  T
Q  586 gcacaactcattagcttcatcaattacttagtta 619  Q
    |||||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  27514703 gcacaactcattggcatcatcaagtatttagtta 27514736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 195 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 27476320 - 27476133
Alignment:
Q  195 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattg 294  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27476320 gtagatagataatgcataattcttgagcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatctattg 27476221  T
Q  295 ttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattat 382  Q
    ||||| ||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  27476220 ttatccatgtccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgcttacaaaattat 27476133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 195 - 388
Target Start/End: Original strand, 27523910 - 27524104
Alignment:
Q  195 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaa-ccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctatt 293  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  27523910 gtagatagataatgcataattcttgtgcaaaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatcaatt 27524009  T
Q  294 gttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaagga 388  Q
    |||||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  27524010 gttatccatagccatgtagacacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacgaaattatgaagga 27524104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 50 - 381
Target Start/End: Original strand, 27489342 - 27489684
Alignment:
Q  50 atgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcg 149  Q
    |||||||||||||  ||||||||||  ||||||  | |||| || || ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||     
T  27489342 atgaatatatatacatgaaaggataagtaacaaaccatcggcaaatgaaattatcagtgaaggagggccataagatttgagtcatgttcagacaagagca 27489441  T
Q  150 tatgaaagatcacatggagttgtctt-----------agagacttcaagggttatggtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataat 238  Q
    ||||||||||||||||| |||||||            | | |||||||  | | | |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  27489442 tatgaaagatcacatggtgttgtctcgaaatgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcatcatataat 27489541  T
Q  239 tgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcatt 338  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  | || ||||| ||  ||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||    
T  27489542 tgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggcctatgatgatccataattatacattgccttataatcactaaccagctggacatcgacatt 27489641  T
Q  339 gtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaatta 381  Q
     ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27489642 ttcataatgaagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaatta 27489684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 182
Target Start/End: Original strand, 27503111 - 27503280
Alignment:
Q  19 gatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatata------gctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaagg 112  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||      | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| |||| |    
T  27503111 gattcgtgtttgttcgaaatgttttgcagtcatgaatatatatatatatagatgaaaggatacataacaagtcttcggcaattgtaatgatcattgaatg 27503210  T
Q  113 agggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtcttagagact 182  Q
    |||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  27503211 agggccataagaaatgattcatggccagacaagggcatatgaaagatcacatggtgttgtcttcgagact 27503280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 264 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 27557082 - 27556962
Alignment:
Q  264 aacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttc 363  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||      
T  27557082 aacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccattgcgttataatcacttaccagctggaaatcaacactatcataatgaagaaaacatgtctaa 27556983  T
Q  364 agcatgtttacaaaattatga 384  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27556982 agcatgtttacaaaattatga 27556962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 282 - 382
Target Start/End: Original strand, 27503399 - 27503499
Alignment:
Q  282 tgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaatta 381  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27503399 tgttgatctattgttatccattgccttatagtcacttatcagctggacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaatta 27503498  T
Q  382 t 382  Q
    |    
T  27503499 t 27503499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 261 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27497975 - 27497858
Alignment:
Q  261 acaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatag-tcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgt 359  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  27497975 acaaacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccactgccttatatctcacttaccagctagacatcaacattatcataatgaagaaaacatgt 27497876  T
Q  360 cttcagcatgtttacaaa 377  Q
    | | ||| ||||||||||    
T  27497875 cctaagcctgtttacaaa 27497858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 27466638 - 27466482
Alignment:
Q  19 gatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggcc 118  Q
    ||||||||||||| | ||| | || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| || | ||||  ||| |||| |||||||    
T  27466638 gatttgtgttggtgctaaaggctt-gcagccatgaatatatatagatgaaaggatacttaacaaatcgtcggcaactataatgctcagtgaatgagggcc 27466540  T
Q  119 ataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtctta 176  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  27466539 ataagatttgagtcatggtcagacaagagcatatgaaacatcacatggtgttgtctta 27466482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27473687 - 27473556
