View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6294_low_1 (Length: 691)

Name: NF6294_low_1
Description: NF6294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6294_low_1
NF6294_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-679)||(131400-132060)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 679
Target Start/End: Original strand, 131400 - 132060
Alignment:
Q  19 aggatatccattttatttctaattacttgcctttacctctaattctcttcctcttcttatttccctagaaacaatgccgcccttctggaactcaggcatt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131400 aggatatccattttatttctaattacctgccattacctctaattctcttcctcttcttatttccctagaaacaatgccgcccttctggaactcaggcatt 131499  T
Q  119 gcctcaaggaattgttgctaggacctctaacttggaaacacggcccttatgggacgactctgctgtaaataatgtatgctaaattctaaccaacttcact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131500 gcctcaaggaattgttgctaggacctctaacttggaaacacggcccttatgggacgactctgctgtaaataatgtatgctaaattctaaccaacttcact 131599  T
Q  219 tcatgctctaatactgttagcgttatcttacataatatgttactttcaacagctttttgtctatagattagggactactatatttgtgcaatgtgcatta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131600 tcatgctctaatactgttagcgttatcttacataatatgttactttcaacagctttttgtctatagattagggactactatatttgtgcaatgtgcatta 131699  T
Q  319 atttcctcttttttcaattgatgacatctacctggttcagagaatttcgaaccacccattgaatttgttggctatctcagtaggagttaagcaaaaagaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131700 atttcctcttttttcaattgatgacatctacctggttcagagaatttcgaaccacccattgaatttgttggctatctcagtaggagttaagcaaaaagaa 131799  T
Q  419 gttgttgataaaatcgtcaaaaaggtgacggttgcttcacttatataatttgactttgatctacagtttaaactcatatctgctgacttgtaccgctggt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131800 gttgttgataaaatcgtcaaaaaggtgacggttgcttcacttatataatttgactttgatctacagtttaaactcatatctgctgacttgtaccgctggt 131899  T
Q  519 ggcagttcccgtcaagtgattttgttgtgatgctttttcattatgatggctttgtggatggatggaagaatttagcttggagtaatcgtgccatacatgt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  131900 ggcagttcccgtcaagtgattttgttgtgatgctttttcattatgatggctttgtggatggatggaagaatttagcttggagtaatcgtgccatacatgt 131999  T
Q  619 gtctgctataaatcaaacgaaatggtataataagctcatatgttaatttgttttccctctg 679  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  132000 gtctgctataaatcaaacgaaatggtataataagctcatatgttaatttgttttccctctg 132060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University