View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6336_low_3 (Length: 541)
Name: NF6336_low_3
Description: NF6336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6336_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 530
Target Start/End: Original strand, 21372166 - 21372678
Alignment:
| Q |
18 |
ataacaaattacaggacatggatttttgcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgaca |
117 |
Q |
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| T |
21372166 |
ataacaaattacaggacatggatttttgcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgaca |
21372265 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
21372266 |
ggttagttgagatgcttaaactcaattaagtcctcaagattgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttcta |
21372365 |
T |
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| Q |
218 |
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317 |
Q |
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| T |
21372366 |
acaaatctttaatgaatggataaaaaaacaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcg |
21372465 |
T |
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| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
21372466 |
tccattcggaggatatgcatcagatgttgcagcaagattattcggaatgcgaggaagaatatggacactctggatcctccaaaccctaggaggagttttc |
21372565 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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| T |
21372566 |
tgcatatggttaggacgtgcgaatacacttccgatcgcagtactatccatgatcctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaa |
21372665 |
T |
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| Q |
518 |
tcattccattcat |
530 |
Q |
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| T |
21372666 |
tcattccattcat |
21372678 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 21385391 - 21384879
Alignment:
| Q |
18 |
ataacaaattacaggacatggatttttgcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgaca |
117 |
Q |
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| T |
21385391 |
ataacaaattacaggacatggatttttgcattgctttatggttactctatgggagttgaattaaccactgacaatgtcattgctgaatatttctatgaca |
21385292 |
T |
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| Q |
118 |
ggttagttgagatgcttaaactcaattaagtcctcaagagtgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttcta |
217 |
Q |
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| T |
21385291 |
ggttagttgagatgcttaaactcaattaagtcctcaagattgtatatacctacatgcttagtgtttttaaaaacctaataaacattttttctattttcta |
21385192 |
T |
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| Q |
218 |
acaaatctttaatgaatggatnnnnnnncaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcg |
317 |
Q |
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| T |
21385191 |
acaaatctttaatgaatggataaaaaaacaggtttaacctaaagttacacacagctggaatcattgctgcatcctttggaatggcaaacatagttgctcg |
21385092 |
T |
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| Q |
318 |
tccattcggaggatatgcatcagatgttgcagcaagattattcggcatgcgaggaagattatggacactctggatcctccaaaccctaggaggggttttc |
417 |
Q |
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| T |
21385091 |
tccattcggtggatatgcatcagatgttgcagcaagattattcggtatgcgaggaagattatggacactctggatcctccaaaccctaggaggagttttc |
21384992 |
T |
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| Q |
418 |
tgcatatggttaggacgtgcgaatacacttccgatcgcagtactatccatgattctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaa |
517 |
Q |
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| T |
21384991 |
tgcatatggttaggacgtgcgaatacacttccgatcgcagtactatccatgatcctcttctcagttggagcacaagcagcatgtggtgcaacatttggaa |
21384892 |
T |
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| Q |
518 |
tcattccattcat |
530 |
Q |
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| T |
21384891 |
tcattccattcat |
21384879 |
T |
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