View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6340_high_17 (Length: 334)

Name: NF6340_high_17
Description: NF6340
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6340_high_17
NF6340_high_17
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (1-320)||(35263214-35263533)
chr1 (49-319)||(35270640-35270910)
chr1 (87-319)||(35190567-35190799)
chr1 (88-319)||(35147553-35147784)
chr1 (45-317)||(35295552-35295824)
chr1 (90-319)||(35200130-35200365)
chr1 (15-212)||(35252399-35252597)
chr1 (173-313)||(45531808-45531948)
chr1 (63-302)||(35225155-35225394)
chr1 (173-319)||(35216155-35216301)
chr1 (100-306)||(35476555-35476761)
chr1 (173-314)||(45525697-45525838)
chr1 (203-319)||(35208331-35208447)
chr1 (15-113)||(35248710-35248810)
chr1 (71-223)||(35219391-35219543)
chr1 (173-224)||(35205244-35205295)
chr1 (156-223)||(35248588-35248655)
chr1 (79-223)||(8639228-8639372)
chr1 (45-123)||(35245291-35245368)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (93-307)||(38632094-38632308)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (67-116)||(53924014-53924063)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 35263533 - 35263214
Alignment:
Q  1 acacacatacacaatccatctgtcatgtaataaaacactttcaacttttctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaaca 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35263533 acacacacacacaatccatctgtcatgtaataaaacactttcaacttttctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaaca 35263434  T
Q  101 ggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagctta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35263433 ggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagctta 35263334  T
Q  201 tgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35263333 tgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtcgaaggtggccagagtagtactaaaattgtctgt 35263234  T
Q  301 ttggatcaaaatgtggaaga 320  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  35263233 ttggatccaaatgtggaaga 35263214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 49 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35270910 - 35270640
Alignment:
Q  49 tctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattc 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  35270910 tctcagttattatgttctaatctttgcatcttctgtgtactacttttggacaggttccctgaagtcgctaagcttgttgatgtgtgttggcttgaaattc 35270811  T
Q  149 gtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgt 248  Q
     |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  35270810 atggtgtgataaacaccatcgtcctgtccccaaatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattaatgcttcgggatttcagaaccgtcctgc 35270711  T
Q  249 ggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctgtttggatcaaaatgtggaag 319  Q
    ||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35270710 ggatttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtagtactaaaattgtctgtttggatccaaatgtggaag 35270640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 87 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35190799 - 35190567
Alignment:
Q  87 actacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatact 186  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| || || |||||||| ||||||||  ||||||| ||| |||   |||||||| ||||     
T  35190799 actacttttggacaggttccctgaagttgctgagcttcttgaagtgtggtggcttgatattcgtgggatgataaatacccttgccttgtccccaaatacc 35190700  T
Q  187 caatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagta 286  Q
    || ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||||||| ||||| | || ||||||||| |||| ||||||||||| | || ||    
T  35190699 cagtatgcggcttatcttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccacagtaata 35190600  T
Q  287 ctaaaattgtctgtttggatcaaaatgtggaag 319  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  35190599 ctaaaattgtctgtttggatccaaatgttgaag 35190567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 88 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35147784 - 35147553
Alignment:
Q  88 ctacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactc 187  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| || | || || |||||||| ||| ||||   |||||||||| ||    |||||||| |||| |    
T  35147784 ctacttttgagcaggttccctgaagttgctcaacttcttaaagtgtggtggcttgatattagtgggacgataaacacccttagcttgtccccaaataccc 35147685  T
Q  188 aatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtac 287  Q
    | ||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||    |||||||||||| ||||| | || ||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||    
T  35147684 agtatgcggcttatcttgtgttcaagatgattgaagccgaaggatttcagaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtggtac 35147585  T
Q  288 taaaattgtctgtttggatcaaaatgtggaag 319  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35147584 taaaattgtctgtttggatccaaatgtggaag 35147553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 317
Target Start/End: Original strand, 35295552 - 35295824
Alignment:
Q  45 cttttctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaa 144  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||| ||||||   || | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||  ||  ||    |||||||||    
T  35295552 cttttctcacttcatatattcttatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaa 35295651  T
Q  145 attcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtc 244  Q
