View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6308_high_2 (Length: 450)

Name: NF6308_high_2
Description: NF6308
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6308_high_2
NF6308_high_2
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (115-299)||(33732569-33732760)
chr2 (118-299)||(44958116-44958305)
chr2 (114-299)||(16089821-16090012)
chr2 (114-296)||(3830900-3831087)
chr2 (114-278)||(14572994-14573166)
chr2 (115-299)||(36315561-36315753)
chr2 (106-299)||(37498862-37499065)
chr2 (115-299)||(6376238-6376424)
chr2 (114-300)||(37914235-37914428)
chr2 (115-240)||(24137151-24137287)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (114-299)||(28093095-28093288)
chr4 (114-302)||(21390952-21391147)
chr4 (115-299)||(49243815-49244006)
chr4 (112-299)||(6112627-6112821)
chr4 (115-299)||(3672274-3672466)
chr4 (114-299)||(7217764-7217957)
chr4 (114-299)||(44275705-44275897)
chr4 (114-297)||(35544911-35545102)
chr4 (114-299)||(46192358-46192551)
chr4 (115-299)||(45829257-45829448)
chr4 (114-192)||(52191314-52191392)
chr4 (114-179)||(25437012-25437077)
chr4 (120-237)||(51038768-51038893)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (114-299)||(3986905-3987097)
chr6 (114-299)||(3118046-3118239)
chr6 (115-299)||(13697569-13697759)
chr6 (115-298)||(14022934-14023124)
chr6 (114-299)||(15345659-15345849)
chr6 (115-299)||(24208444-24208635)
chr6 (114-144)||(7674598-7674628)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (115-299)||(30432339-30432530)
chr8 (112-299)||(31318802-31318997)
chr8 (118-299)||(18184556-18184744)
chr8 (115-299)||(42162598-42162790)
chr8 (115-299)||(36189216-36189406)
chr8 (116-291)||(44081781-44081964)
chr8 (118-299)||(12665347-12665537)
chr8 (114-302)||(10203663-10203859)
chr8 (113-299)||(43186025-43186218)
chr8 (121-301)||(33726017-33726205)
chr8 (135-192)||(42668895-42668952)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (112-299)||(26972202-26972397)
chr7 (115-299)||(28307494-28307686)
chr7 (115-299)||(42220963-42221154)
chr7 (114-301)||(36346562-36346756)
chr7 (118-299)||(34828069-34828256)
chr7 (113-300)||(7700475-7700670)
chr7 (115-300)||(7699881-7700074)
chr7 (115-300)||(7700079-7700272)
chr7 (115-300)||(7700277-7700470)
chr7 (121-299)||(31148296-31148481)
chr7 (115-299)||(34108426-34108618)
chr7 (115-299)||(45782659-45782851)
chr7 (115-297)||(30887700-30887890)
chr7 (115-299)||(5811163-5811354)
chr7 (115-299)||(13108148-13108338)
chr7 (119-297)||(21807324-21807509)
chr7 (121-239)||(23980137-23980262)
chr7 (136-299)||(36957450-36957619)
chr7 (193-299)||(46475109-46475216)
chr7 (206-299)||(29953571-29953665)
chr7 (120-192)||(38321014-38321086)
chr7 (115-237)||(15020282-15020408)
chr7 (224-299)||(42950036-42950111)
chr7 (193-237)||(20086690-20086734)
chr7 (120-152)||(42950157-42950189)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (115-301)||(39370927-39371121)
chr5 (114-299)||(40887941-40888134)
chr5 (115-301)||(2237276-2237470)
chr5 (113-299)||(13347126-13347320)
chr5 (126-299)||(14831555-14831736)
chr5 (114-300)||(1815618-1815808)
chr5 (113-279)||(9408058-9408232)
chr5 (114-296)||(27553376-27553565)
chr5 (154-299)||(31800597-31800749)
chr5 (193-299)||(42683684-42683791)
chr5 (112-240)||(17225316-17225449)
chr5 (115-299)||(19596067-19596258)
chr5 (115-192)||(33404550-33404627)
chr5 (114-298)||(4300544-4300735)
chr5 (112-239)||(19124532-19124664)
chr5 (124-234)||(41003915-41004031)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (115-299)||(34749897-34750089)
chr3 (114-299)||(21559560-21559753)
chr3 (114-301)||(46111941-46112136)
chr3 (113-299)||(43999987-44000181)
chr3 (114-297)||(36749405-36749596)
chr3 (114-299)||(51339783-51339973)
chr3 (115-298)||(22894680-22894870)
chr3 (114-299)||(30735495-30735687)
chr3 (114-299)||(36370337-36370530)
chr3 (118-299)||(48200688-48200877)
chr3 (115-301)||(38231293-38231486)
chr3 (200-299)||(29472901-29473000)
chr3 (113-302)||(39072275-39072466)
chr3 (115-192)||(29460660-29460737)
chr3 (115-192)||(29471512-29471589)
chr3 (112-299)||(39467101-39467295)
chr3 (123-300)||(20856152-20856334)
chr3 (137-240)||(53638157-53638267)
chr3 (114-299)||(50966130-50966310)
chr3 (114-299)||(51069265-51069445)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (115-299)||(34307137-34307329)
chr1 (113-297)||(39249864-39250056)
chr1 (119-299)||(2509028-2509216)
chr1 (115-299)||(46901734-46901926)
chr1 (114-302)||(19258669-19258864)
chr1 (115-299)||(28647353-28647544)
chr1 (120-192)||(10146971-10147043)
chr1 (133-302)||(9642863-9643039)
chr1 (119-192)||(29099821-29099893)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (119-302)||(6722-6913)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (119-299)||(87162-87350)
[»] scaffold0277 (1 HSPs)
scaffold0277 (142-180)||(5943-5981)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 33732569 - 33732760
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  33732569 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 33732668  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  33732669 gtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatatatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 33732760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Original strand, 44958116 - 44958305
Alignment:
Q  118 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| |||||    
T  44958116 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagggtg 44958215  T
Q  211 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44958216 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 44958305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 16089821 - 16090012
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| ||||      
T  16089821 agagctcttatacatgaaccaccttaagtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagat-aaaaaa 16089919  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  16089920 ggtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 16090012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 114 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 3831087 - 3830900
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||       ||||||||||||      
T  3831087 agagcacttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacaca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagt 3830990  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttt 296  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  3830989 ggtgattatctgatgtaaaattactaatatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttt 3830900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 278
Target Start/End: Original strand, 14572994 - 14573166
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||       |||||||| ||| |    
T  14572994 agagctcttatacataaaccaccttaggtggcatccacccttttacatccacacacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaaagaagagatggaaaag 14573093  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaat 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14573094 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtatgtaaaat 14573166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 36315561 - 36315753
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| ||||  |    
T  36315561 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaagag 36315660  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||||||||   | ||||| |||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  36315661 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctgacacatgaggtgtacataagaggtgtatcaaaaaaggatgtctacctatctttttcc 36315753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 106 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 37499065 - 37498862
Alignment:
Q  106 tatttcttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagaga 198  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||    
