View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6363_low_18 (Length: 284)

Name: NF6363_low_18
Description: NF6363
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6363_low_18
NF6363_low_18
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (16-267)||(36202524-36202775)
chr8 (16-267)||(36207996-36208247)
chr8 (16-267)||(36184812-36185063)
chr8 (11-260)||(36196978-36197221)
chr8 (11-266)||(36213426-36213687)
chr8 (18-267)||(36201139-36201388)
chr8 (11-267)||(36210083-36210339)
chr8 (11-105)||(36214831-36214925)
chr8 (84-260)||(36199124-36199300)
chr8 (16-120)||(36188749-36188853)
chr8 (11-122)||(36183540-36183651)
chr8 (186-267)||(36188650-36188731)
chr8 (188-234)||(36183441-36183487)
chr8 (11-64)||(36199303-36199356)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36202775 - 36202524
Alignment:
Q  16 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36202775 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 36202676  T
Q  116 attttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgc 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36202675 attttgatgataagattgatctagctgaatcatcctgttgcatgtcttacggtaataacaaaagaataagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgc 36202576  T
Q  216 taagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36202575 taagatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtaatgtatgatctccatggt 36202524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36208247 - 36207996
Alignment:
Q  16 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||    
T  36208247 gagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctga 36208148  T
Q  116 attttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgc 215  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36208147 attttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgtgc 36208048  T
Q  216 taagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    |||||| ||| | ||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||    
T  36208047 taagataaagaaactgcaaacagtactagttgtactgtatgatcttcatggt 36207996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36185063 - 36184812
Alignment:
Q  16 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||    
T  36185063 gagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgaccaagaaaccagacattagcaagattcaaacacagattggtattgcaataggtctga 36184964  T
Q  116 attttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgc 215  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  36184963 attttgatgataagatcgatctatctgaaacatcttgttgcgtgtgttatggtaataacaaaagaatgacaactgcagaaagagctcttcttctgtgcgc 36184864  T
Q  216 taagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||| |||||| ||||||    
T  36184863 taagataaaggaactgcaaacagtactagttgtattgtgtgatcttcatggt 36184812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 36197221 - 36196978
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatg 110  Q
    |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||      
T  36197221 gagctgagagagatcaattattccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacactaattggtgatgcaata-- 36197124  T
Q  111 tctgaattttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactg 210  Q
         |||||||||||||||  | || |||||||||| | |||||| |||||| ||||||||  |||||||    ||||||||||||||||| |||  ||    
T  36197123 ----gattttgatgataagacggatccagctgaatcaacttgttgcatgttttttggtaatagaaaaagaatggcaactgcagaaagagctcatcttttg 36197028  T
Q  211 tgtgctaagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatct 260  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  36197027 tgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatct 36196978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 36213687 - 36213426
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacag------caaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgc 104  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||      |||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  36213687 gagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaatgattcaaacacaaattggtgatgc 36213588  T
Q  105 aatatgtctgaattttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctctt 204  Q
    |||| |||| |||||| ||||||||||   | |||| |||||| | |||||| ||| || ||||||||  |||| |   | ||||||||||||||||| |    
T  36213587 aataggtctcaattttaatgataagatgaatgtagccgaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaacagtgacaactgcagaaagagctcat 36213488  T
Q  205 ctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatgg 266  Q
    ||  | |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||    
T  36213487 cttatttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatgg 36213426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36201388 - 36201139
Alignment:
Q  18 gagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctgaat 117  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  36201388 gagagatcaattgttccaaaagactgtcacagcaactgtgaccaagaagccagacattaataagattcaaacacagattggtgatgcaataggtctcaat 36201289  T
Q  118 tttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactgtgtgcta 217  Q
    ||| |||||| ||  |    |||  ||||| | |||||| ||| || ||||||||  |||||||  | ||||||||| ||||||| |||  | |||||||    
T  36201288 tttaatgatatgacggaggcagcaaaatcaacttgttgcatgtgttttggtaatagtaaaagaatgacaactgcagatagagctcatcttatttgtgcta 36201189  T
Q  218 agatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  36201188 agatgaaggagctgcaaacagtcctagttgtactgtatgatcttcatggt 36201139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 11 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36210339 - 36210083
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatg 110  Q
    ||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |    
T  36210339 gagcagagaaagatcattcgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggcaatgcaatagg 36210240  T
Q  111 tctgaattttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaaagaactgcagaaagagctcttctactg 210  Q
    ||| |||||| |||||||||    | |||| | |||| |  |||||  |  || ||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||  ||| ||     
T  36210239 tctcaattttaatgataagacgtatgtagccgtatcaactggttgcacgcgttttggtaatagtaaaagaatgataactgcagaaagagctgatcttctt 36210140  T
Q  211 tgtgctaagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  36210139 tgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 36210083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 36214925 - 36214831
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgca 105  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36214925 gagctgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacagcaactgtgacaaagaagccagacattacaaagattcaaacacaaattggtgatgca 36214831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 84 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 36199300 - 36199124
Alignment:
Q  84 tcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctgaattttgatgataagattgctctagctgaatcatcctgttgcctgttttatggtaataacaaaagaaaa 183  Q
    |||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||| ||  | | ||||||||||  | |||||| ||| || || |||||| ||||||       
T  36199300 tcaaacactaatcggggatgcaataggtctgaattttgatgatacgacagatatagctgaatctacttgttgcatgtgttttgttaataataaaagattg 36199201  T
Q  184 agaactgcagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatct 260  Q
    | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  36199200 acaactacagaaagagctcttcttctgtgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctagttgtagtgtatgatct 36199124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 36188853 - 36188749
Alignment:
Q  16 gagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatgtctga 115  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |||| |    
T  36188853 gagaaagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtaacaaagaagccagacattacaaagattcaaacagaaattggctatgcaataggtctca 36188754  T
Q  116 atttt 120  Q
    |||||    
T  36188753 atttt 36188749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 36183651 - 36183540
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaagaagccagacattacacagattcaaacacaaattggtgatgcaatatg 110  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||| |||||  ||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  36183651 gagctgagagagatcaattgttccaaaagatcgtcttagcaactgtgacatagaagcttgacattacatagattcgaacacaaattggtattgcaatagg 36183552  T
Q  111 tctgaattttga 122  Q
    ||| ||||||||    
T  36183551 tctcaattttga 36183540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 36188731 - 36188650
Alignment:
Q  186 aactgcagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaaacaatcctagttgtaatgtatgatctccatggt 267  Q
    ||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  36188731 aactgcagaaagagctgatcttctttgtgctaagatgaaagagctgcaaacagtcctgattgtaatgtatgatcttcatggt 36188650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 36183487 - 36183441
Alignment:
Q  188 ctgcagaaagagctcttctactgtgtgctaagatgaaggagctgcaa 234  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  36183487 ctgcagaaagagctcttattttgtgtgctaagatgaaggagctgcaa 36183441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 36199356 - 36199303
Alignment:
Q  11 gagcagagagagatcaattgttcgaaaagattgtcacagcaaccgtgacgaaga 64  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  36199356 gagccgagagagatcaattgttccaaaagattgtcacaacaactgtgacaaaga 36199303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University