View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6365_low_34 (Length: 281)

Name: NF6365_low_34
Description: NF6365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6365_low_34
NF6365_low_34
[»] chr7 (29 HSPs)
chr7 (19-247)||(31858119-31858352)
chr7 (19-247)||(33974510-33974744)
chr7 (19-247)||(12252088-12252322)
chr7 (19-246)||(9215490-9215722)
chr7 (19-208)||(48049057-48049252)
chr7 (67-246)||(5514797-5514975)
chr7 (19-247)||(46689882-46690113)
chr7 (19-247)||(17904182-17904413)
chr7 (19-247)||(26770198-26770429)
chr7 (67-247)||(33915735-33915913)
chr7 (19-247)||(46467362-46467593)
chr7 (19-247)||(29427191-29427422)
chr7 (71-247)||(4405128-4405301)
chr7 (29-247)||(41921892-41922112)
chr7 (89-246)||(7839077-7839234)
chr7 (71-247)||(9876282-9876455)
chr7 (19-247)||(29890853-29891084)
chr7 (19-247)||(6387719-6387950)
chr7 (67-141)||(22753149-22753223)
chr7 (186-247)||(49011055-49011116)
chr7 (19-247)||(37179358-37179589)
chr7 (19-143)||(31502679-31502811)
chr7 (148-247)||(33379127-33379225)
chr7 (196-247)||(9332380-9332431)
chr7 (20-125)||(9332458-9332570)
chr7 (196-244)||(19523902-19523950)
chr7 (196-247)||(31503144-31503195)
chr7 (196-246)||(6389752-6389802)
chr7 (186-240)||(30919814-30919868)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (19-247)||(32183508-32183740)
chr8 (103-231)||(3203365-3203492)
chr8 (19-247)||(28378966-28379197)
chr8 (19-247)||(33837756-33837987)
chr8 (19-247)||(2508823-2509054)
chr8 (19-243)||(38495499-38495726)
chr8 (19-247)||(45334303-45334534)
chr8 (19-247)||(25106230-25106461)
chr8 (19-247)||(9740004-9740236)
chr8 (80-143)||(27793136-27793199)
chr8 (19-130)||(2626265-2626382)
chr8 (19-116)||(13469535-13469637)
chr8 (147-247)||(25978918-25979017)
chr8 (189-247)||(13469705-13469763)
chr8 (190-247)||(5615737-5615794)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (19-247)||(21727688-21727922)
chr2 (19-247)||(15233774-15234005)
chr2 (71-247)||(43040934-43041107)
chr2 (19-141)||(41643016-41643144)
chr2 (80-247)||(31296102-31296266)
chr2 (19-247)||(35792934-35793164)
chr2 (19-141)||(41252537-41252666)
chr2 (68-141)||(31903462-31903535)
chr2 (196-247)||(44104763-44104814)
chr2 (19-116)||(44104573-44104677)
chr2 (189-246)||(31903579-31903636)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (13-247)||(33108919-33109159)
chr4 (19-247)||(26025555-26025780)
chr4 (19-246)||(8955803-8956033)
chr4 (19-141)||(36971170-36971298)
chr4 (98-247)||(34545402-34545550)
chr4 (24-247)||(34334351-34334580)
chr4 (19-141)||(50774085-50774213)
chr4 (33-141)||(18835829-18835943)
chr4 (19-247)||(45590761-45590992)
chr4 (19-125)||(39482000-39482112)
chr4 (19-132)||(33288431-33288551)
chr4 (186-242)||(51831016-51831072)
chr4 (196-247)||(30469375-30469426)
chr4 (196-247)||(49162121-49162172)
chr4 (19-65)||(30469240-30469286)
chr4 (189-247)||(39481922-39481980)
chr4 (197-246)||(36968358-36968407)
chr4 (192-225)||(54096795-54096828)
chr4 (193-225)||(54092919-54092951)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (67-243)||(26842462-26842636)
chr1 (67-232)||(49112355-49112520)
chr1 (19-247)||(47669138-47669369)
chr1 (91-247)||(33846758-33846917)
chr1 (91-247)||(33947061-33947220)
chr1 (70-246)||(7414227-7414400)
chr1 (19-247)||(18126870-18127100)
chr1 (19-247)||(9831522-9831753)
chr1 (19-247)||(10737728-10737959)
chr1 (19-247)||(46220278-46220509)
chr1 (29-245)||(48564838-48565057)
chr1 (19-141)||(39241274-39241402)
chr1 (19-124)||(1236097-1236208)
chr1 (19-247)||(3384622-3384851)
chr1 (19-247)||(4817288-4817519)
chr1 (19-116)||(4055631-4055734)
chr1 (19-114)||(37875754-37875854)
chr1 (196-247)||(4055503-4055554)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (67-247)||(49040925-49041103)
chr3 (19-247)||(29371565-29371796)
chr3 (19-247)||(36737861-36738092)
chr3 (19-247)||(41349398-41349629)
chr3 (19-247)||(18996986-18997217)
chr3 (19-247)||(18999525-18999756)
chr3 (19-247)||(21974168-21974399)
chr3 (19-247)||(21996599-21996830)
chr3 (19-247)||(32677504-32677735)
chr3 (19-247)||(22157277-22157508)
chr3 (19-247)||(39528768-39528999)
chr3 (19-247)||(39807006-39807237)
chr3 (19-246)||(39518427-39518657)
chr3 (19-247)||(1352023-1352254)
chr3 (71-247)||(38855336-38855509)
chr3 (19-246)||(29014717-29014947)
chr3 (20-141)||(32840070-32840198)
chr3 (196-247)||(55365927-55365978)
chr3 (196-247)||(28228455-28228506)
chr3 (196-247)||(32839968-32840019)
chr3 (190-247)||(22822105-22822162)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (67-245)||(22528023-22528201)
chr5 (19-247)||(29874973-29875204)
chr5 (75-247)||(12096291-12096462)
chr5 (19-247)||(12398973-12399204)
chr5 (19-141)||(22645936-22646064)
chr5 (26-247)||(4695196-4695420)
chr5 (19-247)||(34208557-34208788)
chr5 (19-247)||(23090317-23090548)
chr5 (20-154)||(594124-594264)
chr5 (19-247)||(3077616-3077847)
chr5 (27-247)||(4145713-4145936)
chr5 (19-247)||(19574704-19574936)
chr5 (19-135)||(42757832-42757952)
chr5 (199-247)||(4434799-4434847)
[»] scaffold0103 (1 HSPs)
scaffold0103 (19-243)||(44643-44868)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (19-247)||(18741966-18742196)
chr6 (19-247)||(27312141-27312374)
chr6 (19-141)||(29452569-29452697)
chr6 (33-141)||(31171031-31171145)
chr6 (19-247)||(32274453-32274684)
chr6 (19-172)||(2543175-2543331)
chr6 (78-247)||(8504794-8504960)
chr6 (19-130)||(7156264-7156381)
chr6 (196-246)||(5003902-5003952)
chr6 (109-177)||(34045450-34045518)
[»] scaffold0172 (1 HSPs)
scaffold0172 (92-172)||(18734-18814)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 29)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 31858119 - 31858352
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31858119 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatttgtatgtttttgattaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 31858218  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  31858219 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatgatgtgtttttcaacgagggtaaatttgggaaaaaaa-attaaatatactaaaacatcaaatat 31858317  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31858318 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 31858352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 33974744 - 33974510
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||      || || |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33974744 gttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattaaagtatagaaatattggtatgtattggactaaaatatccttatttatgattaaactcacatgtg 33974645  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||||   ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||       |||||||||||||||||||| ||||||    
T  33974644 ataagctgaaggtcacaactcctttaatagttttatggtgtgtttttcaacaagggtaaacttgggaaaaaaatattaaatatactaaaacataaaatat 33974545  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  33974544 tttggaatatagttgaagttcgaaaacatcaaaag 33974510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 12252322 - 12252088
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| ||      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  12252322 gttttaacacttggcacaagtcttaaggagtaattaatgtatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttatttatgattaaattcacatgtg 12252223  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||| |||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||        |||||||||| || ||||||||||||    
T  12252222 ataagccaaaagtcataactcctttaatagttttatggtgtgtttttcaactagagtaaacttgggaaaacaagattaaatatattagaacatcaaatat 12252123  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12252122 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 12252088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 246
Target Start/End: Original strand, 9215490 - 9215722
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||      ||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||    
T  9215490 gttttagctcttggtacaaatcttaagaagtaattaaagtacataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttatt-ataattaaattcacatgtg 9215588  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||         ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  9215589 ataaatcaaaggtcacaactcctttaataattttatggtgtctttttcaacaagggtaaatttgaaaaaaaaatattacatatactaaaacattaaatat 9215688  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9215689 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 9215722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 48049252 - 48049057
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||| ||      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48049252 gttttagctcttggcacaagtcttaagtagtaattaaagtatagaaatatttgtatgtttttgactaaaatgtccttatttatgattaaatttacatgtg 48049153  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaa 208  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||  ||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||    
T  48049152 ataagccaaaggtcacaactcctttaatagttttctagtgtgtttttcaacaggggtaaacttgggaaaaaaatattaaatatactaaaacatcaa 48049057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 67 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 5514975 - 5514797
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    |||||||  |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| ||    
T  5514975 atgttttgtactaaaatgttcttatttatgattaaattcacatgtgataaatcaaaggtcacaactcttttaatagttttatagtgtgttttttaacaag 5514876  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    |||||| || |        ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  5514875 ggtaaactt-gaaaataaatattaaatatactaaataatcaaatattttagaatatatttaaagttctaaaacattaaaa 5514797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 46690113 - 46689882
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||      ||||| ||||||||| || ||||     |||||||| |||||||    
T  46690113 gttttagctcttggcacaaatcttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtcattata----attaaattcacatgtg 46690018  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgttttt-caacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaata 211  Q
    ||||| |||| |||||||||  ||||||| |||||| |||||||||| |||  |||||||| |||||       ||||||  ||||||||||||||| ||    