T  37499065 tatttattagagctcttatatatcaaccatcttaactggcatacatccttttacactcacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagaga 37498966  T
Q  199 tgaaaatg--ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttt 295  Q
    |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  37498965 tgaaaaagagggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggatgtacataagaggtgtataaaaaagggtgtctacctatcttt 37498866  T
Q  296 ttcc 299  Q
    ||||    
T  37498865 ttcc 37498862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 6376424 - 6376238
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaa--aacaaagagatgaaaatgggtgat 212  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |   ||  |||||||||||||||||||     
T  6376424 gagctgttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggccattgaaagaagagatgaaaatgggtgag 6376325  T
Q  213 gatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||   || ||||| | |||||||  | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  6376324 gatgtgatgtgaaattactaaaatacctctaacacatgagatgtacatgggaggtgtataaaaaaggatgtctacctatctttttcc 6376238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 37914428 - 37914235
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| |    
T  37914428 agagcttttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaagg 37914329  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
    |||||| || |||||| |||| | |||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  37914328 ggtgataatgtgatgtgaaatgattaaaataccctg-gtacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcca 37914235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 24137287 - 24137151
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttac----acccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaa 203  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||    |||||||||||||||||||| |||  |||||||       |||||||||||    
T  24137287 gagctgttatacataaaccaccttaggtggtatacaccctttgacacctacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaa 24137188  T
Q  204 atgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaataccc 240  Q
    | || ||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  24137187 agggatgaggatgtgatgtgaaattactaaaataccc 24137151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 28093288 - 28093095
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        ||||||||||| |    
T  28093288 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaaag 28093189  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28093188 ggtgatgatatgatgtaaaaatactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 28093095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 114 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 21391147 - 21390952
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |       ||||||||||||||    
T  21391147 agagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaatg 21391048  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
     ||||  |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  21391047 agtgaatatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccata 21390952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 49243815 - 49244006
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| ||||       
T  49243815 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaaa 49243914  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  49243915 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggagtgtacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctacatatctttttcc 49244006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 112 - 299
Target Start/End: Original strand, 6112627 - 6112821
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||    
T  6112627 ttagagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 6112726  T
Q  205 tgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  6112727 aggatgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatggagtgtacataagaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 6112821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 3672274 - 3672466
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  3672274 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 3672373  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  3672374 gtgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtatctacctatctttttcc 3672466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 7217764 - 7217957
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| |    
T  7217764 agagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacaccctttaacacctacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaataagagataaaaaag 7217863  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  7217864 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctataacacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 7217957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 44275705 - 44275897
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |       ||||||| |||| |    
T  44275705 agagctcttatacataaaccaccttaggtggcatataccattttacactcacacacatttgtgacacgtgccaaaaatattgaaagaagagattaaaaag 44275804  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  44275805 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatctatctttttcc 44275897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 114 - 297
Target Start/End: Original strand, 35544911 - 35545102
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||       |||| || |||| |    
T  35544911 agagctcttatacatgaaccatcttaggtggtatacaccattttacatccacatacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaagg 35545010  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaa-tacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  35545011 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatcttttt 35545102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 46192358 - 46192551
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| |    
T  46192358 agagctcttatacatgaatcaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaagg 46192457  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||| || |||||| |||| | ||||||||||    ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| | |||||||||||||||||||    
T  46192458 ggtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggtacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcc 46192551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 45829448 - 45829257
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  45829448 gagctcttatacatgaaccactttaggtgacatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaggg 45829349  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||| || |||||| |||| | ||||||||||     | |||||||||||||||  |||||||  ||||| | |||||||||||||||||||    
T  45829348 gtgataatgtgatgtgaaatgattaaaatacccctggcatatggggtgtacataa-aggtgtatcaaaaaagggtgtctacctatctttttcc 45829257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 114 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 52191392 - 52191314
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | |||||||| |||  |||||||    
T  52191392 agagcccttatacatggaccaccttaggtggcatataccttttaacagccacacagaattgtgacatgtgacaaaaaca 52191314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 114 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25437077 - 25437012
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgaca 179  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||    
T  25437077 agagcccttatacatggaccaccttaggtgacatacaccttttaacatccatacacaattgtgaca 25437012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 237
Target Start/End: Original strand, 51038768 - 51038893
Alignment:
Q  120 cttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa-tgggtga 211  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||||||       ||||||||||||  ||||||    
T  51038768 cttatatatggaccaccttaggtggcatacaaactttgacacccacacacaattgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaagggggtga 51038867  T
