View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6332_low_3 (Length: 456)

Name: NF6332_low_3
Description: NF6332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6332_low_3
NF6332_low_3
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (9-456)||(10992279-10992726)
chr1 (9-456)||(10930075-10930522)
chr1 (16-456)||(11040438-11040878)
chr1 (9-456)||(11025734-11026182)
chr1 (295-400)||(10991311-10991416)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 10992726 - 10992279
Alignment:
Q  9 agcacagaaaccgaccaatctaacaatattaacatgatgggttctaccaattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgagaaaaattt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10992726 agcacagaaaccgaccaatctaacaatattaacatgatgggttctaccaattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgagaaaaattt 10992627  T
Q  109 agtatcttcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcactaaagttatttgtgattc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10992626 agtatcttcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcactaaagttatttgtgattc 10992527  T
Q  209 tcttaatttctacataagagtatctcgtgggtttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataattgcttgttttgctttgttcagtatgtaaga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10992526 tcttaatttctacataagagtatctcgtgggtttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataattgcttgttttgctttgttcagtatgtaaga 10992427  T
Q  309 gtcataaacgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctgcatttatgaaaactaatttaagaaaaatggtcatt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10992426 gtcataaacgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctggatttatgaaaactaatttaagaaaaatggtaatt 10992327  T
Q  409 ttggcacaggttagaattaaaataaagcaaatttaaactcaaaagctg 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10992326 ttggcacaggttagaattaaaataaagcaaatttaaactcaaaagctg 10992279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 10930522 - 10930075
Alignment:
Q  9 agcacagaaaccgaccaatctaacaatattaacatgatgggttctaccaattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgagaaaaattt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  10930522 agcacagaaaccgaccaatctaacaatattaacatgatggattctacccattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgtgaaacattt 10930423  T
Q  109 agtatcttcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcactaaagttatttgtgattc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  10930422 agtatcttcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcgccaaaattatttgtgattc 10930323  T
Q  209 tcttaatttctacataagagtatctcgtgggtttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataattgcttgttttgctttgttcagtatgtaaga 308  Q
    | ||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||||||    
T  10930322 ttttaatttcttcatatgagtatcttgtgggcttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataatggcttgtttttctttcttttgtatgtaaga 10930223  T
Q  309 gtcataaacgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctgcatttatgaaaactaatttaagaaaaatggtcatt 408  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| || |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||    
T  10930222 gtcataaatatggtagattgcaccagtcaacaagacaaaaaataacgaacctaaaattgatcctgcatttatgaaaattaatttaagaaaaatgataatt 10930123  T
Q  409 ttggcacaggttagaattaaaataaagcaaatttaaactcaaaagctg 456  Q
    ||   | || ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  10930122 ttcatatagattaaaattaaaataaagcaaacttaaacttaaaagctg 10930075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 11040878 - 11040438
Alignment:
Q  16 aaaccgaccaatctaacaatattaacatgatgggttctaccaattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgagaaaaatttagtatct 115  Q
    ||||||| ||| | ||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||| |||||||||||    
T  11040878 aaaccgatcaaacgaacaatattaacatggtgtattctacccattgtacccacttcatttaggaagtcttggccatttccctgagaaacatttagtatct 11040779  T
Q  116 tcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcactaaagttatttgtgattctcttaat 215  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| | || |  || ||||||||||||||||||||    
T  11040778 tcacagcaacactaaattcttttgaaatgcttcctttataaacagttccataggctccttgtcctaacatatccccgaaattatttgtgattctcttaat 11040679  T
Q  216 ttctacataagagtatctcgtgggtttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataattgcttgttttgctttgttcagtatgtaagagtcataa 315  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||    
T  11040678 ttctacataagagtatctggttggcttaagagctctatagtcttctaaaaacttttctataattgcttgtttttctttccttagtatgtaagagtcataa 11040579  T
Q  316 acgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctgcatttatgaaaactaatttaagaaaaatggtcattttggcac 415  Q
    |  ||| ||||| ||||  | |||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||   ||    
T  11040578 atatggaagactccaccaatcaacaagatgaaaaacaacgatcctaaaattgatcctgcatttatgaaagctaatttaagaaaaacgataattttcttac 11040479  T
Q  416 aggttagaattaaaataaagcaaatttaaactcaaaagctg 456  Q
    | |||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  11040478 aagttataattaaaagaaagcaaatttaaacttaaaagctg 11040438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 11026182 - 11025734
Alignment:
Q  9 agcacagaaaccgaccaatctaacaatattaacatgatgggttctaccaattgtaccaacttcattgaggaaatcttgcccgtttccttgagaaaaattt 108  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||| ||||    
T  11026182 agcacagaaaccgaccaatcggacaatattaacatggtggattctactcattgtaccaacttcatttaggaagtcttggccatttccctgagaaacattt 11026083  T
Q  109 agtatcttcacagcaacaatgatttcttttgaaatgcttcctctatatacagttccataggcaccttgtcctaacttgtcactaaagttatttgtgattc 208  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| | || |  || |||||||||||||    
T  11026082 agtatcttcacagcaacactaaattcttttgaaatgcttcctttataaacagttccataggctccttgtcctaacatatccccgaaattatttgtgattc 11025983  T
Q  209 tcttaatttctacataagagtatctcgtgggtttaagagctctataatcttctaaaaacttttctataattgcttgttttgctttgttcagtatgtaaga 308  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  11025982 tcttgatttctacataagagtatctggtgggcttaagaactctatagtcttctaaaaacttttctacaattgcttgtttttctttctttagtatgtaaga 11025883  T
Q  309 gtcataaacgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctgcatttatgaaaactaatttaagaaaaatggtcatt 408  Q
    ||||||||  ||||||| | ||||  | ||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | |||    
T  11025882 gtcataaatatggtagattccaccaatcaacaagataaaaaacaatgatcctaaaattgatcctgcatttatgaaagctaacttaagaaaaatgataatt 11025783  T
Q  409 ttggcacaggtt-agaattaaaataaagcaaatttaaactcaaaagctg 456  Q
     |   ||||||| ||||| ||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  11025782 atcttacaggttaagaataaaaacgaagcaaatttgaacttaaaagctg 11025734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 295 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 10991416 - 10991311
Alignment:
Q  295 ttcagtatgtaagagtcataaacgtggtagactgcaccggttaacaagacaaaaaacagcgatcctagaattgatcctgcatttatgaaaactaatttaa 394  Q
    ||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| |||| | ||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  10991416 ttcagaatgtaagagtcgtaaatatgatagactgcagcggtgagcaagataaaaaacattgatcctaaaattgaccctgcatttatgaaaaacaatttaa 10991317  T
Q  395 gaaaaa 400  Q
     |||||    
T  10991316 aaaaaa 10991311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University