T  46690017 ataagccaaatgtcacaacttctttaatagttttatcgtgtgttttttcaaaaagggtaaacttgggaaaaaaatattaaccatactaaaacatcaagta 46689918  T
Q  212 ttttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46689917 ttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 46689882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 17904413 - 17904182
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17904413 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 17904314  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  17904313 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 17904217  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17904216 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 17904182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 26770429 - 26770198
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  26770429 gttttaattcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 26770330  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  26770329 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 26770233  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  26770232 tttggaatttagttgaagttctaaaacatcaaaag 26770198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 67 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 33915913 - 33915735
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||| || |||||||| | || ||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  33915913 atgttttgaactaaaaaatccttatt-ataattaaattcatatatgataaggcaaaggtcacaacctatttaatagttttatggtgtgtttttcaac-aa 33915816  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||| |||||        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||  |||||| ||||||    
T  33915815 ggtaaacttgggaaaaaaaaattaaatatactaaaacatcaaatattttgaaatatagttaaaattcaaaaacaacaaaag 33915735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 46467362 - 46467593
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  46467362 gttttaactcttgacacaaattttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatgtg 46467461  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||||||| |||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| | |||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  46467462 ataaaccaaaggtcgcaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaaaggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 46467558  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46467559 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 46467593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 29427191 - 29427422
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  29427191 gttttacctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtctttatttatcattaaattcacatgtg 29427290  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||| ||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  29427291 ataaaccaaagatcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 29427387  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29427388 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 29427422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4405301 - 4405128
Alignment:
Q  71 ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggta 170  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||  ||| |||| ||| ||    
T  4405301 tttttactaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactactttaataattt-atggtgt--tttccaacaaggata 4405205  T
Q  171 aatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||| |       || |||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4405204 aaattgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaatgttttagaatatagttgaagttttaaaacatcaaaag 4405128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 29 - 247
Target Start/End: Original strand, 41921892 - 41922112
Alignment:
Q  29 ttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaag 123  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |     |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||    
T  41921892 ttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaag 41921991  T
Q  124 gtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatata 223  Q
    ||  |||||  ||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||||| |||         ||||||||  ||||||||||||||  ||||  ||||||    
T  41921992 gttgcaactactttaatagttt-at--tgtgtttttcaacaagggtaaacttgataaaacaatattaaattcactaaaacatcaaaagttttggaatata 41922088  T
Q  224 gttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||| ||||||||||||||    
T  41922089 gttgaagttctaaaacatcaaaag 41922112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 89 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 7839234 - 7839077
Alignment:
Q  89 tatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntat 188  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| || ||       |||    
T  7839234 tatttatgattaaattcacatgtaataaaccaaatgtcacaactcctttaataattttatggtgtgtttttcaatgaaggtaaacttaggaaaaaagtat 7839135  T
Q  189 taaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    | |||||||||||| || ||||| |||  |||||| || |||||  ||||||||||||    
T  7839134 tcaatatactaaaatataaaataatttggaatataattaaagttcaaaaacatcaaaa 7839077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 71 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9876455 - 9876282
Alignment:
Q  71 ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggta 170  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||| |||| ||||||    
T  9876455 tttttactaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttatg--gtgttttccaacaagggta 9876359  T
Q  171 aatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||| |       || |||||  ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9876358 aaattgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttttaaaacatcaaaag 9876282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 29890853 - 29891084
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29890853 gttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 29890952  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| || | ||| |||| ||| |       |  |||||  |||||||||||||| ||    
T  29890953 ataaaccaaaagtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccatcaaggataaacttgagaaaacaatcataaattcactaaaacatcaaaaat 29891049  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29891050 tttggaatatagttgaagttttaaaacatcaaaag 29891084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 6387719 - 6387950
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      | ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  6387719 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 6387818  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| |||         ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  6387819 ataaaccaaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgataaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 6387915  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  6387916 tttggaatatagttgcagttctaaaacatcaaaag 6387950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 67 - 141
Target Start/End: Original strand, 22753149 - 22753223
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  22753149 atgttttggactaaaatgtctttatttatcattaaattcacatgtgataagtcaaaggtcacaacttttttaata 22753223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 186 - 247
Target Start/End: Original strand, 49011055 - 49011116
Alignment:
Q  186 tattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  49011055 tattaaatatactaaaacatcaaatgttttgaaatatagttgaagtcctaaaacatcaaaag 49011116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 37179358 - 37179589
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgt 111  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| |||| |       |||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  37179358 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaatgaaagtatatagacatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttgtttatcattaaattcacatgt 37179457  T
Q  112 gataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaata 211  Q
    |||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||  |       || |||||  ||||||||||||||      
T  37179458 gataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaactt-agaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaag 37179553  T
Q  212 ttttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37179554 ttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 37179589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 143
Target Start/End: Original strand, 31502679 - 31502811
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt--------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatg 110  Q
    |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |        |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  31502679 gttttagctcttgatgcaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatg 31502778  T
Q  111 tgataagtcaaaggtcacaactcatttaatact 143  Q
    ||||||| |||| |||||||||  |||||||||    
T  31502779 tgataagccaaaagtcacaactactttaatact 31502811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 148 - 247
Target Start/End: Original strand, 33379127 - 33379225
Alignment:
Q  148 tggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||        ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  33379127 tggtgtgtttttcaacaagggtaaaattgg-ataaaaatattaaaaatcctaaaacatcaaatattttgaaatcaagttgaagttctaaaacatcaaaag 33379225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9332431 - 9332380
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9332431 actaaaacatcaaaagttttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 9332380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 9332570 - 9332458
Alignment:
Q  20 ttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |       |||| |||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||    
T  9332570 ttttagctcttaacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttttactaaaatgtccttatttagtattaaattcacatgtg 9332471  T
Q  113 ataagtcaaaggt 125  Q
    |||| ||||||||    
T  9332470 ataaatcaaaggt 9332458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 244
Target Start/End: Original strand, 19523902 - 19523950