Q  212 tgatatgatgtaaaattactaaaata 237  Q
    || | |||||| ||||||||||||||    
T  51038868 tggtgtgatgtgaaattactaaaata 51038893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3987097 - 3986905
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  3987097 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagg 3986998  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    | |||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986997 gatgataatatgatgtaaaattactcaaatacccttaatacatggggtatacataataaatgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 3986905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3118239 - 3118046
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||       || |||| |||| |    
T  3118239 agagctcttatatatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagataaaaaag 3118140  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3118139 ggtggtgacatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggagtgtacataagagatgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 3118046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 13697569 - 13697759
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||| ||    
T  13697569 gagctcttatacataaaccatcttagatgacatgcacccttttacacc-atacacatttgtgatacgtggtaaaaacattgaaagaagagatgaaaacgg 13697667  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |   || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13697668 gtgatgatatgatataaaattactaaaatatctctaacacatggggtgtacataagtaatgtatgaaaaatgatctctacctatctttttcc 13697759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 298
Target Start/End: Original strand, 14022934 - 14023124
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       ||||||||| || ||    
T  14022934 gagctattatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgacaaggg 14023033  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 298  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  14023034 gtgacgatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttc 14023124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 15345849 - 15345659
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||       || |||||||||      
T  15345849 agagctcttatacatcaaccaccttaggtggcatatactcttttacacccataca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaaaagatgaaaaaa 15345752  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  15345751 ggtgatgatatgatatcaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtatgaaaaaagatgtctacctatttttttcc 15345659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 24208444 - 24208635
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||| ||||| | ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  24208444 gagctgttatacataaaccatcataggtggtatacactattttacacccacacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 24208543  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  24208544 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtaaatgagaggtgtataaaaaaggatgtctacctatctttttcc 24208635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 7674628 - 7674598
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtgg 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7674628 agagctcttatacatgaaccaccttaggtgg 7674598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 30432339 - 30432530
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  30432339 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttatacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 30432438  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||||||||||    
T  30432439 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccataatatatgggatgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatcaatctttttcc 30432530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 112 - 299
Target Start/End: Original strand, 31318802 - 31318997
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||    
T  31318802 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatataactttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 31318901  T
Q  205 tgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318902 agggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctaatacatgggggtgtatataagaagtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 31318997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Original strand, 18184556 - 18184744
Alignment:
Q  118 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 210  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||       |||||||||||| |||||    
T  18184556 ctcttatatatgaaccaccttaagtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggtgaaaacattgaatgaagagatgaaaaggggtg 18184655  T
Q  211 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18184656 atgatatgatataaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacataaaaggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 18184744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 42162598 - 42162790
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  42162598 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacccttttacacccaaacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 42162697  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  42162698 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 42162790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 36189216 - 36189406
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| |     
T  36189216 gagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacatacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaagga 36189315  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||  || | || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36189316 gtgatgatatgatataaaattattaaaatacccctaacatat-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 36189406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 116 - 291
Target Start/End: Original strand, 44081781 - 44081964
Alignment:
Q  116 agctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatggg 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||       |||||||||||| |||    
T  44081781 agctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtaacacgtggaaaaaacattgaaagaagagatgaaaaaggg 44081880  T
Q  209 tgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 291  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||    
T  44081881 tgatgatataatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctat 44081964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Original strand, 12665347 - 12665537
Alignment:
Q  118 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat-gggt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||       ||||||| ||||  ||||    
T  12665347 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacactcacacacatttgtaacatgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaaagggt 12665446  T
Q  210 gatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| |||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  12665447 gatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtatacataagaggtgtacgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 12665537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 114 - 302
Target Start/End: Original strand, 10203663 - 10203859
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |    
T  10203663 agagttcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag 10203762  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  10203763 ggtggtgatatgatataaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagagatgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccata 10203859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 113 - 299
Target Start/End: Original strand, 43186025 - 43186218
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||  |||||||||  ||||||||||||| | |||| |||||||       || |||||||||     