Alignment:
Q  44 gcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagaca 143  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || |||  | |||| || | |||| |||| |||| ||||||||||| || |||||||||  ||||||    
T  27473687 gcagccatgaatatatatagatgaaaggatacttagcaaaccatcggcaactataatgatcagtgaatgagggccataatatttgagtcatgttcagaca 27473588  T
Q  144 agggcgtatgaaagatcacatggagttgtctt 175  Q
    || || ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  27473587 agagcatatgaaacatcacatggtgttgtctt 27473556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 44 - 175
Target Start/End: Original strand, 27526457 - 27526588
Alignment:
Q  44 gcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagaca 143  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||||||   ||||| || | || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||    
T  27526457 gcagccatgaatatatatagatgaaaggatatgtaacaaacagtcggcaactatagtgatcagtgaaggagggccataagatttgagtcatggttagaca 27526556  T
Q  144 agggcgtatgaaagatcacatggagttgtctt 175  Q
    || || |||||| |||||||||| ||||||||    
T  27526557 agagcatatgaatgatcacatggtgttgtctt 27526588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 322 - 386
Target Start/End: Original strand, 27506260 - 27506324
Alignment:
Q  322 agctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  27506260 agctggacatcagcactttgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacaaaattatgaag 27506324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 175
Target Start/End: Original strand, 27516925 - 27517080
Alignment:
Q  19 gatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggcc 118  Q
    ||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||  |||||| || | |||| |||| ||||||||| ||    
T  27516925 gatttgtgttggtgctaaatgctt-gcagccatgaatatatatagatgaacggatacttaacaaaccgtcggcaactataatgatcagtgaaggaggacc 27517023  T
Q  119 ataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtctt 175  Q
    ||| |||  |||| |||  |||||||  || |||||||  |||||||| ||||||||    
T  27517024 ataggattagagttatgttcagacaacagcatatgaaacgtcacatggtgttgtctt 27517080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27476482 - 27476352
Alignment:
Q  44 gcagtcatgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagaca 143  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||   ||||| || |  ||| |||||| ||||||| |||| |||  | || |||| |||||||    
T  27476482 gcagtcaataatatatatagatgaaaggatatttaacaaacagtcggcaactacaatgatcaattaaggaggaccattagaatttagccatggccagaca 27476383  T
Q  144 agggcgtatgaaagatcacatggagttgtct 174  Q
    || || ||||||||||||||||| |||||||    
T  27476382 agagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 27476352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 405 - 497
Target Start/End: Original strand, 27517383 - 27517475
Alignment:
Q  405 aagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactc-taagacaacaccacatgctaccttatcactatgctctctatcctt 497  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||    
T  27517383 aagtggaagctttgtgttggccattgtttgagaaggtggggtacaatcttaagacaacgccacatgctatattatc-ttatgctctctaacctt 27517475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 322 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27479464 - 27479400
Alignment:
Q  322 agctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    |||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||    
T  27479464 agctggacatcagcaccatgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaag 27479400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 27523807 - 27523878
Alignment:
Q  103 tcaatgaaggagggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtct 174  Q
    ||||||||||||| |||| |||  | | ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  27523807 tcaatgaaggaggaccatgagaatttaatcatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 27523878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 315 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27554174 - 27554104
Alignment:
Q  315 acttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  27554174 acttaccagctggagatcaacattatcaaaatgaag-aaacatgtcttagacatgtttgcaaaattatgaag 27554104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 49 - 135
Target Start/End: Original strand, 27500681 - 27500767
Alignment:
Q  49 catgaatatatatagctgaaaggatacataacaagtcgtcggaaattgtaataatcaatgaaggagggccataagatatgagtcatg 135  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||| || | |||| |||| ||||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  27500681 catggatatatatagatgaaaggatacttaacaaaccgtcggcaactataatgatcagtgaaggaggaccataggattagagtcatg 27500767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 231 - 308
Target Start/End: Original strand, 27517168 - 27517243
Alignment:
Q  231 catataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggcctt 308  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  27517168 catataattaatcaacttgaaagtataaccacaaacatgtagagtggtttatg--gatctattgctatctattgcctt 27517243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 27486521 - 27486460
Alignment:
Q  325 tggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 386  Q
    ||||||||| || | | ||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||    
T  27486521 tggacatcaacactttaataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaag 27486460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 63
Target Start/End: Original strand, 27570381 - 27570424
Alignment:
Q  19 gatttgtgttggttcgaaatgtttagcagtcatgaatatatatag 63  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  27570381 gatttgtgttggttctaaatgctt-gcagtcatgaatatatatag 27570424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University