View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6335_low_1 (Length: 904)

Name: NF6335_low_1
Description: NF6335
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6335_low_1
NF6335_low_1
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (67-891)||(47418691-47419515)
chr3 (151-891)||(47390415-47391152)
chr3 (279-891)||(47421362-47421987)
chr3 (162-891)||(47407540-47408286)
chr3 (1-67)||(47417838-47417904)
chr3 (68-148)||(47390197-47390277)
chr3 (74-148)||(47407362-47407436)
chr3 (781-868)||(47424609-47424696)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (513-580)||(46796313-46796380)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 67 - 891
Target Start/End: Original strand, 47418691 - 47419515
Alignment:
Q  67 atacagagccttgattgacaccaataccctgttcaatttcaccagagttaacaataggcatcccatgcaatttagataaatgttcagttgacacagatca 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418691 atacagagccttgattgacaccaataccctgttcaatttcaccagagttaacaataggcatcccatgcaatttagataaatgttcagttgacacagatca 47418790  T
Q  167 acctcgcattcacttagaatcgttgaatgtactctgccgttctacacccaagtgatttagaccaatgttcagatctggaattctccttatgtgtaaatca 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418791 acctcgcattcacttagaatcgttgaatgtactctgccgtattacacccaagtgatttagaccaatgttcagatctggaattctccttatgtgtaaatca 47418890  T
Q  267 tgatgatgaagttgtggtctgagagatgataatgaaccagttattgtcccggaaaaatggttgtagttaccaccactgcttccatatgtcgatgggaaat 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418891 tgatgatgaagttgtggtctgagagatgataatgaaccagttattgtcccggaaaaatggctgtagttaccaccactgcttccatatgtcgatgggaaat 47418990  T
Q  367 gtatatgctgttgttgctgcttattaaggccttgcatgtgaacggttgatctgtcagtttcttgactaatagcaatagaactggatgttggtaattgatt 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47418991 gtatatgctgttgttgctgcttattaaggccttgcatgtgaatggtggatctttcagtttcttgactaatagcaatagaactggatgttggtaattgatt 47419090  T
Q  467 tgattgcacgactcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactctttacttggatagctgaagaagca 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419091 tgattgcacgactcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactctttacttggatagctgaagaagca 47419190  T
Q  567 ttatgagaatggtctgcagctgcattcctgcttctctgatgcagttgtgctaatgcatcgggatcattaaattttgttccactggaagtaacagtagaaa 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419191 ttatgagaatggtctgcagctgcattccagcttctctgatgcagttgtgctaatgcatcgggatcattaaattttgttccactggaagtaacagtagaaa 47419290  T
Q  667 tccttacagggggctgctgtccaccagaagaacctgtgttggtttttgtctacaagaaaaaggacggttcttagcataacgttgaaacctatctctaacc 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419291 tccttacagggggctgctgtccaccagaagaacctgtgttggtttttgtctacaagaaaaaggacggttcttagcataacgttgaaacctatctctaacc 47419390  T
Q  767 accttaagaaaaaacatctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccctttcataagccgtaca 866  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47419391 accttaagaaaaaacatctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccctttcataagccgtaca 47419490  T
Q  867 aaatgttctttgggtatttcatctc 891  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  47419491 aaatgttctttgggcatttcatctc 47419515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 151 - 891
Target Start/End: Original strand, 47390415 - 47391152
Alignment:
Q  151 cagttgacacagatcaacctcgcattcacttagaatcgttgaatgtactctgccgttctacacccaagtgatttagaccaatgttcagatctggaattct 250  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||| ||||| ||| ||||| | |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||      
T  47390415 cagtcgacacagatccacctggcattctcttaggatcattgaaagaactctgacgttctgcacctaagtgatttagaccaatgctcggatgtggaatttg 47390514  T
Q  251 ccttatgtgtaaatcatgatgatgaagttgtggtctgagagatgataatgaaccagttattgtcccggaaaaatggttgtagttaccaccactgcttcca 350  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  47390515 ccttatgtgtgaatcatgaggatgaggttgtggtctgaaagatgatgatgaactagtggttgtcccggaaaaatggctgtagttaccaccactgcctcca 47390614  T
Q  351 tatgtcgatgggaaatgtatatgctgttgttgctgcttattaaggccttgcatgtgaacggttgatctgtcagtttcttgactaatagcaatagaactgg 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47390615 tatgtcgatgggaaatgtatatgctgttgttgctgcttatttaggccttgcatgtgaacggcagatctttcagtttcttgactaacagcaatagaactgg 47390714  T