T  43186025 tagagttcttatacatcaaccactttaggtggcatatactcttttacacctgcacacatttgtgatatgtggcaaaaacattgaaagaaaagatgaaaaa 43186124  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     |||||||||||||| |||||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43186125 aggtgatgatatgatataaaattactcaaatgcccctaatacatagggtgtacataagaagtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 43186218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 301
Target Start/End: Original strand, 33726017 - 33726205
Alignment:
Q  121 ttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa-tgggtgat 212  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||| |||     
T  33726017 ttatacataaaccactttaggtggcatacacctttttacacccacaaacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtggatgac 33726116  T
Q  213 gatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||  || |||||  ||||||||  | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  33726117 gatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaagtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttccat 33726205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 135 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42668952 - 42668895
Alignment:
Q  135 ccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  42668952 ccttaggtggcatacacactttgacacccacacacaattgtgacacgtggcaaaaaca 42668895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 112 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 26972397 - 26972202
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||        |||||||||||    
T  26972397 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaacattgaaaggagagatgaaaa 26972298  T
Q  205 tgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  26972297 agggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 26972202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 28307686 - 28307494
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  28307686 gagctcttatacataaactaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgcgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 28307587  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || | || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28307586 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccttaacatatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaagatgtctacctatctttttcc 28307494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 42221154 - 42220963
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||| || |||| ||    
T  42221154 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacttttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaaggg 42221055  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattact-aaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  42221054 gtgatgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaa-ggtgtctacctatctttttcc 42220963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 114 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 36346756 - 36346562
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  36346756 agagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccagacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 36346657  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  36346656 g-tgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 36346562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Original strand, 34828069 - 34828256
Alignment:
Q  118 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||  | ||    
T  34828069 ctcttatacatgaaccaccttgggtg-catacatccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagtgatg 34828167  T
Q  211 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34828168 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacatatggggtgtgcataagtggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 34828256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 113 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7700670 - 7700475
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| ||||     
T  7700670 tagagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaa 7700571  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700570 ggatgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 115 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7700074 - 7699881
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700074 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7699975  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7699974 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7699881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 115 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7700272 - 7700079
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700272 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7700173  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700172 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 115 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 7700470 - 7700277
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||| ||    
T  7700470 gagctcttatacataaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagataaaaaagg 7700371  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7700370 atgatgatatgatataaaattactaaaatacccataacacatgaaggtgtatataagaggtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcca 7700277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 121 - 299
Target Start/End: Original strand, 31148296 - 31148481
Alignment:
Q  121 ttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatg 213  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||       |||||||||||||||||||||    
T  31148296 ttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacatggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaatgggtgatg 31148395  T
Q  214 atatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |  || | |||||||||  ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  31148396 atatgatgtaaaattactaaaataagcctaacatatggggtgtgtataagaggtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 31148481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 34108426 - 34108618
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  ||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  34108426 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacatatgacaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagg 34108525  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  34108526 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggagtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 34108618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 45782851 - 45782659
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  45782851 gagctcttatacatcaaccactttaggtggcatacatcattttacacccacacacatttgtgacacgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 45782752  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||   |||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  45782751 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataaaaagtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 45782659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 115 - 297
Target Start/End: Original strand, 30887700 - 30887890
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||       |||||||||||| ||    
T  30887700 gagctcttatacatgaacaatcttaggtggcatacacacttttacacccacatacatttgtgacacgtagcaaaaacattgaatgaagagatgaaaaagg 30887799  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtc-tacctatcttttt 297  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||| |||||  |||||||||||| | |||| ||| |||||||||    
T  30887800 gtgatgatatgatgtaaaattacttaaatacctctaatacatggggtgtatataagaagtgtatgaaaaagggtgtcttacgtatcttttt 30887890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 5811354 - 5811163
