View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6341_high_9 (Length: 320)

Name: NF6341_high_9
Description: NF6341
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6341_high_9
NF6341_high_9
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (19-313)||(8607369-8607663)
chr8 (231-313)||(38584194-38584276)
chr8 (231-313)||(24431498-24431580)
chr8 (243-313)||(27393083-27393153)
chr8 (230-313)||(39810326-39810409)
chr8 (231-313)||(7991176-7991257)
chr8 (255-313)||(21352822-21352880)
chr8 (231-313)||(17745265-17745347)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (231-313)||(51392901-51392983)
chr4 (231-313)||(2113012-2113094)
chr4 (230-310)||(34564782-34564862)
chr4 (231-313)||(33527389-33527473)
chr4 (243-313)||(42383480-42383547)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (231-313)||(25037902-25037984)
chr7 (231-313)||(26012831-26012913)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (231-311)||(38902440-38902520)
chr2 (231-313)||(39213027-39213109)
chr2 (231-313)||(31204322-31204404)
chr2 (231-295)||(31184600-31184663)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (231-311)||(44335028-44335108)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (257-313)||(44995568-44995624)
chr3 (231-313)||(50034972-50035054)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (231-313)||(21368959-21369041)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 8607369 - 8607663
Alignment:
Q  19 agacacttacaaatcacccactaacaaaatccttacataaaaaagggagttgaactcatctattgcggaatatgagtcacctatcaactaaaacaacttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8607369 agacacttacaaatcacccactaacaaaatccttacataaaaaagggagttgaactcatcttttgcggaatatgagtcacctatcaaataaaacaacttt 8607468  T
Q  119 agcaaaatagtttcatactataaacaaacaaatcagaccatttagatatttgtgcagtcatagtaagttgtcataaaataatattgtatactttactaaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8607469 agcaaaatagtttcatactataaacaaacaaatcagactatttagatatttgtgcggtcatagtaagttgtcataaaataatattgtatactttaataaa 8607568  T
Q  219 ctaatatttactcatgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8607569 ctaatatttactcatgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagtaactttcaacaagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 8607663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Original strand, 38584194 - 38584276
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38584194 catgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaacaagtggaagtgctccaatggtgtgttgaacgatgatgt 38584276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Original strand, 24431498 - 24431580
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24431498 catgtccaatggtgttgaattgctatattgaaagcaaccttcaacaagtggaagtgctccaatggtatattgaatgatgatgt 24431580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 243 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 27393153 - 27393083
Alignment:
Q  243 tgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27393153 tgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaacatgtggaagtgctccaatgttgtgttgaatgatgatgt 27393083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 230 - 313
Target Start/End: Original strand, 39810326 - 39810409
Alignment:
Q  230 tcatgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  39810326 tcatgtctaatggtgttgaattgttatgttgaaagcaaccttcaacaagtggaagtgctctaatggtgtgtttgatgatgatgt 39810409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7991257 - 7991176
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  7991257 catgtccaatggtgttgaattgctatattgaaagcaaccttcaacaaatggaagtgttcc-atggtgtgttgaatgatgatgt 7991176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 255 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 21352880 - 21352822
Alignment:
Q  255 atgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  21352880 atgttgaaagcaaccttcaagaggtgaaagtgctccaatagtgtattgaatgatgatgt 21352822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 17745347 - 17745265
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggt-gtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  17745347 catgtccaatggtgtttaatgggtatgttgaaagcaacattcaacaagt-gaaatgctccaatggtggtgtttaatggtgatgt 17745265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 51392983 - 51392901
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51392983 catgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagctaccttcaacaagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 51392901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2113094 - 2113012
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2113094 catgtccaatggtgttgaattgctatgttaaaagcaaccttcaacaagtgaaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 2113012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 230 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 34564862 - 34564782
Alignment:
Q  230 tcatgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatga 310  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34564862 tcatgttcaatggtgttgaattgctatgttgaaagcaactttcaacaagtggaagtgctccaatggtgtgtttaatgatga 34564782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 33527473 - 33527389
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctat--gttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33527473 catgttcaatggcgttgaattgctatatgttgaaagcaaccttcaacaagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 33527389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 313
Target Start/End: Original strand, 42383480 - 42383547
Alignment:
Q  243 tgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  42383480 tgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctc---tggtgtgttgaatgatgatgt 42383547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Original strand, 25037902 - 25037984
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25037902 catgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaacaagtagaagtgctccaatgatgtgttgaatgatgatgt 25037984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Original strand, 26012831 - 26012913
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26012831 catgtccaatggtgttgaattgctatgttcaaagcaaccttcaacaagtggaagggctccaatggtatgttgaatgttgatgt 26012913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 231 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 38902520 - 38902440
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgat 311  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38902520 catgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaacaagtgaaagtgttccaatggtgtgttgaatgatgat 38902440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 39213109 - 39213027
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39213109 catgtccaatggtattgaattgctatgttgaaagcaaccttcaacatgttgaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 39213027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Original strand, 31204322 - 31204404
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggt-gtgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  31204322 catgtccaatggtgtttaatgggtatgttgaaagcaacattcaacaagt-gaaatgctccaatggtggtgtttaatggtgatgt 31204404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 295
Target Start/End: Original strand, 31184600 - 31184663
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatgg 295  Q
    ||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||    
T  31184600 catgtccaatggtgtttaatgggtatgttgaaagcaacattcaacaagt-gaaatgctccaatgg 31184663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 231 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 44335108 - 44335028
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgat 311  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44335108 catgtccaatggtgttgaattgctatgttgaaagcaacattcaacaagtggaagtgctccaatgatgtgttgaatgatgat 44335028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 257 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 44995624 - 44995568
Alignment:
Q  257 gttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtgtgttgaatgatgatgt 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44995624 gttgaaagcaaccttcaacaagtggaagtgctccaatggtatgttgaatgatgatgt 44995568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 50035054 - 50034972
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggtg-tgttgaatgatgatgt 313  Q
    ||||||||||| |||| ||| |  |||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  50035054 catgtccaatggtgtttaatgggcatgttgaaagcaacgttcaacaagt-gaaatgctccaatggtgatgtttaatgatgatgt 50034972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 231 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 21369041 - 21368959
Alignment:
Q  231 catgtccaatgatgttgaattgctatgttgaaagcaaccttcaataagtggaagtgctccaatggt-gtgttgaatgatgatgt 313  Q
    |||||||||||  ||| ||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  21369041 catgtccaatggcgtttaatgggtatgttgaaagcaacattcaacaagt-gaaatgctccaatggtggtgtttaatgatgatgt 21368959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University