View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6289_high_1 (Length: 791)

Name: NF6289_high_1
Description: NF6289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6289_high_1
NF6289_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-781)||(35829218-35829984)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 636; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 636; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 35829984 - 35829218
Alignment:
Q  18 cattttgatgactagtccttgatgtgcttgtgcttgaccttgaagggaatgtccatggcctctagcagctaccttcaactctgaatcagatcctttttca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35829984 cattttgatgactagtccttgatgtgcttgtgcttgaccttgaagggaatgtccatggcctctagcagctaccttcaactctgaatcagaccctttttca 35829885  T
Q  118 aaaatatgttttacggtacgtgaaatatctgaaacagtttttggatgcaacactgctagaggaggaaaacggtgtatgttgccaaagtcctttgcagcat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35829884 aaaatatgttttacggtacgtgaaatatctgaaacagtttttggatgtaacactgctagaggaggaaaatggtgtatgttgccaaagtcctttgcagcat 35829785  T
Q  218 cttcattgtcctttaagctcaaatgtccatcaaaggattgtgattgtagtgatatgataacatcatagggtggaatttgaactaatgaagttgtaataga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35829784 cttcattgtcctttaagctcaaatggccatcaaaggattgtgattgtagtgatatgataacatcatagggtgaaatttgaactaatgaagttgtaataga 35829685  T
Q  318 attgttgcagcctgagtcagctttgtaaagtataaaactaaggattagaattataatggttttggtaaatgaaaatatgacatgttttgagaaactaaca 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35829684 attgttgcagcctgagtcagctttgtaaagtataaaactaaggattagaattataatggttttggtaaatgaaaatatgacatgttttgagaaactaaca 35829585  T
Q  418 agttttaaaaccatga-nnnnnnnncttcttataaaaattgcttaataagagagggggttgaatactgttctgccataaggaaatgtttgatgcaaatga 516  Q
    ||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35829584 agttttaaaaccatgatttttttttcttcttataaaaattgcttaataagagagggggttgaatactgttctgctataaggaaatgtttgatgcaaatga 35829485  T
Q  517 acagttgagacgacagtttgaagcggtcaccaccttttataggcaaacctgatagtctgatggaggtgtccttgaggtgtgtttgatgcaccttgttatg 616  Q
    | |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35829484 aaagttgagaagacaatttgaagaggtcaccaccttttataggcaaacctgatagtctgatggaggtgtccttgaggtgtgtttgatgcaccttgtaatg 35829385  T
Q  617 gtaacaaatttttcatcatgtgtatattggtcatagaaacaaagtacaagtaaaataa--nnnnnnnnccccacaagttccattcgcgccggagtaatca 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||           |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35829384 gtaacaaatttttcatcatgtgtatattggtcatagatacaaagtacaagtaaaataattattatttttcccataagttccattcgcgccggagtaatca 35829285  T
Q  715 tatccaaagtgtaccggaaattaaatgtgagtacctctttcgattgtgtctttttcattctcctttg 781  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35829284 tatccaaaatgtaccggaaattaaatgtcagtacctctttcgattgtgtctttttcattctcctttg 35829218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University