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  5811354 gagctattatacataaaccaccataggtggcatacatcctttttcacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggg 5811255  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  5811254 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 5811163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 13108148 - 13108338
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac-------aaagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||        |||||||| ||| ||    
T  13108148 gagctgttatacataaaccaccttaggcggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacgttgaaagaagagatg-aaaggg 13108246  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||||  || ||||| ||||||||| |  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  13108247 gtgaggatgtgatgtgaaattactaaaatacccctaacacatgaggtgtacatgaaaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 13108338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 119 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 21807509 - 21807324
Alignment:
Q  119 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||| |       ||||||||||||||| |||    
T  21807509 tcttatacatgaaccaccttagatggcatacaccattttacacccacacaaatttgtgatatgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaatggatga 21807410  T
Q  212 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 297  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||  || || ||||||||| || ||  |||||| ||||| | |||| ||||||||||||    
T  21807409 tgatgttatgtgaaattactaaaatacccctaacacgtggggtgtatatgagaagtgtataaaaaaggttgtcaacctatcttttt 21807324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 239
Target Start/End: Original strand, 23980137 - 23980262
Alignment:
Q  121 ttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatg 213  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| |||||| |    
T  23980137 ttatacataaaccaccataggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaggggtgagg 23980236  T
Q  214 atatgatgtaaaattactaaaatacc 239  Q
    || |||||| ||||||||||||||||    
T  23980237 atgtgatgtgaaattactaaaatacc 23980262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 136 - 299
Target Start/End: Original strand, 36957450 - 36957619
Alignment:
Q  136 cttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaatt 228  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||| |       ||||||||||||||| |||| || | ||||||||||    
T  36957450 cttaggtggcatacacccttttacatccatacatatttgtgacacgtgacaaaaatattgtaagaagagatgaaaatggatgataatgtaatgtaaaatt 36957549  T
Q  229 actaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||  || |||| ||||||| || |  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  36957550 actaaaatacccccaacacat-gggtgtatatgaaaggtgtataaaaaattgtgtctacctatctttttcc 36957619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 193 - 299
Target Start/End: Original strand, 46475109 - 46475216
Alignment:
Q  193 aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaata-cccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 291  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||| || ||||| | ||||||| || ||||||| ||||| | |||||||||||    
T  46475109 aagagatgaaaaggggtgacgatgtgatgtgaaattactaaaataccccataacacatgagatgtacatgagaggtgtataaaaaagggtgtctacctat 46475208  T
Q  292 ctttttcc 299  Q
    ||||||||    
T  46475209 ctttttcc 46475216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 206 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 29953665 - 29953571
Alignment:
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgg-ggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||  || ||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  29953665 gggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatatccctaatacatggaagtctacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 29953571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 120 - 192
Target Start/End: Original strand, 38321014 - 38321086
Alignment:
Q  120 cttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||    
T  38321014 cttatacattaaccatcttaggtggcatacacattttaacacccacatacaattgtgacatgtggcaaaaaca 38321086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 237
Target Start/End: Original strand, 15020282 - 15020408
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||  ||| |||||||       |||||| | ||| ||    
T  15020282 gagctgttatacataaaccaccataggtggcatacaaccttttacacc--cacacatttgtgacatatggcaaaaacattgaaagaagagacg-aaaggg 15020378  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaata 237  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15020379 gtgaagatatgatgtgaaattactaaaata 15020408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 42950111 - 42950036
Alignment:
Q  224 aaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||   | |||||||||||||||    ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  42950111 aaattactaaaatacccctgaaacatggggtgtacatgctaggtgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 42950036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20086734 - 20086690
Alignment:
Q  193 aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaata 237  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  20086734 aagagataaaaaggggtgatgatgtgatgtgaaattactaaaata 20086690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 120 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 42950189 - 42950157
Alignment:
Q  120 cttatacatgaaccaccttaggtggcatacacc 152  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42950189 cttagacatgaaccaccttaggtggcatacacc 42950157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 115 - 301
Target Start/End: Original strand, 39370927 - 39371121
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||       |||||||||||| ||    
T  39370927 gagctcttatacatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtgccaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 39371026  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  39371027 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 39371121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 40888134 - 40887941
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  40888134 agagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacactcttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 40888035  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||| || |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  40888034 ggtggtgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaatagatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 40887941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 115 - 301
Target Start/End: Original strand, 2237276 - 2237470
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  2237276 gagcttttatacatgaaccaccttaggtgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 2237375  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  2237376 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacttgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttccat 2237470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 113 - 299
Target Start/End: Original strand, 13347126 - 13347320
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       || |||||||||     
T  13347126 tagagcttttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaa 13347225  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13347226 gagtgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 13347320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 126 - 299
Target Start/End: Original strand, 14831555 - 14831736
Alignment:
Q  126 catgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||       |||||||||||| |||||||||||||    
T  14831555 catgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgatacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgatgatatg 14831654  T