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaa 244  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  19523902 actaaaacatcaaaaattttggaatatagttgaagttctaaaacatcaa 19523950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Original strand, 31503144 - 31503195
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31503144 actaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 31503195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 196 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 6389802 - 6389752
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6389802 actaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 6389752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 30919868 - 30919814
Alignment:
Q  186 tattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaaca 240  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||  |||||||    
T  30919868 tattgaatatactaaaacatcaaatattttagaataaaattgaagtcctaaaaca 30919814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 32183508 - 32183740
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  32183508 gttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattaaagcatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttatttatgattaaattcacatgtg 32183607  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||| |||||||| |||||| || |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  32183608 ataagccaaaggtcgcaactcctt-aatagttt-atggtgtgttttccaacaagggtaaacttgggaaaaaaatattaaatatactaaaacatcaaatat 32183705  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32183706 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 32183740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 103 - 231
Target Start/End: Original strand, 3203365 - 3203492
Alignment:
Q  103 tttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaa 202  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |||| ||| |       |||||||||||||||||    
T  3203365 tttatatgtgataagccaaatgtcacgactcatttaatagttttatggtgtgtttttcaacaaagataaacttgagaaaaaa-tattaaatatactaaaa 3203463  T
Q  203 catcaaatattttaaaatatagttgaagt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3203464 catcaaatattttaaaatatagttgaagt 3203492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28379197 - 28378966
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| |||||||||||  ||||||| ||||| |    
T  28379197 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtgattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatccttaaattcacatgcg 28379098  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  28379097 ataaatcaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 28379001  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28379000 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 28378966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 33837756 - 33837987
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  33837756 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 33837855  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  33837856 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 33837952  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33837953 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 33837987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 2508823 - 2509054
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  2508823 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 2508922  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||   |  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  2508923 ataaaccaaaggtcacaactactttaatagtt---tactgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 2509019  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2509020 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 2509054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Original strand, 38495499 - 38495726
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||  ||||||||||      |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38495499 gttttagctcttgacataagttttaaggagtaattaaaatatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 38495598  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||| ||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  || ||||||||||| ||    
T  38495599 ataaaccaaatgtcataactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcaccaaaacatcaaaaat 38495695  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatca 243  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38495696 tttagaatatagttgaagttctaaaacatca 38495726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 45334303 - 45334534
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  45334303 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 45334402  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| |||         ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  45334403 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgaaaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 45334499  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  45334500 tttggaatatagttaaagttctaaaacatcaaaag 45334534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 25106461 - 25106230
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| | | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  25106461 gttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttatttaaatttccttatttatcattaaattcacatgtg 25106362  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| || | |||||||| |||         |  |||||  |||||||||||||| ||    
T  25106361 ataaaccaaaagtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccatcaagggtaaacttgaaaaaacaatcataaattcactaaaacatcaaaaat 25106265  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25106264 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 25106230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9740236 - 9740004
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca-------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgt 111  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||       | ||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  9740236 gttttaactcttgacacaagttttagggagtaattaaagtatataaacatttgtgtttttttttacttaaatgtcattatttatcattaaattcacatgt 9740137  T
Q  112 gataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaata 211  Q
    |||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  ||||||||||||| ||| |||| ||| |       || |||||  | ||||||||||||      
T  9740136 gataaaccaaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgtttttcaacaaggataaacttgagaaagcaataataaattcagtaaaacatcaaaag 9740040  T
Q  212 ttttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  9740039 ttttgaaatatacatgaagttctaaaacatcaaaag 9740004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 80 - 143
Target Start/End: Original strand, 27793136 - 27793199
Alignment:
Q  80 aaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatact 143  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||    
T  27793136 aaatatccttatttatcattaaatttacatgtgataaaccaaatgtcacaactaatttaatact 27793199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 130
Target Start/End: Original strand, 2626265 - 2626382
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttgactaaaatatccttatttatgattaaattt-acatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |     |||| | | |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2626265 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttatttaaatgtccttatttatcattaaatttcacatgtg 2626364  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaa 130  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  2626365 ataaaccaaaggtcacaa 2626382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Original strand, 13469535 - 13469637
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtga 113  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |     ||||  || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  13469535 gttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttccttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtga 13469634  T
Q  114 taa 116  Q
    |||    
T  13469635 taa 13469637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 147 - 247
Target Start/End: Original strand, 25978918 - 25979017
Alignment:
Q  147 atggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||        ||||||| || | |||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  25978918 atggtgtgtttttcaacaagggtaaaattgg-ataaagatattaaaaatccaaaaacatcaaatgttttgaaataaagttgaagtcctaaaacatcaaaa 25979016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 247
Target Start/End: Original strand, 13469705 - 13469763
Alignment:
Q  189 taaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||| |||||||| ||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13469705 taaatttactaaaatatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 13469763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 5615794 - 5615737
Alignment:
Q  190 aaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  5615794 aaatatactaaaatatcagatattttgaaatatagttgaaatcctaaaatatcaaaag 5615737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21727922 - 21727688
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||      ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  21727922 gttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtg 21727823  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||| |||| | |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||       |||||  ||||| ||||||||||||||    
T  21727822 ataaggcaaatgccacaactcctttaatagttttattgtgtttttttcaacaagggtaaatttggggaaaaaatattagttataccaaaacatcaaatat 21727723  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21727722 tttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 21727688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15234005 - 15233774
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  15234005 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtatattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 15233906  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  15233905 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 15233809  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15233808 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 15233774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 71 - 247
