View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6316_low_26 (Length: 249)

Name: NF6316_low_26
Description: NF6316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6316_low_26
NF6316_low_26
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (12-249)||(17159608-17159845)
chr6 (133-249)||(17163638-17163754)
chr6 (89-249)||(21417089-21417247)
chr6 (167-247)||(7888223-7888304)
chr6 (59-121)||(7888148-7888210)
chr6 (165-247)||(17096337-17096418)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (49-249)||(29767951-29768151)
chr2 (74-249)||(26440385-26440559)
chr2 (168-249)||(27403696-27403777)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (69-247)||(45976135-45976313)
chr4 (59-247)||(33334182-33334356)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (12-178)||(33823955-33824124)
chr5 (107-139)||(34224379-34224411)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (69-247)||(41949815-41949992)
chr8 (69-178)||(41945408-41945517)
chr8 (165-247)||(33071931-33072012)
chr8 (165-247)||(42234757-42234838)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (33-247)||(53352915-53353119)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (183-249)||(2962637-2962702)
chr7 (12-65)||(2962360-2962413)
chr7 (169-247)||(8674977-8675054)
chr7 (165-247)||(13828165-13828247)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (167-247)||(43591886-43591965)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 12 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 17159845 - 17159608
Alignment:
Q  12 agagagaaagataatgaattaaggaatgtaaaatgtctattgactcttatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttact 111  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17159845 agagagaaagataatgaattgaggaatgtaaaatgtatattgattgtaatgaaaatttgtacaaggaatgagcttatatacgagcaagtgttatgttact 17159746  T
Q  112 tgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatca 211  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||||||||    
T  17159745 tgaagcacaagtaagtaacaactctgactcttatttcctaaaatttctaaccaacttgtaacaaacgtcaaaacaaactaaaacaaagtatgatcaatca 17159646  T
Q  212 actaatcatgattaccactaatctaaacttgaattatc 249  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17159645 actaatcatgattatcactaatctaaacttgaattatc 17159608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 133 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 17163754 - 17163638
Alignment:
Q  133 ctctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaa 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  17163754 ctctaactcttatttcctaaaacttctaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaactaatcacgatcatcactaa 17163655  T
Q  233 tctaaacttgaattatc 249  Q
    |||||||||||||||||    
T  17163654 tctaaacttgaattatc 17163638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 249
Target Start/End: Original strand, 21417089 - 21417247
Alignment:
Q  89 atacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaac 188  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||| |||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||     
T  21417089 atacaaactagtgctatgttacttgaagcacaagtaagtaacagctataacccttatttcttaaagcttgtaaccaacttgtaacaaacttcaaaacaa- 21417187  T
Q  189 ctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaattatc 249  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || |||||||||||||    
T  21417188 ctaaaacaaagtgtaatcaatcagctaattatgattaatactaaact-aacttgaattatc 21417247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 167 - 247
Target Start/End: Original strand, 7888223 - 7888304
Alignment:
Q  167 ttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaat-aaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  7888223 ttgtaacaaacttcaaaacaaactaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaatta 7888304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 121
Target Start/End: Original strand, 7888148 - 7888210
Alignment:
Q  59 tatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaa 121  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  7888148 tatgaaaaattgtacaaggaatgagcttatatacaagcatgtgttaggttacttgaagcacaa 7888210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 247
Target Start/End: Original strand, 17096337 - 17096418
Alignment:
Q  165 acttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||| || |||| ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  17096337 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaaatgtgattaatc-actgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 17096418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 29768151 - 29767951
Alignment:
Q  49 tattgactcttatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttc 148  Q
    |||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29768151 tattgattctaaggaaaatttgtacaaggaatgagcttatatacaagcaattgttatgttacttgaagcacaagtaagtaacaactctaactcttatttc 29768052  T
Q  149 ctaaaacttctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaattat 248  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  29768051 ctaaaacttataaccaacttgtaacaaactttaaaacaaactaaaacaaagtgtgatcaatcaattaatcatgattatcactaaactaaacttgaattat 29767952  T
Q  249 c 249  Q
    |    
T  29767951 c 29767951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 74 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 26440559 - 26440385
Alignment:
Q  74 aaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaac 173  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||  ||||| ||||||||  |||||||||    
T  26440559 aaggaatgagcttatatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagtaactactttagctcttattcgctaaagcttctaaccaacttgtaac 26440460  T
Q  174 aaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaattatc 249  Q
     ||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||    
T  26440459 -aactttaaaacaaactaaaataaaatgtgatcaatcaaataatcatgattattactaaactaaatttgaattatc 26440385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 168 - 249
Target Start/End: Original strand, 27403696 - 27403777
Alignment:
Q  168 tgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaat-caactaatcatgattaccactaatctaaacttgaattatc 249  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  27403696 tgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaaagtgtaatcaatccagctaatcatgattaacactaaact-aacttgaattatc 27403777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 69 - 247
Target Start/End: Original strand, 45976135 - 45976313
Alignment:
Q  69 tgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaa-gcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttact 167  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||   |||    
T  45976135 tgtacaaggaatgagcttatatacaagcaagtgttaggttacttgaagcacaagtaaagtaacaaccctaactcttattttctaaaact-ctaaaaaact 45976233  T