Q  219 atgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||| | ||||||||  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  14831655 atgtaaaattattcaaatacccctaatacgtaggggtgtacataagaagtgtatgaaaaagggtgtttacctatctttttcc 14831736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 114 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 1815808 - 1815618
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  1815808 agagctcttatacatgaaccatcttaggtgacatacacccttttacatccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaagg 1815709  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||   |  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  1815708 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatagggtgtacat---ttctttatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcca 1815618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 113 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 9408232 - 9408058
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||     
T  9408232 tagagctcttatacatgaaccacctcaggtgacatacgcccttttacactcacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 9408133  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatg 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9408132 gggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatatatgggggtgtacataagaagtgtatgaaaaatg 9408058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 114 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 27553565 - 27553376
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||| |||||      
T  27553565 agagctcttatacatgaaccattttaggtggcatataccattttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagaagaaaaat 27553466  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttt 296  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| |  || |||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||||    
T  27553465 ggtgattatctgatgtaaaattactaaaatactcctaacacatagggtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctatctatttttt 27553376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 154 - 299
Target Start/End: Original strand, 31800597 - 31800749
Alignment:
Q  154 ttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaata 246  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |       || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |    
T  31800597 ttttacacccacacacatttatgacacgtggcaaaaatattgaaagaaaagatgaaaaggggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaaca 31800696  T
Q  247 catggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     |||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  31800697 tatggggtgtacacaagaggtgtatgaaaaagggtgtctgcctatctttttcc 31800749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 193 - 299
Target Start/End: Original strand, 42683684 - 42683791
Alignment:
Q  193 aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctat 291  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42683684 aagagatgaaaaaggatggtgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatatatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaggatgtctatctat 42683783  T
Q  292 ctttttcc 299  Q
    ||||||||    
T  42683784 ctttttcc 42683791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 112 - 240
Target Start/End: Original strand, 17225316 - 17225449
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||       ||||||||||||    
T  17225316 ttagagctcttatacatgaaccactttaggtggcatactc--ttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaa 17225413  T
Q  205 tgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaataccc 240  Q
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  17225414 gaggtgatgatgtgatgtgaaattactaaaataccc 17225449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 19596258 - 19596067
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||       ||||| |||||||      
T  19596258 gagctgttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacatccacgcacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagaggtgaaaat-a 19596160  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||| || | |||| |||| |||||| |||||   | |||||||||||||||||| ||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19596159 gtgataatgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggtatttcaaaaaaggatgtctacctatctttttcc 19596067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 33404627 - 33404550
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33404627 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgccatacacacttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaaca 33404550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 4300735 - 4300544
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| |||| | | ||||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||||       ||||||| ||||      
T  4300735 agagctcttatacatgaaccattttaggtgacatatatccttttacacccacacatatttgtgacatatggcaaaaacattgaaataagagataaaaaat 4300636  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 298  Q
    |||| |||| |||||| |||||| ||||||| ||  || ||||| ||||||||| || | ||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  4300635 ggtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatatccctaacacatgaggtgtacatgagagatgtataaaaaaggatgtctatcaatctttttc 4300544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19124664 - 19124532
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca------aagagatgaaaat 205  Q
    |||||| ||||||||||| || | ||||| |||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||  |||| |||||||      |||||||||||      
T  19124664 ttagagttcttatacatggactatcttagatggcatacacatttg-acacccacacacaattgtgacgtgtggcaaaaacattaaagaagagatgaaaga 19124566  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacc 239  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19124565 atgtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacc 19124532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 124 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 41004031 - 41003915
Alignment:
Q  124 tacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaa------acaaagagatgaaaatgggtgatgatat 217  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||      | ||||| || |||| || ||||||| |    
T  41004031 tacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacactcatacacatttatgacatgtggcaaaaatattgaaaaagatataaaaagggatgatgatgt 41003932  T
Q  218 gatgtaaaattactaaa 234  Q
    |||||||||||||||||    
T  41003931 gatgtaaaattactaaa 41003915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 34750089 - 34749897
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  34750089 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 34749990  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||  ||||||||||||    
T  34749989 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacataggggtgtacataagaagtgtatgaaaaaggatgtctggctatctttttcc 34749897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 21559560 - 21559753
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| |    
T  21559560 agagctcttatacataaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag 21559659  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  21559660 ggtaatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaatggtgtctatctatctttttcc 21559753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 114 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 46112136 - 46111941
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||       |||||||||||| |    
T  46112136 agagttcttatacatgaaccatcttaggtgacatacaccattttacatccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 46112037  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46112036 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaatacatggggatgtatataaaaggtgtatgaaaaatggtgtctacctatctttttccat 46111941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 113 - 299
Target Start/End: Original strand, 43999987 - 44000181
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||     
