View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6358_low_7 (Length: 296)

Name: NF6358_low_7
Description: NF6358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6358_low_7
NF6358_low_7
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (1-274)||(23807930-23808203)
chr7 (6-269)||(23802467-23802730)
chr7 (3-266)||(23817422-23817685)
chr7 (3-248)||(23791693-23791938)
chr7 (4-249)||(23797907-23798152)
chr7 (3-248)||(23828100-23828345)
chr7 (1-248)||(23823126-23823373)
chr7 (90-246)||(23838050-23838206)
chr7 (69-246)||(23855283-23855460)
chr7 (96-246)||(23857268-23857418)
chr7 (102-247)||(23852941-23853086)
chr7 (134-246)||(23842930-23843042)
chr7 (82-246)||(23844034-23844198)
chr7 (82-246)||(23840586-23840750)
chr7 (90-246)||(23849058-23849214)
chr7 (82-246)||(23864831-23864995)
chr7 (82-246)||(23861237-23861401)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 23808203 - 23807930
Alignment:
1 agttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
23808203 agttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctgtttataagaaagttcctgtttt 23808104  T
101 agttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaa 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
23808103 agtttataatgacaagcccatctctgaatcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaaccctatcttgccttctgatccttatcaa 23808004  T
201 agagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaattactcccctcttctatttttctctgtg 274  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
23808003 agagccatggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaattactcccctcttctatttttctttgtg 23807930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 6 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 23802730 - 23802467
Alignment:
6 aagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgttttagttc 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||    
23802730 aagggagttgaatacaaatatgagcaagaaaaggttgggaacttgagtgagacactcaaaaaatacaaccctgtttataagaaagttcctgtttttattc 23802631  T
106 ataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaagagc 205  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||   |||||||    
23802630 ataatgataagcccatatcagagtcccttgtgattcttgaatatattgatgagacttggaaacaaaatcccatattgccttctgatccttccaaaagagc 23802531  T
206 cttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaattactcccctcttctatttttct 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
23802530 cttggctcgtttctggtccaatttcattgatgataaggtaattactcccctcttctatttttct 23802467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 3 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 23817685 - 23817422
Alignment:
3 ttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgttttag 102  Q
    ||||||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||      
23817685 ttgaagggagttgaatatatatacgagaaagagaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaaatacaaccctgtttataagaaggttcctgttttta 23817586  T
103 ttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaag 202  Q
    |||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||    
23817585 ttcataatgataagcctatagcagagtcacttgtgattcttgaatatattgatgagacttggaaacaaaatccaatattgccttctgatccataccaaag 23817486  T
203 agccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaattactcccctcttctatttt 266  Q
    |||||||| ||| || ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
23817485 agccttggttcgattttggtccaacctcatagatgacaaggtaattactcccctcttctatttt 23817422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 3 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 23791938 - 23791693
Alignment:
3 ttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgttttag 102  Q
    ||||||||||| |||||||| | |||| | |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||    
23791938 ttgaagggagtcgaatacaagtatgaggaagaaaagtgggggaacttgagtgagacactcaaaaaatacaaccctgtttataagaaggttcctgtgttag 23791839  T
103 ttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaag 202  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
23791838 ttcataatgataagcccatatcagaatcccttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttacgaaag 23791739  T
203 agccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaatt 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||    
23791738 agccttggctcgtttctggaccaagttcatagatgataaggtaatt 23791693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23798152 - 23797907
Alignment:
4 tgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgttttagt 103  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||   |||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||    
23798152 tgaaaggagttgaatacaaatatgaggtagaaaagtttcagaacttgagtgatacactcatcaattacaaccctgtttataagaaggttcctgtattagt 23798053  T
104 tcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaaga 203  Q
    ||||||||| ||||| ||  |||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
23798052 tcataatgataagcctatagcagaatctcttgtgattattgaatatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttctaaaaga 23797953  T
204 gccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaatta 249  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||    
23797952 gccttggcacgtttctggtccaagttcatagatgataaagtaatta 23797907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 23828345 - 23828100
Alignment:
3 ttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgttttag 102  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||   ||||||   |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
23828345 ttgaagggtgttgaatacaaatatgagttagaaaagggagggaacttaagtgatacactcaaaaaatacaaccctatttataaaaaggttcctgtattag 23828246  T
103 ttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaag 202  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||    
23828245 ttcataatgataagcccatatcagaatcccttgtgattcttgagtatgttgatgaaacttggaagcaaaatcctatcttaccttctgatccttacaaaag 23828146  T
203 agccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaatt 248  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||    
23828145 agccttggctcgtttctggacaaagttcatagatgataaggtaatt 23828100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 23823373 - 23823126
Alignment:
1 agttgaagggagttgaatacaaatgtgagaacgaaaagtttgggaacttgagtgatacactcaaaaattacaaccctatttataagaaagttcctgtttt 100  Q
    |||||||||| |||||||||| || |||| | |||||| ||||||| |||||||||||| |||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
23823373 agttgaagggtgttgaatacagatatgaggaagaaaaggttgggaatttgagtgatacagtcattaaatacaaccctgtttataagaaagttcctgtatt 23823274  T
