View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6298_low_1 (Length: 751)

Name: NF6298_low_1
Description: NF6298
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6298_low_1
NF6298_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-730)||(19754963-19755674)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 616; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 730
Target Start/End: Complemental strand, 19755674 - 19754963
Alignment:
Q  19 aacaatgtaattgatggagaagcagctgtgaagggccccataaagaaaaatcgagggcgtaaagaaggcaaacctgctagtgcacattcatgcgttggag 118  Q
    |||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  19755674 aacaatgtaactgatggaaaagctgttgtgaagggccccataaagaaaaatcgagggcgtaaacaaggcaaacctagtagtacacattcatgcgttggag 19755575  T
Q  119 ataatgcgtcgaaggtatctctacttaactttgagaattcccttaattttctttaacaaaccttctttattaacttcgacttttttatgtgtttaagggt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  19755574 ataatgcgtcgaaggtatctctacttaactttgagaattcccttaattttctttaacaaaccttctttattaacttcgactttttaatgtgtttcagggt 19755475  T
Q  219 gctaaagttagcaatgccgaaacgggcaagcaacaaacacctccttccacttttaaccagtcaattgaccccatctttgaggacaatatgatagttgact 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19755474 gctgaagttagcaatgccgaaacgggcaagcaacaaacacctccttccacttttaaccagtcaattaaccccatctttgaggacaatatgataattgact 19755375  T
Q  319 ctagtcctcccaaagatgatgaagaccgagagaaaatgctctctgctcctcctcaagatttgaatgctaaaagtgttgaagatgatcaacaacacattta 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19755374 ctagtcctcccaaagatgatgaagacccagagaaaatgctttctgaacctcctcaagatttgaatgataaaagtgttgaagatgatcaacaacacattga 19755275  T
Q  419 tgaagaaaatgaagggggtccatctccggtcgaaggtggaaaaagtaaagaacctcgtgggttgaactctgaagatgatacaaagcacactgacactgat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755274 tgaagaaaatgaagggggtccatctctggtcgaaagtggaaaaagtaaagaacctcgtgggttgaactctgaagatgatacaaagcacactgacactgat 19755175  T
Q  519 ggggaaggtcgtaaagaatatgtcaaagaatctaaagatgaatctaaacaagattctccaaagacaaaatctcctactccagtgacaaattctaccactg 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  19755174 ggggaaggtcgtaaagaatatgtcaaagaatctaaagatgaatctaaacaagattctccaaagacaaaatctcctactcgagtgacaaattctaccagtg 19755075  T
Q  619 tgactataagtcaagaggagtttgatgtgctgaaagaacgtgacccttttgaggcccttgatcttatgttggttggtaatatcctcccttcaaatactga 718  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755074 tgacaataagtcaagaggagtttgatgtgctgaaagaacgtgacccttttgaggcccttgatcttatgttggttggtaatatcctcccttcaaatactga 19754975  T
Q  719 cacagagtcttc 730  Q
    ||||||||||||    
T  19754974 cacagagtcttc 19754963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University