T  43999987 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 44000086  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||| ||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  44000087 gggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacctctaatacatgagggcgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatctttttcc 44000181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 114 - 297
Target Start/End: Original strand, 36749405 - 36749596
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  36749405 agagctcttatacatgaaccaccttagatgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 36749504  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||| ||||||||||||   ||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  36749505 ggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacctctaatacatgagggtgtacataaaaagtgtatgaaaaagagtgtctacctatcttttt 36749596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 51339973 - 51339783
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |    
T  51339973 agagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacatccttttacacccacaca--tttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 51339876  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||  ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  51339875 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacctctaacacatgatgtgtacataagaggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 51339783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 298
Target Start/End: Original strand, 22894680 - 22894870
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  22894680 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagg 22894779  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttc 298  Q
     ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| |||| | |||||| |||||||||||    
T  22894780 atgatgatatgatgtataattactcaaatacccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatg-aaaagggtgtctatctatctttttc 22894870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 30735687 - 30735495
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||       |||| || |||| |    
T  30735687 agagctcttatatatgaaccaccttagatggcatacacccttttacacccacacacatctgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatataaaaa-g 30735589  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaa-tacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30735588 ggtgatgatatgatgttaaattactaaaaatacccctaacacatggagtgtacataagtggtgtatgaaaaagggtgtctacctatctttttcc 30735495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 36370530 - 36370337
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||       |||||||||||| |    
T  36370530 agagctcttatacatgaaccaccttaggtgtcatacacctttttacacccacacacatttgtgacatgtgacaaaaacattgaaagaagagatgaaaaag 36370431  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||||   ||||||||||||   | |||||||||||||||||    
T  36370430 ggtgatgatatgatgtaaaattactcaaatacccctaatacatgagggtgtatataaaaagtgtatgaaaaagagtatctacctatctttttcc 36370337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 118 - 299
Target Start/End: Original strand, 48200688 - 48200877
Alignment:
Q  118 ctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtg 210  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| |       |||||||||||| || ||    
T  48200688 ctcttattcatgaatcatcttaggtggcatacacctttttacatccacatatatttgtgacacgtggcaaaaatattgaaagaagagatgaaaaaggatg 48200787  T
Q  211 atgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48200788 atgatatgatgtaaaattactcaaatacccataatacatgggggtgtacataaaaagtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 48200877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 115 - 301
Target Start/End: Original strand, 38231293 - 38231486
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||       |||| |||||||| |    
T  38231293 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaagaagatatgaaaat-g 38231391  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtat-gaaaaatgatgtctacctatctttttccat 301  Q
    || || || | |||| |||| |||||| |||||   | |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38231392 gtaataatgtaatgtgaaatgactaaactacccctgacacatggggtgtacataagaggtgtatcaaaaaaggatgtctacctatctttttccat 38231486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 200 - 299
Target Start/End: Original strand, 29472901 - 29473000
Alignment:
Q  200 gaaaatgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29472901 gaaaagggatgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtgcataagtggtgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 29473000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 113 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 39072466 - 39072275
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||       |||||||||||||    
T  39072466 tagagctattatacatgaatcaccttagatgacatacacccttttacacccacatacatttgtgacatgtggcataaacattaaaagaagagatgaaaat 39072367  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
    |||||||||| |||||     ||||||||||||||   | ||||||||||||||| |  | ||||| |||||   ||||||||||||||||||||||    
T  39072366 gggtgatgatgtgatg-----ttactaaaatacccttgacacatggggtgtacatcaaagatgtataaaaaagtgtgtctacctatctttttccata 39072275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Original strand, 29460660 - 29460737
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  29460660 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaaca 29460737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 115 - 192
Target Start/End: Original strand, 29471512 - 29471589
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  29471512 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacttttgtgacatgtggcaaaaaca 29471589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 112 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39467295 - 39467101
Alignment:
Q  112 ttagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaa 204  Q
    |||||||| |||| ||| ||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| |       ||||||||||||    
T  39467295 ttagagctgttatccataaaccaccatagatgacatacacccttttacacccacacatatttgtgacatgtgccaaaaatattgaaagaagagatgaaaa 39467196  T
Q  205 tgggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
     |||||| ||| |||| | |||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||  | ||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||    
T  39467195 ggggtgaggatgtgatatgaaattactaaaatatccataacacatgaggtgtacatgggaggtgtataaaaaagggtgtgtacctatctttttcc 39467101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 123 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 20856334 - 20856152
Alignment:
Q  123 atacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac----aaagagat-gaaaatgggtgatgatat 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    ||| ||||  |||| || ||||||| |    
T  20856334 atacatgaaccactttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaaaagatataaaaaggatgatgatgt 20856235  T
Q  218 gatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatga-aaaatgatgtctacctatctttttcca 300  Q
    ||| |||||||||| ||||||||   | ||||||||||||||| || ||||||| | |||| ||||| |  |||||||||||||    
T  20856234 gatataaaattact-aaatacccctgacacatggggtgtacatgagaggtgtataacaaaaagatgtttgtctatctttttcca 20856152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 137 - 240
Target Start/End: Original strand, 53638157 - 53638267
Alignment:
Q  137 ttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtgatgatatgatgtaaaatta 229  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||       ||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||     
T  53638157 ttaggtggcatacaccctttaacacccacacacaatcgtgacatgtggtaaaaacatggaaagaagagatgagagggggtgatgatgtgatgtaaaattg 53638256  T
Q  230 ctaaaataccc 240  Q
    |||||||||||    
T  53638257 ctaaaataccc 53638267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 50966130 - 50966310
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | |  |||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |    