    ||||||||  |||||||||||  ||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||  | |||||||| ||  |||    
T  35295652 attcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccaaatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaattgtc 35295751  T
Q  245 ctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctgtttggatcaaaatgtgga 317  Q
    |||| || ||||||||| |||| ||||||||||| | || |||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  35295752 ctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacattgtctgtttggattcaaatgtgga 35295824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 90 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35200365 - 35200130
Alignment:
Q  90 acttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaa 189  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||| ||||| |||  || ||||||||| | ||| ||||  |||||||||   |||   |||||||| |||||||     
T  35200365 acttttggataggttccctgaagtcgctgagcttcttgttgtttgttggcttcatattagtgggatgataaacatgcttgcattgtccccaaatactcag 35200266  T
Q  190 tatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaacc------gtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaata 283  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||  |  ||||||| ||| |      |||| ||||  |||||| ||||||| ||||||||||| || |    
T  35200265 tatgcagcttatcttgtgttcaagatgattggtggctttggatttcggaatccaaattgtcccgtggtgttatcaatttgtgtcgaaggtggccataaaa 35200166  T
Q  284 gtactaaaattgtctgtttggatcaaaatgtggaag 319  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35200165 gtactaaaattgtctgtttggatccaaatgtggaag 35200130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 35252597 - 35252399
Alignment:
Q  15 tccatctgtcatgtaataaaacactttcaacttttctc--agttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaag 112  Q
    ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  35252597 tccatttgtcatttaatgaatcactttcaacttttctcccagttcctatattataatctttgcatctttt-tgtactacttttgtataggtttcctgaag 35252499  T
Q  113 ttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaa 212  Q
    ||||  ||||||  || || ||| || |||| ||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||| ||| ||| ||||||||||    
T  35252498 ttgccgagcttgacgatgtttgtgggattgacatttgtggtatgataaacaccattgccttgtccccaaatactcagtatgtagcgtatcttgtgttcaa 35252399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 173 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 45531948 - 45531808
Alignment:
Q  173 tgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaagg 272  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |  || ||| |||||| ||||||||| ||||| ||  ||||  ||||    
T  45531948 tgtccccaaatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaaaatgattgattcctatgggtttgagaaccttcctgtggatttatctgtcggtgtcaaagg 45531849  T
Q  273 tggccagaatagtactaaaattgtctgtttggatcaaaatg 313  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||    
T  45531848 tggccatagtagcactaaaattgtttgtttggatccaaatg 45531808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 35225394 - 35225155
Alignment:
Q  63 ttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaac 162  Q
    |||| ||||||||| |||||||| || | ||||| |||| || |||||||||||  | ||| || | || ||||||||||||||||||||   | |||||    
T  35225394 ttcttatctttgcaacttttgtgcacaaattttggacagatttcctgaagttgccgaacttcttcatgtgtgttggcttgaaattcgtgggaagttaaac 35225295  T
Q  163 accattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagttt 262  Q
    ||| |||   |||||||| ||||||  |||| | ||||| |||||||||| |||||  |||| |  |||||| || ||  ||||||||| |||||||||     
T  35225294 acccttgccttgtccccaaatactcggtatgtaacttatcttgtgttcaagatgatcaatgcctatggatttgagtactttcctgtggagttatcagttg 35225195  T
Q  263 gtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctgttt 302  Q
    || | ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  35225194 gtatcgaaggtggccatagtagcactaaaattgtctgttt 35225155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35216301 - 35216155
Alignment:
Q  173 tgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaagg 272  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||| || |||||||||||    |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| | |||    
T  35216301 tgtctccaaatactcagtatgcaacttatcttgtgtttaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctctggagttatcagttggtgttggagg 35216202  T
Q  273 tggccagaatagtactaaaattgtctgtttggatcaaaatgtggaag 319  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  35216201 tagccataatagtactgaaattgtctgttatgatccaaatgtggaag 35216155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 35476761 - 35476555
Alignment:
Q  100 aggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagctt 199  Q
    ||||||||  |||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||| |||   ||||||||||| ||   |||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  35476761 aggttccccaaagttgctaagcttcttcatgtgcgttggcttgaaattcatggaaagataaacaccaatgccttgtccccaaatactcagtatgcggctt 35476662  T
Q  200 atgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctg 299  Q
    || |||||||||| ||||||| ||| |  |||||| |||| | |||| ||||||| | |||| ||||||||||| | || |  || ||||||||||| ||    
T  35476661 atcttgtgttcaagatgattgctgcatttggatttgagaatcatcctctggacttgttagttcgtgtagaaggtagtcatagaagcactaaaattgtatg 35476562  T
Q  300 tttggat 306  Q
    |||||||    