101 agttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaa 200  Q
    |||||||||||| || || ||  |||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
23823273 agttcataatgataaacctatagcagaatctcttgtgattattgaatatattgatgagacttggaaacaaaatccaatcttgccttctgatccttataaa 23823174  T
201 agagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaatt 248  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||    
23823173 agagccttggcacgtttctggtccaagtttatagatgataaggtaatt 23823126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 90 - 246
Target Start/End: Original strand, 23838050 - 23838206
Alignment:
90 gttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctg 189  Q
    ||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23838050 gttcctgtttttgttcataatggaaatcccatctcagagtctcgtgtgattcttgagtacatcgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctg 23838149  T
190 atccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
23838150 atccttatcaaagagccttggctcgtttctggtctaagttcattgatgacaaggtaa 23838206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 69 - 246
Target Start/End: Original strand, 23855283 - 23855460
Alignment:
69 tacaaccctatttataagaaagttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaac 168  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||| ||||| |||||| | |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
23855283 tacaaccctatttacaagatggttcctgttcttgttcacaatgagaagcccgtttcagagtctcgtgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaac 23855382  T
169 aaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||| || ||| |||| ||| | ||||| |||||||    
23855383 aaaaccctatcttgccttctgatccttacaaaagagccttggatcgcttttgggccaagttcctagatgagaaggtaa 23855460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 96 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 23857418 - 23857268
Alignment:
96 gttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatcctt 195  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
23857418 gtttttgttcacaatgaaaagcctatatcagagtcccttttgattattgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccat 23857319  T
196 atcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||    
23857318 accaaagagccttggctcgattttggtctaacttcatcgacgacaaggtaa 23857268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 102 - 247
Target Start/End: Original strand, 23852941 - 23853086
Alignment:
102 gttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaa 201  Q
    ||||||||||  ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||    
23852941 gttcataatgggaagcctatttcagaatcacgtgtgattcttgagtatattgatgaggcttggaaacaaaaccctatcttgcccaatgatccttatcaaa 23853040  T
202 gagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaat 247  Q
    |||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
23853041 gagccttggaccgtttttggtctaagttcattgatgacaaggtaat 23853086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 134 - 246
Target Start/End: Original strand, 23842930 - 23843042
Alignment:
134 tgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcatt 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||    
23842930 tgtgattcttgagtacattgatgagacttggaaacgaaaacctatcttgccgaatgattcttatcaaagagccctggctcgtttctggaccaagttcatt 23843029  T
234 gatgacaaggtaa 246  Q
    |||||||| ||||    
23843030 gatgacaatgtaa 23843042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 23844198 - 23844034
Alignment:
82 ataagaaagttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatctt 181  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||| ||    
23844198 ataagaaggttccagtttttgttcacaatgagaaacctatatcagaatcccttgtgattcttgagtacattgatgaggtttggaagcaaaaccctatttt 23844099  T
182 gccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||    
23844098 gccttctgatccacaccaaagagccttggctcgattttggtcaaaattcatcgatgacaaggtaa 23844034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 82 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 23840750 - 23840586
Alignment:
82 ataagaaagttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatctt 181  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| || || ||    
23840750 ataagaaggttccagtttttgttcacaatgataagcccatttcagaatctcttgtgattcttgagtacattgatgaggtttggaagcaaaaccccatttt 23840651  T
182 gccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    |||  |||||||  | ||||||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||    
23840650 gccaactgatccacaccaaagagccttggctcgattttggtcgaaattcatcgatgacaaggtaa 23840586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 246
Target Start/End: Original strand, 23849058 - 23849214
Alignment:
90 gttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatcttgccttctg 189  Q
    ||||||||| | ||||||||||  || ||||| ||||| || | ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
23849058 gttcctgttcttgttcataatgggaatcccatatcagaatctcgtgtgattattgagtatattgacgaggcttggaaacagaaccctatcttgccttctg 23849157  T
190 atccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||| || ||||| || ||||||||||| |||||||    
23849158 atccttacaaaagagctttggatcggttttggtcaaagttcattgatgaaaaggtaa 23849214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 82 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 23864995 - 23864831
Alignment:
82 ataagaaagttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatctt 181  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||    
23864995 ataagaaggttccagtttttgttcacaatgagaagcctatatcagaatctcttgtgattcttcagtatattgatgaggtttggaaacaaaatcccatttt 23864896  T
182 gccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
     || || ||||| || |||| | | |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||    
23864895 accgtccgatccataccaaaaatcattggctcgattttggtccaagttcatcgatgacaaggtaa 23864831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 82 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 23861401 - 23861237
Alignment:
82 ataagaaagttcctgttttagttcataatgacaagcccatctcagagtcacttgtgattcttgagtatattgatgagacttggaaacaaaatcctatctt 181  Q
    |||||||| |||| ||| | ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| || ||    
23861401 ataagaaaattccagttcttgttcacaatgagaagccgatatcagaatcccttgtgattcttgagtacattgatgaggtttggaaacaaaatcccatttt 23861302  T
182 gccttctgatccttatcaaagagccttggctcgtttctggtccaatttcattgatgacaaggtaa 246  Q
    | | |||||||| || |||| | | |||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||    
23861301 gtcgtctgatccataccaaaaatcattggctcgattttggtcgaaattcatcgatgacaaggtaa 23861237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University