Target Start/End: Original strand, 43040934 - 43041107
Alignment:
Q  71 ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggta 170  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||| |||| ||||||    
T  43040934 tttttactaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttatg--gtgttttccaacaagggta 43041030  T
Q  171 aatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||| |       || |||||  ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43041031 aaattgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttttaaaacatcaaaag 43041107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 41643144 - 41643016
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||| ||||| |||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||      |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  41643144 gttttaattcttggcacacattttaaagagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttactaaaatgtccttatttatcattaaattaacatgtg 41643045  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  41643044 ataaatcaaaggtcacaactactttaata 41643016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 80 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 31296266 - 31296102
Alignment:
Q  80 aaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggn 179  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||  ||||||||  ||||||| ||| ||  ||||||||||||| | |||||||||| |     
T  31296266 aaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaatatcacaactactttaatagttt-at--tgtgtttttcaacaaaggtaaatttgaga 31296170  T
Q  180 nnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
          || |||||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31296169 aaacaataataaattcactaaaacatcaaaagttttagaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 31296102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 35792934 - 35793164
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| |    
T  35792934 gttttaactcttgacataagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtcctgatttatcattaaattcacatgcg 35793033  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| || |        || |||||   |||||||||||||  |    
T  35793034 ataaaccaaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaactt-gaaaaacaataataaattctctaaaacatcaaaagt 35793129  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35793130 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 35793164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 41252666 - 41252537
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat-------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgt 111  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||        ||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  41252666 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgt 41252567  T
Q  112 gataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||||  |||| |||||||||  |||||||    
T  41252566 gataaaacaaatgtcacaactactttaata 41252537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 68 - 141
Target Start/End: Original strand, 31903462 - 31903535
Alignment:
Q  68 tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  31903462 tgtttttgaccaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataatccaaaggtcacaactactttaata 31903535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Original strand, 44104763 - 44104814
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44104763 actaaaacatcaaaagttttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 44104814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Original strand, 44104573 - 44104677
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat-------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgt 111  Q
    ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||||        ||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  44104573 gttttaacttttgacataagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgtctttatttatcattaaattcacatgt 44104672  T
Q  112 gataa 116  Q
    |||||    
T  44104673 gataa 44104677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 189 - 246
Target Start/End: Original strand, 31903579 - 31903636
Alignment:
Q  189 taaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||  |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  31903579 taaatttactaaaacatcaaaaaatttggaatatatttgaagttctaaaacatcaaaa 31903636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 247
Target Start/End: Original strand, 33108919 - 33109159
Alignment:
Q  13 tcatcagttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttga-ctaaaatatccttatttatgattaaattta 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||  ||||||| || |     |||||| |||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  33108919 tcatctgttttaactcttgacacaagtcttaagaaataattaaattatataaatatttctatgttttgagctaaaaaattcttatttataattaaattta 33109018  T
Q  107 catgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatc 206  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||  |       |||||||||||||||||||||    
T  33109019 catgtaataagacaaaggtcacaactcatttaatagttttatggtgtgttttttaacaaggataaacttaagaaaaaaatattaaatatactaaaacatc 33109118  T
Q  207 aaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  33109119 aattattttaaaatatagttgaagtcctaaaacattaaaag 33109159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 26025555 - 26025780
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| ||      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  26025555 gttttagctcttggcacaagtcttagggagtaattaaagtatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttatttatgattaaattcacatgtg 26025654  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||| |||||||||||||        || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||       |||||||||||||||||  ||||||||    
T  26025655 ataagccaaaggtcacaac--------tagttttatggtgtgtttttcaacaagggtaaacttggg-aaaaaatattaaatatactaaaatgtcaaatat 26025745  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  26025746 tttggaatatagttgaagtcctaaaacatcaaaag 26025780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 19 - 246
Target Start/End: Original strand, 8955803 - 8956033
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  8955803 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 8955902  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||  |||||||| |||         ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  8955903 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-atttat--tgtgttttccaataagggtaaacttgataaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 8955999  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8956000 tttgtaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 8956033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 36971298 - 36971170
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  36971298 gttttagcttttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 36971199  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  36971198 ataaaccaaaggtcacaactattttaata 36971170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 98 - 247
Target Start/End: Original strand, 34545402 - 34545550
Alignment:
Q  98 ttaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatac 197  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||| ||||||  | ||||||||||||||||||| |||  ||||||||        || ||||||| |    
T  34545402 ttaaattcacatgtgataagtcaaaaatcaccgctcttttaatcatcttatggtgtgtttttcaacaagga-aaatttggataaaaaataataaatatcc 34545500  T
Q  198 taaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  34545501 taaaacatcaaatattttaaaataaagttaaaattttaaaacatcaaaag 34545550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 34334580 - 34334351
Alignment:
Q  24 aactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataa---acat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgat 114  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||   ||||      |||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  34334580 aactcttaacacaagtcttaaggagtaattaaagtatataataaacatttgtatgttttttacttaaatgtctttatttatcattaaattcacatgtgat 34334481  T
Q  115 aagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattt 214  Q
    ||  ||||| ||||||||  |||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||| ||| |       || |||||  |||||| |||||||  |||    
T  34334480 aaaccaaagatcacaactactttaata-gtttat--tgtgtttttcaacaagggtaaacttgagaagacaataataaattcactaaagcatcaaaagttt 34334384  T
Q  215 taaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34334383 tggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 34334351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 50774085 - 50774213
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||      |||||| ||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50774085 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaataatcttatttatcattaaatttacatgtg 50774184  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    ||||  |||| ||||| ||| ||||||||    
T  50774185 ataaaccaaaagtcacgactaatttaata 50774213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 18835943 - 18835829
Alignment:
Q  33 cacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtc 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||      |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  18835943 cacaaattttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgtttttaactaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaatcaaatgtc 18835844  T
Q  127 acaactcatttaata 141  Q
    ||||||  |||||||    
T  18835843 acaactactttaata 18835829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 45590992 - 45590761
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||||| || |  |||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| | |||||    
T  45590992 gttttagctcttgacataagttgtaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcatatgtg 45590893  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| |||| | |||||| |||         || | |||  ||||||||||||||  |    