T  35476561 tttggat 35476555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 173 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 45525838 - 45525697
Alignment:
Q  173 tgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaagg 272  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||  |  || ||| ||| || ||||||||| ||||| ||  |||| |||||    
T  45525838 tgtctccaaatactcagtatgcagcttatctcgtgttcaaattgattgatggctatgggtttgagacccttcctgtggatttatctgtcggtgtcgaagg 45525739  T
Q  273 tggccagaatagtactaaaattgtctgtttggatcaaaatgt 314  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  45525738 tggccatagtagtactaaaattgtctgtttggatccaaatgt 45525697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 35208447 - 35208331
Alignment:
Q  203 ttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaattgtctgttt 302  Q
    |||||||||| |||||||||||    |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||| | ||||||||| | ||| ||||||| |  || |||    
T  35208447 ttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatggagttatcagttggtgtcggaggtggccatagtagcactaaaacttccttttt 35208348  T
Q  303 ggatcaaaatgtggaag 319  Q
    ||||| |||||||||||    
T  35208347 ggatccaaatgtggaag 35208331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 35248810 - 35248710
Alignment:
Q  15 tccatctgtcatgtaataaaacactttcaacttttctc--agttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaag 112  Q
    ||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||  ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||    
T  35248810 tccatttgtcatttaatgaaccactttcaacttttctcccagttcctatattataatctttgcaacttttttgtactacttttggataggttcactgaag 35248711  T
Q  113 t 113  Q
    |    
T  35248710 t 35248710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 71 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 35219543 - 35219391
Alignment:
Q  71 tttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgt 170  Q
    |||| |||||||| | || | ||||| |||||||||||||||||| | ||||| || || | ||| ||||||||||| ||||   |||||||||| ||      
T  35219543 tttgtatcttttgggcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagcttcttaacatgtgtcggcttgaaatttgtggcaagataaacacccttac 35219444  T
Q  171 tctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatg 223  Q
      |||| ||| ||||||  |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  35219443 cttgtctccaaatactctgtatgcaacttatcttgtgttcaagatgattgatg 35219391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35205295 - 35205244
Alignment:
Q  173 tgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgc 224  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  35205295 tgtctccaaatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattgatgc 35205244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 156 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 35248655 - 35248588
Alignment:
Q  156 gataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatg 223  Q
    ||||||||||||||   |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  35248655 gataaacaccattgacttgtccccaaatactcagtatgcagcttatcttgtgttcaaggtgattgatg 35248588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 8639372 - 8639228
Alignment:
Q  79 ttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccc 178  Q
    ||||||| || | ||||| |||||||||||||||||| | || || || | || ||| ||||| ||||||||||   ||||||||||  ||   ||||||    
T  8639372 ttttgtgcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagattcttaatgtgtgtcggcttaaaattcgtggaaagataaacacccgtgccttgtccc 8639273  T
Q  179 catatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatg 223  Q
    |  |||||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||    
T  8639272 cgaatactacatatgcaacttatcttgtgttcaagatgattgatg 8639228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 35245368 - 35245291
Alignment:
Q  45 cttttctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagctt 123  Q
    ||||||||||||  ||| |||| | ||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  35245368 cttttctcagttcctatattcttacctttgcaacttttctgcacaacttttgaacaggtt-cctgaagttgctgagctt 35245291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 93 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 38632308 - 38632094
Alignment:
Q  93 tttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaaattcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatat 192  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||  ||| || | || |||||||||||||||   |||| ||||  |||   |||| | | ||||||| |||    
T  38632308 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgttttcgcttgaaattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 38632209  T
Q  193 gcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtcctgtggacttatcagtttgtgtagaaggtggccagaatagtactaaaa 292  Q
    | ||||||| ||||||||||  |||||||||||   |||||  |||||| ||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||  |||| ||||||      
T  38632208 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaacg 38632109  T
Q  293 ttgtctgtttggatc 307  Q
    ||| |||||||||||    
T  38632108 ttggctgtttggatc 38632094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 116
Target Start/End: Original strand, 53924014 - 53924063
Alignment:
Q  67 aatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgc 116  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  53924014 aatctttgcaacctttgtgtactactttttgacaggttccttgaagttgc 53924063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University