View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6289_low_4 (Length: 488)

Name: NF6289_low_4
Description: NF6289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6289_low_4
NF6289_low_4
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (11-482)||(11674992-11675463)
chr1 (11-480)||(11631180-11631649)
chr1 (11-480)||(11682479-11682948)
chr1 (11-480)||(11639942-11640411)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 482
Target Start/End: Original strand, 11674992 - 11675463
Alignment:
Q  11 catcatcatcctggctttctccttcttgatttggacaaggaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  11674992 catcctcatcctggctttctccttcttgatttggacaagcagatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtcccttttcataccttcattgtac 11675091  T
Q  111 aaaccatagtaactatgatggttagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcataagcatcatcactcccagcatttacatcagccgcaccgtcattga 210  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11675092 aaaccatagtaactatgatggtaagaaacatagtaccaagcagaagcttttgcataagcatcatcactcccagcatctacatcagccgcaccgtcattga 11675191  T
Q  211 accaactcctcgcctctttccttagggaccttacagccatagtaatcgcatctgcatcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11675192 accaactcctcgcctctttccttagggaccttacagccatagtaatcgcatctgcatcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 11675291  T
Q  311 acttaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccataagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaggcatcgtcgacataa 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11675292 acttaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccatcagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaggcatcgtcgacataa 11675391  T
Q  411 tccataaagccctcgaattccatatccgaatcatatgactccttagccacttcaagtgtgaaggatgtaaga 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11675392 tccataaagccctcgaattccatatccgaatcatatgactccttagccacttcaagtgtaaaggatgtaaga 11675463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 11631649 - 11631180
Alignment:
Q  11 catcatcatcctggctttctccttcttgatttggacaaggaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11631649 catcttcatcctggctttctccttcttaatttggacaagcaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 11631550  T
Q  111 aaaccatagtaactatgatggttagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcataagcatcatcactcccagcatttacatcagccgcaccgtcattga 210  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||| | | |||| |||    
T  11631549 aaaccatagtaactatgatggtaagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcatatgcatcatcactcccagaatctacaccagccccgctgtcagtga 11631450  T
Q  211 accaactcctcgcctctttccttagggaccttacagccatagtaatcgcatctgcatcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 310  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  11631449 accaactccttgcctctttccttagggaccttacggccatagtaatcgcatccgcatccctttttttcgtgaaagattttgacattttcataatatttcc 11631350  T
Q  311 acttaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccataagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaggcatcgtcgacataa 410  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  11631349 acttaggatttctgcttcagttttgataccatagtagtccatcagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaatgcatcgtcaacataa 11631250  T
Q  411 tccataaagccctcgaattccatatccgaatcatatgactccttagccacttcaagtgtgaaggatgtaa 480  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| |||||||    
T  11631249 tccataaagccctcgaattccatgtcggaatcataggactctttagccacttccaatgtgaaagatgtaa 11631180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 11 - 480
Target Start/End: Original strand, 11682479 - 11682948
Alignment:
Q  11 catcatcatcctggctttctccttcttgatttggacaaggaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 110  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11682479 catcctcatcctgactttctccttcttgatttggacaagcaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 11682578  T
Q  111 aaaccatagtaactatgatggttagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcataagcatcatcactcccagcatttacatcagccgcaccgtcattga 210  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||| || | || |||      | |||||||    
T  11682579 aaaccatagtaactatgatggtaagtaacaaaataccaagcagaagcttttgcatatggacaatcactcccagaatctgcaccagtattgtcttcattga 11682678  T
Q  211 accaactcctcgcctctttccttagggaccttacagccatagtaatcgcatctgcatcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 310  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11682679 accaactcctcgcctctttccgtagggacttaatagccatagcaattgcatctgcgtcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 11682778  T
Q  311 acttaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccataagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaggcatcgtcgacataa 410  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  11682779 actaatgatttctgattcagttttgataccatagtagtccatcagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaagcatcgtcggcataa 11682878  T
Q  411 tccataaagccctcgaattccatatccgaatcatatgactccttagccacttcaagtgtgaaggatgtaa 480  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11682879 tccataaagcccacgaattccatatctggatcatgtgactctttagccacttcaagtgtgaaggatgtaa 11682948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 11 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 11640411 - 11639942
Alignment:
Q  11 catcatcatcctggctttctccttcttgatttggacaaggaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 110  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11640411 catcctcattctggctttctccttcttgatttggacaagcaaatggtaaacacaccatggaaagcttagaaaatggtccctctgcataccttcattgtac 11640312  T
Q  111 aaaccatagtaactatgatggttagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcataagcatcatcactcccagcatttacatcagccgcaccgtcattga 210  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  |||   ||    || |||||||    
T  11640311 aaaccatagtaactatgatggtaagtaacatagtaccaagcagaagcttttgcatatgcatcatcacttccagaatcaacactggcactgccatcattga 11640212  T
Q  211 accaactcctcgcctctttccttagggaccttacagccatagtaatcgcatctgcatcccttcttttggtgaaagatttcgacattttcataatattccc 310  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  11640211 accaactcctcgcctcttttcttagggacctaacagccatagtaatagcatccgcatcccttcttttggtgaaagatttagccattttcataatattccc 11640112  T
Q  311 acttaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccataagatttcccaacttgtagtcataattggttttgtgatagaaggcatcgtcgacataa 410  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||    
T  11640111 actgaggatttctgattcagttttgataccatagtagtccatcagatttcccaacttctcatcataattggatttgtagtagaaggcatcatcgacataa 11640012  T
Q  411 tccataaagccctcgaattccatatccgaatcatatgactccttagccacttcaagtgtgaaggatgtaa 480  Q
    |||||||| || || | |||||| || | |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11640011 tccataaatccatcaacttccatgtcgggatcatatgactttttagccacttccagtgtgaaggatgtaa 11639942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University