T  45590892 ataaaccaaaggtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccaacaaaggtaaacttgataaaacaataatgaattcactaaaacatcaaaagt 45590796  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45590795 tttagaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 45590761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 39482112 - 39482000
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||    
T  39482112 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttgactaaaatgtccttatttagtattaaattcacatgtg 39482013  T
Q  113 ataagtcaaaggt 125  Q
    ||||  |||||||    
T  39482012 ataaaccaaaggt 39482000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 132
Target Start/End: Original strand, 33288431 - 33288551
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgt 111  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |       |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  33288431 gttttagctattgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtatttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgt 33288530  T
Q  112 gataagtcaaaggtcacaact 132  Q
    |||||  |||| |||||||||    
T  33288531 gataaaccaaatgtcacaact 33288551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 186 - 242
Target Start/End: Original strand, 51831016 - 51831072
Alignment:
Q  186 tattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatc 242  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||    
T  51831016 tattaaatattttaaaacatcaaatattttgaaataaagttgaagtcttaaaacatc 51831072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Original strand, 30469375 - 30469426
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30469375 actaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 30469426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 49162172 - 49162121
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  49162172 actaaaacatcaaaaattttggaatatagttgaagttctgaaacatcaaaag 49162121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 65
Target Start/End: Original strand, 30469240 - 30469286
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaa 65  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||    
T  30469240 gttttaactcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaa 30469286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 189 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 39481980 - 39481922
Alignment:
Q  189 taaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||||  || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  39481980 taaatttactaaaacatcaaaagttttggaaaatagttgaagttctaaaacatcaaaag 39481922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 36968407 - 36968358
Alignment:
Q  197 ctaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    |||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36968407 ctaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 36968358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 225
Target Start/End: Original strand, 54096795 - 54096828
Alignment:
Q  192 atatactaaaacatcaaatattttaaaatatagt 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  54096795 atatactaaaacatcaaatattttgaaatatagt 54096828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 225
Target Start/End: Original strand, 54092919 - 54092951
Alignment:
Q  193 tatactaaaacatcaaatattttaaaatatagt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  54092919 tatactaaaacatcaaatattttgaaatatagt 54092951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 67 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26842636 - 26842462
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |  || |||| ||||| | ||||||||||||| ||    
T  26842636 atgttttagactaaaatatccttatttatgattaaattcacatgtgataagtcaaatgtcacaatttcttgaatagttttacgatgtgtttttcaacaag 26842537  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatca 243  Q
    | |||| ||  |       |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  26842536 gataaactt--gaaaaaaatattaaatatactaaaacatcaaatattttgaaatatagttgaagttctaaaacatca 26842462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 67 - 232
Target Start/End: Original strand, 49112355 - 49112520
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||| ||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  49112355 atgttttggactaaaatatccttatttatgattaaattcacatgtggtaagctaaaggtcataacacttttaatagttttaaggtgtgtttttcaacaag 49112454  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagtt 232  Q
    ||||||||| |        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49112455 ggtaaatttagaaaaacaatgttaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttaaagtt 49112520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 47669369 - 47669138
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  47669369 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 47669270  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  |||||||||||||| ||    
T  47669269 ataaaccaaaggtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaaat 47669173  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47669172 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 47669138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 247
Target Start/End: Original strand, 33846758 - 33846917
Alignment:
Q  91 tttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatg--gtgtgtttttcaacgagggtaaatttg-ggnnnnnnnta 187  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||| ||| ||        |    
T  33846758 tttataattaaattcacatgtaataagtcaaatgtcacaacttatttaatagttttatggtgtgtgttttttaacaagggtaaacttgaggaaaaaaaaa 33846857  T
Q  188 ttaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||    
T  33846858 ttaaatatactgaaacatcaaatattttaaaatacacttgaagtcttaaaacatcaaaag 33846917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 33947220 - 33947061
Alignment:
Q  91 tttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgt--ttttcaacgagggtaaatttg-ggnnnnnnnta 187  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| ||| |||||||| ||| ||        |    
T  33947220 tttataattaaattcacatgtaataagtcaaatgtcacaacttatttaatagttttatggtgtgtgttttttaacaagggtaaacttgaggaaaaaaaaa 33947121  T
Q  188 ttaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||    
T  33947120 ttaaatatactgaaacatcaaatattttaaaatacacttgaagtcttaaaacatcaaaag 33947061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 70 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 7414400 - 7414227
Alignment:
Q  70 tttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggt 169  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||  |||| |||||||||  ||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||    
T  7414400 ttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatatgataaaccaaatgtcacaactactttaatagttt-at--tgtgtttttcaacaagggt 7414304  T
Q  170 aaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||| ||| |       || |||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7414303 aaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaaaatttaaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 7414227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18127100 - 18126870
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      || ||| ||| |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||    
T  18127100 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtgttttacttaaatattcttttttatcattaaattcacatgtg 18127001  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| ||||||||| | |||||| |||   | |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  18127000 ataaaccaaaagtcacaact-acttaatagttt---gttgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 18126905  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18126904 tttagaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 18126870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 9831753 - 9831522
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      | ||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  9831753 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatgtg 9831654  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  9831653 ataaaccaaaggtcacaactattttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaataataacaaattcactaaaacatcaaaagt 9831557  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9831556 tttggaatatagttgaaattctaaaacatcaaaag 9831522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 10737728 - 10737959
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||||||| ||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| | |||||    
T  10737728 gttttagctcttgatacaagttttaaggagcaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcagatgtg 10737827  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  10737828 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 10737924  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  10737925 tttagaatatagttgaagttctaaaacattaaaag 10737959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 46220509 - 46220278
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      | ||||| ||| || | ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  46220509 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaattgtccttatttatcattaaattcacatgtg 46220410  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||   |||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  46220409 ataaactaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 46220313  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46220312 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 46220278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 48565057 - 48564838
Alignment:
Q  29 ttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaa 122  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||    
T  48565057 ttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaa 48564958  T
Q  123 ggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatat 222  Q
     |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| || | |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  ||||  |||||    
T  48564957 agtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccatcaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaatttttggaatat 48564861  T
Q  223 agttgaagttgtaaaacatcaaa 245  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  48564860 agttgaagttttaaaacatcaaa 48564838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 39241402 - 39241274