Q  451 atgttggtaattgatttgattgcacgactcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactctttacttg 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47390715 atgttggtaattgatttgattgcactactcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactcttcacttg 47390814  T
Q  551 gatagctgaagaagcattatgagaatggtctgcagctgcattcctgcttctctgatgcagttgtgctaatgcatcgggatcattaaattttgttccactg 650  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  47390815 gatagctgaagaagcattatgagaatggtctgcagcagcattcatacttctctgatgcagttgtgctaatgcatggggatcgttaaattttgttccactg 47390914  T
Q  651 gaagtaacagtagaaatccttacagggggctgctgtccaccagaagaacctgtgttggtttttgtctacaagaaaaaggacggttcttagcataacgttg 750  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  47390915 gaagtaacagttggcatccttacagggggctgctgt---ccagaagaacctgtattggtttttgtctgcaataaaaaggatggttcttagcataacgttg 47391011  T
Q  751 aaacctatctctaaccaccttaagaaaaaacatctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccc 850  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47391012 aaatctatctctaaccaccttaggaaaaatcatctattctgcctacctgttgttgcacttttgttaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccc 47391111  T
Q  851 tttcataagccgtacaaaatgttctttgggtatttcatctc 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47391112 tttcataagccgtacaaaatgttctttaggtatttcatctc 47391152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 279 - 891
Target Start/End: Original strand, 47421362 - 47421987
Alignment:
Q  279 tgtggtctgagagatgataatgaaccagttattgtcccggaaaaatggttgtagttaccaccactgcttccatatgtcgatgggaaatgtatatgctgtt 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||  |||| | ||||||| || |||||| | |||||||||| ||||| ||||    
T  47421362 tgtggtctgagagatgataatgaaccagtgattgtccccaaaaaagggttaaagttgcaaccactgatttcatatggcaatgggaaatgaatatgttgtt 47421461  T
Q  379 gttgctgcttattaaggccttgcatgtgaacggttgatctgtcagtttcttgactaatagcaatagaactggatgttggtaattgatttgattgcacgac 478  Q
    ||||||| |||| || ||||||  ||  ||| |  |   | ||||||||||||||||| |   |||||||||||| | |||||||| ||| || ||| ||    
T  47421462 gttgctgattataaaagccttgtgtgcaaactggggtgttttcagtttcttgactaatggtgttagaactggatggtagtaattgagttggttccactac 47421561  T
Q  479 tcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactctttacttggatagctgaagaagcattatgagaatgg 578  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47421562 tcgaacatcatgttcctgagattttttagcactgatgtccatagttgaatagcttggctcactcttcacttggatagctgaagaagcattatgagaatgg 47421661  T
Q  579 tctgcagctgcattcctgcttctctgatgcagttgtgctaatgcatcgggatcattaaattttgttccactggaagtaacagtagaaatccttacagggg 678  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  47421662 tctgcagcagcattcgtacttctctgatgtagttgtgctaatgcatcaggaccattaaattttgttccactggaagtaacagttggcatccttacagggg 47421761  T
Q  679 gctgctgtccaccagaagaacctgtgttggtttttgtctacaagaaaaaggacggttcttagcataacgttgaaacctatctctaaccaccttaagaaaa 778  Q
    ||||||||   |||||||||||||| |||||||||||    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  47421762 gctgctgt---ccagaagaacctgtattggtttttgt----aagaaaaaggatggttcttagcataacgttgaaatctatctttaaccaccttaagaaaa 47421854  T
Q  779 aac--------------------atctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccctttcataa 858  Q
     ||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47421855 cacattgtaagataaagtaaactatctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatcggatcccccacaatccctttcataa 47421954  T
Q  859 gccgtacaaaatgttctttgggtatttcatctc 891  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47421955 gccgtacaaaatgttctttcggtatttcatctc 47421987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 162 - 891
Target Start/End: Original strand, 47407540 - 47408286
Alignment:
Q  162 gatcaacctcgcattcacttagaatcgttgaatgtactctgccgttctacacccaagtgatttagaccaatgttcagatctggaattctccttatgtgta 261  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||     
T  47407540 gatccacctcgcattctcttaggatcattgaataaactctgctgttctacacccaagtgattgagaccaatgctctgatgtggaattctccttttgtgtg 47407639  T
Q  262 aatcatgatgatgaagttgtggtctgagagatgataatgaaccagttattgtcccggaaaaatggttgtagttaccaccactgcttccatatgtcgatgg 361  Q
