View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6358_low_1 (Length: 789)

Name: NF6358_low_1
Description: NF6358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6358_low_1
NF6358_low_1
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (9-774)||(2568281-2569046)
chr6 (62-774)||(2592224-2592940)
chr6 (79-774)||(2671720-2672421)
chr6 (278-774)||(2440278-2440774)
chr6 (238-774)||(2623768-2624304)
chr6 (246-774)||(2596076-2596605)
chr6 (277-774)||(2640764-2641261)
chr6 (324-773)||(2451004-2451450)
chr6 (74-207)||(2624311-2624444)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (424-702)||(17870107-17870385)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 774
Target Start/End: Original strand, 2568281 - 2569046
Alignment:
Q  9 attatactcaaggtgggagccaagattttaatcatatatgatattgagagcaatacaaaataactatatagtaattaacataggaattgtcttacgtttg 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2568281 attattctcaaggtgggagccaagattttaatcatatatgatattgagagcaatacaaaataactatatagtaattaacataggaattgtcttatgtttg 2568380  T
Q  109 aaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttacaagctaagggacaaccaatttccctaaacctcctcaattttattttcaatttcacct 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568381 aaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttagaagctaagggacaaccaatttccgtaaacctcctcaattttattttcaatttcacct 2568480  T
Q  209 gttatcacaacaagtacattatcgatccttctttcttgcttctcccttcaaacatgaaaaacttagcattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatc 308  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2568481 gttatcacaacaagtacatcatcgattcttctttcttgcttctcccttcaaacatgaaaaacttagtattgtttatttagttgatttcatgtgaagaata 2568580  T
Q  309 aacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaaca 408  Q
       |||||  ||  ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||    
T  2568581 cgaaattaaattgtttggtcttctttgcagacttaccaaagagtaataagcaccacttggcccttttgacaataaatttgaatgtgttcctttctcaaca 2568680  T
Q  409 acacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttcta 508  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2568681 acaatgcccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttcta 2568780  T
Q  509 aagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568781 aagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgc 2568880  T
Q  609 aattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgca 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568881 aattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgca 2568980  T
Q  709 gcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568981 gcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 2569046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 62 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 2592940 - 2592224
Alignment:
Q  62 tacaaaataactatatagtaattaacataggaattgtcttacgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttacaagctaaggg 161  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||   ||||||||      
T  2592940 tacaatataaccatatagttattatcataggaattgtgttatgttagacaaacctacaattttgatgattatagaaatgaaaattttaggaagctaagtt 2592841  T
Q  162 acaaccaatttccctaaacctc--ctcaattttattttcaatttcacctgttatc----acaacaagtacattatcgatccttctttcttgcttctccct 255  Q
      ||||||||||| | ||||||  |||| |||| ||||||||||| ||| |||      ||||||| ||||| ||| | || ||||| |||||||  |||    
T  2592840 gaaaccaatttccttgaacctcttctcagttttcttttcaatttcgcctattaattactacaacaactacatcatcaacccatctttgttgcttc--cct 2592743  T
Q  256 tcaaacatgaaaaacttagcattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaat 355  Q
    | |||||| ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  2592742 taaaacattaaaaacttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaataattatgttggttggtcttatttttagacttatcaaagagtaat 2592643  T
Q  356 atgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagt 455  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592642 atgctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagt 2592543  T
Q  456 actcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgtt 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2592542 actcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgtt 2592443  T
Q  556 gcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccac 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2592442 gcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccac 2592343  T
Q  656 acagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgta 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  2592342 acagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctctataatttcactttcatcaaccttatcatcata 2592243  T
Q  756 agctccatatgcaatattt 774  Q
     | ||||||||||||||||    
T  2592242 tgatccatatgcaatattt 2592224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 79 - 774
Target Start/End: Original strand, 2671720 - 2672421
Alignment:
Q  79 gtaattaacataggaattgtcttacgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttacaagctaaggga-caaccaatttcccta 177  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||| ||| ||| |||| ||| ||    
T  2671720 gtaattaacataggaattgtgctatgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacagatgaaaacttttggaagctaaaggagcaaacaatctcctta 2671819  T
Q  178 aacctc--ctcaattttattttcaatt----tcacctgttatcacaacaagtaca--ttatcgatccttctttcttgcttctcccttcaaacatgaaaaa 269  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||||    || ||  ||| ||||||||  |||  | ||| ||   ||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  2671820 aacctcttctcaattttcttttcaattaatttcgccaattaccacaacaacaacacataatcaat---tctttgttgcttctcccttcaaccatgaaaaa 2671916  T
Q  270 cttagcattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggc 369  Q
    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||    
T  2671917 cttgatattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaatagtaatgttggttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaataagctccacttggc 2672016  T
Q  370 cctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtg 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  2672017 cctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttgtctaaaacagcaatcaaatcgcaattttgtatagtactcaacctatgtg 2672116  T
Q  470 ctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaag 569  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672117 ctacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaag 2672216  T
Q  570 caacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataa 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  2672217 caacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctgtcaccacacaaagtatcataa 2672316  T
Q  670 ccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaa 769  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2672317 ccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcatttgaagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaaccgtatcatcataagctccatatgcaa 2672416  T
Q  770 tattt 774  Q
    |||||    
T  2672417 tattt 2672421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 278 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 2440774 - 2440278
Alignment:
Q  278 tgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttaga 377  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2440774 tgtttatttagttaatttcatggcaagaatcagcaattatattgtttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaatatgctccacttggccctttaga 2440675  T
Q  378 caacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaacc 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2440674 caacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgaatagtactcaacctatgtgctacaacc 2440575  T
Q  478 acgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacct 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440574 acgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacct 2440475  T
Q  578 ctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttt 677  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440474 ctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttt 2440375  T