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||      ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  39241402 gttttagctcttgacataaattttaagaagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttgaccaaaatattcttatttatcattaaattcacatgtg 39241303  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||| ||||| |||||||||  |||||||    
T  39241302 ataaatcaaaagtcacaactactttaata 39241274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 124
Target Start/End: Original strand, 1236097 - 1236208
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  1236097 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 1236196  T
Q  113 ataagtcaaagg 124  Q
    |||| |||||||    
T  1236197 ataaatcaaagg 1236208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 3384622 - 3384851
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |      |||||| ||| |||| |  |||||||| |||||||| |||||||    
T  3384622 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacgtttgtgtgttttttacttaaatgtttttatttatcattaaattcacatgtg 3384721  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  3384722 ataaatcaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 3384818  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||| ||  |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3384819 tttgaa--atagttgaggttctaaaacatcaaaag 3384851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4817519 - 4817288
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      ||| ||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4817519 gttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtgttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 4817420  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||   |||  ||||||||   ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       |  |||||  ||||||||||||||  |    
T  4817419 ataaactaaatatcacaactaccttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaatgataaattcactaaaacatcaaaagt 4817323  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4817322 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 4817288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 4055734 - 4055631
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |      ||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  4055734 gttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttcacttaaatgtctttatttatcattaaattcacatgtg 4055635  T
Q  113 ataa 116  Q
    ||||    
T  4055634 ataa 4055631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 114
Target Start/End: Original strand, 37875754 - 37875854
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtga 113  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||| | ||| ||| || |     ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||    
T  37875754 gttttagctcttggcacaagtcttaaggaataattaatgtatagaaatatttgtatgttttgactaaaatatccttatttatcattaaattcacatttga 37875853  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  37875854 t 37875854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4055554 - 4055503
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4055554 actaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 4055503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 67 - 247
Target Start/End: Original strand, 49040925 - 49041103
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||  |||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  49040925 atgttttagactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatttgataaaccaaaggtcccaactcctttaatagttttatggtttgtttttcaacaag 49041024  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||  ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  49041025 ggtaaacgtggg--aaaaatattaaatatactaaaacatcaaatattttggaacatagttgaagttctaaaacatcaaaag 49041103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 29371565 - 29371796
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29371565 gttttagctcttgacacaaattttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 29371664  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||||||||||| |  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  29371665 ataaaccaaaggtcacaagtactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 29371761  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29371762 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 29371796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 36737861 - 36738092
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  36737861 gttttagctcttgacacaagttttaaggaataattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 36737960  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| ||||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| || ||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  36737961 ataaatcaaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagagtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 36738057  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  36738058 tttaaaatatagttaaagttctaaaacatcaaaag 36738092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 41349398 - 41349629
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  41349398 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 41349497  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  41349498 ataaatcaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 41349594  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41349595 tttagaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 41349629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18997217 - 18996986
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18997217 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 18997118  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  18997117 ataaaccaaaagtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 18997021  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18997020 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 18996986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18999756 - 18999525
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18999756 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 18999657  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  18999656 ataaaccaaaagtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 18999560  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18999559 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 18999525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21974399 - 21974168
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  21974399 gttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatatccttatttagtattaaattcacatgtg 21974300  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| |||| | ||||||  || |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  21974299 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-ttttatg--gtgttttccaacaaaggtaaacctgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 21974203  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  21974202 tttggaatatagttgaaattctaaaacatcaaaag 21974168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 21996830 - 21996599
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||    
T  21996830 gttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatatccttatttagtattaaattcacatgtg 21996731  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| |||| | ||||||  || |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  21996730 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-ttttatg--gtgttttccaacaaaggtaaacctgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 21996634  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  21996633 tttggaatatagttgaaattctaaaacatcaaaag 21996599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 32677504 - 32677735
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  32677504 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 32677603  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  32677604 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 32677700  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||   |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32677701 tttggtatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 32677735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 22157508 - 22157277
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      ||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||    
T  22157508 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatgtccttatttagtattaaattcacatgtg 22157409  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||  ||||||| |||| | ||||||  || |       || |||||  ||||||| ||||||  |    
T  22157408 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-ttttatg--gtgttttccaacaaaggtaaacctgagaaaacaataataaattcactaaaatatcaaaagt 22157312  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22157311 tttagaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 22157277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 39528999 - 39528768
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  39528999 gttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 39528900  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  39528899 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 39528803  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39528802 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 39528768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 39807006 - 39807237
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  39807006 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatgtg 39807105  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| ||||||||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  39807106 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacgagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 39807202  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39807203 tttgtaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 39807237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 39518657 - 39518427