T  50966130 agagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag 50966228  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
       |||||||| |||||||||||||||         ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50966229 ---gatgatataatgtaaaattactaa---------aatatttggggatgtacataagaggtgtatgaaaaagaatgtctacctatctttttcc 50966310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 299
Target Start/End: Original strand, 51069265 - 51069445
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | |  |||||||||||||||||  ||||| |       |||||||||||| |    
T  51069265 agagctcttatacatgaac-atcttaggtggcatacacccttttacatctattcacatttgtgacacgtgacaaaaatattgaaagaagagatgaaaaag 51069363  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgggg-tgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
       |||||||| |||||||||||||||         ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  51069364 ---gatgatataatgtaaaattactaa---------aatatttggggatgtacataagaggtgtatgaaaaagaatgtctacctatctttttcc 51069445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 7e-56; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 34307329 - 34307137
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       |||| ||||||| ||    
T  34307329 gagctcttatacataaaccaccttaggtggcatacacccttttacatccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagatatgaaaaagg 34307230  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggg-gtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  34307229 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccctaacacatgggagtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 34307137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 113 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 39250056 - 39249864
Alignment:
Q  113 tagagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||     
T  39250056 tagagctcttatacatgaaccatcttaggtggcatacacccttttacacccatacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaa 39249957  T
Q  206 gggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacat-ggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatcttttt 297  Q
    || || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  39249956 ggatggtgatataatgtaaaattactaaaatacccctaatacatgggggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatcttttt 39249864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 119 - 299
Target Start/End: Original strand, 2509028 - 2509216
Alignment:
Q  119 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| |||||     
T  2509028 tcttatacatgaaccaccttaggtgacatacatccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtgg 2509127  T
Q  212 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  2509128 tgatatgatgtaaaattactaaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaggtgtatgaaaaaaagtgtctacctatctttttcc 2509216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 46901926 - 46901734
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||    
T  46901926 gagctcttatacatgaaccaccttaggtgacatacaccattttacaccaacacatatttgtgacacgtggcaaaaacattaaaagaagagatgaaaaagg 46901827  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatgg-ggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46901826 gtgatgatatgatgtaaaattactcaaatactcctgatacatggcggtgtacataagaaatgtatgaaaaaggatgtctacctatctttttcc 46901734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 114 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 19258864 - 19258669
Alignment:
Q  114 agagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaac-------aaagagatgaaaatg 206  Q
    |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||       ||||||||||||| |    
T  19258864 agagctattatacataaaccatctaaggtggcatacacctttttacacccacatatatttgtgacatgtggcaaaaacattgaaaaaagagatgaaaagg 19258765  T
Q  207 ggtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
    |||| |||| |||||| |||||| |||||||  |  || ||||||||||||||| || | ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  19258764 ggtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatggggtgtacatgagagatgtataaaaaagggtgtctacctatcttttttcata 19258669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 115 - 299
Target Start/End: Original strand, 28647353 - 28647544
Alignment:
Q  115 gagctcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgg 207  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  ||| |||||||       || ||||||||| ||    
T  28647353 gagctattatacatgaaccacctaaggttgcatacatctttttacacccacacatatttgtgatatttggcaaaaacattgaaagaatagatgaaaaggg 28647452  T
Q  208 gtgatgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||| |||| |||||| |||||| |||||||  |  || ||||||| ||||||| || | ||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  28647453 gtggtgatgtgatgtgaaattattaaaatattcctaacacatgggatgtacatgagagatgtataaaaaagggtgtctacctatctttttcc 28647544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 192
Target Start/End: Original strand, 10146971 - 10147043
Alignment:
Q  120 cttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  10146971 cttatacatggaccaccttaggtggcatacaccctttgacccccacacacaattgtgacatgtggcaaaaaca 10147043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 9643039 - 9642863
Alignment:
Q  133 caccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatga-aaatgggtgatgatatgatgtaa 224  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||  |||||||       ||||||||| ||  ||||||||||||||||| |    
T  9643039 caccttagatggcatataccttttaacacccacacataattgtgacacatgacaaaaacaatgaaagaagagatgagaagggggtgatgatatgatgtga 9642940  T
Q  225 aattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
    ||||||||||| | ||   | |||||  |||| |||||  | ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  9642939 aattactaaaacatcc-ctacacatgaagtgtgcataatagatgtataaaaaaaaatgtctacctatctttttccata 9642863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 119 - 192
Target Start/End: Original strand, 29099821 - 29099893
Alignment:
Q  119 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca 192  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| |||  |||||||    
T  29099821 tcttatacataaaccaccttagatggcataca-ctctttacgtccacacacatttgtgacatgtgacaaaaaca 29099893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 119 - 302
Target Start/End: Original strand, 6722 - 6913
Alignment:
Q  119 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||| ||||||    
T  6722 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttttacacccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaagggtga 6821  T
Q  212 tgatatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatg-gggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttccata 302  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||||  |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  6822 tgatatgatgtaaaattacttaaatatccctaatacatgagggtgtacataagaagtgtatgaaaaaaggtatctacctatctttttccata 6913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 119 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 87350 - 87162
Alignment:
Q  119 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacacgtggtaaaaaca-------aagagatgaaaatgggtga 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||   ||||    
T  87350 tcttatacatgaaccaccttaggtggcatacacccttgtaca-ccacacacatttgtgacacgtggcaaaaacattgaaagaagagatgaaaaatagtga 87252  T
Q  212 tg--atatgatgtaaaattactaaaatacccagaatacatggggtgtacataagtggtgtatgaaaaatgatgtctacctatctttttcc 299  Q
    ||  |||| || |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  87251 tgatatataatataaaattactaaaatacccctaacacatggggtgtacataaaaggtgtatgaaaaaaggtgtctacctatctttttcc 87162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 142 - 180
Target Start/End: Original strand, 5943 - 5981
Alignment:
Q  142 tggcatacacctttttacacccacacacatttgtgacac 180  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  5943 tggcatacacccttttacacccacgcacatttgtgacac 5981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University