View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6298_high_14 (Length: 274)

Name: NF6298_high_14
Description: NF6298
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6298_high_14
NF6298_high_14
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (1-265)||(6214-6478)
[»] scaffold0274 (1 HSPs)
scaffold0274 (1-264)||(16981-17244)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-265)||(41426726-41426990)
chr1 (27-250)||(41442753-41442976)
chr1 (32-258)||(41449366-41449592)
chr1 (32-250)||(41432151-41432369)
chr1 (56-108)||(7237890-7237942)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-258)||(7762543-7762788)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (27-250)||(33364091-33364314)
chr2 (27-258)||(33370436-33370667)
chr2 (43-92)||(5838961-5839010)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-246)||(21223400-21223608)


Alignment Details
Target: scaffold0648 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 6214 - 6478
Alignment:
Q  1 tggcacctgggagagcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6214 tggcacctgggagggcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 6313  T
Q  101 ccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6314 ccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 6413  T
Q  201 ggacaatgacatatatgataagaagtcctcttaaggtttggttctactctcggttcatctcattg 265  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6414 ggacaatgacatatatgatgagaagtcctcctaaggtttggttctactctcggttcatttcattg 6478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 17244 - 16981
Alignment:
Q  1 tggcacctgggagagcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17244 tggcacctgggagggcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 17145  T
Q  101 ccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17144 ccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 17045  T
Q  201 ggacaatgacatatatgataagaagtcctcttaaggtttggttctactctcggttcatctcatt 264  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17044 ggacaatgacatatatgatgagaagtcctcctaaggtttggttctactctcggttcatttcatt 16981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 41426726 - 41426990
Alignment:
Q  1 tggcacctgggagagcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41426726 tggcacctgggagggcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaag 41426825  T
Q  101 ccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41426826 ccttactttaatgaacctgaatatgaaagagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattga 41426925  T
Q  201 ggacaatgacatatatgataagaagtcctcttaaggtttggttctactctcggttcatctcattg 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41426926 ggacaatgacatatatgataagaagtcctcctaaggtttggttctactctcggttcatttcattg 41426990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 250
Target Start/End: Original strand, 41442753 - 41442976
Alignment:
Q  27 agatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatga 126  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41442753 agatgtgggctccaggtgtttcgacaatgctacaggttctagtctccataaaaggtctaatcttgaacgcgaagccttactataatgaacctggatatga 41442852  T
Q  127 aggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagt 226  Q
    |     ||||||||||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||| ||||    
T  41442853 atacaagagtggctcacgaagtggtgaacagaaagccctacagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgatttctattataaaaagt 41442952  T
Q  227 cctcttaaggtttggttctactct 250  Q
    | || |||||||||||||||||||    
T  41442953 cgtcctaaggtttggttctactct 41442976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 32 - 258
Target Start/End: Original strand, 41449366 - 41449592
Alignment:
Q  32 tggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatgaaggag 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |     
T  41449366 tggactccaggtgtttcaacaatgctacaggttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactataatgaacctggatatgaaataa 41449465  T
Q  132 cgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagtcctct 231  Q
     |||| ||| |  ||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||  |||||||| ||||  ||||     
T  41449466 tgagtcgcttaatagatggtgaaaagagagccatgttgtataatgaggatacattcattctttcgctgaagacaatgatgtatatgattagaaagcctcc 41449565  T
Q  232 taaggtttggttctactctcggttcat 258  Q
     ||||||||||  |||||| |||||||    
T  41449566 aaaggtttggtcttactcttggttcat 41449592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 32 - 250
Target Start/End: Original strand, 41432151 - 41432369
Alignment:
Q  32 tggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatgaaggag 131  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |        
T  41432151 tggactccaggtgtttcgacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaatgcaaagccttacttcaatgaacctggatgggcacctt 41432250  T
