View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6360_low_1 (Length: 1113)

Name: NF6360_low_1
Description: NF6360
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6360_low_1
NF6360_low_1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (12-1096)||(39789597-39790691)
chr7 (12-448)||(39411722-39412158)
chr7 (536-819)||(39411372-39411631)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1096
Target Start/End: Original strand, 39789597 - 39790691
Alignment:
Q  12 atcatcatcaaccaatcagaaaacatgttgctaagaagctcttcaacaccagttcttggttctctcctatcttcttccggttccttcacagatagtccta 111  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||         ||||||||||| | ||     
T  39789597 atcatcattaaccaatcagaaaacatgttgctaagaagctcttcaacacctgttcttggtaatctcatatcttc---------cttcacagataatact- 39789686  T
Q  112 ttcatcatcatactcatagtcttcaccctgaatcatatcaagcacttaagcatctaccaccaaccgcttcttcactccaacatcatcatca------caa 205  Q
      | |  ||||| ||| |||||||||| |||| | | ||| ||||| || | |||||||||| |  |  ||||| | ||||||||||||||      |||    
T  39789687 --cctactcatattcaaagtcttcaccttgaaacttgtcatgcactcaaacctctaccaccaccaaccacttcaatacaacatcatcatcatcataacaa 39789784  T
Q  206 tcacaaactctcatgcacttcttctccaatctctccttccattgctgatcttgaaagacaaaacaaagggttgattagaagagttcaatctgaagggaac 305  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| || || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||    
T  39789785 tcacagactctcatgcagttcttctccaatttcaccctccatttctgaccttgaaagacaaaacaaagggtt---tagaagagttcaatctgaaggaaac 39789881  T
Q  306 ttggaagacttagcctatgccactagttgtaacaacaat------------------atggactcttcttctaaaaggtattcagtgagacaa---agag 384  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||                  ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||   ||||    
T  39789882 ttggaagacttagcctatgctactactttcaacaacaatgaagagagattaagttatatggactcttcttctaagaggtattcagctagacaacaaagag 39789981  T
Q  385 gcttcgcactagagaccattccatctttctctctttctaagcgaaccggcttgcgtgaagaagaggaagatgtggaagaaagtgatattgaagatgaaga 484  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39789982 gttttgcacttgagaccattccatctttctctctttctaagcgaaccggcttgcgtgaagaagaggaagatgtggaagaaagtgatattgaagatgaaga 39790081  T
Q  485 aagctatgatgagttcagtgtgatgaatagaatgatgcagagtgaagaagtggatagagtttgcagggtgagttttgatgaggagggagagtttggtgat 584  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39790082 aggctatgatgagttcagtgtgatgaatagaatgatgcagagtgaagaagtggatagagtttgcagggtgagttttgatgaggagggagagtttggtgat 39790181  T
Q  585 aatgagatgtatcttgcaaagggacttggtgttgatttctgtggtggtgatggcataggtggtggctgcagaggaggaggtaatggaggtggtgattata 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39790182 aatgagatgtatcttgcaaagggacttggtgttgatttctgtggtggtgatggcataggtggtggctgcagaggaggaggtaatggaggtggtgattata 39790281  T
Q  685 attctatggattctgaaaggaatgatggagataataataatcatggggtggaacaatattacaagaaaatggttcagcaaaatccaggaaatcctttgtt 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39790282 attctatggattctgaaaggaatgatggagataataataatcatggggtggaacaatattacaagaaaatggttcagcaaaatccaggaaatcctttgtt 39790381  T
Q  785 cttgaggaattatgctcaatttttgtatcaggtaacttctatttccttctgtttgaatnnnnnnnttaagttcttacaacacaatcacttataactaagt 884  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39790382 cttgaggaattatgctcaatttttgtatcaggtaacttctatttccttctgtttgaataaaaaaattaagttcttacaacacaatcacttataactaagt 39790481  T
Q  885 gcttatacataagttgttnnnnnnnnnnnnnnaaaatgaatcaaactgttttaataaaagttatcctagagagctaatccnnnnnnnngctgaaaacaac 984  Q
    ||||||||||||||||||              ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||    
T  39790482 gcttatacataagttgtt--tttatatatataaaaataaatcaaactgttttaataaaagttatcctagagagctaatccaaaaaaaagctgaaaacaac 39790579  T
Q  985 ttatagaatgtttctataagtcaacacacaaacttgatttgttagtggatatactatagtactgttggcgatgaatacaaaattgatgttgttttgattt 1084  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39790580 ttatagaatgtttctataagtcaacacacaaacttgatttgttagtggatatactatagtactgttggcgatgaatacaaaattgatgttgttttgattt 39790679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 39412158 - 39411722
Alignment:
Q  12 atcatcatcaaccaatcagaaaacatgttgctaagaagctcttcaacaccagttcttggttctctcctatcttcttccggttccttcacagatagtccta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39412158 atcatcatcaaccaatcagaaaacatgttgctaagaagctcttcaacaccagttcttggttctctcctatcttcttccggttccttcacagatagtccta 39412059  T
Q  112 ttcatcatcatactcatagtcttcaccctgaatcatatcaagcacttaagcatctaccaccaaccgcttcttcactccaacatcatcatcacaatcacaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39412058 ttcatcatcatactcatagtcttcaccctgaatcatatcaagcacttaagcatctaccaccaaccgcttcttcactccaacatcatcatcacaatcacaa 39411959  T
Q  212 actctcatgcacttcttctccaatctctccttccattgctgatcttgaaagacaaaacaaagggttgattagaagagttcaatctgaagggaacttggaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39411958 actctcatgcacttcttctccaatttctccttccatttctgatcttgaaagacaaaacaaagggttgattagaagagttcaatctgaagggaacttggaa 39411859  T
Q  312 gacttagcctatgccactagttgtaacaacaatatggactcttcttctaaaaggtattcagtgagacaaagaggcttcgcactagagaccattccatctt 411  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39411858 gacttagcctatgccactaattgtaacaacaatatggactcttcttctaaaaggtattcagtgagacaaagaggcttcgcactagagaccattccatctt 39411759  T
Q  412 tctctctttctaagcgaaccggcttgcgtgaagaaga 448  Q
    |||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  39411758 tctctctttcaaagcaaacaggcttgcgtgaagaaga 39411722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 536 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 39411631 - 39411372
Alignment:
Q  536 ggatagagtttgcagggtgagttttgatgaggagggagagtttggtgataatgagatgtatcttgcaaagggacttggtgttgatttctgtggtggtgat 635  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  39411631 ggatagagttttcagggtgagttttggtgaggagggaaaggttggtaataaagaaatgtatcttgcaaagggacttggtgttgat--------------- 39411547  T
Q  636 ggcataggtggtggctgcagaggaggaggtaatggaggtggtgattataattctatggattctgaaaggaatgatggagataataataatcatggggtgg 735  Q
    || ||||||||   |||||| |||||    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  39411546 ggtataggtgg---ctgcagtggaggg---aatggaggtggtgattataattccatgggttctggagggaatgatggagatagtaat---catggggtgg 39411456  T
Q  736 aacaatattacaagaaaatggttcagcaaaatccaggaaatcctttgttcttgaggaattatgctcaatttttgtatcaggtaa 819  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  39411455 aagaatattacaagaaaatggttcaacaaaatccaggaaatccattgtttctgaggaattatgctcagtttctgtatcaggtaa 39411372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University