View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6365_low_1 (Length: 872)

Name: NF6365_low_1
Description: NF6365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6365_low_1
NF6365_low_1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-867)||(37218699-37219542)
chr4 (397-468)||(6411940-6412011)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 728; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 867
Target Start/End: Original strand, 37218699 - 37219542
Alignment:
Q  19 tctcactctcccgctaagttgaatcagacaatttgaagaagcgccaagagcaacattagaccaaagctctaataccaataagagaggaatgtgttacatc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218699 tctcactctcccgctaagttgaatcagacaatttgaagaagcgctaagagcaacattagaccaaagctctaataccaataagagaggaatgtgttacatc 37218798  T
Q  119 ttcacaaaatatcttgaaacatgaaatatatcaaatatcttatatatctaatattgaacacattcatagtcaattatttnnnnnnnntcatagtcaatgt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||    
T  37218799 ttcacaaaatatcttgaaacatgaaatatatcaaatatcttatatatctaatatggaacacattcatagtcaattacttaaaaaaaatcatagtcaatgt 37218898  T
Q  219 aagattaacaactcatacttaaatccaacaattctatttcgaatgatgtaggagcatcatcataatttaattaaaaagtattaaattgtacaatgttctt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37218899 aagattaacaactcatacttaaatccaacaattctatttcgaat-atgcaggagcatcatcataatttaattaaaaagtattaaattgtacaatgttctt 37218997  T
Q  319 taattaaggctatatacagttcactaaggctaggaagaccaaatgaaaatagtacattgattataatatcatattcgacattgtttgtcttatccatatt 418  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37218998 taattaaggctatatatagttcactaaggctaggaagaccaaatgagaatagtacattgattataatatcatactcgacattgtttgtcttatccatatt 37219097  T
Q  419 ttttattggaatgtctcgttgaagtatatttacagagaagctaactcttgcgataattttcttgccaacctaggattagaattgaattaataactcaaat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219098 ttttattggaatgtctcgttgaagtatatttacagagaagctaactcttgggataattttcttgccaacctaggattagaattgaattaataactcaaat 37219197  T
Q  519 agttctttaaaaaacactcatataattatggtatcttaaaggaaatgtaattgatcttgagacttccatataaacttgtttaagaaagaaatgtaactaa 618  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219198 agttcttaaaaaaacactcatataattatggtatcttaaaggaaatgtaattgatcttgagacttccatataaacttgtttaagaaagaaatgtaactaa 37219297  T
Q  619 caactataaaaatttctcaaacaaaaactataaagattatgccaattttaactgtatatgtaaacacttgaattagaagagtaaggatgttttgtcgcat 718  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219298 caactatataaatttctcaaacaaaaactat-aagattatgccaattttaactgtatatgtaaacacttgaattagaagagtaaggatgttttgtcgcat 37219396  T
Q  719 atgtcatgtgagagtaaggcattaaagttttttgattagatataaaacgaccatactttctnnnnnnnnnnnncaaagaaaagaccaactgcatcatgtc 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  37219397 atgtcatgtgagagtaaggcattaaagttttttgattagatataaaacgaccatactttct---aaaaaaaaacaaagaaaagaccaactgcatcatgtc 37219493  T
Q  819 tctgtttcctaacagtagtgtggataagaatggtagggtctctgctcct 867  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37219494 tctgtttcctaacagtagtgtggataagaatggtagggtctctgctcct 37219542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 397 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 6412011 - 6411940
Alignment:
Q  397 cattgtttgtcttatccatattttttattggaatgtctcgttgaagtatatttacagagaagctaactcttg 468  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||    
T  6412011 cattctttatcttatccatctttttaattgaaatgtctcgttaaagtatatttacaaggaagttaactcttg 6411940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University