Q  678 taagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 774  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||    
T  2440374 taagcttgatatgaaatcgtgagcatttgcagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattt 2440278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 238 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 2624304 - 2623768
Alignment:
Q  238 tctttcttgcttctcccttcaaacatgaaaaacttagcattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgta 337  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||     |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  2624304 tctttgttacttctcccttcaaacattaaaaacaagatattgtttatttatttaatttcatgtggagaatcaacaattatgttggttggtcttttttgta 2624205  T
Q  338 gacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaa 437  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624204 gacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaggatgaatgtgttccattctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaa 2624105  T
Q  438 atcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattga 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  2624104 atcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagtgtcttggactaatttctcagattga 2624005  T
Q  538 ctatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagtt 637  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624004 ctatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagtt 2623905  T
Q  638 gaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctc 737  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2623904 gaactcctctgtcaccacacaatgtgtcatatccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctctataatttcactctc 2623805  T
Q  738 atcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 774  Q
    |||||||| |||| | || | ||||||||||||||||    
T  2623804 atcaacctgatcaccatatgatccatatgcaatattt 2623768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 246 - 774
Target Start/End: Original strand, 2596076 - 2596605
Alignment:
Q  246 gcttctcccttcaaacatgaaaaacttagcattgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttg--gtcttctttgtagactta 343  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||   | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||   ||||||||||||||||||    
T  2596076 gcttctcccttcaaacatggaaa-ctggaccttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattgtattggttatagtcttctttgtagactta 2596174  T
Q  344 tcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcaca 443  Q
     ||||||||||||   ||||||||| ||   ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2596175 ccaaagagtaataaactccacttggtcccaaagataacaaagacgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaagacagcaatcaaatcaca 2596274  T
Q  444 gttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatca 543  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2596275 attttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttctaaagtatcttggactaatttctctgattgactatca 2596374  T
Q  544 agtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactc 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2596375 agtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactc 2596474  T
Q  644 ctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaac 743  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2596475 ctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgtgagcatttgcagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaac 2596574  T
Q  744 cttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 774  Q
     |||||||| || ||||||||| ||||||||    
T  2596575 tttatcatcatatgctccatatacaatattt 2596605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 277 - 774
Target Start/End: Original strand, 2640764 - 2641261
Alignment:
Q  277 ttgtttatttagttgatttcatgtgaagaatcaacaattatgttcgttggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttag 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||   ||    
T  2640764 ttgtttatttagttgatttcatgtgaagaaccaacaattgtattggttggtcttctttgtagacttactaaagagtaataaactccacttggtcccaaag 2640863  T
Q  377 acaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaac 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  2640864 acaacaaagatgaatgtgttcctttttcaacaacaatccccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgcgacaac 2640963  T
Q  477 cacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacc 576  Q
     || ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2640964 tacacttgtccttccaaccataactctttctaaagcatcttgcactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagtaacacc 2641063  T
Q  577 tctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatctt 676  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2641064 tttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatctt 2641163  T
Q  677 ttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattt 774  Q
     |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  2641164 gtaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatgcctgaataatctcactctcatcaactttatcatcataggctccgtatgcaatattt 2641261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 324 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 2451450 - 2451004
Alignment:
Q  324 tggtcttctttgtagacttatcaaagagtaatatgttccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttcccttatcc 423  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2451450 tggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactacccttatcc 2451351  T
Q  424 aaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggacta 523  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  2451350 aaaacaacaatcatatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgttcttccaatcataaccctttctaaagcatcttgcacta 2451251  T
Q  524 atttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttg 623  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2451250 acttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttg 2451151  T
Q  624 accaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctct 723  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||    
T  2451150 accaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctgcatct 2451051  T
Q  724 ataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatatt 773  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||    
T  2451050 ataatctcactctcatcaaccttatca---tatgctccatatgcaatatt 2451004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 74 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 2624444 - 2624311
Alignment:
Q  74 atatagtaattaacataggaattgtcttacgtttgaaaaaccaacaattttgatgattgtacaaatgaaattttttacaagctaagggacaaccaatttc 173  Q
    |||||||||||| ||||  |||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||  |||||||||   ||||||||||    
T  2624444 atatagtaattagcatataaattgtgttatgttagaaaaacctacaattttgatgattgtagaaatg--attttttggaagctaaggtgaaaccaatttc 2624347  T
Q  174 cctaaac--ctcctcaattttattttcaatttcacc 207  Q
     || |||  || ||||||||| ||||||||||||||    
T  2624346 tctgaacttcttctcaattttcttttcaatttcacc 2624311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 424 - 702
Target Start/End: Original strand, 17870107 - 17870385
Alignment:
Q  424 aaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggacta 523  Q
    ||||||||||| | |||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |  || |||||||| ||||    
T  17870107 aaaacagcaataacatcacaattgtgtatggtactcaacctatgtgctacaaccacactagtccttccaaccattaccttattcaatgcatcttgcacta 17870206  T
Q  524 atttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttg 623  Q
      || || || | | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||    
T  17870207 ccttttctgaattattatcaagtgcacttgttgcttcatctagaagcaacacctttggattcttcaacatggctctagctattgctatcctttgtttttg 17870306  T
Q  624 accaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagca 702  Q
     || ||   |||||| |||||| | || ||||||  ||| ||||| |||||||| || ||||  || ||||||||||||    
T  17870307 cccccctgaaagttgcactcctttgtccccacaccatgtctcatacccatctttcaaacttgcaatgaaatcatgagca 17870385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University