    |||   || | ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||| | ||  |||| ||||||||| || |||||| ||||||    
T  47407640 aattgagaggttgaggttgtggtcttagagatgataatgaaccagtgattttccccaaaaaaggattaaagttgccaccactgatttcatatggcgatgg 47407739  T
Q  362 gaaatgtatatgctgttgttgctgcttattaaggccttgcatgtgaacggttgatctgtcagtttcttgactaatagcaatagaactggatgttggtaat 461  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||  ||||||| |  |   | ||||||||||||| ||| |   ||||||| ||||   |||||    
T  47407740 aaaatgtatatgttgttgttgctgattataaaagccttgtgtgtgaactggggtgttttcagtttcttgacaaatggtgttagaactagatggcagtaat 47407839  T
Q  462 tgatttgattgcacgactcgaacatcatgttcctgaggttttttagcactgatgtccatagttgaataggttggctcactctttacttggatagctgaag 561  Q
    ||| ||| || |||  || |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||| || |||| ||||||||  ||||||    
T  47407840 tgagttggttccactgcttgaacatcatgttcctgagattttttagtactaatgtccatagttgaataagtcggcccagtcttcacttggattactgaag 47407939  T
Q  562 aagcattatgagaatggtctgcagctgcattcctgcttctctgatgcagttgtgctaatgcatcgggatcattaaattttgttccactggaagtaacagt 661  Q
    ||  ||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| || |  | | |||||||||||    
T  47407940 aattattatgagaatggtccgcagcagcattcatacttctcggatgcagttttactattgcatggggatcattaaattgtgctggaattgaagtaacagt 47408039  T
Q  662 agaaatccttacagggggctgctgtccaccagaagaacctgtgttggtttttgtctacaagaaaaaggacggttcttagcataacgttgaaacctatctc 761  Q
     |  || |||| |||| |||| |||   ||||||||||| || |||| |||| ||| |||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||| |     
T  47408040 tggcatgcttatagggtgctgttgt---ccagaagaacccgtattggattttatctgcaagaaaaacaatggttcttagcataacgttgaaatctatatt 47408136  T
Q  762 taaccaccttaagaaaaaacatc---------------------tattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatccc 840  Q
     || | |||||| ||||||||||                     || ||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||     
T  47408137 caatcgccttaa-aaaaaacatctgtaaggctgcataaaccacatactctacctacctgttgctgcacttctgttaatgctttcctaatcatctgatcct 47408235  T
Q  841 ccacaatccctttcataagccgtacaaaatgttctttgggtatttcatctc 891  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||||||||    
T  47408236 ccacaatccctttcaaaagccttacacactgatctttggatatttcatctc 47408286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 47417838 - 47417904
Alignment:
Q  1 ccatggtccctggtgcttcttgctgttgctgcttagcttgttgctcgtgtggtggaacctgattcta 67  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47417838 ccatggtccccggtgcttcttgctgttgctgcttagcttgttgctcgtgtggtggaacctgattcta 47417904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 68 - 148
Target Start/End: Original strand, 47390197 - 47390277
Alignment:
Q  68 tacagagccttgattgacaccaataccctgttcaatttcaccagagttaacaataggcatcccatgcaatttagataaatg 148  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  47390197 tacagtgccttgattgataccactaccctgttcattttgaccagaattaacagaaggcaacccatgcaacttagataaatg 47390277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 148
Target Start/End: Original strand, 47407362 - 47407436
Alignment:
Q  74 gccttgattgacaccaataccctgttcaatttcaccagagttaacaataggcatcccatgcaatttagataaatg 148  Q
    ||||||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  47407362 gccttgattgacatcaccaccctgttcattttgaccagaattaacagaaggcaacccatgcaatttagataaatg 47407436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 781 - 868
Target Start/End: Original strand, 47424609 - 47424696
Alignment:
Q  781 catctattctacctacctgttgttgcacttttgctaatgctatcctaagcatctgatcccccacaatccctttcataagccgtacaaa 868  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||||| || ||||| |    |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  47424609 catctaatctacgtacctgttggtgcacttctgttaatgttgatataagcatctgcttccccacaatgcctttcataagccgtacaaa 47424696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 513 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 46796380 - 46796313
Alignment:
Q  513 atgtccatagttgaataggttggctcactctttacttggatagctgaagaagcattatgagaatggtc 580  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||| | |||||||||||||    
T  46796380 atgtccataattgaataggtcggctcactcttcacttgaagagctgaagaagtaatatgagaatggtc 46796313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University