View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6365_low_2 (Length: 833)

Name: NF6365_low_2
Description: NF6365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6365_low_2
NF6365_low_2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (225-831)||(51425597-51426206)
chr1 (18-156)||(51426275-51426413)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 520; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 520; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 225 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 51426206 - 51425597
Alignment:
Q  225 caaattggagaatagaggtgtataaaatgatgattagaggtggtccatagtggtgattgaattggtgattcgaaatgttgattgaccggtggtggtcaaa 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51426206 caaattggagaatagaggtgtataaaatgatgattagaggtggtccatagtggttattgaattggtgattcgaaatgttgattgaccggtggtggtcaaa 51426107  T
Q  325 gtgttagtcgaatgtggcttgaataatgattagagtagtggctaaccaccatttatgataatttgttagtgttaaatcaaaaatagtaaaaacctannnn 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||        
T  51426106 gtgttagtcgaatgtggcttgaataatgattagagtagtggctaaccaccatttatgataacttgttagtgttaaatcaaaaatagtaaaa-cctatttt 51426008  T
Q  425 nnnnnagtggaaaattgtattaaaattaagtaaataatcaattgaatctcattttaatcagacatgttttggtgttgaaatggagtttaaaaaccaaatg 524  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51426007 tttt-agtggaaaattgtattaaaattaagtaaataatcatttgaatctcattttaatcagacatgttttggtgttgaaatggagtttaaaaaccaaatg 51425909  T
Q  525 ctaaaaatcttcgaccacccggaacagttcatatgaaaaccccatattttttggatgaagtttacaatattttgagttggcttgttgatacacaattgat 624  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51425908 ctaaaaatcttcgaccacccggaacagttcatatgaaaaccccatattttttggatgaagtttacaatattttgagttggcttgttgatacacaattgat 51425809  T
Q  625 tgtgctaaattgctagcactaagcagctcatctaagctaacacgtgagctacaagcctaatcttgacttggcttctaaatatggtttacatggtaaagga 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51425808 tgtgctaaattgctagcactaagcagctcatctaagctaactcgtgagctacaagcctaatcttgagttggcttctaaatatggtttacatggtaaagga 51425709  T
Q  725 attgagacatt-----caatcaatgcttttctacatccttatggttctttcttttttcaaaagaaaaaagacctgttcttcttatgtctcctactttgtg 819  Q
    |||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51425708 attgagacattcaattcaatcaatgcttttctacatccttatggttctttcttttttcaaaagaaaaaggacctgttcttcttatgtctcctactttgtg 51425609  T
Q  820 atgatgtccatc 831  Q
    || |||| ||||    
T  51425608 ataatgttcatc 51425597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 51426413 - 51426275
Alignment:
Q  18 acggtgatggttcttagtgattgatgataatcaaagtggtggctggcaatggttgacaatagtcagagtgctgactgatggtggtaatagtggtagtcaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51426413 acggtgatggttcttagtgatcgatgataatcaaagtggtggctggcaatggttgacaatagtcagagtgctgactgatggtggtaatagtggtagtcaa 51426314  T
Q  118 aggtggatgaagtggtgatcaaggatggttagatcgtta 156  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51426313 aggttgatgaagtggtgatcaagaatggttagatcgtta 51426275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University