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  39518657 gttttagctcttgacacaagttttaatgagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 39518558  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||| ||||| |||| ||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| ||| |||| ||| |       || |||||  ||||||| ||||||  |    
T  39518557 ataaatcaaatgtcataactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaaggataaacttgagaaaacaataataaattcactaaaatatcaaaagt 39518461  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39518460 tttgaaatatagttgaagttttaaaacatcaaaa 39518427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 1352023 - 1352254
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  1352023 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 1352122  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||   |||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  1352123 ataaactaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 1352219  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1352220 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 1352254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 71 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 38855509 - 38855336
Alignment:
Q  71 ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggta 170  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||  |||||||  ||||||  |||||||||||| ||| ||    
T  38855509 tttttactaaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttatg--gtgtttttcaacaaggata 38855413  T
Q  171 aatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||| |       || |||||  ||||||||||||||  ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  38855412 aaattgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagttttggaatatagttgatgttttaaaacatcaaaag 38855336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 246
Target Start/End: Original strand, 29014717 - 29014947
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||      ||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29014717 gttttagctcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 29014816  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||  || |||||  ||||||| ||| |   |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||  |    
T  29014817 ataaaccaaaaatcgcaactactttaatagtttaa---tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaaagt 29014913  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    |||  ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  29014914 tttggaatatagttgaagttctaaaacataaaaa 29014947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 32840198 - 32840070
Alignment:
Q  20 ttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat-------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||        ||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  32840198 ttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatgtg 32840099  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||    
T  32840098 ataaaccaaatgtcacaactattttaata 32840070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 55365978 - 55365927
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  55365978 actaaaacatcaaaaaatttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 55365927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 28228506 - 28228455
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28228506 actaaaacatcaaaagttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 28228455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 196 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 32840019 - 32839968
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  32840019 actaaaacatcaaaaaatttaaaatatagttgaagttctaaaatataaaaag 32839968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 247
Target Start/End: Original strand, 22822105 - 22822162
Alignment:
Q  190 aaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |  ||||| ||||||||    
T  22822105 aaatatactaaaatatcagatattttgaaatatagttgaaatcctaaaatatcaaaag 22822162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 67 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 22528201 - 22528023
Alignment:
Q  67 atgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgag 166  Q
    ||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  22528201 atgttttggattaaaatatttttatttatgattaaattcatatgtgataagccaaaggtcacaactcttttaatagttttatggtgtgtttttcaacaaa 22528102  T
Q  167 ggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaa 245  Q
    |||||||||||        |||||||| |||||||||||||||||||||  | |||| |||||||  ||||| ||||||    
T  22528101 ggtaaatttggaataaaattattaaatgtactaaaacatcaaatattttggagtataattgaagtcctaaaatatcaaa 22528023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 29875204 - 29874973
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29875204 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtg 29875105  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  ||||||||||||||| |    
T  29875104 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaatgt 29875008  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29875007 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 29874973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 75 - 247
Target Start/End: Original strand, 12096291 - 12096462
Alignment:
Q  75 gactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatt 174  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | |    
T  12096291 gactaaaatgtccttctttataattaaattcgcatgtgataagtc-aaggtcacgact-atttaatagttttatggtgtgtttttcaacaagagtacact 12096388  T
Q  175 tgggnnnnnnntatt-aaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || |       |||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  12096389 tgagaaaagaatattaaaatatattaaaacatcaaatgttttggaatatagttgaagtcctaaaacatcaaaag 12096462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 12398973 - 12399204
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      | ||||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||||||    
T  12398973 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatgtg 12399072  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  12399073 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 12399169  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12399170 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 12399204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 22645936 - 22646064
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||      |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  22645936 gttttagctcttggcacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttactaaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 22646035  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||| ||||| |||||||||  |||||||    
T  22646036 ataaatcaaaagtcacaactactttaata 22646064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 26 - 247
Target Start/End: Original strand, 4695196 - 4695420
Alignment:
Q  26 ctcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtc 119  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  |    
T  4695196 ctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttattattaaattcacatgtgataaacc 4695295  T
Q  120 aaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaa 219  Q
    ||| |||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |||| |||    
T  4695296 aaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagttttgaaa 4695392  T
Q  220 tatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4695393 tatagttgaagttctaaaaaatcaaaag 4695420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 34208788 - 34208557
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  34208788 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatatg 34208689  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  34208688 ataaaccaaaggtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 34208592  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34208591 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 34208557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 23090548 - 23090317
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| |      |||| ||| |||| | ||||||||| |||||||| |||| ||    
T  23090548 gttttacctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatacaaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaattcacatatg 23090449  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  |||||||||||||| ||    
T  23090448 ataaaccaaaggtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaaat 23090352  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  23090351 tttggaatacagttgaagttctaaaacatcaaaag 23090317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 154
Target Start/End: Original strand, 594124 - 594264
Alignment:
Q  20 ttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtga 113  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||| ||| ||      ||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||     
T  594124 ttttaactcttaacacaagtcttaaggagtaattaaaacataaaaatatttatatgttttggactaagatatccttaatttttattaaatttacatgtgt 594223  T
Q  114 taagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtg 154  Q
    |||  ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  594224 taaaccaaatatcacaactcatttaatagtattatggtgtg 594264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3077847 - 3077616
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| | |||||    
T  3077847 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcatatgtg 3077748  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||   ||| |||||||||  ||||||| ||| ||  |||||||| |||| ||| |||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  3077747 ataaacaaaatgtcacaactactttaatagttt-at--tgtgttttccaacaaggataaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 3077651  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  3077650 tttaaaatatagttgaaattctaaaacatcaaaag 3077616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4145936 - 4145713
Alignment:
Q  27 tcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtca 120  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||    
T  4145936 tcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaacca 4145837  T
Q  121 aaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaat 220  Q