Q  132 cgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagtcctct 231  Q
    |||  |||  ||| | |||||||  ||   ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||| |||||||   |||| ||||||||  ||||     
T  41432251 cgaagggcaaaccgggtggtgaagcgaattccctgcagtataatgagaatacattcattctatcgctgaagacaatgctgtatacgataagaaagcctcc 41432350  T
Q  232 taaggtttggttctactct 250  Q
     ||||||||||||||||||    
T  41432351 aaaggtttggttctactct 41432369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 56 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 7237942 - 7237890
Alignment:
Q  56 ctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactt 108  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  7237942 ctacaggttatagtctccatacaaggtctagtcttgactgcaaaaccttactt 7237890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 7762788 - 7762543
Alignment:
Q  15 gcgacgaggatgagatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatga 114  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7762788 gcgacgacgatgagatgtggactccaggtgtttcgacaatgcatcaggttctcgtctccatacaaggtctaatcttgaatgcaaagccttactttaatga 7762689  T
Q  115 acctggatatgaaggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagag--agccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacat 212  Q
      |||||| |  ||  |  | |||| ||| |||||||||||| ||   || |||| |||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |    
T  7762688 gtctggatttttagacggtattggcccacgagatggtgaaaataggaggctctgcggtataatgaggatatgttcattctatcagtgaggacaatgacgt 7762589  T
Q  213 atatgataagaagtcctcttaaggtttggttctactctcggttcat 258  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  7762588 atatgataagaagttctcctaaggtttggttctactcttggttcat 7762543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 9e-45; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 250
Target Start/End: Original strand, 33364091 - 33364314
Alignment:
Q  27 agatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatga 126  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  33364091 agatgtggactccaggtgtttcgacaatgctacaggttctagtctccatacaagggctaatcttgaatgcgaagccttacttcaatgaacctggatatgc 33364190  T
Q  127 aggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagt 226  Q
    |     |||||||||  ||   ||||||  ||   | ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||| | | ||||||||| |    
T  33364191 atctttgagtggctcgtcaaggggtgaagtgatgtcactgcagtataatgagaatacgttcattctttcagtgaggacaatgacgtctgtgataagaaat 33364290  T
Q  227 cctcttaaggtttggttctactct 250  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  33364291 cctcctaaggtttggttctactct 33364314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 27 - 258
Target Start/End: Original strand, 33370436 - 33370667
Alignment:
Q  27 agatgtggactccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatga 126  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |     
T  33370436 agatgtggactccaggtgtttcgacaatgctacaggttctagtctccatacaaattctaatcttgaatgcaaagccttacttcaatgaacctggatgggc 33370535  T
Q  127 aggagcgagtggctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagt 226  Q
    |    |||  |||  ||| | |||||||  ||   ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||||||| ||||      
T  33370536 accttcgaagggcaaaccgggtggtgaagcgaattccctgcagtataatgagaatacgttcattctatcgttgaagacaatgatgtatatgattagaaag 33370635  T
Q  227 cctcttaaggtttggttctactctcggttcat 258  Q
    ||||  |||||||||||| ||| | |||||||    
T  33370636 cctccaaaggtttggttccacttttggttcat 33370667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 5839010 - 5838961
Alignment:
Q  43 tgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttga 92  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5839010 tgtttcaacaattctacaggttctagtctccattcaaggtctagtcttga 5838961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 38 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 21223608 - 21223400
Alignment:
Q  38 ccaggtgtttcaacaatgctacaagttctagtctccatacaaggtctaatcttgaacgcaaagccttactttaatgaacctggatatgaaggagcgagtg 137  Q
    |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||| | |    ||||    
T  21223608 ccaggtgtttcaacaattttacaggtcctggtctccatacaaggtctaatcttgaatacaatgccttactttaatgagcctggatatgcacgcctaagtg 21223509  T
Q  138 gctcaccagatggtgaaaagagagccctgcagtataacgaggatacattcattctatcattgaggacaatgacatatatgataagaagtcctcttaaggt 237  Q
    | ||  |||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||| || ||| |  | |||||||||||||||   ||| |||||||||| ||||  |||||    
T  21223508 gatctgcagagggtgaaatgagatccctgcggtataatgaggacactttcctcttgtcattgaggacaatggtctatctgataagaaggcctccaaaggt 21223409  T
Q  238 ttggttcta 246  Q
    ||| |||||    
T  21223408 ttgattcta 21223400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University