Q  168 tgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45976234 tgtaacaaacttcaaaacaaactaaaacaagatgtgattaatcaactaagcatgattaccactaatgtaaacttgaatta 45976313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 247
Target Start/End: Original strand, 33334182 - 33334356
Alignment:
Q  59 tatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagt-aagcaacaactctaactcttatttcctaaaactt 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||   |    
T  33334182 tatgaaaa-ttgtacaaggaatgaacttata-acaagcatgtgttaggttacttgaagcacaagtaaagtaacaaccctaactcttattttctaaa--ct 33334277  T
Q  158 ctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaat-aaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    |||||  ||||||||||||            ||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  33334278 ctaaccaacttgtaacaaa------------ctaaaatcaaagtgtgattaatcaactaaacatgattatcactaatgtaaacttgaatta 33334356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 33824124 - 33823955
Alignment:
Q  12 agagagaaagataatgaattaaggaatgtaaaatgtct-attgactcttatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttac 110  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || || |||  ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33824124 agagagaaagataatgaattgaggaatgtaaaatgcattatagattctattgagaa-ttgtacaaggaatgagcttatatacaagcaagtgttatgttac 33824026  T
Q  111 ttgaagcacaagt-aagcaacaa--ctctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaacaaact 178  Q
    |||||||| |||| ||| |||||  || |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  33824025 ttgaagcagaagtaaagtaacaaccctataactcttattttctaaaacttctaaccaacttgtaacaaact 33823955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 107 - 139
Target Start/End: Original strand, 34224379 - 34224411
Alignment:
Q  107 ttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaac 139  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34224379 ttacttgaagcacaagtaagtaacaactctaac 34224411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 69 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 41949992 - 41949815
Alignment:
Q  69 tgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttactt 168  Q
    ||||||| ||||| | ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||  ||||    
T  41949992 tgtacaatgaatgggtttatatacaaactagtgttatgtcacttgaagcacaagtaagtaacaactataacccttatttcttaaaacttgtaaccaactt 41949893  T
Q  169 gtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||| ||| ||  |||||| |||||| |||| |||||||||    
T  41949892 gtaacaaacttcaaaacaaactaaaacagagtgtgattaatc-actgattgtgattatcactaaactaagcttgaatta 41949815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 69 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 41945517 - 41945408
Alignment:
Q  69 tgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttatgttacttgaagcacaagtaagcaacaactctaactcttatttcctaaaacttctaacttactt 168  Q
    ||||||| ||||| | ||| |||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  ||||    
T  41945517 tgtacaatgaatgggtttatatacaaacgaatgttatgttactttaagcacaagtaagtaacaactataactcttatttcttaaaacttgtaaccaactt 41945418  T
Q  169 gtaacaaact 178  Q
    ||||||||||    
T  41945417 gtaacaaact 41945408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 165 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 33072012 - 33071931
Alignment:
Q  165 acttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||| ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  33072012 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaagaaagtgtgattaatc-actgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 33071931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 165 - 247
Target Start/End: Original strand, 42234757 - 42234838
Alignment:
Q  165 acttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || |||| ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  42234757 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaagtgtgattaatc-actgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 42234838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 247
Target Start/End: Original strand, 53352915 - 53353119
Alignment:
Q  33 aggaatgtaaaatgtctattgactcttatgaaaagttgtacaaggaatgagcttaaatacaagcaagtgttat---gttacttgaagcacaagtaagcaa 129  Q
    ||||||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||| || ||||| | ||| |||||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||    
T  53352915 aggaatgtaaattgtatattgaatcttatgaaat-ttgtataaagaatgggtttatatacaaactagtgttataatgttacttgaagcacaagtaagtaa 53353013  T
Q  130 caactctaactcttatttcctaaaacttctaacttacttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccac 229  Q
    ||||| |||| |||||| | ||||           ||||||||||||||| |||  || |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  53353014 caactataacccttattgcttaaa-----------acttgtaacaaactttaaattaaactaaaacaaaatgtaatcaatcatctaatcatgattaacac 53353102  T
Q  230 taatctaaacttgaatta 247  Q
    |||||| |||||||||||    
T  53353103 taatct-aacttgaatta 53353119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 249
Target Start/End: Original strand, 2962637 - 2962702
Alignment:
Q  183 aacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaattatc 249  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  2962637 aacaaactaaaacaaagtgtaatcaatcagttaatcatgattaacactaatct-aacttgaattatc 2962702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 65
Target Start/End: Original strand, 2962360 - 2962413
Alignment:
Q  12 agagagaaagataatgaattaaggaatgtaaaatgtctattgactcttatgaaa 65  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  2962360 agagagaaagataatgaattgatgaaagtaaaatgtatattgattcttatgaaa 2962413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 169 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8675054 - 8674977
Alignment:
Q  169 gtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  | |||||| || || ||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8675054 gtaacaaacttcaaaacaaactaac-tgaagtgtgattaaccatttaaacatgattatcactaatctaaacttgaatta 8674977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 247
Target Start/End: Original strand, 13828165 - 13828247
Alignment:
Q  165 acttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||  ||| ||| || || ||||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  13828165 acttgtaacaaacttcagaacaaacaaaatgaaaatgtgattaaccaactaaacatgattatcactaaggtaaacttgaatta 13828247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 247
Target Start/End: Original strand, 43591886 - 43591965
Alignment:
Q  167 ttgtaacaaacttcaaaacaacctaaaataaagtgtaatcaatcaactaatcatgattaccactaatctaaacttgaatta 247  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  || |||| ||| ||  |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  43591886 ttgtaacaaacttcataacaaactaaaataaagtgcgattaatc-actgattgtgattatcactaaactaaacttgaatta 43591965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University