    ||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||  |       ||  ||||  ||||||||||||||  ||||  |||    
T  4145836 aaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttaagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagttttggaat 4145740  T
Q  221 atagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  4145739 atagttaaagttctaaaacatcaaaag 4145713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 19574936 - 19574704
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaa------catgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||       || |||| |  |||||  |  |||||||| |||||||| ||||  |    
T  19574936 gttttaactcttggcacaagtcttaagaagtaattaaagtatataaatatttgtattttttagggtaaaaagtttttatttataattaaattcacatacg 19574837  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| |  |||||||||| ||||||||| ||||| |  |||||       ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19574836 ataagtcaaatgtcataagtcatttaa-aagtttatggtgtctttttcaacaagggtgaccttggg-aaaaaatattaaatatattaaaacattaaatat 19574739  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    ||| |||| || |||||||  ||||||||||||||    
T  19574738 tttgaaatttaattgaagtcctaaaacatcaaaag 19574704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 135
Target Start/End: Original strand, 42757832 - 42757952
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaac-atgt---ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgat 114  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||  |||   |||| ||| |||| |  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  42757832 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacgttgtgtgtttttacttaaatgtttttatttatcattaaattcacatgtgat 42757931  T
Q  115 aagtcaaaggtcacaactcat 135  Q
    ||  |||| |||| |||||||    
T  42757932 aaaccaaatgtcataactcat 42757952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4434847 - 4434799
Alignment:
Q  199 aaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  4434847 aaaacatcaaatatcttgaaataaagttgaagtcctaaaacatcaaaag 4434799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44868 - 44643
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat----gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgat 114  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||    |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  44868 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgat 44769  T
Q  115 aagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattt 214  Q
    ||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||| ||| |       || |||||  |||||||| |||||  |||    
T  44768 aaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgtttttcaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacctcaaaagttt 44672  T
Q  215 taaaatatagttgaagttgtaaaacatca 243  Q
    |  ||||||||||||||| | ||||||||    
T  44671 tggaatatagttgaagttctcaaacatca 44643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 18742196 - 18741966
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-----ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtga 113  Q
    |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||| | ||| ||| || |     ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||  ||||| |    
T  18742196 gttttacctcttggcacaagtcttaaggaataattaatgtataaaaatatttgtgtgttttgactaaaatatccttatatatcaataaattctcatgtca 18742097  T
Q  114 taagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatatt 213  Q
    |||| |||| |||| ||||| |||   | |   | ||||||||||||||| |||||||||||| |       ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18742096 taagccaaaagtcataactctttttgcagt---acggtgtgtttttcaacaagggtaaatttgagaatacaatattaaatatactaaaacatcaaatgtt 18742000  T
Q  214 ttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    || ||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  18741999 ttgaaataaagttgaagtcctaaaacatcaaaag 18741966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Original strand, 27312141 - 27312374
Alignment:
Q  19 gttttaactctt-gacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt-------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatg 110  Q
    |||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |       |||| ||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  27312141 gttttagctcttagacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttatttatcattaaattcacatg 27312240  T
Q  111 tgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaat 210  Q
    ||||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       || |||||  |||||||||||||||    
T  27312241 tgataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataataaattcactaaaacatcaaat 27312337  T
Q  211 attttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
     ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27312338 gttttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 27312374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 141
Target Start/End: Original strand, 29452569 - 29452697
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||      ||||||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||    
T  29452569 gttttaactcttggcacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttgactaaaaagtcattatttatcattaaattcacatgtg 29452668  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaata 141  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||    
T  29452669 ataaatcaaaggtcacaactattttaata 29452697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 33 - 141
Target Start/End: Original strand, 31171031 - 31171145
Alignment:
Q  33 cacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatgt------ttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtc 126  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |      |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  31171031 cacaaattttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttgattaaaatatccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtc 31171130  T
Q  127 acaactcatttaata 141  Q
    ||||||  |||||||    
T  31171131 acaactattttaata 31171145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 32274684 - 32274453
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaaca------tgtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||      | ||||| ||| |||| ||| ||||||| |||||| | |||| ||    
T  32274684 gttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccgtatttatcattaaagtcacatatg 32274585  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgggnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatat 212  Q
    ||||  ||||||||||||||  |||||||  |||||  |||||||| |||| |||||||| ||| |       ||  ||||  ||||||||||||||  |    
T  32274584 ataaaccaaaggtcacaactactttaata-gtttat--tgtgttttccaacaagggtaaacttgagaaaacaataacaaattcactaaaacatcaaaagt 32274488  T
Q  213 tttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32274487 tttggaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 32274453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 2543331 - 2543175
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||      |||||| ||| |||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  2543331 gttttagctcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatctgtgtgttttttacttaaatgtctttatttatcattaaattcacatgtg 2543232  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaa 172  Q
    ||||  |||| |||||||||  |||||||  |||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  2543231 ataaaccaaatgtcacaactactttaata-gtttat--tgtgtttttcaacaagggtaaa 2543175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 247
Target Start/End: Original strand, 8504794 - 8504960
Alignment:
Q  78 taaaatatccttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgg 177  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| |||| | ||||  ||||||||||||||  ||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||  ||     
T  8504794 taaaatgtccttatttatcattaaattcacatataataaaccaaaggtcacaactactttaatagttt-at--tgtgtttttcaacaagggtaaacctga 8504890  T
Q  178 gnnnnnnntattaaatatactaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaag 247  Q
    |       || |||||  ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8504891 gaaaataataataaattcactaaaacatcaaaagttttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaag 8504960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 130
Target Start/End: Original strand, 7156264 - 7156381
Alignment:
Q  19 gttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacat------gtttttgactaaaatatccttatttatgattaaatttacatgtg 112  Q
    |||||| ||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||||||| ||      || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  7156264 gttttagctcttgatacaagttttaaggaataattaaagtatataaatatttgtgtgtctttgactaaaatatccttatttatcattaaattcacatgtg 7156363  T
Q  113 ataagtcaaaggtcacaa 130  Q
    ||||  |||| |||||||    
T  7156364 ataaaccaaatgtcacaa 7156381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 196 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 5003952 - 5003902
Alignment:
Q  196 actaaaacatcaaatattttaaaatatagttgaagttgtaaaacatcaaaa 246  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5003952 actaaaacatcaaaagttttgaaatatagttgaagttctaaaacatcaaaa 5003902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 109 - 177
Target Start/End: Original strand, 34045450 - 34045518
Alignment:
Q  109 tgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaatttgg 177  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||| |||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  34045450 tgtgttaagtgaaaagtcacaacttatttaattatcgtatggtgtgtttttcaacaagggtaaaattgg 34045518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0172 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0172
Description:

Target: scaffold0172; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 172
Target Start/End: Original strand, 18734 - 18814
Alignment:
Q  92 ttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactcatttaatacttttatggtgtgtttttcaacgagggtaaa 172  Q
    |||| |||||||| | |||| |||| ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  18734 ttataattaaattcagatgtaataaatcaaatgttacaactcatttaataattttgtggtgtgttttttaacgagagtaaa 18814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University